Protein–RNA interactions for Protein: Q53GS9

USP39, U4/U6.U5 tri-snRNP-associated protein 2, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 565 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP39Q53GS9 BCAP31-201ENST00000345046 1589 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
USP39Q53GS9 HDGF-210ENST00000537739 2073 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
USP39Q53GS9 MRPL4-201ENST00000253099 1455 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
USP39Q53GS9 TTC36-201ENST00000302783 874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
USP39Q53GS9 MPC1-201ENST00000341756 976 ntTSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
USP39Q53GS9 TBX2-AS1-203ENST00000590421 861 ntTSL 2 BASIC25.18■■□□□ 1.62
USP39Q53GS9 MPC1-206ENST00000621630 977 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.18■■□□□ 1.62
USP39Q53GS9 MPC1-207ENST00000621685 1192 ntTSL 5 BASIC25.18■■□□□ 1.62
USP39Q53GS9 TYMP-201ENST00000252029 1630 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
USP39Q53GS9 ERFE-207ENST00000546354 1065 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
USP39Q53GS9 MAGI2-211ENST00000535697 6146 ntTSL 5 BASIC25.17■■□□□ 1.62
USP39Q53GS9 DPF1-202ENST00000412732 2303 ntTSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
USP39Q53GS9 CLEC11A-201ENST00000250340 1419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
USP39Q53GS9 AC148477.1-201ENST00000537720 476 ntTSL 3 BASIC25.16■■□□□ 1.62
USP39Q53GS9 AC026202.3-201ENST00000600805 1127 ntBASIC25.16■■□□□ 1.62
USP39Q53GS9 FAHD1-204ENST00000615972 757 ntTSL 5 BASIC25.16■■□□□ 1.62
USP39Q53GS9 RAD51-208ENST00000532743 1515 ntTSL 2 BASIC25.16■■□□□ 1.62
USP39Q53GS9 DEXI-202ENST00000469379 1393 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.16■■□□□ 1.62
USP39Q53GS9 COL13A1-214ENST00000522165 2061 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.16■■□□□ 1.62
USP39Q53GS9 TESK1-201ENST00000336395 2421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
USP39Q53GS9 AL121987.2-201ENST00000418602 1578 ntTSL 2 BASIC25.15■■□□□ 1.62
USP39Q53GS9 WBP1-201ENST00000233615 1294 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
USP39Q53GS9 SDF2L1-201ENST00000248958 865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
USP39Q53GS9 HOXB3-212ENST00000498678 2196 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.15■■□□□ 1.62
USP39Q53GS9 TXNRD2-205ENST00000400525 1874 ntTSL 5 BASIC25.15■■□□□ 1.62
USP39Q53GS9 PTGER1-201ENST00000292513 1421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
USP39Q53GS9 KDM4C-203ENST00000401787 1406 ntTSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
USP39Q53GS9 PTPA-210ENST00000414510 1153 ntTSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
USP39Q53GS9 SOWAHD-201ENST00000343905 1552 ntAPPRIS P1 BASIC25.14■■□□□ 1.61
USP39Q53GS9 CAPNS1-204ENST00000587718 1558 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.61
USP39Q53GS9 ARPC2-202ENST00000315717 1505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
USP39Q53GS9 MAPK9-202ENST00000347470 1509 ntTSL 5 BASIC25.13■■□□□ 1.61
USP39Q53GS9 TMEM9-201ENST00000367330 1959 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
USP39Q53GS9 COL13A1-213ENST00000520267 2276 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.13■■□□□ 1.61
USP39Q53GS9 AC010907.1-201ENST00000441632 807 ntTSL 3 BASIC25.13■■□□□ 1.61
USP39Q53GS9 AL035685.1-201ENST00000636663 812 ntBASIC25.13■■□□□ 1.61
USP39Q53GS9 SPATA5L1-208ENST00000638607 1863 ntTSL 2 BASIC25.13■■□□□ 1.61
USP39Q53GS9 NKIRAS2-208ENST00000462043 585 ntTSL 4 BASIC25.12■■□□□ 1.61
USP39Q53GS9 BHLHE23-202ENST00000612929 1109 ntBASIC25.12■■□□□ 1.61
USP39Q53GS9 AL139393.2-201ENST00000608721 2025 ntBASIC25.12■■□□□ 1.61
USP39Q53GS9 MMP28-203ENST00000612672 1092 ntTSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
USP39Q53GS9 ATF4-201ENST00000337304 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
USP39Q53GS9 CCND3-205ENST00000415497 1843 ntTSL 2 BASIC25.11■■□□□ 1.61
USP39Q53GS9 EMC10-206ENST00000598585 1610 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.11■■□□□ 1.61
USP39Q53GS9 MTCH1-202ENST00000373627 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
USP39Q53GS9 RP9P-202ENST00000450133 1212 ntBASIC25.1■■□□□ 1.61
USP39Q53GS9 TBX1-201ENST00000329705 1465 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
USP39Q53GS9 ADAP1-201ENST00000265846 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
USP39Q53GS9 AC025884.2-201ENST00000553429 711 ntBASIC25.09■■□□□ 1.61
USP39Q53GS9 HSPB6-202ENST00000587965 711 ntTSL 2 BASIC25.09■■□□□ 1.61
USP39Q53GS9 GATA2-AS1-202ENST00000468377 1578 ntTSL 2 BASIC25.09■■□□□ 1.61
USP39Q53GS9 THAP11-201ENST00000303596 2114 ntAPPRIS P1 BASIC25.09■■□□□ 1.61
USP39Q53GS9 LDLRAD4-218ENST00000592991 1640 ntTSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
USP39Q53GS9 AC100797.4-201ENST00000631653 1827 ntBASIC25.08■■□□□ 1.61
USP39Q53GS9 AC016910.1-201ENST00000422799 1046 ntTSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
USP39Q53GS9 ATP11B-209ENST00000493826 963 ntTSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
USP39Q53GS9 AC104002.3-202ENST00000557170 1100 ntTSL 3 BASIC25.07■■□□□ 1.6
USP39Q53GS9 AL451085.2-201ENST00000605085 799 ntBASIC25.07■■□□□ 1.6
USP39Q53GS9 SNX15-202ENST00000377244 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
USP39Q53GS9 NRBF2-202ENST00000435510 1816 ntTSL 2 BASIC25.07■■□□□ 1.6
USP39Q53GS9 SHARPIN-202ENST00000398712 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
USP39Q53GS9 DUX4L9-201ENST00000449051 1259 ntBASIC25.06■■□□□ 1.6
USP39Q53GS9 AC116025.2-201ENST00000576632 443 ntTSL 3 BASIC25.06■■□□□ 1.6
USP39Q53GS9 AC074183.2-201ENST00000623112 922 ntBASIC25.06■■□□□ 1.6
USP39Q53GS9 PKIG-205ENST00000372891 1443 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.05■■□□□ 1.6
USP39Q53GS9 AC093536.1-201ENST00000569153 554 ntBASIC25.05■■□□□ 1.6
USP39Q53GS9 TRIR-205ENST00000592273 783 ntTSL 3 BASIC25.05■■□□□ 1.6
USP39Q53GS9 ABHD17B-202ENST00000377041 1312 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
USP39Q53GS9 PROCA1-201ENST00000301039 1566 ntTSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
USP39Q53GS9 PLSCR3-209ENST00000574401 2032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
USP39Q53GS9 TMEM238-201ENST00000444469 1000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
USP39Q53GS9 GNPTG-204ENST00000527137 386 ntTSL 2 BASIC25.04■■□□□ 1.6
USP39Q53GS9 UBE2E3-213ENST00000602959 909 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.04■■□□□ 1.6
USP39Q53GS9 AC064853.2-201ENST00000641246 144 ntAPPRIS P1 BASIC25.04■■□□□ 1.6
USP39Q53GS9 ACTR3B-201ENST00000256001 2216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
USP39Q53GS9 FGF20-201ENST00000180166 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
USP39Q53GS9 FKBP1A-205ENST00000439640 1583 ntTSL 3 BASIC25.03■■□□□ 1.6
USP39Q53GS9 ANGPTL6-203ENST00000589181 1579 ntTSL 5 BASIC25.03■■□□□ 1.6
USP39Q53GS9 MDFIC-206ENST00000448022 484 ntTSL 2 BASIC25.03■■□□□ 1.6
USP39Q53GS9 PAOX-206ENST00000480071 1324 ntTSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
USP39Q53GS9 TMEM120A-214ENST00000493111 1456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
USP39Q53GS9 GSR-206ENST00000546342 1482 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
USP39Q53GS9 WSB2-201ENST00000315436 2646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
USP39Q53GS9 CIB2-202ENST00000539011 1511 ntTSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
USP39Q53GS9 QDPR-202ENST00000428702 1278 ntTSL 2 BASIC25.02■■□□□ 1.6
USP39Q53GS9 ZNF688-203ENST00000563276 1492 ntTSL 2 BASIC25.02■■□□□ 1.6
USP39Q53GS9 TSPOAP1-AS1-203ENST00000579527 2042 ntTSL 2 BASIC25.02■■□□□ 1.6
USP39Q53GS9 ZIC2-201ENST00000376335 2983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
USP39Q53GS9 C9orf147-202ENST00000457681 561 ntTSL 2 BASIC25.01■■□□□ 1.59
USP39Q53GS9 COL13A1-203ENST00000398969 2267 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.01■■□□□ 1.59
USP39Q53GS9 FAAH-201ENST00000243167 2094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
USP39Q53GS9 AC011448.1-201ENST00000555938 1100 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25■■□□□ 1.59
USP39Q53GS9 AC010980.1-201ENST00000587192 1142 ntBASIC25■■□□□ 1.59
USP39Q53GS9 RAP2CP1-202ENST00000605179 643 ntBASIC25■■□□□ 1.59
USP39Q53GS9 ARPC5L-202ENST00000353214 2507 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25■■□□□ 1.59
USP39Q53GS9 RAB32-201ENST00000367495 1217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
USP39Q53GS9 PHF20L1-207ENST00000395379 1998 ntTSL 5 BASIC24.99■■□□□ 1.59
USP39Q53GS9 TSPY4-202ENST00000426950 1179 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC24.99■■□□□ 1.59
USP39Q53GS9 AC139795.1-202ENST00000500444 432 ntBASIC24.99■■□□□ 1.59
USP39Q53GS9 AC009511.2-201ENST00000545904 679 ntTSL 2 BASIC24.99■■□□□ 1.59
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 30.4 ms