Protein–RNA interactions for Protein: P18827

SDC1, Syndecan-1, humanhuman

Predictions only

Length 310 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SDC1P18827 GMDS-208ENST00000530927 1440 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
SDC1P18827 UNC5CL-202ENST00000373164 1620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
SDC1P18827 JMJD4-207ENST00000620518 2432 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
SDC1P18827 SNAP91-201ENST00000195649 4434 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.28■□□□□ 0.36
SDC1P18827 SNAP91-204ENST00000369694 4449 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.28■□□□□ 0.36
SDC1P18827 APH1A-202ENST00000360244 2353 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
SDC1P18827 HCK-210ENST00000629881 1969 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.28■□□□□ 0.36
SDC1P18827 ZIC4-212ENST00000484399 1774 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.28■□□□□ 0.36
SDC1P18827 GUCA1A-202ENST00000372958 1575 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
SDC1P18827 YPEL3-202ENST00000398841 1588 ntTSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
SDC1P18827 AC020661.1-201ENST00000503052 1584 ntTSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
SDC1P18827 PRR29-AS1-202ENST00000580942 2926 ntTSL 2 BASIC17.27■□□□□ 0.36
SDC1P18827 IQSEC2-218ENST00000640694 5958 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.27■□□□□ 0.36
SDC1P18827 L3HYPDH-201ENST00000247194 1527 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.36
SDC1P18827 PRDM5-201ENST00000264808 5330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.36
SDC1P18827 CDK16-223ENST00000622098 2968 ntTSL 2 BASIC17.27■□□□□ 0.36
SDC1P18827 C11orf58-201ENST00000228136 2049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.36
SDC1P18827 ARHGAP22-206ENST00000435790 2595 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.27■□□□□ 0.36
SDC1P18827 LINC00957-202ENST00000441052 2590 ntTSL 2 BASIC17.27■□□□□ 0.36
SDC1P18827 SPSB4-201ENST00000310546 2908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.36
SDC1P18827 UBE2I-207ENST00000406620 1842 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.27■□□□□ 0.36
SDC1P18827 GNGT2-201ENST00000300406 889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.36
SDC1P18827 OR10H2-201ENST00000305899 1041 ntAPPRIS P1 BASIC17.27■□□□□ 0.36
SDC1P18827 ZNF584-202ENST00000322834 1042 ntTSL 2 BASIC17.27■□□□□ 0.36
SDC1P18827 ACP1-205ENST00000407983 703 ntTSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.36
SDC1P18827 MEAF6-205ENST00000448519 666 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.36
SDC1P18827 LINC01024-205ENST00000521563 939 ntTSL 3 BASIC17.27■□□□□ 0.36
SDC1P18827 CAVIN3-203ENST00000530979 957 ntTSL 2 BASIC17.27■□□□□ 0.36
SDC1P18827 RNF187-203ENST00000639044 708 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.36
SDC1P18827 FZD10-201ENST00000229030 3281 ntAPPRIS P1 BASIC17.27■□□□□ 0.36
SDC1P18827 FZD10-202ENST00000539839 3282 ntBASIC17.27■□□□□ 0.36
SDC1P18827 ANKRD6-202ENST00000369408 5258 ntTSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.36
SDC1P18827 AL360181.3-201ENST00000468317 1605 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.27■□□□□ 0.36
SDC1P18827 CLDN5-202ENST00000406028 2548 ntTSL 2 BASIC17.27■□□□□ 0.36
SDC1P18827 WNT5B-202ENST00000397196 2303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.35
SDC1P18827 TDRP-201ENST00000324079 3395 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.35
SDC1P18827 PDE9A-213ENST00000398236 1776 ntTSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.35
SDC1P18827 SDHA-213ENST00000510361 2148 ntTSL 2 BASIC17.27■□□□□ 0.35
SDC1P18827 KLHDC3-201ENST00000244670 1903 ntTSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.35
SDC1P18827 SAR1B-208ENST00000507419 2287 ntTSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.35
SDC1P18827 CADPS2-201ENST00000313070 6065 ntTSL 5 BASIC17.27■□□□□ 0.35
SDC1P18827 ZMYND11-214ENST00000509513 2065 ntTSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.35
SDC1P18827 ZNF296-201ENST00000303809 1744 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.35
SDC1P18827 WNT9B-201ENST00000290015 1376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.35
SDC1P18827 UBE2E1-202ENST00000346855 1398 ntTSL 3 BASIC17.27■□□□□ 0.35
SDC1P18827 PPP1R18-201ENST00000274853 4599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
SDC1P18827 TMEM176A-210ENST00000484928 1530 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.26■□□□□ 0.35
SDC1P18827 C22orf39-205ENST00000542103 1523 ntTSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
SDC1P18827 STARD10-218ENST00000543304 1513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
SDC1P18827 PPP1R18-205ENST00000615527 4597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
SDC1P18827 APP-202ENST00000348990 3355 ntTSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
SDC1P18827 A4GALT-203ENST00000401850 2321 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
SDC1P18827 FDXR-205ENST00000544854 1827 ntTSL 2 BASIC17.26■□□□□ 0.35
SDC1P18827 PEX14-201ENST00000356607 1985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
SDC1P18827 SPACA1-201ENST00000237201 1499 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
SDC1P18827 SLC47A2-202ENST00000350657 2285 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
SDC1P18827 SCHIP1-205ENST00000482804 1799 ntTSL 5 BASIC17.26■□□□□ 0.35
SDC1P18827 ZNF865-201ENST00000568956 4005 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.26■□□□□ 0.35
SDC1P18827 XRCC3-201ENST00000352127 2563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
SDC1P18827 ARSA-204ENST00000395621 1918 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.26■□□□□ 0.35
SDC1P18827 KCNN2-208ENST00000631899 2098 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.26■□□□□ 0.35
SDC1P18827 KRT8P12-201ENST00000468527 998 ntTSL 2 BASIC17.26■□□□□ 0.35
SDC1P18827 DUTP2-201ENST00000519164 463 ntBASIC17.26■□□□□ 0.35
SDC1P18827 AC015712.4-203ENST00000559673 630 ntTSL 3 BASIC17.26■□□□□ 0.35
SDC1P18827 CMTM3-210ENST00000565666 769 ntTSL 3 BASIC17.26■□□□□ 0.35
SDC1P18827 PITPNB-211ENST00000634017 1017 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC17.26■□□□□ 0.35
SDC1P18827 AC092865.7-201ENST00000641832 219 ntBASIC17.26■□□□□ 0.35
SDC1P18827 PYGL-201ENST00000216392 3048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
SDC1P18827 KLHDC4-227ENST00000622456 1422 ntTSL 5 BASIC17.26■□□□□ 0.35
SDC1P18827 BCL2-203ENST00000589955 5011 ntBASIC17.26■□□□□ 0.35
SDC1P18827 FBXL20-205ENST00000583610 1739 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.26■□□□□ 0.35
SDC1P18827 MAPT-209ENST00000446361 5345 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
SDC1P18827 TSKS-201ENST00000246801 1883 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
SDC1P18827 AL034417.2-201ENST00000445300 2044 ntTSL 2 BASIC17.26■□□□□ 0.35
SDC1P18827 PRRT2-216ENST00000637403 2033 ntTSL 5 BASIC17.26■□□□□ 0.35
SDC1P18827 GAB1-201ENST00000262994 2648 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
SDC1P18827 DKK3-201ENST00000326932 2636 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
SDC1P18827 SYTL3-201ENST00000297239 2292 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
SDC1P18827 MIPEP-201ENST00000382172 2400 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
SDC1P18827 MPP5-201ENST00000261681 5552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
SDC1P18827 FAM124A-202ENST00000322475 4761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
SDC1P18827 INPP5A-203ENST00000368594 2967 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
SDC1P18827 SUPT20H-202ENST00000356185 2681 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
SDC1P18827 BPHL-203ENST00000380379 1928 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
SDC1P18827 FNBP1-202ENST00000420781 5410 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
SDC1P18827 TMC6-202ENST00000322914 2786 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
SDC1P18827 BPIFB4-201ENST00000375483 2159 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.25■□□□□ 0.35
SDC1P18827 LRCH3-201ENST00000334859 2258 ntTSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
SDC1P18827 NDUFAF2-201ENST00000296597 719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
SDC1P18827 LRRC23-202ENST00000323702 1208 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
SDC1P18827 TRPT1-202ENST00000394546 1058 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.25■□□□□ 0.35
SDC1P18827 COL11A2-204ENST00000395194 1194 ntTSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
SDC1P18827 DHRS4L2-202ENST00000397071 1117 ntTSL 2 BASIC17.25■□□□□ 0.35
SDC1P18827 CXADR-204ENST00000400166 1080 ntTSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
SDC1P18827 PLEKHB2-203ENST00000404460 1167 ntTSL 2 BASIC17.25■□□□□ 0.35
SDC1P18827 ECEL1P3-201ENST00000427961 737 ntBASIC17.25■□□□□ 0.35
SDC1P18827 GCFC2-207ENST00000470503 1066 ntTSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
SDC1P18827 DCTN3-209ENST00000477738 713 ntTSL 3 BASIC17.25■□□□□ 0.35
SDC1P18827 AC104596.1-202ENST00000507486 759 ntTSL 3 BASIC17.25■□□□□ 0.35
SDC1P18827 RPL26L1-205ENST00000519974 695 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.25■□□□□ 0.35
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 52.5 ms