Protein–RNA interactions for Protein: Q13263

TRIM28, Transcription intermediary factor 1-beta, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 835 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM28Q13263 PON3-205ENST00000451904 1053 ntTSL 3 BASIC22.39■■□□□ 1.17
TRIM28Q13263 LCE1E-203ENST00000619588 267 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.39■■□□□ 1.17
TRIM28Q13263 AC116407.3-201ENST00000623905 1129 ntBASIC22.39■■□□□ 1.17
TRIM28Q13263 HCLS1-201ENST00000314583 2000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
TRIM28Q13263 SOCS2-201ENST00000340600 2761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
TRIM28Q13263 AK3-202ENST00000381809 2736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
TRIM28Q13263 PCBP3-206ENST00000400314 2202 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.39■■□□□ 1.17
TRIM28Q13263 SYTL1-208ENST00000543823 2229 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
TRIM28Q13263 AC002310.2-202ENST00000492040 1488 ntTSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
TRIM28Q13263 MAEA-219ENST00000514708 1945 ntTSL 2 BASIC22.39■■□□□ 1.17
TRIM28Q13263 SP9-201ENST00000394967 2554 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.39■■□□□ 1.17
TRIM28Q13263 CCDC78-201ENST00000293889 1611 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
TRIM28Q13263 MID1IP1-201ENST00000336949 2536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
TRIM28Q13263 BACE2-202ENST00000330333 2993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
TRIM28Q13263 ATP6V1D-201ENST00000216442 1845 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
TRIM28Q13263 AL138781.2-201ENST00000617896 1843 ntBASIC22.38■■□□□ 1.17
TRIM28Q13263 PTPRM-211ENST00000580170 5941 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
TRIM28Q13263 NEIL2-202ENST00000403422 2016 ntTSL 2 BASIC22.38■■□□□ 1.17
TRIM28Q13263 SYT7-206ENST00000540677 2013 ntTSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
TRIM28Q13263 CXXC5-201ENST00000302517 2658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
TRIM28Q13263 WDR59-202ENST00000536050 1752 ntTSL 2 BASIC22.38■■□□□ 1.17
TRIM28Q13263 RABL2B-205ENST00000395595 2428 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
TRIM28Q13263 GOSR2-201ENST00000225567 1245 ntTSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
TRIM28Q13263 UXT-202ENST00000335890 701 ntTSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
TRIM28Q13263 GNB2-207ENST00000427895 1146 ntTSL 5 BASIC22.38■■□□□ 1.17
TRIM28Q13263 RAB42-202ENST00000465518 857 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.38■■□□□ 1.17
TRIM28Q13263 AC069287.3-201ENST00000527297 589 ntTSL 5 BASIC22.38■■□□□ 1.17
TRIM28Q13263 ADA-207ENST00000537820 1128 ntTSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
TRIM28Q13263 ARAP1-AS1-201ENST00000542022 388 ntTSL 5 BASIC22.38■■□□□ 1.17
TRIM28Q13263 AC133919.2-201ENST00000565965 589 ntTSL 4 BASIC22.38■■□□□ 1.17
TRIM28Q13263 PNMT-203ENST00000581428 677 ntTSL 2 BASIC22.38■■□□□ 1.17
TRIM28Q13263 AC008105.3-202ENST00000585471 1077 ntTSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
TRIM28Q13263 AC012615.5-201ENST00000592720 581 ntTSL 4 BASIC22.38■■□□□ 1.17
TRIM28Q13263 APBB1-215ENST00000608394 2128 ntTSL 5 BASIC22.38■■□□□ 1.17
TRIM28Q13263 APBB1-222ENST00000610474 2147 ntTSL 5 BASIC22.38■■□□□ 1.17
TRIM28Q13263 ABBA01031661.1-201ENST00000634362 1253 ntBASIC22.38■■□□□ 1.17
TRIM28Q13263 ZRSR2-201ENST00000307771 1491 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
TRIM28Q13263 NSUN5-201ENST00000252594 1672 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
TRIM28Q13263 POR-209ENST00000439269 1858 ntTSL 2 BASIC22.38■■□□□ 1.17
TRIM28Q13263 B4GALT4-202ENST00000393765 2459 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
TRIM28Q13263 SMAD7-201ENST00000262158 3087 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
TRIM28Q13263 ZNF397-204ENST00000585800 2046 ntTSL 5 BASIC22.38■■□□□ 1.17
TRIM28Q13263 ARHGEF7-202ENST00000317133 4361 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
TRIM28Q13263 C6orf223-202ENST00000439969 2757 ntTSL 2 BASIC22.38■■□□□ 1.17
TRIM28Q13263 BDKRB1-201ENST00000216629 1687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
TRIM28Q13263 AC103564.2-201ENST00000432853 1299 ntBASIC22.37■■□□□ 1.17
TRIM28Q13263 PRYP5-201ENST00000451909 266 ntBASIC22.37■■□□□ 1.17
TRIM28Q13263 AC010226.1-202ENST00000508517 539 ntTSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
TRIM28Q13263 TSPAN4-214ENST00000525201 834 ntTSL 5 BASIC22.37■■□□□ 1.17
TRIM28Q13263 FIBP-212ENST00000533045 1173 ntTSL 5 BASIC22.37■■□□□ 1.17
TRIM28Q13263 RPL18-208ENST00000549920 1004 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
TRIM28Q13263 RPL18-209ENST00000550645 463 ntTSL 5 BASIC22.37■■□□□ 1.17
TRIM28Q13263 RPL18-214ENST00000552588 559 ntTSL 3 BASIC22.37■■□□□ 1.17
TRIM28Q13263 GSTZ1-207ENST00000553586 979 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.37■■□□□ 1.17
TRIM28Q13263 AC106782.2-201ENST00000563252 992 ntTSL 3 BASIC22.37■■□□□ 1.17
TRIM28Q13263 AC106730.1-201ENST00000566722 1090 ntBASIC22.37■■□□□ 1.17
TRIM28Q13263 HEXA-210ENST00000567213 1000 ntTSL 3 BASIC22.37■■□□□ 1.17
TRIM28Q13263 PRSS8-206ENST00000568261 1214 ntTSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
TRIM28Q13263 SMIM22-203ENST00000588500 525 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
TRIM28Q13263 GPX4-212ENST00000616066 924 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.37■■□□□ 1.17
TRIM28Q13263 AC132872.3-201ENST00000620937 629 ntTSL 5 BASIC22.37■■□□□ 1.17
TRIM28Q13263 AC079776.2-201ENST00000641154 1609 ntBASIC22.37■■□□□ 1.17
TRIM28Q13263 NCK1-207ENST00000481752 1971 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.37■■□□□ 1.17
TRIM28Q13263 IL4I1-201ENST00000341114 2349 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
TRIM28Q13263 RPL13P5-202ENST00000412023 1438 ntTSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
TRIM28Q13263 PTH2R-204ENST00000617735 2472 ntTSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
TRIM28Q13263 GPANK1-201ENST00000375893 1598 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.37■■□□□ 1.17
TRIM28Q13263 CNEP1R1-203ENST00000458059 2965 ntTSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
TRIM28Q13263 GCGR-202ENST00000570996 1872 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
TRIM28Q13263 TRAM1L1-201ENST00000310754 2023 ntAPPRIS P1 BASIC22.36■■□□□ 1.17
TRIM28Q13263 TMSB15B-201ENST00000419165 1666 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.36■■□□□ 1.17
TRIM28Q13263 ASB6-202ENST00000277459 2180 ntTSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
TRIM28Q13263 ISLR2-204ENST00000453268 2812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
TRIM28Q13263 PROK1-201ENST00000271331 1338 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
TRIM28Q13263 LTBP3-217ENST00000530785 2461 ntTSL 2 BASIC22.36■■□□□ 1.17
TRIM28Q13263 IFNL4-204ENST00000634967 1493 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
TRIM28Q13263 TBC1D19-201ENST00000264866 2263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
TRIM28Q13263 ZBTB48-202ENST00000377674 2293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
TRIM28Q13263 PLEKHB2-204ENST00000409158 2277 ntTSL 2 BASIC22.36■■□□□ 1.17
TRIM28Q13263 OGFOD2-212ENST00000538755 1949 ntTSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
TRIM28Q13263 FOXP1-214ENST00000493089 2703 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.36■■□□□ 1.17
TRIM28Q13263 MEN1-205ENST00000377316 2868 ntTSL 5 BASIC22.36■■□□□ 1.17
TRIM28Q13263 RPS12-201ENST00000230050 631 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
TRIM28Q13263 ISCA2-201ENST00000298818 851 ntTSL 5 BASIC22.36■■□□□ 1.17
TRIM28Q13263 MCL1-201ENST00000307940 1110 ntTSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
TRIM28Q13263 DPM3-201ENST00000341298 486 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.36■■□□□ 1.17
TRIM28Q13263 SZT2-202ENST00000372450 1191 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
TRIM28Q13263 OTOS-202ENST00000391989 645 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.36■■□□□ 1.17
TRIM28Q13263 COLEC11-207ENST00000404205 1062 ntTSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
TRIM28Q13263 PMS2P1-201ENST00000431037 1228 ntBASIC22.36■■□□□ 1.17
TRIM28Q13263 CALM1-205ENST00000553542 877 ntTSL 5 BASIC22.36■■□□□ 1.17
TRIM28Q13263 AC127496.4-201ENST00000571591 549 ntTSL 4 BASIC22.36■■□□□ 1.17
TRIM28Q13263 AC011530.1-201ENST00000593999 558 ntTSL 2 BASIC22.36■■□□□ 1.17
TRIM28Q13263 MACF1-233ENST00000602421 1423 ntTSL 2 BASIC22.36■■□□□ 1.17
TRIM28Q13263 PTCHD3-202ENST00000622555 1720 ntTSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
TRIM28Q13263 GNG4-203ENST00000391854 5104 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
TRIM28Q13263 FMR1-207ENST00000439526 3699 ntTSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
TRIM28Q13263 PDLIM3-212ENST00000620787 2352 ntTSL 4 BASIC22.35■■□□□ 1.17
TRIM28Q13263 OCIAD1-204ENST00000425583 1915 ntTSL 3 BASIC22.35■■□□□ 1.17
TRIM28Q13263 GRK6-202ENST00000355958 1789 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 25.1 ms