Protein–RNA interactions for Protein: Q9NTJ3

SMC4, Structural maintenance of chromosomes protein 4, humanhuman

Predictions only

Length 1,288 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SMC4Q9NTJ3 PSMD11-202ENST00000457654 2159 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.3■■□□□ 1.32
SMC4Q9NTJ3 VIPR1-201ENST00000325123 2773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
SMC4Q9NTJ3 PCDHA1-202ENST00000394633 2204 ntTSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
SMC4Q9NTJ3 ZNF133-211ENST00000538547 2245 ntTSL 2 BASIC23.29■■□□□ 1.32
SMC4Q9NTJ3 RNF113B-201ENST00000267291 1376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
SMC4Q9NTJ3 BSCL2-201ENST00000278893 1364 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.29■■□□□ 1.32
SMC4Q9NTJ3 AGPAT2-201ENST00000371694 1391 ntTSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
SMC4Q9NTJ3 ACVRL1-202ENST00000419526 1356 ntTSL 2 BASIC23.29■■□□□ 1.32
SMC4Q9NTJ3 STAC3-201ENST00000332782 1656 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.29■■□□□ 1.32
SMC4Q9NTJ3 FDXR-205ENST00000544854 1827 ntTSL 2 BASIC23.29■■□□□ 1.32
SMC4Q9NTJ3 ACSM2B-208ENST00000565322 1834 ntTSL 2 BASIC23.29■■□□□ 1.32
SMC4Q9NTJ3 TRPV4-208ENST00000544971 2295 ntTSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
SMC4Q9NTJ3 PCDHA2-203ENST00000526136 5254 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
SMC4Q9NTJ3 DGUOK-201ENST00000264093 1144 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
SMC4Q9NTJ3 DGUOK-202ENST00000348222 880 ntTSL 2 BASIC23.29■■□□□ 1.32
SMC4Q9NTJ3 STK4-201ENST00000372801 2038 ntTSL 2 BASIC23.29■■□□□ 1.32
SMC4Q9NTJ3 HES2-202ENST00000377836 507 ntTSL 2 BASIC23.29■■□□□ 1.32
SMC4Q9NTJ3 TBC1D7-205ENST00000379307 1084 ntTSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
SMC4Q9NTJ3 AL513320.1-201ENST00000435049 622 ntTSL 3 BASIC23.29■■□□□ 1.32
SMC4Q9NTJ3 MECP2-205ENST00000453960 1729 ntTSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
SMC4Q9NTJ3 CLDN7-204ENST00000571881 735 ntTSL 3 BASIC23.29■■□□□ 1.32
SMC4Q9NTJ3 AC008687.5-201ENST00000593746 558 ntBASIC23.29■■□□□ 1.32
SMC4Q9NTJ3 PAK4-209ENST00000599470 1715 ntTSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
SMC4Q9NTJ3 mascRNA-menRNA.2-201ENST00000616984 58 ntBASIC23.29■■□□□ 1.32
SMC4Q9NTJ3 DGUOK-208ENST00000629438 1029 ntTSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
SMC4Q9NTJ3 AL772307.1-201ENST00000639363 1066 ntTSL 2 BASIC23.29■■□□□ 1.32
SMC4Q9NTJ3 METTL21A-208ENST00000448007 1770 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
SMC4Q9NTJ3 ZIC4-212ENST00000484399 1774 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.29■■□□□ 1.32
SMC4Q9NTJ3 CXXC1-202ENST00000412036 2280 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
SMC4Q9NTJ3 CHTF8-203ENST00000448552 2903 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
SMC4Q9NTJ3 GPS1-201ENST00000306823 1842 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
SMC4Q9NTJ3 FNBP1-203ENST00000443566 5227 ntTSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
SMC4Q9NTJ3 CBX2-202ENST00000310942 4644 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
SMC4Q9NTJ3 AC120049.1-201ENST00000592638 2065 ntTSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
SMC4Q9NTJ3 LINC00602-201ENST00000629776 2065 ntBASIC23.28■■□□□ 1.32
SMC4Q9NTJ3 CD276-203ENST00000537340 2439 ntTSL 2 BASIC23.28■■□□□ 1.32
SMC4Q9NTJ3 BTBD11-201ENST00000280758 5767 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.28■■□□□ 1.32
SMC4Q9NTJ3 ELP5-204ENST00000396628 1423 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
SMC4Q9NTJ3 LINC00167-201ENST00000530583 1419 ntBASIC23.28■■□□□ 1.32
SMC4Q9NTJ3 AEBP2-201ENST00000266508 3620 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
SMC4Q9NTJ3 WDR59-202ENST00000536050 1752 ntTSL 2 BASIC23.28■■□□□ 1.32
SMC4Q9NTJ3 HOXD8-203ENST00000450510 1268 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
SMC4Q9NTJ3 AC116353.4-201ENST00000507279 576 ntTSL 4 BASIC23.28■■□□□ 1.32
SMC4Q9NTJ3 MRPL52-210ENST00000555345 895 ntTSL 2 BASIC23.28■■□□□ 1.32
SMC4Q9NTJ3 C6orf48-210ENST00000614363 748 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.28■■□□□ 1.32
SMC4Q9NTJ3 SPEG-225ENST00000617028 815 ntTSL 5 BASIC23.28■■□□□ 1.32
SMC4Q9NTJ3 ILKAP-212ENST00000622223 1088 ntTSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
SMC4Q9NTJ3 THNSL2-205ENST00000449349 1616 ntTSL 5 BASIC23.28■■□□□ 1.32
SMC4Q9NTJ3 TRABD-201ENST00000303434 2329 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
SMC4Q9NTJ3 PSRC1-205ENST00000409138 1826 ntTSL 2 BASIC23.28■■□□□ 1.32
SMC4Q9NTJ3 SPOPL-201ENST00000280098 6025 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
SMC4Q9NTJ3 TADA3-201ENST00000301964 2355 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
SMC4Q9NTJ3 GTF2IP1-210ENST00000622829 3605 ntTSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
SMC4Q9NTJ3 GTPBP2-202ENST00000307126 2933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
SMC4Q9NTJ3 PDLIM3-201ENST00000284767 2589 ntTSL 5 BASIC23.28■■□□□ 1.32
SMC4Q9NTJ3 AC105285.1-202ENST00000499322 1866 ntTSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
SMC4Q9NTJ3 ARSA-201ENST00000216124 2050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
SMC4Q9NTJ3 SLC12A9-215ENST00000540482 2269 ntTSL 2 BASIC23.28■■□□□ 1.32
SMC4Q9NTJ3 SLC2A8-202ENST00000373360 1937 ntTSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
SMC4Q9NTJ3 STX6-201ENST00000258301 4851 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
SMC4Q9NTJ3 USP18-201ENST00000215794 2129 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
SMC4Q9NTJ3 ERI1-203ENST00000519292 2107 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.27■■□□□ 1.32
SMC4Q9NTJ3 ETS1-208ENST00000535549 4594 ntTSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
SMC4Q9NTJ3 POMC-204ENST00000405623 1426 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
SMC4Q9NTJ3 CHRNA4-207ENST00000615287 5643 ntTSL 5 BASIC23.27■■□□□ 1.32
SMC4Q9NTJ3 MAPKAPK2-202ENST00000367103 2961 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
SMC4Q9NTJ3 MIR662-201ENST00000384847 95 ntBASIC23.27■■□□□ 1.32
SMC4Q9NTJ3 TMEM243-203ENST00000433078 1273 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.27■■□□□ 1.32
SMC4Q9NTJ3 KRT18P48-201ENST00000434763 852 ntBASIC23.27■■□□□ 1.32
SMC4Q9NTJ3 LBX1-AS1-203ENST00000454527 740 ntTSL 5 BASIC23.27■■□□□ 1.32
SMC4Q9NTJ3 LY6E-213ENST00000522528 606 ntTSL 3 BASIC23.27■■□□□ 1.32
SMC4Q9NTJ3 AC064853.5-201ENST00000641976 258 ntAPPRIS P1 BASIC23.27■■□□□ 1.32
SMC4Q9NTJ3 KRT89P-201ENST00000620027 1478 ntBASIC23.27■■□□□ 1.32
SMC4Q9NTJ3 ATP1B1-201ENST00000367815 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
SMC4Q9NTJ3 HOXC6-202ENST00000394331 2943 ntTSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
SMC4Q9NTJ3 SLC35E4-201ENST00000343605 2714 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
SMC4Q9NTJ3 NUTM2F-202ENST00000341207 2516 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.27■■□□□ 1.32
SMC4Q9NTJ3 NUTM2G-202ENST00000372322 2516 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.27■■□□□ 1.32
SMC4Q9NTJ3 HNF1A-202ENST00000400024 2337 ntTSL 2 BASIC23.27■■□□□ 1.32
SMC4Q9NTJ3 ZNF205-206ENST00000620094 2309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
SMC4Q9NTJ3 NPEPL1-204ENST00000525967 1917 ntTSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
SMC4Q9NTJ3 FLJ13224-201ENST00000313737 1514 ntBASIC23.27■■□□□ 1.32
SMC4Q9NTJ3 FAM46A-203ENST00000369756 5537 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
SMC4Q9NTJ3 SAMD5-201ENST00000367474 6089 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.26■■□□□ 1.31
SMC4Q9NTJ3 AC093627.4-201ENST00000484550 5008 ntTSL 2 BASIC23.26■■□□□ 1.31
SMC4Q9NTJ3 SIGLEC6-203ENST00000359982 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.26■■□□□ 1.31
SMC4Q9NTJ3 FPGS-201ENST00000373225 2278 ntTSL 2 BASIC23.26■■□□□ 1.31
SMC4Q9NTJ3 ZNF385A-202ENST00000352268 2076 ntTSL 2 BASIC23.26■■□□□ 1.31
SMC4Q9NTJ3 ENTPD2-202ENST00000355097 2095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
SMC4Q9NTJ3 URI1-202ENST00000392271 3444 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
SMC4Q9NTJ3 AC090206.1-201ENST00000615734 1678 ntTSL 5 BASIC23.26■■□□□ 1.31
SMC4Q9NTJ3 NFKB2-201ENST00000189444 3011 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
SMC4Q9NTJ3 DDX42-202ENST00000389924 3939 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.26■■□□□ 1.31
SMC4Q9NTJ3 AL133373.2-201ENST00000623187 2828 ntBASIC23.26■■□□□ 1.31
SMC4Q9NTJ3 FAM50B-202ENST00000380274 1932 ntAPPRIS P1 BASIC23.26■■□□□ 1.31
SMC4Q9NTJ3 USP25-204ENST00000400183 5341 ntTSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
SMC4Q9NTJ3 MED25-212ENST00000618715 1467 ntTSL 5 BASIC23.26■■□□□ 1.31
SMC4Q9NTJ3 NRBP1-203ENST00000379852 2163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
SMC4Q9NTJ3 PARK7-201ENST00000338639 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
SMC4Q9NTJ3 CLN3-202ENST00000355477 1173 ntTSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 69.1 ms