Protein–RNA interactions for Protein: Q96K76

USP47, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 47, humanhuman

Predictions only

Length 1,375 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP47Q96K76 ATP6AP2-214ENST00000636287 1904 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.32■■□□□ 1.64
USP47Q96K76 RAVER1-207ENST00000615032 1952 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.32■■□□□ 1.64
USP47Q96K76 PPA2-202ENST00000348706 1414 ntTSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
USP47Q96K76 SLC39A5-201ENST00000266980 2031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
USP47Q96K76 ULK3-220ENST00000569437 2611 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
USP47Q96K76 EIF2B5-201ENST00000273783 2655 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
USP47Q96K76 ITPK1-202ENST00000354313 2803 ntTSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
USP47Q96K76 DSCR9-201ENST00000454482 1644 ntTSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
USP47Q96K76 SLC12A9-215ENST00000540482 2269 ntTSL 2 BASIC25.32■■□□□ 1.64
USP47Q96K76 OGFOD2-211ENST00000538628 1696 ntTSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
USP47Q96K76 MEST-201ENST00000223215 2465 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
USP47Q96K76 PCCA-202ENST00000376285 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
USP47Q96K76 NAA60-201ENST00000360862 2522 ntTSL 2 BASIC25.32■■□□□ 1.64
USP47Q96K76 GCH1-207ENST00000622544 2923 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
USP47Q96K76 STRA8-201ENST00000275764 993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
USP47Q96K76 OR10H5-201ENST00000308940 1132 ntAPPRIS P1 BASIC25.31■■□□□ 1.64
USP47Q96K76 NFIB-201ENST00000380921 1274 ntTSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
USP47Q96K76 LENG8-AS1-201ENST00000416022 582 ntTSL 3 BASIC25.31■■□□□ 1.64
USP47Q96K76 IFT27-205ENST00000433985 1095 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
USP47Q96K76 RUVBL1-202ENST00000464873 2126 ntTSL 2 BASIC25.31■■□□□ 1.64
USP47Q96K76 HOXB8-203ENST00000576562 743 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC25.31■■□□□ 1.64
USP47Q96K76 ZNF524-203ENST00000591046 1260 ntAPPRIS P1 BASIC25.31■■□□□ 1.64
USP47Q96K76 CYP1B1-AS1-214ENST00000620177 554 ntTSL 4 BASIC25.31■■□□□ 1.64
USP47Q96K76 DHRS4L2-203ENST00000534993 1450 ntTSL 3 BASIC25.31■■□□□ 1.64
USP47Q96K76 VRK3-225ENST00000601912 1668 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.31■■□□□ 1.64
USP47Q96K76 RAPGEF5-203ENST00000405243 2800 ntTSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
USP47Q96K76 MRI1-201ENST00000040663 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
USP47Q96K76 AC138028.4-201ENST00000564984 1845 ntBASIC25.31■■□□□ 1.64
USP47Q96K76 CD14-201ENST00000302014 1886 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
USP47Q96K76 ZNF419-207ENST00000442920 1857 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.31■■□□□ 1.64
USP47Q96K76 TLK2-202ENST00000343388 3227 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
USP47Q96K76 STK4-201ENST00000372801 2038 ntTSL 2 BASIC25.31■■□□□ 1.64
USP47Q96K76 PRRT2-216ENST00000637403 2033 ntTSL 5 BASIC25.31■■□□□ 1.64
USP47Q96K76 ENTPD2-202ENST00000355097 2095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
USP47Q96K76 LHFPL6-201ENST00000379589 2110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
USP47Q96K76 SNX18-203ENST00000381410 5218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
USP47Q96K76 LINC00574-201ENST00000420557 2318 ntTSL 2 BASIC25.31■■□□□ 1.64
USP47Q96K76 PIANP-204ENST00000540656 2432 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25.31■■□□□ 1.64
USP47Q96K76 TMEM206-201ENST00000261455 2475 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
USP47Q96K76 AL390961.4-201ENST00000623958 2535 ntBASIC25.31■■□□□ 1.64
USP47Q96K76 MTMR12-203ENST00000382142 5187 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
USP47Q96K76 INPP5F-203ENST00000369081 874 ntTSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
USP47Q96K76 AL450487.1-201ENST00000426799 995 ntBASIC25.31■■□□□ 1.64
USP47Q96K76 RABL2B-209ENST00000435118 1126 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
USP47Q96K76 AC008610.1-201ENST00000504573 393 ntTSL 2 BASIC25.31■■□□□ 1.64
USP47Q96K76 AL442663.3-201ENST00000554737 1000 ntTSL 3 BASIC25.31■■□□□ 1.64
USP47Q96K76 AC104971.2-201ENST00000588144 1209 ntTSL 2 BASIC25.31■■□□□ 1.64
USP47Q96K76 AC004130.1-202ENST00000603156 666 ntTSL 2 BASIC25.31■■□□□ 1.64
USP47Q96K76 AC011247.3-202ENST00000605062 570 ntTSL 4 BASIC25.31■■□□□ 1.64
USP47Q96K76 HNF4A-208ENST00000609795 1192 ntTSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
USP47Q96K76 IDS-202ENST00000370441 1399 ntTSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
USP47Q96K76 MPZL1-201ENST00000359523 5010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
USP47Q96K76 FAM110A-202ENST00000304189 1856 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.3■■□□□ 1.64
USP47Q96K76 ST8SIA2-201ENST00000268164 5708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
USP47Q96K76 DUOXA1-201ENST00000267803 1996 ntTSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
USP47Q96K76 LARGE2-208ENST00000531526 2528 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25.3■■□□□ 1.64
USP47Q96K76 CNIH3-201ENST00000272133 2558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
USP47Q96K76 EIF4E3-201ENST00000295612 2764 ntTSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
USP47Q96K76 FOXI3-201ENST00000428390 2804 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.3■■□□□ 1.64
USP47Q96K76 BMP2K-208ENST00000628286 3848 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.3■■□□□ 1.64
USP47Q96K76 ACVR1B-201ENST00000257963 4563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
USP47Q96K76 PJA1-202ENST00000374571 2672 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
USP47Q96K76 DOK7-201ENST00000340083 2562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
USP47Q96K76 DOK7-203ENST00000507039 2551 ntTSL 2 BASIC25.3■■□□□ 1.64
USP47Q96K76 KIRREL2-205ENST00000592409 2563 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
USP47Q96K76 RPN2-201ENST00000237530 2515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
USP47Q96K76 AC107464.1-203ENST00000468356 2120 ntTSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
USP47Q96K76 RRN3-205ENST00000563559 2128 ntTSL 5 BASIC25.3■■□□□ 1.64
USP47Q96K76 MAEA-201ENST00000264750 2058 ntTSL 2 BASIC25.3■■□□□ 1.64
USP47Q96K76 HSPB9-201ENST00000565659 1922 ntAPPRIS P1 BASIC25.3■■□□□ 1.64
USP47Q96K76 DOK4-218ENST00000569548 1848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
USP47Q96K76 CEACAM16-202ENST00000587331 1692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
USP47Q96K76 LINC01700-201ENST00000433952 1598 ntTSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
USP47Q96K76 DNASE1L2-201ENST00000320700 1326 ntTSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
USP47Q96K76 LINC00960-201ENST00000463183 1333 ntTSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
USP47Q96K76 CGB7-201ENST00000377280 918 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.3■■□□□ 1.64
USP47Q96K76 AGBL5-AS1-201ENST00000444217 407 ntTSL 5 BASIC25.3■■□□□ 1.64
USP47Q96K76 CDV3-207ENST00000508481 661 ntTSL 3 BASIC25.3■■□□□ 1.64
USP47Q96K76 BRICD5-203ENST00000566018 555 ntTSL 2 BASIC25.3■■□□□ 1.64
USP47Q96K76 AC011498.3-201ENST00000590159 569 ntTSL 4 BASIC25.3■■□□□ 1.64
USP47Q96K76 IL11-204ENST00000590625 1028 ntTSL 2 BASIC25.3■■□□□ 1.64
USP47Q96K76 PTPA-201ENST00000337738 2845 ntTSL 2 BASIC25.29■■□□□ 1.64
USP47Q96K76 ISY1-201ENST00000273541 1704 ntTSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
USP47Q96K76 PLEKHG4-201ENST00000360461 6782 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25.29■■□□□ 1.64
USP47Q96K76 LRRC29-201ENST00000393992 1468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
USP47Q96K76 EGFL6-202ENST00000380602 2385 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
USP47Q96K76 YIF1B-204ENST00000392124 1404 ntTSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
USP47Q96K76 KLHL33-202ENST00000636854 2394 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.29■■□□□ 1.64
USP47Q96K76 TTC19-201ENST00000261647 3002 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
USP47Q96K76 NT5E-202ENST00000369646 974 ntTSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
USP47Q96K76 PLD3-207ENST00000409735 2140 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
USP47Q96K76 ZNF346-205ENST00000506693 1276 ntTSL 2 BASIC25.29■■□□□ 1.64
USP47Q96K76 LINC02237-202ENST00000521904 477 ntTSL 3 BASIC25.29■■□□□ 1.64
USP47Q96K76 ZNF688-207ENST00000567855 540 ntTSL 2 BASIC25.29■■□□□ 1.64
USP47Q96K76 ANKRD29-202ENST00000585908 846 ntTSL 2 BASIC25.29■■□□□ 1.64
USP47Q96K76 AC243773.1-201ENST00000614759 544 ntTSL 5 BASIC25.29■■□□□ 1.64
USP47Q96K76 SCAMP4-213ENST00000621748 1172 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.29■■□□□ 1.64
USP47Q96K76 SAP30L-201ENST00000297109 6226 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
USP47Q96K76 LARGE2-206ENST00000529052 2459 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.28■■□□□ 1.64
USP47Q96K76 FA2H-201ENST00000219368 2424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 47.9 ms