Protein–RNA interactions for Protein: P43489

TNFRSF4, Tumor necrosis factor receptor superfamily member 4, humanhuman

Predictions only

Length 277 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TNFRSF4P43489 ERFE-207ENST00000546354 1065 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
TNFRSF4P43489 VEGFA-209ENST00000425836 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
TNFRSF4P43489 GIPC1-203ENST00000393033 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
TNFRSF4P43489 DUX4L9-201ENST00000449051 1259 ntBASIC25.22■■□□□ 1.63
TNFRSF4P43489 LYSMD2-202ENST00000454181 1228 ntTSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
TNFRSF4P43489 TBX2-AS1-203ENST00000590421 861 ntTSL 2 BASIC25.22■■□□□ 1.63
TNFRSF4P43489 SIRT3-201ENST00000382743 2543 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
TNFRSF4P43489 GNAS-207ENST00000354359 1975 ntTSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
TNFRSF4P43489 GNAS-210ENST00000371085 1972 ntTSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
TNFRSF4P43489 MSRB1-206ENST00000622125 1363 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.21■■□□□ 1.63
TNFRSF4P43489 ABHD17B-202ENST00000377041 1312 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
TNFRSF4P43489 KRTAP5-5-201ENST00000399676 933 ntAPPRIS P1 BASIC25.21■■□□□ 1.63
TNFRSF4P43489 TSPY4-202ENST00000426950 1179 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC25.21■■□□□ 1.63
TNFRSF4P43489 AC008105.2-203ENST00000591361 550 ntTSL 4 BASIC25.21■■□□□ 1.63
TNFRSF4P43489 PQLC3-201ENST00000295083 1830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
TNFRSF4P43489 MTCH1-202ENST00000373627 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
TNFRSF4P43489 ABCB10P1-201ENST00000614297 2181 ntBASIC25.2■■□□□ 1.62
TNFRSF4P43489 CUL4A-202ENST00000375440 2364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
TNFRSF4P43489 FAM120AOS-202ENST00000423591 1800 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
TNFRSF4P43489 CAPNS1-204ENST00000587718 1558 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
TNFRSF4P43489 BARX1-202ENST00000401724 1323 ntTSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
TNFRSF4P43489 ARMC10-211ENST00000541300 2266 ntTSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
TNFRSF4P43489 AC138647.1-201ENST00000427937 648 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.19■■□□□ 1.62
TNFRSF4P43489 F8A1-201ENST00000610495 1713 ntAPPRIS P1 BASIC25.19■■□□□ 1.62
TNFRSF4P43489 NELFB-202ENST00000634710 1887 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
TNFRSF4P43489 SPATA5L1-208ENST00000638607 1863 ntTSL 2 BASIC25.19■■□□□ 1.62
TNFRSF4P43489 ST7-205ENST00000393446 2114 ntTSL 5 BASIC25.18■■□□□ 1.62
TNFRSF4P43489 NGB-201ENST00000298352 1884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
TNFRSF4P43489 AC116025.2-201ENST00000576632 443 ntTSL 3 BASIC25.18■■□□□ 1.62
TNFRSF4P43489 SOCS2-202ENST00000536696 1065 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.17■■□□□ 1.62
TNFRSF4P43489 C1orf232-201ENST00000634842 643 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC25.17■■□□□ 1.62
TNFRSF4P43489 SAE1-209ENST00000598840 1831 ntTSL 5 BASIC25.16■■□□□ 1.62
TNFRSF4P43489 TPRA1-202ENST00000355552 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
TNFRSF4P43489 GNAS-211ENST00000371095 1931 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
TNFRSF4P43489 TNFSF12-201ENST00000293825 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
TNFRSF4P43489 AC104002.3-202ENST00000557170 1100 ntTSL 3 BASIC25.16■■□□□ 1.62
TNFRSF4P43489 HSPB6-202ENST00000587965 711 ntTSL 2 BASIC25.16■■□□□ 1.62
TNFRSF4P43489 PHYH-201ENST00000263038 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
TNFRSF4P43489 PPP4C-201ENST00000279387 1407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
TNFRSF4P43489 SPCS2P3-201ENST00000500401 656 ntBASIC25.15■■□□□ 1.62
TNFRSF4P43489 AC074183.2-201ENST00000623112 922 ntBASIC25.15■■□□□ 1.62
TNFRSF4P43489 AC064853.2-201ENST00000641246 144 ntAPPRIS P1 BASIC25.15■■□□□ 1.62
TNFRSF4P43489 AGFG1-205ENST00000409979 2089 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.15■■□□□ 1.62
TNFRSF4P43489 TPRA1-209ENST00000489960 1903 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.15■■□□□ 1.62
TNFRSF4P43489 HOXC9-201ENST00000303450 1516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
TNFRSF4P43489 AL359504.2-201ENST00000605506 1601 ntBASIC25.15■■□□□ 1.62
TNFRSF4P43489 BHLHE23-202ENST00000612929 1109 ntBASIC25.14■■□□□ 1.62
TNFRSF4P43489 C1QTNF5-202ENST00000528368 1356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.61
TNFRSF4P43489 PROC-203ENST00000409048 1586 ntTSL 5 BASIC25.14■■□□□ 1.61
TNFRSF4P43489 WHAMMP3-201ENST00000611636 1609 ntBASIC25.13■■□□□ 1.61
TNFRSF4P43489 MIR6765-201ENST00000614092 87 ntBASIC25.13■■□□□ 1.61
TNFRSF4P43489 FAHD1-204ENST00000615972 757 ntTSL 5 BASIC25.13■■□□□ 1.61
TNFRSF4P43489 SSTR5-201ENST00000293897 1362 ntAPPRIS P1 BASIC25.13■■□□□ 1.61
TNFRSF4P43489 BMP8A-201ENST00000331593 1692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
TNFRSF4P43489 C17orf49-201ENST00000439424 850 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
TNFRSF4P43489 C9orf147-202ENST00000457681 561 ntTSL 2 BASIC25.12■■□□□ 1.61
TNFRSF4P43489 AC139795.1-203ENST00000515045 853 ntTSL 2 BASIC25.12■■□□□ 1.61
TNFRSF4P43489 PDK1-202ENST00000392571 1515 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
TNFRSF4P43489 FAH-213ENST00000561421 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
TNFRSF4P43489 SSBP4-201ENST00000270061 1768 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
TNFRSF4P43489 PQLC3-204ENST00000441908 1784 ntTSL 2 BASIC25.11■■□□□ 1.61
TNFRSF4P43489 NTHL1-201ENST00000219066 1067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
TNFRSF4P43489 AC138207.2-201ENST00000583377 492 ntTSL 2 BASIC25.11■■□□□ 1.61
TNFRSF4P43489 AC018755.3-202ENST00000596210 929 ntBASIC25.11■■□□□ 1.61
TNFRSF4P43489 LYPD6B-203ENST00000409642 1577 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
TNFRSF4P43489 SERP2-201ENST00000379179 784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
TNFRSF4P43489 MXRA7-203ENST00000449428 1881 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
TNFRSF4P43489 CLK2-201ENST00000355560 2120 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.1■■□□□ 1.61
TNFRSF4P43489 SLC30A10-202ENST00000366926 1915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
TNFRSF4P43489 TMEM200C-201ENST00000383490 1920 ntAPPRIS P1 BASIC25.1■■□□□ 1.61
TNFRSF4P43489 RASGEF1B-211ENST00000514050 537 ntTSL 2 BASIC25.09■■□□□ 1.61
TNFRSF4P43489 FAM159A-204ENST00000517870 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
TNFRSF4P43489 AC009511.2-201ENST00000545904 679 ntTSL 2 BASIC25.09■■□□□ 1.61
TNFRSF4P43489 PAOX-206ENST00000480071 1324 ntTSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
TNFRSF4P43489 SEPT3-203ENST00000396426 2586 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
TNFRSF4P43489 HYI-210ENST00000486909 905 ntTSL 5 BASIC25.08■■□□□ 1.61
TNFRSF4P43489 SHISA8-202ENST00000621082 1405 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC25.08■■□□□ 1.61
TNFRSF4P43489 PPAN-202ENST00000393793 1575 ntTSL 5 BASIC25.08■■□□□ 1.61
TNFRSF4P43489 CABP1-202ENST00000316803 1658 ntTSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
TNFRSF4P43489 RSPH1-201ENST00000291536 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
TNFRSF4P43489 ALKAL1-201ENST00000358543 1217 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
TNFRSF4P43489 ARHGEF7-AS2-201ENST00000425094 1239 ntTSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
TNFRSF4P43489 AC139795.1-202ENST00000500444 432 ntBASIC25.07■■□□□ 1.6
TNFRSF4P43489 SV2B-203ENST00000545111 2099 ntTSL 2 BASIC25.07■■□□□ 1.6
TNFRSF4P43489 ST7-202ENST00000323984 2142 ntTSL 5 BASIC25.07■■□□□ 1.6
TNFRSF4P43489 ST7-207ENST00000393449 2127 ntTSL 5 BASIC25.07■■□□□ 1.6
TNFRSF4P43489 ANKRD13D-211ENST00000511455 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
TNFRSF4P43489 RBM42-205ENST00000589871 1487 ntTSL 5 BASIC25.07■■□□□ 1.6
TNFRSF4P43489 ADAMTSL5-202ENST00000395467 1533 ntTSL 5 BASIC25.07■■□□□ 1.6
TNFRSF4P43489 RIPPLY2-202ENST00000369689 664 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
TNFRSF4P43489 KAZN-207ENST00000503743 1475 ntTSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
TNFRSF4P43489 COL13A1-214ENST00000522165 2061 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.06■■□□□ 1.6
TNFRSF4P43489 ZFAND2B-201ENST00000289528 1314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
TNFRSF4P43489 FGFRL1-205ENST00000510644 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
TNFRSF4P43489 FBXL8-206ENST00000519917 1460 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.05■■□□□ 1.6
TNFRSF4P43489 QDPR-202ENST00000428702 1278 ntTSL 2 BASIC25.05■■□□□ 1.6
TNFRSF4P43489 SMKR1-201ENST00000462322 1035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
TNFRSF4P43489 AC010980.1-201ENST00000587192 1142 ntBASIC25.05■■□□□ 1.6
TNFRSF4P43489 GLTP-201ENST00000318348 2356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
TNFRSF4P43489 MAPK9-202ENST00000347470 1509 ntTSL 5 BASIC25.04■■□□□ 1.6
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 11.4 ms