Protein–RNA interactions for Protein: O75379

VAMP4, Vesicle-associated membrane protein 4, humanhuman

Predictions only

Length 141 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VAMP4O75379 IFT27-205ENST00000433985 1095 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
VAMP4O75379 ENO1-AS1-201ENST00000442636 456 ntTSL 2 BASIC23.1■■□□□ 1.29
VAMP4O75379 IL11-204ENST00000590625 1028 ntTSL 2 BASIC23.1■■□□□ 1.29
VAMP4O75379 AC005336.2-201ENST00000593183 939 ntBASIC23.1■■□□□ 1.29
VAMP4O75379 AC092329.2-201ENST00000598402 547 ntBASIC23.1■■□□□ 1.29
VAMP4O75379 LCE1C-202ENST00000607093 644 ntAPPRIS P2 BASIC23.1■■□□□ 1.29
VAMP4O75379 CYP1B1-AS1-214ENST00000620177 554 ntTSL 4 BASIC23.1■■□□□ 1.29
VAMP4O75379 AC008969.1-203ENST00000313957 1897 ntTSL 2 BASIC23.1■■□□□ 1.29
VAMP4O75379 PRDM12-201ENST00000253008 2476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
VAMP4O75379 MRPL4-203ENST00000393733 1620 ntTSL 5 BASIC23.1■■□□□ 1.29
VAMP4O75379 ANXA6-201ENST00000354546 2593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
VAMP4O75379 IFFO1-204ENST00000396840 2677 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.1■■□□□ 1.29
VAMP4O75379 KDELC1-201ENST00000376004 2060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
VAMP4O75379 NRSN2-202ENST00000382291 2088 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.1■■□□□ 1.29
VAMP4O75379 KLK5-201ENST00000336334 1563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
VAMP4O75379 MAGI2-202ENST00000419488 6800 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
VAMP4O75379 NOX4-201ENST00000263317 2388 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
VAMP4O75379 PRRT2-216ENST00000637403 2033 ntTSL 5 BASIC23.09■■□□□ 1.29
VAMP4O75379 PPT2-247ENST00000375143 1754 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.09■■□□□ 1.29
VAMP4O75379 MARVELD3-202ENST00000299952 2214 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.09■■□□□ 1.29
VAMP4O75379 SULT1A1-204ENST00000395609 1871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
VAMP4O75379 ZDHHC17-201ENST00000426126 5259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
VAMP4O75379 GRM5-201ENST00000305432 4475 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
VAMP4O75379 FERMT2-204ENST00000399304 2082 ntTSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
VAMP4O75379 PLAUR-201ENST00000221264 1610 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
VAMP4O75379 AC009041.2-206ENST00000563863 1728 ntTSL 2 BASIC23.09■■□□□ 1.29
VAMP4O75379 TOB2P1-201ENST00000469761 992 ntBASIC23.09■■□□□ 1.29
VAMP4O75379 AC091133.2-201ENST00000505903 428 ntTSL 3 BASIC23.09■■□□□ 1.29
VAMP4O75379 AC004080.2-201ENST00000523331 556 ntTSL 4 BASIC23.09■■□□□ 1.29
VAMP4O75379 CCDC61-201ENST00000536603 1282 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
VAMP4O75379 AL442663.3-201ENST00000554737 1000 ntTSL 3 BASIC23.09■■□□□ 1.29
VAMP4O75379 BRICD5-203ENST00000566018 555 ntTSL 2 BASIC23.09■■□□□ 1.29
VAMP4O75379 NUTF2-205ENST00000568396 1179 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.09■■□□□ 1.29
VAMP4O75379 SLC22A7-201ENST00000372574 1822 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
VAMP4O75379 IDS-202ENST00000370441 1399 ntTSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
VAMP4O75379 SDC2-202ENST00000518385 1583 ntTSL 5 BASIC23.09■■□□□ 1.29
VAMP4O75379 PRPF39-201ENST00000355765 2868 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
VAMP4O75379 CPXM2-204ENST00000615851 2512 ntTSL 5 BASIC23.09■■□□□ 1.29
VAMP4O75379 KCNH2-203ENST00000430723 2648 ntTSL 5 BASIC23.09■■□□□ 1.29
VAMP4O75379 KRT18P55-202ENST00000578578 1546 ntBASIC23.08■■□□□ 1.29
VAMP4O75379 EHBP1-209ENST00000431489 5076 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
VAMP4O75379 COPS7A-210ENST00000539735 1832 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.08■■□□□ 1.29
VAMP4O75379 FBXO41-204ENST00000520530 3293 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.08■■□□□ 1.29
VAMP4O75379 CLPB-212ENST00000543042 2133 ntTSL 2 BASIC23.08■■□□□ 1.29
VAMP4O75379 ELP5-214ENST00000574993 2209 ntTSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
VAMP4O75379 RAI2-201ENST00000331511 2317 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.08■■□□□ 1.29
VAMP4O75379 KMT2E-207ENST00000476671 2523 ntTSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
VAMP4O75379 GRM6-201ENST00000231188 6143 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.08■■□□□ 1.29
VAMP4O75379 DECR2-202ENST00000424398 1012 ntTSL 5 BASIC23.08■■□□□ 1.29
VAMP4O75379 AC246785.2-201ENST00000432512 513 ntBASIC23.08■■□□□ 1.29
VAMP4O75379 LINC00910-203ENST00000587874 544 ntTSL 4 BASIC23.08■■□□□ 1.29
VAMP4O75379 LRRC29-201ENST00000393992 1468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
VAMP4O75379 HLA-DQB1-201ENST00000374943 1656 ntBASIC23.08■■□□□ 1.29
VAMP4O75379 AC055811.2-201ENST00000427497 1693 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
VAMP4O75379 CEACAM16-202ENST00000587331 1692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
VAMP4O75379 MFGE8-202ENST00000268151 1752 ntTSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
VAMP4O75379 TFEB-206ENST00000403298 2162 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.08■■□□□ 1.29
VAMP4O75379 PDE4A-202ENST00000344979 2579 ntTSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
VAMP4O75379 PLPPR2-208ENST00000591608 2552 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.08■■□□□ 1.29
VAMP4O75379 SLX1B-SULT1A4-201ENST00000344620 2424 ntTSL 2 BASIC23.08■■□□□ 1.28
VAMP4O75379 SLC22A4-201ENST00000200652 2201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.28
VAMP4O75379 SIGIRR-203ENST00000431843 1720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.28
VAMP4O75379 SDCBP2-201ENST00000339987 1404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.28
VAMP4O75379 PPA2-202ENST00000348706 1414 ntTSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.28
VAMP4O75379 AC008764.1-201ENST00000409035 2567 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.07■■□□□ 1.28
VAMP4O75379 SERPINF2-202ENST00000382061 2265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
VAMP4O75379 MCOLN1-201ENST00000264079 2082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
VAMP4O75379 PDLIM7-202ENST00000355841 1689 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
VAMP4O75379 CSF3-206ENST00000577675 1360 ntTSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
VAMP4O75379 IGHV3-47-201ENST00000425060 335 ntBASIC23.07■■□□□ 1.28
VAMP4O75379 AC069368.1-202ENST00000437723 750 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.07■■□□□ 1.28
VAMP4O75379 AL162258.2-202ENST00000469931 831 ntTSL 5 BASIC23.07■■□□□ 1.28
VAMP4O75379 YPEL3-204ENST00000563788 730 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.07■■□□□ 1.28
VAMP4O75379 ZNF688-207ENST00000567855 540 ntTSL 2 BASIC23.07■■□□□ 1.28
VAMP4O75379 ANAPC11-204ENST00000571024 668 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
VAMP4O75379 AC011840.4-201ENST00000578471 627 ntBASIC23.07■■□□□ 1.28
VAMP4O75379 ANAPC11-218ENST00000582222 523 ntTSL 2 BASIC23.07■■□□□ 1.28
VAMP4O75379 ANKRD29-202ENST00000585908 846 ntTSL 2 BASIC23.07■■□□□ 1.28
VAMP4O75379 AC104971.2-201ENST00000588144 1209 ntTSL 2 BASIC23.07■■□□□ 1.28
VAMP4O75379 AC011498.3-201ENST00000590159 569 ntTSL 4 BASIC23.07■■□□□ 1.28
VAMP4O75379 CHMP2A-208ENST00000601220 885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
VAMP4O75379 H2BFWT-202ENST00000611083 528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
VAMP4O75379 SCAMP4-213ENST00000621748 1172 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.07■■□□□ 1.28
VAMP4O75379 HCN1-202ENST00000634658 4738 ntTSL 3 BASIC23.07■■□□□ 1.28
VAMP4O75379 LONP1-201ENST00000360614 3236 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
VAMP4O75379 TRPV4-208ENST00000544971 2295 ntTSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
VAMP4O75379 ZNF668-202ENST00000394983 2717 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.07■■□□□ 1.28
VAMP4O75379 YIF1B-204ENST00000392124 1404 ntTSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
VAMP4O75379 AC022898.2-201ENST00000616822 1312 ntBASIC23.07■■□□□ 1.28
VAMP4O75379 COA5-201ENST00000328709 1754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
VAMP4O75379 TADA3-201ENST00000301964 2355 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
VAMP4O75379 PDLIM2-206ENST00000409141 1463 ntTSL 2 BASIC23.06■■□□□ 1.28
VAMP4O75379 PRSS53-201ENST00000280606 2181 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
VAMP4O75379 ISCU-201ENST00000311893 994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
VAMP4O75379 INPP5F-203ENST00000369081 874 ntTSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
VAMP4O75379 LINC00265-3P-201ENST00000447588 903 ntBASIC23.06■■□□□ 1.28
VAMP4O75379 ZNF436-AS1-203ENST00000454117 997 ntTSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
VAMP4O75379 GBGT1-203ENST00000372040 1980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
VAMP4O75379 IFFO1-202ENST00000356896 2680 ntTSL 5 BASIC23.06■■□□□ 1.28
VAMP4O75379 ADORA1-202ENST00000337894 2919 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.06■■□□□ 1.28
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 65.4 ms