Protein–RNA interactions for Protein: Q07699

SCN1B, Sodium channel subunit beta-1, humanhuman

Predictions only

Length 218 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCN1BQ07699 HARS-201ENST00000307633 1780 ntTSL 2 BASIC16.18■□□□□ 0.18
SCN1BQ07699 PPT2-247ENST00000375143 1754 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.18■□□□□ 0.18
SCN1BQ07699 CARD11-203ENST00000396946 4366 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
SCN1BQ07699 LAMC1-201ENST00000258341 7889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
SCN1BQ07699 PSMD8-207ENST00000592035 1581 ntTSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
SCN1BQ07699 FAM13C-204ENST00000468840 2110 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.18■□□□□ 0.18
SCN1BQ07699 TXNRD2-218ENST00000542719 2024 ntTSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
SCN1BQ07699 CRTAC1-201ENST00000309155 1946 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
SCN1BQ07699 NAA50-201ENST00000240922 6135 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
SCN1BQ07699 PAPD5-203ENST00000561678 2916 ntTSL 5 BASIC16.18■□□□□ 0.18
SCN1BQ07699 COX7A2L-201ENST00000234301 1112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
SCN1BQ07699 ABHD14A-201ENST00000273596 1062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
SCN1BQ07699 WDR74-202ENST00000311713 1153 ntTSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
SCN1BQ07699 CEACAM3-201ENST00000344550 1022 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
SCN1BQ07699 GTF2A2-203ENST00000396061 758 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.18■□□□□ 0.18
SCN1BQ07699 ZNF529-AS1-202ENST00000475219 1033 ntTSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
SCN1BQ07699 ARF3-208ENST00000541959 807 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.18■□□□□ 0.18
SCN1BQ07699 RNASEK-202ENST00000548577 810 ntTSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
SCN1BQ07699 MMP25-204ENST00000612971 1017 ntTSL 5 BASIC16.18■□□□□ 0.18
SCN1BQ07699 AL023875.1-201ENST00000640777 796 ntBASIC16.18■□□□□ 0.18
SCN1BQ07699 CNTNAP3-205ENST00000377659 2649 ntTSL 2 BASIC16.18■□□□□ 0.18
SCN1BQ07699 EXT2-202ENST00000358681 2997 ntTSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
SCN1BQ07699 SNAPC2-201ENST00000221573 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
SCN1BQ07699 SLC22A18-202ENST00000347936 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
SCN1BQ07699 POR-209ENST00000439269 1858 ntTSL 2 BASIC16.18■□□□□ 0.18
SCN1BQ07699 YY1AP1-206ENST00000359205 2690 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
SCN1BQ07699 PDCD2-208ENST00000541970 3378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
SCN1BQ07699 CRAMP1-201ENST00000293925 7671 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.18■□□□□ 0.18
SCN1BQ07699 RGS20-203ENST00000344277 1667 ntTSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
SCN1BQ07699 DUSP15-209ENST00000486996 1651 ntTSL 2 BASIC16.18■□□□□ 0.18
SCN1BQ07699 TSC2-207ENST00000439673 5287 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.18■□□□□ 0.18
SCN1BQ07699 RUNX1-203ENST00000358356 2720 ntTSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
SCN1BQ07699 ZNF133-206ENST00000402618 2622 ntTSL 2 BASIC16.17■□□□□ 0.18
SCN1BQ07699 VAV2-202ENST00000371851 5101 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.17■□□□□ 0.18
SCN1BQ07699 ILKAP-201ENST00000254654 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
SCN1BQ07699 NAT6-204ENST00000443094 1464 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
SCN1BQ07699 OTOP2-202ENST00000580223 2086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
SCN1BQ07699 TMEM74-201ENST00000297459 1741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
SCN1BQ07699 STOX1-204ENST00000399169 3281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
SCN1BQ07699 PML-211ENST00000564428 1985 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
SCN1BQ07699 HNRNPU-205ENST00000444376 6827 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
SCN1BQ07699 CXXC5-211ENST00000511048 1892 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.17■□□□□ 0.18
SCN1BQ07699 SRSF12-201ENST00000452027 3599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
SCN1BQ07699 GYG2P1-201ENST00000357871 623 ntTSL 3 BASIC16.17■□□□□ 0.18
SCN1BQ07699 RTL8A-201ENST00000370775 1244 ntAPPRIS P1 BASIC16.17■□□□□ 0.18
SCN1BQ07699 CTSA-204ENST00000372484 2149 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
SCN1BQ07699 LINC01786-202ENST00000453732 389 ntTSL 2 BASIC16.17■□□□□ 0.18
SCN1BQ07699 AP000282.1-201ENST00000454622 682 ntTSL 2 BASIC16.17■□□□□ 0.18
SCN1BQ07699 LCN6-203ENST00000476567 1015 ntTSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
SCN1BQ07699 B3GAT3-205ENST00000534026 1120 ntTSL 2 BASIC16.17■□□□□ 0.18
SCN1BQ07699 KRT18P6-201ENST00000555540 1265 ntBASIC16.17■□□□□ 0.18
SCN1BQ07699 DHRS4-206ENST00000558581 1143 ntTSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
SCN1BQ07699 AC233263.1-201ENST00000578059 224 ntBASIC16.17■□□□□ 0.18
SCN1BQ07699 C17orf50-201ENST00000603305 569 ntTSL 3 BASIC16.17■□□□□ 0.18
SCN1BQ07699 C17orf50-203ENST00000605587 1018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
SCN1BQ07699 AC069544.1-201ENST00000609399 999 ntBASIC16.17■□□□□ 0.18
SCN1BQ07699 IL15RA-221ENST00000620865 1037 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
SCN1BQ07699 TBCB-214ENST00000629269 413 ntTSL 5 BASIC16.17■□□□□ 0.18
SCN1BQ07699 SLAIN2-201ENST00000264313 6299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
SCN1BQ07699 PFN2-203ENST00000452853 1780 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
SCN1BQ07699 SQOR-201ENST00000260324 2003 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
SCN1BQ07699 TRAM1-205ENST00000521425 3394 ntTSL 2 BASIC16.17■□□□□ 0.18
SCN1BQ07699 AQP10-203ENST00000484864 2262 ntTSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
SCN1BQ07699 ADRA1A-204ENST00000380573 2548 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.17■□□□□ 0.18
SCN1BQ07699 DENR-201ENST00000280557 2769 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
SCN1BQ07699 NRXN2-202ENST00000301894 3535 ntTSL 5 BASIC16.17■□□□□ 0.18
SCN1BQ07699 MAEA-208ENST00000505839 1444 ntTSL 2 BASIC16.17■□□□□ 0.18
SCN1BQ07699 TNKS1BP1-201ENST00000358252 5795 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
SCN1BQ07699 PPIF-201ENST00000225174 2190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
SCN1BQ07699 AC112229.1-202ENST00000490013 2918 ntTSL 2 BASIC16.17■□□□□ 0.18
SCN1BQ07699 DDHD2-201ENST00000397166 4921 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.17■□□□□ 0.18
SCN1BQ07699 TBL3-205ENST00000568546 6803 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
SCN1BQ07699 FAM210A-201ENST00000322247 4340 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.17■□□□□ 0.18
SCN1BQ07699 MFSD11-202ENST00000355954 2832 ntTSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
SCN1BQ07699 EPHA10-201ENST00000319637 2050 ntTSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
SCN1BQ07699 TXNRD3-205ENST00000640797 1824 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.17■□□□□ 0.18
SCN1BQ07699 AK4-208ENST00000546702 1335 ntTSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
SCN1BQ07699 VPS37C-201ENST00000301765 2865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
SCN1BQ07699 TTLL9-205ENST00000375938 2623 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC16.16■□□□□ 0.18
SCN1BQ07699 GABRB1-201ENST00000295454 2143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
SCN1BQ07699 ABCC3-202ENST00000427699 1881 ntTSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
SCN1BQ07699 ALDH16A1-201ENST00000293350 3153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
SCN1BQ07699 SLC9A6-203ENST00000370701 4755 ntTSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
SCN1BQ07699 MFSD10-202ENST00000355443 1753 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
SCN1BQ07699 TUBA8-201ENST00000316027 1518 ntTSL 2 BASIC16.16■□□□□ 0.18
SCN1BQ07699 JPH2-201ENST00000342272 1923 ntTSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
SCN1BQ07699 LINC01502-201ENST00000445997 2471 ntTSL 2 BASIC16.16■□□□□ 0.18
SCN1BQ07699 PMAIP1-201ENST00000269518 1262 ntTSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
SCN1BQ07699 KRASP1-201ENST00000407852 552 ntBASIC16.16■□□□□ 0.18
SCN1BQ07699 AC068831.2-201ENST00000448987 367 ntTSL 2 BASIC16.16■□□□□ 0.18
SCN1BQ07699 EXOSC4-202ENST00000525936 606 ntTSL 3 BASIC16.16■□□□□ 0.18
SCN1BQ07699 RHOD-202ENST00000532559 538 ntTSL 3 BASIC16.16■□□□□ 0.18
SCN1BQ07699 TRAPPC5-203ENST00000595985 411 ntTSL 3 BASIC16.16■□□□□ 0.18
SCN1BQ07699 MTDHP1-201ENST00000605323 784 ntBASIC16.16■□□□□ 0.18
SCN1BQ07699 CORO1B-210ENST00000627576 960 ntTSL 5 BASIC16.16■□□□□ 0.18
SCN1BQ07699 MYC-208ENST00000641036 567 ntBASIC16.16■□□□□ 0.18
SCN1BQ07699 PLCB1-203ENST00000378641 7323 ntTSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
SCN1BQ07699 IFRD1-201ENST00000005558 1834 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
SCN1BQ07699 SLC52A1-201ENST00000254853 2377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
SCN1BQ07699 CRTC3-202ENST00000420329 5209 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC16.16■□□□□ 0.18
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 20.9 ms