Protein–RNA interactions for Protein: Q9UBR4

LHX3, LIM/homeobox protein Lhx3, humanhuman

Predictions only

Length 397 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LHX3Q9UBR4 CD40-202ENST00000372285 1729 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
LHX3Q9UBR4 EGFL6-201ENST00000361306 2398 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
LHX3Q9UBR4 SCYL2-201ENST00000360820 5779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
LHX3Q9UBR4 LINC00960-201ENST00000463183 1333 ntTSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
LHX3Q9UBR4 PRRT2-212ENST00000636619 2065 ntTSL 5 BASIC18.22■□□□□ 0.51
LHX3Q9UBR4 BEGAIN-202ENST00000443071 2744 ntTSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
LHX3Q9UBR4 BMP2K-208ENST00000628286 3848 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.22■□□□□ 0.51
LHX3Q9UBR4 OGFOD2-211ENST00000538628 1696 ntTSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
LHX3Q9UBR4 NAT8L-201ENST00000331662 5571 ntTSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
LHX3Q9UBR4 ZNF668-208ENST00000538906 2865 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.22■□□□□ 0.51
LHX3Q9UBR4 ACP6-201ENST00000392988 1555 ntTSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
LHX3Q9UBR4 SQOR-201ENST00000260324 2003 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
LHX3Q9UBR4 RGN-204ENST00000457380 2041 ntTSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
LHX3Q9UBR4 ZZZ3-201ENST00000370798 2468 ntTSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
LHX3Q9UBR4 ANKRD37-201ENST00000335174 1141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
LHX3Q9UBR4 TBC1D7-201ENST00000343141 1027 ntTSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
LHX3Q9UBR4 MPIG6B-202ENST00000375805 668 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
LHX3Q9UBR4 CORT-201ENST00000377049 1130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
LHX3Q9UBR4 AC246785.2-201ENST00000432512 513 ntBASIC18.22■□□□□ 0.51
LHX3Q9UBR4 AP000867.3-201ENST00000524675 377 ntBASIC18.22■□□□□ 0.51
LHX3Q9UBR4 GPHA2-202ENST00000532246 466 ntTSL 3 BASIC18.22■□□□□ 0.51
LHX3Q9UBR4 CCDC61-201ENST00000536603 1282 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
LHX3Q9UBR4 AC092338.2-202ENST00000567158 611 ntTSL 5 BASIC18.22■□□□□ 0.51
LHX3Q9UBR4 AC011840.4-201ENST00000578471 627 ntBASIC18.22■□□□□ 0.51
LHX3Q9UBR4 AC005336.2-201ENST00000593183 939 ntBASIC18.22■□□□□ 0.51
LHX3Q9UBR4 HNF4A-208ENST00000609795 1192 ntTSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
LHX3Q9UBR4 GPX4-210ENST00000611653 793 ntTSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
LHX3Q9UBR4 SCAMP4-213ENST00000621748 1172 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.22■□□□□ 0.51
LHX3Q9UBR4 MRPL4-203ENST00000393733 1620 ntTSL 5 BASIC18.22■□□□□ 0.51
LHX3Q9UBR4 FOXD2-201ENST00000334793 4675 ntAPPRIS P1 BASIC18.22■□□□□ 0.51
LHX3Q9UBR4 MATN4-205ENST00000537548 1991 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.22■□□□□ 0.51
LHX3Q9UBR4 GGT3P-201ENST00000412448 2340 ntTSL 2 BASIC18.22■□□□□ 0.51
LHX3Q9UBR4 MEN1-202ENST00000315422 3148 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.22■□□□□ 0.51
LHX3Q9UBR4 TH-205ENST00000381175 1898 ntTSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
LHX3Q9UBR4 GPT-202ENST00000394955 1885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
LHX3Q9UBR4 SLC35E1-208ENST00000595753 5099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
LHX3Q9UBR4 LEXM-201ENST00000358193 1777 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
LHX3Q9UBR4 GABRB1-201ENST00000295454 2143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
LHX3Q9UBR4 TCAP-201ENST00000309889 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
LHX3Q9UBR4 COL15A1-201ENST00000375001 5496 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
LHX3Q9UBR4 TCP11-201ENST00000244645 2018 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
LHX3Q9UBR4 FOXD4L6-201ENST00000622588 2034 ntAPPRIS P1 BASIC18.22■□□□□ 0.51
LHX3Q9UBR4 PMAIP1-202ENST00000316660 1948 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
LHX3Q9UBR4 NOP9-202ENST00000396802 1942 ntTSL 5 BASIC18.21■□□□□ 0.51
LHX3Q9UBR4 OCIAD1-204ENST00000425583 1915 ntTSL 3 BASIC18.21■□□□□ 0.51
LHX3Q9UBR4 WDR88-202ENST00000361680 1835 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
LHX3Q9UBR4 LRRC29-201ENST00000393992 1468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
LHX3Q9UBR4 CYP4F2-201ENST00000011989 2067 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
LHX3Q9UBR4 SOST-201ENST00000301691 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
LHX3Q9UBR4 AC005865.2-201ENST00000505276 2303 ntTSL 2 BASIC18.21■□□□□ 0.51
LHX3Q9UBR4 IDS-202ENST00000370441 1399 ntTSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
LHX3Q9UBR4 CSF3-206ENST00000577675 1360 ntTSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
LHX3Q9UBR4 KRT8P47-201ENST00000604727 1398 ntBASIC18.21■□□□□ 0.51
LHX3Q9UBR4 ZBTB10-205ENST00000610895 2833 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.21■□□□□ 0.51
LHX3Q9UBR4 MYO19-225ENST00000621344 1640 ntTSL 2 BASIC18.21■□□□□ 0.51
LHX3Q9UBR4 KLK12-201ENST00000250351 882 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC18.21■□□□□ 0.51
LHX3Q9UBR4 KLK12-202ENST00000319590 1074 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.21■□□□□ 0.51
LHX3Q9UBR4 INPP5F-203ENST00000369081 874 ntTSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
LHX3Q9UBR4 UNC5D-204ENST00000420357 2966 ntTSL 5 BASIC18.21■□□□□ 0.51
LHX3Q9UBR4 RABL2B-209ENST00000435118 1126 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
LHX3Q9UBR4 IMMP2L-207ENST00000452895 833 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.21■□□□□ 0.51
LHX3Q9UBR4 KRT18P56-201ENST00000507275 550 ntBASIC18.21■□□□□ 0.51
LHX3Q9UBR4 KLK12-205ENST00000529888 735 ntTSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
LHX3Q9UBR4 ZNF688-207ENST00000567855 540 ntTSL 2 BASIC18.21■□□□□ 0.51
LHX3Q9UBR4 CHMP2A-208ENST00000601220 885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
LHX3Q9UBR4 DHRS4L2-211ENST00000621761 1049 ntTSL 5 BASIC18.21■□□□□ 0.51
LHX3Q9UBR4 RHOB-201ENST00000272233 2372 ntAPPRIS P1 BASIC18.21■□□□□ 0.51
LHX3Q9UBR4 DBNDD2-204ENST00000372712 1537 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.21■□□□□ 0.51
LHX3Q9UBR4 EFS-201ENST00000216733 3118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
LHX3Q9UBR4 VRK3-225ENST00000601912 1668 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.21■□□□□ 0.51
LHX3Q9UBR4 CLK2-202ENST00000361168 1934 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
LHX3Q9UBR4 TDRKH-203ENST00000368824 2824 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
LHX3Q9UBR4 PSTPIP1-201ENST00000379595 1840 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.21■□□□□ 0.51
LHX3Q9UBR4 KLK5-201ENST00000336334 1563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
LHX3Q9UBR4 C18orf21-205ENST00000592875 1581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
LHX3Q9UBR4 GJA8-201ENST00000369235 1302 ntAPPRIS P1 BASIC18.21■□□□□ 0.51
LHX3Q9UBR4 PDLIM2-206ENST00000409141 1463 ntTSL 2 BASIC18.2■□□□□ 0.5
LHX3Q9UBR4 SHKBP1-201ENST00000291842 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
LHX3Q9UBR4 TCP11-228ENST00000611141 2130 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
LHX3Q9UBR4 HCN2-201ENST00000251287 3408 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
LHX3Q9UBR4 CACNB3-202ENST00000536187 1872 ntTSL 2 BASIC18.2■□□□□ 0.5
LHX3Q9UBR4 PAX4-204ENST00000463946 1613 ntTSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
LHX3Q9UBR4 AP000997.3-201ENST00000623333 2250 ntBASIC18.2■□□□□ 0.5
LHX3Q9UBR4 SYNE4-201ENST00000324444 1354 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.2■□□□□ 0.5
LHX3Q9UBR4 CDC14B-203ENST00000375242 2965 ntTSL 2 BASIC18.2■□□□□ 0.5
LHX3Q9UBR4 NPR3-204ENST00000434067 2715 ntTSL 5 BASIC18.2■□□□□ 0.5
LHX3Q9UBR4 HYAL1-204ENST00000395144 2081 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
LHX3Q9UBR4 KCNMB3-202ENST00000349697 1228 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.2■□□□□ 0.5
LHX3Q9UBR4 NFIB-201ENST00000380921 1274 ntTSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
LHX3Q9UBR4 ITM2C-204ENST00000409704 1106 ntTSL 5 BASIC18.2■□□□□ 0.5
LHX3Q9UBR4 KRT17P6-201ENST00000453795 1220 ntBASIC18.2■□□□□ 0.5
LHX3Q9UBR4 ZNF655-218ENST00000454654 571 ntTSL 4 BASIC18.2■□□□□ 0.5
LHX3Q9UBR4 ENDOV-205ENST00000518644 625 ntTSL 4 BASIC18.2■□□□□ 0.5
LHX3Q9UBR4 AL442663.3-201ENST00000554737 1000 ntTSL 3 BASIC18.2■□□□□ 0.5
LHX3Q9UBR4 C19orf25-204ENST00000586564 1265 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.2■□□□□ 0.5
LHX3Q9UBR4 AC011498.3-201ENST00000590159 569 ntTSL 4 BASIC18.2■□□□□ 0.5
LHX3Q9UBR4 AC243773.1-201ENST00000614759 544 ntTSL 5 BASIC18.2■□□□□ 0.5
LHX3Q9UBR4 AC008567.3-202ENST00000619671 859 ntTSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
LHX3Q9UBR4 FBXL15-201ENST00000224862 2362 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
LHX3Q9UBR4 KANSL1-218ENST00000638275 5352 ntTSL 5 BASIC18.2■□□□□ 0.5
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29.1 ms