Protein–RNA interactions for Protein: Q12873

CHD3, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 2,000 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD3Q12873 FOXP1-214ENST00000493089 2703 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.56■□□□□ 0.08
CHD3Q12873 CTNNBL1-204ENST00000405275 2076 ntTSL 5 BASIC15.56■□□□□ 0.08
CHD3Q12873 DHRS12-201ENST00000218981 1970 ntTSL 2 BASIC15.56■□□□□ 0.08
CHD3Q12873 POU4F3-201ENST00000230732 1182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
CHD3Q12873 MOS-201ENST00000311923 1041 ntAPPRIS P1 BASIC15.56■□□□□ 0.08
CHD3Q12873 PTPMT1-201ENST00000326656 928 ntTSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
CHD3Q12873 CELA2A-201ENST00000359621 919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
CHD3Q12873 TEX30-205ENST00000376029 959 ntTSL 2 BASIC15.56■□□□□ 0.08
CHD3Q12873 KCNAB2-205ENST00000378092 1202 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.56■□□□□ 0.08
CHD3Q12873 PAX3-208ENST00000409828 1254 ntTSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
CHD3Q12873 LINC01770-202ENST00000430109 510 ntTSL 3 BASIC15.56■□□□□ 0.08
CHD3Q12873 RNF144A-AS1-205ENST00000439208 757 ntTSL 3 BASIC15.56■□□□□ 0.08
CHD3Q12873 AL133343.2-201ENST00000457213 370 ntTSL 3 BASIC15.56■□□□□ 0.08
CHD3Q12873 ZBED5-AS1-202ENST00000529014 771 ntTSL 5 BASIC15.56■□□□□ 0.08
CHD3Q12873 AC092338.2-202ENST00000567158 611 ntTSL 5 BASIC15.56■□□□□ 0.08
CHD3Q12873 PAQR4-204ENST00000574988 869 ntTSL 2 BASIC15.56■□□□□ 0.08
CHD3Q12873 IZUMO4-213ENST00000620263 947 ntTSL 3 BASIC15.56■□□□□ 0.08
CHD3Q12873 CALM2-209ENST00000628793 1103 ntTSL 5 BASIC15.56■□□□□ 0.08
CHD3Q12873 ZCWPW1-201ENST00000360951 2110 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.56■□□□□ 0.08
CHD3Q12873 FAM110A-201ENST00000246100 1619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
CHD3Q12873 BEGAIN-211ENST00000637646 2911 ntTSL 5 BASIC15.56■□□□□ 0.08
CHD3Q12873 SMARCC2-201ENST00000267064 4076 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
CHD3Q12873 MUTYH-202ENST00000355498 1776 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
CHD3Q12873 COPS7A-215ENST00000543155 2127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
CHD3Q12873 VPS37D-202ENST00000451519 1303 ntTSL 5 BASIC15.55■□□□□ 0.08
CHD3Q12873 AL137026.1-202ENST00000452578 1089 ntTSL 2 BASIC15.55■□□□□ 0.08
CHD3Q12873 LINC02237-202ENST00000521904 477 ntTSL 3 BASIC15.55■□□□□ 0.08
CHD3Q12873 MRPL52-210ENST00000555345 895 ntTSL 2 BASIC15.55■□□□□ 0.08
CHD3Q12873 HOXB8-203ENST00000576562 743 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.55■□□□□ 0.08
CHD3Q12873 AC024563.2-201ENST00000603282 481 ntBASIC15.55■□□□□ 0.08
CHD3Q12873 MUC1-224ENST00000611577 1023 ntTSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
CHD3Q12873 NR2F2-201ENST00000394166 5275 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
CHD3Q12873 NPTX2-201ENST00000265634 2700 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
CHD3Q12873 ACSM2A-201ENST00000219054 1988 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
CHD3Q12873 GSEC-201ENST00000626810 2289 ntTSL 2 BASIC15.55■□□□□ 0.08
CHD3Q12873 GRM5-202ENST00000305447 4571 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
CHD3Q12873 TFEB-203ENST00000358871 2188 ntTSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
CHD3Q12873 C6orf118-201ENST00000230301 1812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
CHD3Q12873 PBK-203ENST00000522944 1499 ntTSL 2 BASIC15.55■□□□□ 0.08
CHD3Q12873 STIM2-202ENST00000465503 3613 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
CHD3Q12873 PRMT2-203ENST00000355680 2688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
CHD3Q12873 HCLS1-201ENST00000314583 2000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
CHD3Q12873 FAM49B-214ENST00000519540 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
CHD3Q12873 DYNLL1-209ENST00000550845 1376 ntTSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
CHD3Q12873 TIMM13-201ENST00000215570 1973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
CHD3Q12873 PDXK-219ENST00000621478 1967 ntTSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
CHD3Q12873 DTX2-211ENST00000446600 2281 ntTSL 2 BASIC15.55■□□□□ 0.08
CHD3Q12873 SHBG-201ENST00000340624 1311 ntTSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
CHD3Q12873 KRT18P1-202ENST00000452408 1331 ntBASIC15.55■□□□□ 0.08
CHD3Q12873 NPB-201ENST00000333383 704 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
CHD3Q12873 WNT8B-201ENST00000343737 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
CHD3Q12873 TSPY19P-201ENST00000418461 509 ntBASIC15.55■□□□□ 0.08
CHD3Q12873 AC069368.1-202ENST00000437723 750 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.55■□□□□ 0.08
CHD3Q12873 TSPY18P-201ENST00000441642 509 ntBASIC15.55■□□□□ 0.08
CHD3Q12873 KRT8P26-201ENST00000534154 1276 ntBASIC15.55■□□□□ 0.08
CHD3Q12873 AC027796.4-201ENST00000575741 874 ntTSL 5 BASIC15.55■□□□□ 0.08
CHD3Q12873 LINC00092-202ENST00000580908 580 ntTSL 2 BASIC15.55■□□□□ 0.08
CHD3Q12873 AC015961.2-201ENST00000589281 701 ntTSL 3 BASIC15.55■□□□□ 0.08
CHD3Q12873 ZNF524-203ENST00000591046 1260 ntAPPRIS P1 BASIC15.55■□□□□ 0.08
CHD3Q12873 AC005336.2-201ENST00000593183 939 ntBASIC15.55■□□□□ 0.08
CHD3Q12873 SCAMP4-213ENST00000621748 1172 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.55■□□□□ 0.08
CHD3Q12873 NF2-203ENST00000353887 1845 ntTSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
CHD3Q12873 SHISA5-220ENST00000619810 2385 ntTSL 2 BASIC15.55■□□□□ 0.08
CHD3Q12873 KCNQ2-218ENST00000629676 2399 ntTSL 5 BASIC15.55■□□□□ 0.08
CHD3Q12873 PRKRIP1-208ENST00000496391 3430 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.54■□□□□ 0.08
CHD3Q12873 AC008393.1-201ENST00000499601 1454 ntTSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
CHD3Q12873 EIF3B-201ENST00000360876 3055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
CHD3Q12873 KANK3-201ENST00000330915 2787 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
CHD3Q12873 ICA1-206ENST00000402384 2458 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.54■□□□□ 0.08
CHD3Q12873 SNX14-210ENST00000505648 3193 ntTSL 2 BASIC15.54■□□□□ 0.08
CHD3Q12873 LRRC23-209ENST00000443597 1628 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
CHD3Q12873 LRIG1-201ENST00000273261 5273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
CHD3Q12873 AP1AR-202ENST00000309703 2337 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
CHD3Q12873 MRAS-204ENST00000464896 1534 ntTSL 2 BASIC15.54■□□□□ 0.08
CHD3Q12873 FAM20B-201ENST00000263733 5984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
CHD3Q12873 AC027097.1-202ENST00000592201 1954 ntTSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
CHD3Q12873 COPE-201ENST00000262812 1141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
CHD3Q12873 GYG2P1-201ENST00000357871 623 ntTSL 3 BASIC15.54■□□□□ 0.08
CHD3Q12873 AC113404.2-201ENST00000507884 177 ntBASIC15.54■□□□□ 0.08
CHD3Q12873 AC106795.1-205ENST00000512851 1056 ntBASIC15.54■□□□□ 0.08
CHD3Q12873 C12orf43-206ENST00000537817 1270 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
CHD3Q12873 AC084125.4-201ENST00000580385 338 ntTSL 3 BASIC15.54■□□□□ 0.08
CHD3Q12873 CYP1B1-AS1-214ENST00000620177 554 ntTSL 4 BASIC15.54■□□□□ 0.08
CHD3Q12873 MROH1-202ENST00000423230 1712 ntTSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
CHD3Q12873 PACRGL-203ENST00000444671 1720 ntTSL 2 BASIC15.54■□□□□ 0.08
CHD3Q12873 HPCA-201ENST00000373467 1468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
CHD3Q12873 IFNLR1-205ENST00000374421 1476 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
CHD3Q12873 KRBOX1-AS1-201ENST00000447834 2134 ntTSL 2 BASIC15.54■□□□□ 0.08
CHD3Q12873 ZNF274-203ENST00000424679 2539 ntTSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
CHD3Q12873 FAM3A-201ENST00000322269 1815 ntTSL 5 BASIC15.54■□□□□ 0.08
CHD3Q12873 MAPK9-201ENST00000343111 4369 ntTSL 5 BASIC15.54■□□□□ 0.08
CHD3Q12873 FSCN2-201ENST00000334850 1551 ntTSL 5 BASIC15.54■□□□□ 0.08
CHD3Q12873 PRR5-201ENST00000006251 1767 ntTSL 2 BASIC15.54■□□□□ 0.08
CHD3Q12873 AP001476.1-201ENST00000451618 2198 ntTSL 2 BASIC15.54■□□□□ 0.08
CHD3Q12873 AC011416.4-201ENST00000639283 2195 ntTSL 5 BASIC15.54■□□□□ 0.08
CHD3Q12873 ACYP2-203ENST00000406041 1913 ntTSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
CHD3Q12873 GPATCH3-201ENST00000361720 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
CHD3Q12873 ZNF385A-202ENST00000352268 2076 ntTSL 2 BASIC15.53■□□□□ 0.08
CHD3Q12873 EXO5-202ENST00000358527 1892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
CHD3Q12873 PPP2R2C-206ENST00000507294 1667 ntTSL 2 BASIC15.53■□□□□ 0.08
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