Protein–RNA interactions for Protein: Q9P1Q0

VPS54, Vacuolar protein sorting-associated protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 977 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS54Q9P1Q0 RHOV-201ENST00000220507 1705 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.87■□□□□ 0.93
VPS54Q9P1Q0 ACVRL1-202ENST00000419526 1356 ntTSL 2 BASIC20.87■□□□□ 0.93
VPS54Q9P1Q0 RILPL2-201ENST00000280571 6141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.87■□□□□ 0.93
VPS54Q9P1Q0 TADA3-201ENST00000301964 2355 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.87■□□□□ 0.93
VPS54Q9P1Q0 CADPS2-208ENST00000615869 6066 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.87■□□□□ 0.93
VPS54Q9P1Q0 AC022916.1-201ENST00000590478 2658 ntTSL 2 BASIC20.87■□□□□ 0.93
VPS54Q9P1Q0 ZNF419-205ENST00000424930 2323 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.87■□□□□ 0.93
VPS54Q9P1Q0 AC005332.1-201ENST00000577698 1310 ntBASIC20.87■□□□□ 0.93
VPS54Q9P1Q0 CHTF8-203ENST00000448552 2903 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.87■□□□□ 0.93
VPS54Q9P1Q0 PNOC-201ENST00000301908 1200 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.87■□□□□ 0.93
VPS54Q9P1Q0 C20orf196-201ENST00000303142 1154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.87■□□□□ 0.93
VPS54Q9P1Q0 APCDD1-201ENST00000355285 3809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.87■□□□□ 0.93
VPS54Q9P1Q0 ISCU-202ENST00000392807 1069 ntTSL 1 (best) BASIC20.87■□□□□ 0.93
VPS54Q9P1Q0 TNFRSF10C-202ENST00000397703 1242 ntTSL 2 BASIC20.87■□□□□ 0.93
VPS54Q9P1Q0 DARS-AS1-202ENST00000419808 772 ntTSL 5 BASIC20.87■□□□□ 0.93
VPS54Q9P1Q0 ISCU-203ENST00000431221 799 ntTSL 2 BASIC20.87■□□□□ 0.93
VPS54Q9P1Q0 FNDC5-205ENST00000496770 837 ntTSL 1 (best) BASIC20.87■□□□□ 0.93
VPS54Q9P1Q0 FAM86EP-206ENST00000510506 987 ntBASIC20.87■□□□□ 0.93
VPS54Q9P1Q0 NAA38-203ENST00000575071 553 ntTSL 2 BASIC20.87■□□□□ 0.93
VPS54Q9P1Q0 LIMD2-211ENST00000583211 1298 ntTSL 3 BASIC20.87■□□□□ 0.93
VPS54Q9P1Q0 AC005332.3-201ENST00000589904 676 ntBASIC20.87■□□□□ 0.93
VPS54Q9P1Q0 AL121956.5-201ENST00000625261 221 ntBASIC20.87■□□□□ 0.93
VPS54Q9P1Q0 SLC25A43-201ENST00000217909 2783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.87■□□□□ 0.93
VPS54Q9P1Q0 SIGLEC6-203ENST00000359982 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.87■□□□□ 0.93
VPS54Q9P1Q0 ACOT7-202ENST00000377842 1813 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.87■□□□□ 0.93
VPS54Q9P1Q0 LHFPL6-201ENST00000379589 2110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.87■□□□□ 0.93
VPS54Q9P1Q0 ARSA-201ENST00000216124 2050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.87■□□□□ 0.93
VPS54Q9P1Q0 PLCG1-AS1-201ENST00000454626 1462 ntTSL 1 (best) BASIC20.87■□□□□ 0.93
VPS54Q9P1Q0 FBXL20-205ENST00000583610 1739 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.87■□□□□ 0.93
VPS54Q9P1Q0 KIRREL2-205ENST00000592409 2563 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.87■□□□□ 0.93
VPS54Q9P1Q0 PTX4-201ENST00000293922 1422 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.87■□□□□ 0.93
VPS54Q9P1Q0 TRPV4-208ENST00000544971 2295 ntTSL 1 (best) BASIC20.87■□□□□ 0.93
VPS54Q9P1Q0 AEBP2-201ENST00000266508 3620 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.86■□□□□ 0.93
VPS54Q9P1Q0 ZZZ3-201ENST00000370798 2468 ntTSL 1 (best) BASIC20.86■□□□□ 0.93
VPS54Q9P1Q0 SLC2A8-202ENST00000373360 1937 ntTSL 1 (best) BASIC20.86■□□□□ 0.93
VPS54Q9P1Q0 ARHGEF2-204ENST00000368315 1645 ntTSL 5 BASIC20.86■□□□□ 0.93
VPS54Q9P1Q0 Z83836.1-201ENST00000624605 1642 ntBASIC20.86■□□□□ 0.93
VPS54Q9P1Q0 CRYL1-202ENST00000382812 1581 ntTSL 1 (best) BASIC20.86■□□□□ 0.93
VPS54Q9P1Q0 PRKCI-201ENST00000295797 4950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.86■□□□□ 0.93
VPS54Q9P1Q0 CMPK2-201ENST00000256722 2884 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.86■□□□□ 0.93
VPS54Q9P1Q0 ENTPD2-202ENST00000355097 2095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.86■□□□□ 0.93
VPS54Q9P1Q0 EEF1D-202ENST00000395119 1249 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.86■□□□□ 0.93
VPS54Q9P1Q0 ACY1-210ENST00000494103 1298 ntTSL 3 BASIC20.86■□□□□ 0.93
VPS54Q9P1Q0 PPOX-214ENST00000535223 664 ntTSL 3 BASIC20.86■□□□□ 0.93
VPS54Q9P1Q0 CLN3-259ENST00000637551 1083 ntTSL 5 BASIC20.86■□□□□ 0.93
VPS54Q9P1Q0 SQOR-201ENST00000260324 2003 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.86■□□□□ 0.93
VPS54Q9P1Q0 NFKB2-201ENST00000189444 3011 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.86■□□□□ 0.93
VPS54Q9P1Q0 PCDHA1-202ENST00000394633 2204 ntTSL 1 (best) BASIC20.86■□□□□ 0.93
VPS54Q9P1Q0 ELP5-214ENST00000574993 2209 ntTSL 1 (best) BASIC20.86■□□□□ 0.93
VPS54Q9P1Q0 ZIC3-202ENST00000370606 1968 ntTSL 5 BASIC20.86■□□□□ 0.93
VPS54Q9P1Q0 WWOX-203ENST00000406884 1701 ntTSL 1 (best) BASIC20.86■□□□□ 0.93
VPS54Q9P1Q0 MECP2-205ENST00000453960 1729 ntTSL 1 (best) BASIC20.86■□□□□ 0.93
VPS54Q9P1Q0 STARD4-203ENST00000502322 1467 ntTSL 1 (best) BASIC20.86■□□□□ 0.93
VPS54Q9P1Q0 ZNRF3-203ENST00000544604 6851 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.86■□□□□ 0.93
VPS54Q9P1Q0 GTF2IP1-210ENST00000622829 3605 ntTSL 1 (best) BASIC20.86■□□□□ 0.93
VPS54Q9P1Q0 NSMAF-202ENST00000427130 3371 ntTSL 2 BASIC20.86■□□□□ 0.93
VPS54Q9P1Q0 KCNQ5-203ENST00000355635 6623 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.86■□□□□ 0.93
VPS54Q9P1Q0 PLD3-207ENST00000409735 2140 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.86■□□□□ 0.93
VPS54Q9P1Q0 RPRD1A-201ENST00000357384 1850 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.86■□□□□ 0.93
VPS54Q9P1Q0 TRABD-201ENST00000303434 2329 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.86■□□□□ 0.93
VPS54Q9P1Q0 VIPR1-201ENST00000325123 2773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.85■□□□□ 0.93
VPS54Q9P1Q0 ZSWIM4-201ENST00000254323 4339 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.85■□□□□ 0.93
VPS54Q9P1Q0 AKIRIN1-201ENST00000372984 1330 ntTSL 2 BASIC20.85■□□□□ 0.93
VPS54Q9P1Q0 ECHDC1-214ENST00000474289 2443 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC20.85■□□□□ 0.93
VPS54Q9P1Q0 AC007040.2-201ENST00000606025 4170 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.85■□□□□ 0.93
VPS54Q9P1Q0 SCARF1-202ENST00000348987 2619 ntTSL 1 (best) BASIC20.85■□□□□ 0.93
VPS54Q9P1Q0 CA7-202ENST00000394069 1713 ntTSL 1 (best) BASIC20.85■□□□□ 0.93
VPS54Q9P1Q0 GOLGA6L10-207ENST00000610657 1705 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC20.85■□□□□ 0.93
VPS54Q9P1Q0 BAG3-201ENST00000369085 2571 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.85■□□□□ 0.93
VPS54Q9P1Q0 URI1-202ENST00000392271 3444 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.85■□□□□ 0.93
VPS54Q9P1Q0 EXOSC5-201ENST00000221233 1118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.85■□□□□ 0.93
VPS54Q9P1Q0 GPX4-201ENST00000354171 919 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.85■□□□□ 0.93
VPS54Q9P1Q0 AANAT-202ENST00000392492 1005 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.85■□□□□ 0.93
VPS54Q9P1Q0 FXN-203ENST00000396366 922 ntTSL 2 BASIC20.85■□□□□ 0.93
VPS54Q9P1Q0 AL603832.1-201ENST00000421943 449 ntTSL 5 BASIC20.85■□□□□ 0.93
VPS54Q9P1Q0 BX890604.1-205ENST00000425492 856 ntTSL 1 (best) BASIC20.85■□□□□ 0.93
VPS54Q9P1Q0 HOXD8-203ENST00000450510 1268 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.85■□□□□ 0.93
VPS54Q9P1Q0 PDZD7-203ENST00000470414 1057 ntTSL 2 BASIC20.85■□□□□ 0.93
VPS54Q9P1Q0 PTK2-216ENST00000519881 863 ntTSL 3 BASIC20.85■□□□□ 0.93
VPS54Q9P1Q0 ASF1B-205ENST00000592798 769 ntTSL 2 BASIC20.85■□□□□ 0.93
VPS54Q9P1Q0 GPR32P1-201ENST00000601788 811 ntBASIC20.85■□□□□ 0.93
VPS54Q9P1Q0 AL390719.2-201ENST00000606993 987 ntBASIC20.85■□□□□ 0.93
VPS54Q9P1Q0 MALAT1-215ENST00000619449 794 ntTSL 3 BASIC20.85■□□□□ 0.93
VPS54Q9P1Q0 NECAB1-201ENST00000417640 5289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.85■□□□□ 0.93
VPS54Q9P1Q0 HOTTIP-202ENST00000472494 2285 ntTSL 2 BASIC20.85■□□□□ 0.93
VPS54Q9P1Q0 PSTPIP1-201ENST00000379595 1840 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.85■□□□□ 0.93
VPS54Q9P1Q0 CYP7B1-201ENST00000310193 2202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.85■□□□□ 0.93
VPS54Q9P1Q0 AL133373.2-201ENST00000623187 2828 ntBASIC20.85■□□□□ 0.93
VPS54Q9P1Q0 NOMO3-202ENST00000399336 4356 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.85■□□□□ 0.93
VPS54Q9P1Q0 CLEC4G-201ENST00000328853 1360 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.85■□□□□ 0.93
VPS54Q9P1Q0 METTL5-207ENST00000410097 1370 ntTSL 2 BASIC20.85■□□□□ 0.93
VPS54Q9P1Q0 NAA60-201ENST00000360862 2522 ntTSL 2 BASIC20.84■□□□□ 0.93
VPS54Q9P1Q0 PFDN6-206ENST00000463584 1915 ntTSL 3 BASIC20.84■□□□□ 0.93
VPS54Q9P1Q0 RELA-226ENST00000612991 2266 ntTSL 1 (best) BASIC20.84■□□□□ 0.93
VPS54Q9P1Q0 UBC-206ENST00000538617 1303 ntTSL 5 BASIC20.84■□□□□ 0.93
VPS54Q9P1Q0 AC090206.1-201ENST00000615734 1678 ntTSL 5 BASIC20.84■□□□□ 0.93
VPS54Q9P1Q0 AFG3L1P-203ENST00000418696 2965 ntTSL 2 BASIC20.84■□□□□ 0.93
VPS54Q9P1Q0 CBX1-201ENST00000225603 2232 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.84■□□□□ 0.93
VPS54Q9P1Q0 KHDC1-201ENST00000257765 1134 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.84■□□□□ 0.93
VPS54Q9P1Q0 ARMC10P1-201ENST00000313754 855 ntBASIC20.84■□□□□ 0.93
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 67.4 ms