Protein–RNA interactions for Protein: Q9H0D2

ZNF541, Zinc finger protein 541, humanhuman

Predictions only

Length 1,346 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
ZNF541Q9H0D2 AC010619.2-201ENST00000595815 1421 ntTSL 2 BASIC21.6■■□□□ 1.05
ZNF541Q9H0D2 AC138969.1-205ENST00000381497 1552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
ZNF541Q9H0D2 PTN-201ENST00000348225 1614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
ZNF541Q9H0D2 OSM-201ENST00000215781 1854 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
ZNF541Q9H0D2 RASSF1-202ENST00000357043 1864 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
ZNF541Q9H0D2 NR6A1-202ENST00000373584 1890 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
ZNF541Q9H0D2 UNG-202ENST00000336865 2130 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
ZNF541Q9H0D2 C15orf56-202ENST00000623360 2129 ntTSL 2 BASIC21.6■■□□□ 1.05
ZNF541Q9H0D2 AL158211.5-201ENST00000623583 2518 ntBASIC21.6■■□□□ 1.05
ZNF541Q9H0D2 PEX6-201ENST00000244546 2696 ntTSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
ZNF541Q9H0D2 SAV1-201ENST00000324679 3063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
ZNF541Q9H0D2 PRMT5-201ENST00000216350 2271 ntTSL 2 BASIC21.59■■□□□ 1.05
ZNF541Q9H0D2 HOXC4-201ENST00000303406 1524 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
ZNF541Q9H0D2 PUF60-201ENST00000313352 1804 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
ZNF541Q9H0D2 MRFAP1-201ENST00000320912 2049 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.59■■□□□ 1.05
ZNF541Q9H0D2 TRIM61-201ENST00000329314 1582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
ZNF541Q9H0D2 MYL6-202ENST00000348108 722 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC21.59■■□□□ 1.05
ZNF541Q9H0D2 LPAR3-201ENST00000370611 1720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
ZNF541Q9H0D2 CRLF2-202ENST00000381567 1013 ntTSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
ZNF541Q9H0D2 CCDC62-204ENST00000392441 2936 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.59■■□□□ 1.05
ZNF541Q9H0D2 NEIL2-202ENST00000403422 2016 ntTSL 2 BASIC21.59■■□□□ 1.05
ZNF541Q9H0D2 RBM34-201ENST00000408888 2054 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
ZNF541Q9H0D2 AC131097.3-201ENST00000413820 1228 ntTSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
ZNF541Q9H0D2 MON1A-202ENST00000417270 2527 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.59■■□□□ 1.05
ZNF541Q9H0D2 TSEN15P1-201ENST00000423257 515 ntBASIC21.59■■□□□ 1.05
ZNF541Q9H0D2 LINC02558-202ENST00000436395 298 ntTSL 5 BASIC21.59■■□□□ 1.05
ZNF541Q9H0D2 NDUFAF2-203ENST00000511107 586 ntTSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
ZNF541Q9H0D2 MOK-203ENST00000517966 1230 ntTSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
ZNF541Q9H0D2 TMEM263-206ENST00000550344 925 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.59■■□□□ 1.05
ZNF541Q9H0D2 AC010522.1-205ENST00000598031 606 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.59■■□□□ 1.05
ZNF541Q9H0D2 CBY1-211ENST00000619293 1118 ntTSL 5 BASIC21.59■■□□□ 1.05
ZNF541Q9H0D2 AC004706.3-202ENST00000621574 984 ntBASIC21.59■■□□□ 1.05
ZNF541Q9H0D2 YTHDF3-213ENST00000621820 2363 ntTSL 2 BASIC21.59■■□□□ 1.05
ZNF541Q9H0D2 ABCC6-209ENST00000640696 1893 ntTSL 5 BASIC21.59■■□□□ 1.05
ZNF541Q9H0D2 ARHGAP11A-205ENST00000563864 2279 ntTSL 5 BASIC21.59■■□□□ 1.05
ZNF541Q9H0D2 ANKRD13D-201ENST00000308440 2219 ntTSL 2 BASIC21.59■■□□□ 1.05
ZNF541Q9H0D2 HOXC10-201ENST00000303460 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
ZNF541Q9H0D2 CSK-202ENST00000439220 1900 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.59■■□□□ 1.05
ZNF541Q9H0D2 CHAC1-202ENST00000446533 1849 ntTSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
ZNF541Q9H0D2 ANXA3-201ENST00000264908 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
ZNF541Q9H0D2 DBNDD2-204ENST00000372712 1537 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.59■■□□□ 1.05
ZNF541Q9H0D2 TMEM106C-202ENST00000429772 1515 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.59■■□□□ 1.05
ZNF541Q9H0D2 LUC7L-221ENST00000629543 1520 ntTSL 5 BASIC21.59■■□□□ 1.05
ZNF541Q9H0D2 PCDHAC2-203ENST00000615316 3011 ntBASIC21.59■■□□□ 1.05
ZNF541Q9H0D2 GPSM3-206ENST00000375040 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
ZNF541Q9H0D2 TLX2-204ENST00000621092 1452 ntTSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
ZNF541Q9H0D2 H3F3C-201ENST00000340398 1057 ntAPPRIS P1 BASIC21.58■■□□□ 1.05
ZNF541Q9H0D2 CAMKMT-204ENST00000407131 652 ntTSL 3 BASIC21.58■■□□□ 1.05
ZNF541Q9H0D2 PDE6D-202ENST00000409772 672 ntTSL 3 BASIC21.58■■□□□ 1.05
ZNF541Q9H0D2 NPAS4-204ENST00000639555 878 ntTSL 5 BASIC21.58■■□□□ 1.05
ZNF541Q9H0D2 TYMS-203ENST00000323274 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.04
ZNF541Q9H0D2 UBR2-203ENST00000372903 2423 ntTSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.04
ZNF541Q9H0D2 AC010460.3-201ENST00000511359 1579 ntBASIC21.58■■□□□ 1.04
ZNF541Q9H0D2 RELB-202ENST00000505236 2219 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.58■■□□□ 1.04
ZNF541Q9H0D2 LDLRAD4-211ENST00000587757 2171 ntTSL 2 BASIC21.58■■□□□ 1.04
ZNF541Q9H0D2 FAM3D-201ENST00000358781 1319 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
ZNF541Q9H0D2 HSPB9-201ENST00000565659 1922 ntAPPRIS P1 BASIC21.57■■□□□ 1.04
ZNF541Q9H0D2 TRAPPC1-201ENST00000303731 811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
ZNF541Q9H0D2 IGLL3P-201ENST00000412472 434 ntBASIC21.57■■□□□ 1.04
ZNF541Q9H0D2 NRSN2-AS1-202ENST00000442637 762 ntTSL 3 BASIC21.57■■□□□ 1.04
ZNF541Q9H0D2 SLC26A4-AS1-202ENST00000449741 586 ntTSL 4 BASIC21.57■■□□□ 1.04
ZNF541Q9H0D2 KNCN-203ENST00000481882 1037 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.57■■□□□ 1.04
ZNF541Q9H0D2 AL359317.2-203ENST00000557409 538 ntTSL 4 BASIC21.57■■□□□ 1.04
ZNF541Q9H0D2 AC106782.2-201ENST00000563252 992 ntTSL 3 BASIC21.57■■□□□ 1.04
ZNF541Q9H0D2 SPATA33-208ENST00000568929 1264 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.57■■□□□ 1.04
ZNF541Q9H0D2 ARMC7-204ENST00000582136 1204 ntTSL 2 BASIC21.57■■□□□ 1.04
ZNF541Q9H0D2 PRELID3A-208ENST00000590956 777 ntTSL 2 BASIC21.57■■□□□ 1.04
ZNF541Q9H0D2 AL096865.1-201ENST00000606796 927 ntBASIC21.57■■□□□ 1.04
ZNF541Q9H0D2 AL589182.2-201ENST00000619332 1049 ntBASIC21.57■■□□□ 1.04
ZNF541Q9H0D2 PHOX2B-201ENST00000226382 3030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
ZNF541Q9H0D2 ANKS6-201ENST00000353234 7164 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
ZNF541Q9H0D2 FMR1-204ENST00000370471 4125 ntTSL 5 BASIC21.57■■□□□ 1.04
ZNF541Q9H0D2 PTGIR-201ENST00000291294 2107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
ZNF541Q9H0D2 CTBP2-202ENST00000334808 2130 ntTSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
ZNF541Q9H0D2 PI4KB-213ENST00000529142 2603 ntTSL 2 BASIC21.57■■□□□ 1.04
ZNF541Q9H0D2 FAM66B-202ENST00000606573 2630 ntTSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
ZNF541Q9H0D2 RNF135-205ENST00000535306 2098 ntTSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
ZNF541Q9H0D2 ZXDC-201ENST00000336332 2579 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
ZNF541Q9H0D2 TEX22-201ENST00000451127 2571 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.57■■□□□ 1.04
ZNF541Q9H0D2 FAM102B-201ENST00000370035 5600 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
ZNF541Q9H0D2 KIF25-202ENST00000354419 1510 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
ZNF541Q9H0D2 STMN3-201ENST00000370053 2255 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
ZNF541Q9H0D2 RTKN-201ENST00000233330 2220 ntTSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
ZNF541Q9H0D2 RHD-207ENST00000454452 1303 ntTSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
ZNF541Q9H0D2 AL499627.1-201ENST00000569373 2188 ntBASIC21.57■■□□□ 1.04
ZNF541Q9H0D2 TMEM177-204ENST00000424086 1738 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.56■■□□□ 1.04
ZNF541Q9H0D2 AKAP8L-201ENST00000397410 2146 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
ZNF541Q9H0D2 SLC25A36-204ENST00000453248 1040 ntTSL 2 BASIC21.56■■□□□ 1.04
ZNF541Q9H0D2 PIGQ-209ENST00000470411 2112 ntTSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
ZNF541Q9H0D2 SMIM29-206ENST00000476320 1297 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.56■■□□□ 1.04
ZNF541Q9H0D2 LMX1B-203ENST00000526117 1195 ntTSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
ZNF541Q9H0D2 ZFPM1-203ENST00000562437 502 ntTSL 2 BASIC21.56■■□□□ 1.04
ZNF541Q9H0D2 ZFPM1-204ENST00000563351 808 ntTSL 2 BASIC21.56■■□□□ 1.04
ZNF541Q9H0D2 AC009630.3-201ENST00000581909 729 ntTSL 5 BASIC21.56■■□□□ 1.04
ZNF541Q9H0D2 SELENOH-206ENST00000622257 1291 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.56■■□□□ 1.04
ZNF541Q9H0D2 DALRD3-201ENST00000313778 1968 ntTSL 2 BASIC21.56■■□□□ 1.04
ZNF541Q9H0D2 COLEC11-206ENST00000403096 1557 ntTSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
ZNF541Q9H0D2 RBFOX1-222ENST00000585867 1580 ntTSL 2 BASIC21.56■■□□□ 1.04
ZNF541Q9H0D2 KMT5B-203ENST00000401547 2666 ntTSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
ZNF541Q9H0D2 MID1IP1-202ENST00000378474 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 34.7 ms