Protein–RNA interactions for Protein: Q9BY43

CHMP4A, Charged multivesicular body protein 4a, humanhuman

Predictions only

Length 222 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP4AQ9BY43 ATP6V0C-202ENST00000564973 1081 ntTSL 2 BASIC23.05■■□□□ 1.28
CHMP4AQ9BY43 DCTPP1-204ENST00000568434 853 ntTSL 2 BASIC23.05■■□□□ 1.28
CHMP4AQ9BY43 AC111152.3-201ENST00000569699 673 ntBASIC23.05■■□□□ 1.28
CHMP4AQ9BY43 ADCK5-201ENST00000308860 1949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
CHMP4AQ9BY43 OGFOD2-211ENST00000538628 1696 ntTSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
CHMP4AQ9BY43 MAPKAPK2-202ENST00000367103 2961 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
CHMP4AQ9BY43 TMEM198-202ENST00000373883 2218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
CHMP4AQ9BY43 TOR2A-205ENST00000463577 2211 ntTSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
CHMP4AQ9BY43 ZCWPW1-201ENST00000360951 2110 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.05■■□□□ 1.28
CHMP4AQ9BY43 AC069544.2-201ENST00000640019 2528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
CHMP4AQ9BY43 GRK6-201ENST00000355472 2939 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
CHMP4AQ9BY43 DNAAF4-202ENST00000348518 1897 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.05■■□□□ 1.28
CHMP4AQ9BY43 CIDEB-202ENST00000336557 2409 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.04■■□□□ 1.28
CHMP4AQ9BY43 USP49-202ENST00000373010 2446 ntTSL 5 BASIC23.04■■□□□ 1.28
CHMP4AQ9BY43 ZNF280B-203ENST00000626650 5721 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.04■■□□□ 1.28
CHMP4AQ9BY43 ZBTB8A-201ENST00000316459 1943 ntTSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
CHMP4AQ9BY43 ZNF211-204ENST00000347302 2472 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
CHMP4AQ9BY43 STARD7-AS1-202ENST00000446816 1527 ntTSL 2 BASIC23.04■■□□□ 1.28
CHMP4AQ9BY43 AHCYL2-201ENST00000325006 5056 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
CHMP4AQ9BY43 LLGL2-203ENST00000392550 3509 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
CHMP4AQ9BY43 ZIC3-202ENST00000370606 1968 ntTSL 5 BASIC23.04■■□□□ 1.28
CHMP4AQ9BY43 HDDC3-201ENST00000330334 1047 ntTSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
CHMP4AQ9BY43 AC131097.3-201ENST00000413820 1228 ntTSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
CHMP4AQ9BY43 SMIM4-202ENST00000476842 522 ntTSL 4 BASIC23.04■■□□□ 1.28
CHMP4AQ9BY43 BARHL1-202ENST00000542090 1197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
CHMP4AQ9BY43 FICD-205ENST00000552758 603 ntTSL 2 BASIC23.04■■□□□ 1.28
CHMP4AQ9BY43 ANKRD34C-AS1-203ENST00000559225 528 ntTSL 4 BASIC23.04■■□□□ 1.28
CHMP4AQ9BY43 TBCB-205ENST00000585746 875 ntTSL 3 BASIC23.04■■□□□ 1.28
CHMP4AQ9BY43 AC099336.1-202ENST00000602961 463 ntBASIC23.04■■□□□ 1.28
CHMP4AQ9BY43 AL138831.2-201ENST00000606564 490 ntBASIC23.04■■□□□ 1.28
CHMP4AQ9BY43 GPR135-201ENST00000395116 4578 ntAPPRIS P1 BASIC23.04■■□□□ 1.28
CHMP4AQ9BY43 AC093627.4-201ENST00000484550 5008 ntTSL 2 BASIC23.04■■□□□ 1.28
CHMP4AQ9BY43 VIM-201ENST00000224237 1868 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
CHMP4AQ9BY43 LSM12-201ENST00000293406 2308 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
CHMP4AQ9BY43 LINC00315-201ENST00000441947 2323 ntTSL 5 BASIC23.04■■□□□ 1.28
CHMP4AQ9BY43 TRIM58-201ENST00000366481 3225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
CHMP4AQ9BY43 LIN28B-AS1-203ENST00000636682 1797 ntTSL 3 BASIC23.04■■□□□ 1.28
CHMP4AQ9BY43 GBGT1-208ENST00000540636 1934 ntTSL 2 BASIC23.04■■□□□ 1.28
CHMP4AQ9BY43 MAFF-207ENST00000538999 2365 ntTSL 2 BASIC23.04■■□□□ 1.28
CHMP4AQ9BY43 PTRH1-204ENST00000419060 2692 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.04■■□□□ 1.28
CHMP4AQ9BY43 VRK3-225ENST00000601912 1668 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.03■■□□□ 1.28
CHMP4AQ9BY43 STRADB-202ENST00000392249 2190 ntTSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
CHMP4AQ9BY43 ISLR2-201ENST00000361742 4817 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
CHMP4AQ9BY43 CARMIL2-201ENST00000334583 4687 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
CHMP4AQ9BY43 CDC14B-203ENST00000375242 2965 ntTSL 2 BASIC23.03■■□□□ 1.28
CHMP4AQ9BY43 SIGIRR-203ENST00000431843 1720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
CHMP4AQ9BY43 AC125634.1-201ENST00000438758 1403 ntBASIC23.03■■□□□ 1.28
CHMP4AQ9BY43 FNBP1-203ENST00000443566 5227 ntTSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
CHMP4AQ9BY43 MYC-207ENST00000621592 2366 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
CHMP4AQ9BY43 CDKN1C-201ENST00000380725 1220 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.03■■□□□ 1.28
CHMP4AQ9BY43 PP7080-204ENST00000510714 601 ntTSL 3 BASIC23.03■■□□□ 1.28
CHMP4AQ9BY43 AC105202.1-201ENST00000517833 995 ntTSL 3 BASIC23.03■■□□□ 1.28
CHMP4AQ9BY43 AP005901.3-202ENST00000581653 237 ntBASIC23.03■■□□□ 1.28
CHMP4AQ9BY43 CCDC61-202ENST00000594087 1017 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.03■■□□□ 1.28
CHMP4AQ9BY43 SMIM20-205ENST00000614775 1190 ntTSL 5 BASIC23.03■■□□□ 1.28
CHMP4AQ9BY43 AL732314.6-201ENST00000627721 484 ntTSL 4 BASIC23.03■■□□□ 1.28
CHMP4AQ9BY43 ADAMTS9-202ENST00000459780 2871 ntTSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
CHMP4AQ9BY43 P2RY6-212ENST00000618468 2431 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.03■■□□□ 1.28
CHMP4AQ9BY43 CREG2-201ENST00000324768 6383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
CHMP4AQ9BY43 YAP1-208ENST00000531439 1490 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
CHMP4AQ9BY43 MPZ-206ENST00000533357 1955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
CHMP4AQ9BY43 L1CAM-205ENST00000370060 5113 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC23.03■■□□□ 1.28
CHMP4AQ9BY43 CLDN14-203ENST00000399136 1330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
CHMP4AQ9BY43 SEPT8-201ENST00000296873 4394 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
CHMP4AQ9BY43 CASR-204ENST00000638421 5088 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.03■■□□□ 1.28
CHMP4AQ9BY43 SLC22A1-201ENST00000324965 1521 ntTSL 5 BASIC23.03■■□□□ 1.28
CHMP4AQ9BY43 AC002310.5-201ENST00000569360 1515 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.03■■□□□ 1.28
CHMP4AQ9BY43 POR-209ENST00000439269 1858 ntTSL 2 BASIC23.02■■□□□ 1.28
CHMP4AQ9BY43 TEX13A-201ENST00000600991 1377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
CHMP4AQ9BY43 FAM228B-210ENST00000615575 1357 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.02■■□□□ 1.28
CHMP4AQ9BY43 MAN1B1-207ENST00000535144 2296 ntTSL 2 BASIC23.02■■□□□ 1.28
CHMP4AQ9BY43 CDK10-202ENST00000353379 1798 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
CHMP4AQ9BY43 TRIM63-201ENST00000374272 1770 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
CHMP4AQ9BY43 RBFA-202ENST00000306735 1407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
CHMP4AQ9BY43 FAM50B-201ENST00000380272 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
CHMP4AQ9BY43 TPM4P1-201ENST00000436100 807 ntBASIC23.02■■□□□ 1.28
CHMP4AQ9BY43 AC079848.1-202ENST00000507924 444 ntTSL 3 BASIC23.02■■□□□ 1.28
CHMP4AQ9BY43 RNASEH2C-202ENST00000527610 835 ntTSL 2 BASIC23.02■■□□□ 1.28
CHMP4AQ9BY43 RAD52-211ENST00000536177 1139 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.02■■□□□ 1.28
CHMP4AQ9BY43 MYL6-209ENST00000548293 753 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.02■■□□□ 1.28
CHMP4AQ9BY43 RPL28-210ENST00000560583 1204 ntTSL 2 BASIC23.02■■□□□ 1.28
CHMP4AQ9BY43 RNPS1-224ENST00000569598 918 ntTSL 5 BASIC23.02■■□□□ 1.28
CHMP4AQ9BY43 AC116407.2-201ENST00000613639 860 ntBASIC23.02■■□□□ 1.28
CHMP4AQ9BY43 FZR1-202ENST00000395095 1491 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
CHMP4AQ9BY43 FAM72C-201ENST00000369175 1658 ntTSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
CHMP4AQ9BY43 CELF6-204ENST00000543764 1676 ntTSL 2 BASIC23.02■■□□□ 1.28
CHMP4AQ9BY43 FAM72B-207ENST00000619376 1659 ntTSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
CHMP4AQ9BY43 ASIC3-202ENST00000349064 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
CHMP4AQ9BY43 RILPL2-201ENST00000280571 6141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
CHMP4AQ9BY43 FAM50B-202ENST00000380274 1932 ntAPPRIS P1 BASIC23.02■■□□□ 1.28
CHMP4AQ9BY43 AL096828.2-201ENST00000567259 1965 ntBASIC23.01■■□□□ 1.27
CHMP4AQ9BY43 TMEM175-222ENST00000622959 1967 ntTSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
CHMP4AQ9BY43 DCLK2-207ENST00000635524 2153 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.01■■□□□ 1.27
CHMP4AQ9BY43 ZNFX1-203ENST00000371754 5235 ntTSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
CHMP4AQ9BY43 PLEKHG5-207ENST00000400913 4698 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.01■■□□□ 1.27
CHMP4AQ9BY43 YIF1B-204ENST00000392124 1404 ntTSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
CHMP4AQ9BY43 KCTD20-210ENST00000536244 5345 ntTSL 2 BASIC23.01■■□□□ 1.27
CHMP4AQ9BY43 PALM3-201ENST00000340790 2262 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.01■■□□□ 1.27
CHMP4AQ9BY43 TMEM255B-202ENST00000375353 6100 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
CHMP4AQ9BY43 CENPX-201ENST00000306704 751 ntTSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 32.6 ms