Protein–RNA interactions for Protein: C9J1S8

TRIM49D1, Tripartite motif-containing protein 49D, humanhuman

Predictions only

Length 452 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM49D1C9J1S8 SLC35A2-207ENST00000445167 1739 ntTSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
TRIM49D1C9J1S8 SRP68-202ENST00000539137 2386 ntTSL 2 BASIC24.72■■□□□ 1.55
TRIM49D1C9J1S8 DNLZ-201ENST00000371738 724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
TRIM49D1C9J1S8 TMEM125-202ENST00000439858 1786 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.71■■□□□ 1.55
TRIM49D1C9J1S8 NPAS3-203ENST00000357798 2763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
TRIM49D1C9J1S8 CDK9-201ENST00000373264 2463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
TRIM49D1C9J1S8 HOMER3-202ENST00000392351 1557 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
TRIM49D1C9J1S8 DRAM2-211ENST00000539140 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.55
TRIM49D1C9J1S8 AC087741.3-201ENST00000624270 1347 ntBASIC24.7■■□□□ 1.54
TRIM49D1C9J1S8 TAZ-201ENST00000369776 1596 ntTSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
TRIM49D1C9J1S8 ZFPM1-201ENST00000319555 5380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
TRIM49D1C9J1S8 SLC16A11-202ENST00000447225 1779 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.7■■□□□ 1.54
TRIM49D1C9J1S8 EVA1C-201ENST00000300255 1998 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
TRIM49D1C9J1S8 HDAC11-206ENST00000405025 576 ntTSL 4 BASIC24.69■■□□□ 1.54
TRIM49D1C9J1S8 PCYT2-203ENST00000538936 5147 ntTSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
TRIM49D1C9J1S8 ST6GALNAC2-201ENST00000225276 2170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
TRIM49D1C9J1S8 WHAMMP3-201ENST00000611636 1609 ntBASIC24.68■■□□□ 1.54
TRIM49D1C9J1S8 TBC1D10A-201ENST00000215790 2077 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
TRIM49D1C9J1S8 AL121987.2-201ENST00000418602 1578 ntTSL 2 BASIC24.68■■□□□ 1.54
TRIM49D1C9J1S8 AMIGO1-201ENST00000369862 2229 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.68■■□□□ 1.54
TRIM49D1C9J1S8 STOML1-202ENST00000316911 1891 ntTSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
TRIM49D1C9J1S8 OTUD5-201ENST00000156084 2740 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
TRIM49D1C9J1S8 BIN1-210ENST00000393041 2272 ntTSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
TRIM49D1C9J1S8 DLG3-203ENST00000374360 5905 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
TRIM49D1C9J1S8 MAP3K3-210ENST00000584573 2480 ntTSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
TRIM49D1C9J1S8 PRSS41-201ENST00000399677 1127 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.67■■□□□ 1.54
TRIM49D1C9J1S8 NRG1-221ENST00000614767 762 ntTSL 5 BASIC24.67■■□□□ 1.54
TRIM49D1C9J1S8 TMCO6-201ENST00000252100 1834 ntTSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
TRIM49D1C9J1S8 U2AF1L5-201ENST00000610664 897 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
TRIM49D1C9J1S8 PLEKHA8-201ENST00000258679 2293 ntTSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
TRIM49D1C9J1S8 PKM-204ENST00000449901 2526 ntTSL 2 BASIC24.66■■□□□ 1.54
TRIM49D1C9J1S8 PIM3-201ENST00000360612 2369 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
TRIM49D1C9J1S8 VEGFA-207ENST00000413642 1197 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
TRIM49D1C9J1S8 R3HCC1-201ENST00000265806 1773 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
TRIM49D1C9J1S8 NSMCE4A-201ENST00000369017 1224 ntTSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.54
TRIM49D1C9J1S8 TSKU-201ENST00000333090 2712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.53
TRIM49D1C9J1S8 GTF2E2-201ENST00000355904 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.53
TRIM49D1C9J1S8 DACT1-206ENST00000556859 2239 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.63■■□□□ 1.53
TRIM49D1C9J1S8 NAGS-201ENST00000293404 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
TRIM49D1C9J1S8 PINK1-201ENST00000321556 2660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
TRIM49D1C9J1S8 ST7L-206ENST00000369666 1815 ntTSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
TRIM49D1C9J1S8 TSPAN10-203ENST00000574882 1837 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
TRIM49D1C9J1S8 EZH2-206ENST00000478654 2522 ntTSL 5 BASIC24.63■■□□□ 1.53
TRIM49D1C9J1S8 NRG2-203ENST00000340391 1944 ntTSL 5 BASIC24.63■■□□□ 1.53
TRIM49D1C9J1S8 U2AF1-203ENST00000398137 1019 ntTSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
TRIM49D1C9J1S8 U2AF1L5-212ENST00000639996 1019 ntTSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
TRIM49D1C9J1S8 ZDHHC16-201ENST00000345745 1519 ntTSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
TRIM49D1C9J1S8 ABHD12-202ENST00000376542 1725 ntTSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
TRIM49D1C9J1S8 KREMEN2-205ENST00000575769 1922 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
TRIM49D1C9J1S8 ATG16L2-201ENST00000321297 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
TRIM49D1C9J1S8 SMIM12-205ENST00000456842 918 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.61■■□□□ 1.53
TRIM49D1C9J1S8 GATA2-AS1-202ENST00000468377 1578 ntTSL 2 BASIC24.61■■□□□ 1.53
TRIM49D1C9J1S8 FBXL6-201ENST00000331890 1785 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
TRIM49D1C9J1S8 ETS1-201ENST00000319397 2231 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
TRIM49D1C9J1S8 SRR-201ENST00000344595 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
TRIM49D1C9J1S8 SIX2-201ENST00000303077 2205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
TRIM49D1C9J1S8 SRSF9-201ENST00000229390 1201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
TRIM49D1C9J1S8 AC004080.1-201ENST00000523608 757 ntTSL 2 BASIC24.6■■□□□ 1.53
TRIM49D1C9J1S8 SSBP4-201ENST00000270061 1768 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
TRIM49D1C9J1S8 WIPI2-204ENST00000404704 1663 ntTSL 5 BASIC24.59■■□□□ 1.53
TRIM49D1C9J1S8 SPOCK3-221ENST00000512648 1456 ntTSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
TRIM49D1C9J1S8 AL162393.1-201ENST00000437852 946 ntBASIC24.59■■□□□ 1.53
TRIM49D1C9J1S8 AP000911.1-206ENST00000531938 711 ntTSL 3 BASIC24.59■■□□□ 1.53
TRIM49D1C9J1S8 PMS1-205ENST00000409985 1882 ntTSL 2 BASIC24.59■■□□□ 1.53
TRIM49D1C9J1S8 PPAN-202ENST00000393793 1575 ntTSL 5 BASIC24.59■■□□□ 1.53
TRIM49D1C9J1S8 ARPC2-201ENST00000295685 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
TRIM49D1C9J1S8 ECHDC3-201ENST00000379215 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
TRIM49D1C9J1S8 NRM-201ENST00000259953 1755 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.58■■□□□ 1.53
TRIM49D1C9J1S8 CACNG6-202ENST00000346968 645 ntTSL 5 BASIC24.58■■□□□ 1.53
TRIM49D1C9J1S8 AP000251.1-201ENST00000433071 822 ntTSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
TRIM49D1C9J1S8 AC044849.2-201ENST00000606596 710 ntBASIC24.58■■□□□ 1.53
TRIM49D1C9J1S8 U2AF1-204ENST00000459639 1675 ntTSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
TRIM49D1C9J1S8 U2AF1L5-204ENST00000623375 1675 ntTSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
TRIM49D1C9J1S8 GSR-205ENST00000541648 1410 ntTSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
TRIM49D1C9J1S8 SPIRE2-205ENST00000563972 1823 ntTSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
TRIM49D1C9J1S8 TSPAN13-201ENST00000262067 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
TRIM49D1C9J1S8 MTNR1A-201ENST00000307161 1289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
TRIM49D1C9J1S8 PLEKHJ1-201ENST00000326631 1206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
TRIM49D1C9J1S8 BIN1-211ENST00000409400 2143 ntTSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
TRIM49D1C9J1S8 TSGA13-204ENST00000456951 2046 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.57■■□□□ 1.52
TRIM49D1C9J1S8 PABPN1-202ENST00000397276 2768 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
TRIM49D1C9J1S8 CASP9-202ENST00000348549 1621 ntTSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
TRIM49D1C9J1S8 ZDHHC16-206ENST00000370854 1798 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
TRIM49D1C9J1S8 SLC35D2-203ENST00000375259 1361 ntTSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
TRIM49D1C9J1S8 PPP1R26-201ENST00000356818 4932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
TRIM49D1C9J1S8 C2CD4D-201ENST00000454109 1757 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.56■■□□□ 1.52
TRIM49D1C9J1S8 SLC25A10-202ENST00000350690 1885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
TRIM49D1C9J1S8 CEBPA-AS1-201ENST00000592982 2198 ntBASIC24.55■■□□□ 1.52
TRIM49D1C9J1S8 CAPN10-208ENST00000404753 2570 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.55■■□□□ 1.52
TRIM49D1C9J1S8 CCNG2-201ENST00000316355 5526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
TRIM49D1C9J1S8 COX4I1-203ENST00000562336 873 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.54■■□□□ 1.52
TRIM49D1C9J1S8 RINL-202ENST00000591812 1910 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.54■■□□□ 1.52
TRIM49D1C9J1S8 HOXA4-204ENST00000610970 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
TRIM49D1C9J1S8 YRDC-201ENST00000373044 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
TRIM49D1C9J1S8 MRPL9-201ENST00000368829 882 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.53■■□□□ 1.52
TRIM49D1C9J1S8 TMEM147-202ENST00000392204 935 ntTSL 2 BASIC24.53■■□□□ 1.52
TRIM49D1C9J1S8 AL589765.4-201ENST00000512280 382 ntTSL 3 BASIC24.53■■□□□ 1.52
TRIM49D1C9J1S8 AC021231.2-201ENST00000594613 730 ntBASIC24.53■■□□□ 1.52
TRIM49D1C9J1S8 FBXL20-203ENST00000577399 1620 ntTSL 5 BASIC24.53■■□□□ 1.52
TRIM49D1C9J1S8 CDC16-204ENST00000360383 2211 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.53■■□□□ 1.52
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 128.4 ms