Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y4P1

ATG4B, Cysteine protease ATG4B, humanhuman

Predictions only

Length 393 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
ATG4BQ9Y4P1 FNBP1-203ENST00000443566 5227 ntTSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
ATG4BQ9Y4P1 GATAD1-201ENST00000287957 3361 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
ATG4BQ9Y4P1 BMS1P4-202ENST00000584747 1716 ntTSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
ATG4BQ9Y4P1 GATA2-203ENST00000487848 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
ATG4BQ9Y4P1 RPN2-201ENST00000237530 2515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
ATG4BQ9Y4P1 JMJD6-202ENST00000397625 1603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
ATG4BQ9Y4P1 BEGAIN-211ENST00000637646 2911 ntTSL 5 BASIC17.18■□□□□ 0.34
ATG4BQ9Y4P1 MST1R-214ENST00000613534 2025 ntTSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
ATG4BQ9Y4P1 PLCL2-204ENST00000615277 4147 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
ATG4BQ9Y4P1 MON1B-202ENST00000439557 1759 ntTSL 2 BASIC17.18■□□□□ 0.34
ATG4BQ9Y4P1 C4orf32-201ENST00000309733 8901 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
ATG4BQ9Y4P1 ZNF667-AS1-201ENST00000585445 1521 ntTSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
ATG4BQ9Y4P1 LINC00574-201ENST00000420557 2318 ntTSL 2 BASIC17.18■□□□□ 0.34
ATG4BQ9Y4P1 SMPD3-211ENST00000568373 2073 ntTSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
ATG4BQ9Y4P1 GUK1-204ENST00000366721 689 ntTSL 3 BASIC17.18■□□□□ 0.34
ATG4BQ9Y4P1 GGT1-205ENST00000403838 1033 ntTSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
ATG4BQ9Y4P1 PTX4-202ENST00000440447 1117 ntTSL 5 BASIC17.18■□□□□ 0.34
ATG4BQ9Y4P1 DGUOK-AS1-203ENST00000453103 601 ntTSL 3 BASIC17.18■□□□□ 0.34
ATG4BQ9Y4P1 AP003396.3-201ENST00000530918 778 ntTSL 5 BASIC17.18■□□□□ 0.34
ATG4BQ9Y4P1 AC099518.3-201ENST00000564808 809 ntAPPRIS P5 TSL 4 BASIC17.18■□□□□ 0.34
ATG4BQ9Y4P1 AC026471.3-201ENST00000565137 578 ntTSL 2 BASIC17.18■□□□□ 0.34
ATG4BQ9Y4P1 NT5C-211ENST00000582170 653 ntTSL 3 BASIC17.18■□□□□ 0.34
ATG4BQ9Y4P1 MEN1-203ENST00000337652 3162 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.18■□□□□ 0.34
ATG4BQ9Y4P1 CSK-201ENST00000220003 2767 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
ATG4BQ9Y4P1 KMT2E-207ENST00000476671 2523 ntTSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
ATG4BQ9Y4P1 PHF12-201ENST00000268756 2957 ntTSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
ATG4BQ9Y4P1 ZNF446-207ENST00000610298 1869 ntTSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
ATG4BQ9Y4P1 GABRB2-206ENST00000520240 2030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
ATG4BQ9Y4P1 AC118553.2-202ENST00000638792 2729 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.18■□□□□ 0.34
ATG4BQ9Y4P1 HMGA1-201ENST00000311487 1920 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
ATG4BQ9Y4P1 POLR1D-220ENST00000637071 1943 ntTSL 5 BASIC17.17■□□□□ 0.34
ATG4BQ9Y4P1 RHOB-201ENST00000272233 2372 ntAPPRIS P1 BASIC17.17■□□□□ 0.34
ATG4BQ9Y4P1 ACVRL1-202ENST00000419526 1356 ntTSL 2 BASIC17.17■□□□□ 0.34
ATG4BQ9Y4P1 SIM2-201ENST00000290399 4442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
ATG4BQ9Y4P1 APBB1IP-201ENST00000356785 1513 ntTSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
ATG4BQ9Y4P1 FKBP3-201ENST00000216330 1684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
ATG4BQ9Y4P1 NSUN5-201ENST00000252594 1672 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
ATG4BQ9Y4P1 TMSB4Y-201ENST00000284856 1669 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
ATG4BQ9Y4P1 MVK-201ENST00000228510 1956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
ATG4BQ9Y4P1 TAL1-202ENST00000371884 4642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
ATG4BQ9Y4P1 SCT-201ENST00000176195 366 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
ATG4BQ9Y4P1 POU4F3-201ENST00000230732 1182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
ATG4BQ9Y4P1 TNNI3-201ENST00000344887 840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
ATG4BQ9Y4P1 LCE3D-201ENST00000368787 613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
ATG4BQ9Y4P1 DUSP15-203ENST00000375966 1077 ntTSL 3 BASIC17.17■□□□□ 0.34
ATG4BQ9Y4P1 NUDT10-202ENST00000376006 2001 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
ATG4BQ9Y4P1 DUSP15-204ENST00000398083 1212 ntTSL 5 BASIC17.17■□□□□ 0.34
ATG4BQ9Y4P1 PCBP3-205ENST00000400310 2168 ntTSL 2 BASIC17.17■□□□□ 0.34
ATG4BQ9Y4P1 MYD88-206ENST00000443433 914 ntTSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
ATG4BQ9Y4P1 AL031658.1-201ENST00000449519 2013 ntTSL 2 BASIC17.17■□□□□ 0.34
ATG4BQ9Y4P1 MECP2-205ENST00000453960 1729 ntTSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
ATG4BQ9Y4P1 RGN-204ENST00000457380 2041 ntTSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
ATG4BQ9Y4P1 ENDOV-202ENST00000517295 908 ntTSL 3 BASIC17.17■□□□□ 0.34
ATG4BQ9Y4P1 LINC01311-201ENST00000565162 1445 ntBASIC17.17■□□□□ 0.34
ATG4BQ9Y4P1 DUX4-205ENST00000570263 768 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
ATG4BQ9Y4P1 AC008687.5-201ENST00000593746 558 ntBASIC17.17■□□□□ 0.34
ATG4BQ9Y4P1 ARSA-201ENST00000216124 2050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
ATG4BQ9Y4P1 ZNRF2-201ENST00000323037 3460 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
ATG4BQ9Y4P1 MYO19-225ENST00000621344 1640 ntTSL 2 BASIC17.17■□□□□ 0.34
ATG4BQ9Y4P1 BAG3-201ENST00000369085 2571 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
ATG4BQ9Y4P1 TRPV4-208ENST00000544971 2295 ntTSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
ATG4BQ9Y4P1 AP000997.3-201ENST00000623333 2250 ntBASIC17.17■□□□□ 0.34
ATG4BQ9Y4P1 FAM213B-201ENST00000378424 2765 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.17■□□□□ 0.34
ATG4BQ9Y4P1 GPS1-201ENST00000306823 1842 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
ATG4BQ9Y4P1 FDXR-205ENST00000544854 1827 ntTSL 2 BASIC17.17■□□□□ 0.34
ATG4BQ9Y4P1 AC132938.6-201ENST00000623828 1655 ntBASIC17.16■□□□□ 0.34
ATG4BQ9Y4P1 LMNA-207ENST00000368301 2461 ntTSL 2 BASIC17.16■□□□□ 0.34
ATG4BQ9Y4P1 TRABD-201ENST00000303434 2329 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
ATG4BQ9Y4P1 SMAD4-201ENST00000342988 8769 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.16■□□□□ 0.34
ATG4BQ9Y4P1 NOL3-211ENST00000568146 1351 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
ATG4BQ9Y4P1 AC022916.1-201ENST00000590478 2658 ntTSL 2 BASIC17.16■□□□□ 0.34
ATG4BQ9Y4P1 JKAMP-201ENST00000261247 1726 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
ATG4BQ9Y4P1 PCDHA1-202ENST00000394633 2204 ntTSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
ATG4BQ9Y4P1 ZNF133-211ENST00000538547 2245 ntTSL 2 BASIC17.16■□□□□ 0.34
ATG4BQ9Y4P1 CHTF8-203ENST00000448552 2903 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
ATG4BQ9Y4P1 METTL21A-208ENST00000448007 1770 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
ATG4BQ9Y4P1 ZIC4-212ENST00000484399 1774 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.16■□□□□ 0.34
ATG4BQ9Y4P1 DGUOK-201ENST00000264093 1144 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
ATG4BQ9Y4P1 HIST2H2AB-201ENST00000331128 393 ntAPPRIS P1 BASIC17.16■□□□□ 0.34
ATG4BQ9Y4P1 DGUOK-202ENST00000348222 880 ntTSL 2 BASIC17.16■□□□□ 0.34
ATG4BQ9Y4P1 APCDD1-201ENST00000355285 3809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
ATG4BQ9Y4P1 MRPL24-202ENST00000368211 883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
ATG4BQ9Y4P1 HES2-202ENST00000377836 507 ntTSL 2 BASIC17.16■□□□□ 0.34
ATG4BQ9Y4P1 TBC1D7-205ENST00000379307 1084 ntTSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
ATG4BQ9Y4P1 HDAC11-AS1-201ENST00000424112 515 ntTSL 2 BASIC17.16■□□□□ 0.34
ATG4BQ9Y4P1 AL513320.1-201ENST00000435049 622 ntTSL 3 BASIC17.16■□□□□ 0.34
ATG4BQ9Y4P1 MEAF6-205ENST00000448519 666 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
ATG4BQ9Y4P1 HOXD8-203ENST00000450510 1268 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
ATG4BQ9Y4P1 AC087623.2-201ENST00000528407 534 ntTSL 4 BASIC17.16■□□□□ 0.34
ATG4BQ9Y4P1 SEPHS1-206ENST00000545675 2988 ntTSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
ATG4BQ9Y4P1 ANKRD34C-AS1-201ENST00000557790 594 ntTSL 3 BASIC17.16■□□□□ 0.34
ATG4BQ9Y4P1 WSCD1-209ENST00000574232 2129 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.16■□□□□ 0.34
ATG4BQ9Y4P1 TEN1-204ENST00000588202 862 ntTSL 3 BASIC17.16■□□□□ 0.34
ATG4BQ9Y4P1 AC243829.1-201ENST00000615128 1059 ntTSL 2 BASIC17.16■□□□□ 0.34
ATG4BQ9Y4P1 mascRNA-menRNA.2-201ENST00000616984 58 ntBASIC17.16■□□□□ 0.34
ATG4BQ9Y4P1 ILKAP-212ENST00000622223 1088 ntTSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
ATG4BQ9Y4P1 DGUOK-208ENST00000629438 1029 ntTSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
ATG4BQ9Y4P1 AL772307.1-201ENST00000639363 1066 ntTSL 2 BASIC17.16■□□□□ 0.34
ATG4BQ9Y4P1 HIC1-202ENST00000399849 3156 ntTSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
ATG4BQ9Y4P1 ACSM2B-208ENST00000565322 1834 ntTSL 2 BASIC17.16■□□□□ 0.34
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 31.2 ms