Protein–RNA interactions for Protein: Q9BQI4

CCDC3, Coiled-coil domain-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 270 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC3Q9BQI4 PGAP3-206ENST00000579146 2220 ntTSL 2 BASIC17.72■□□□□ 0.43
CCDC3Q9BQI4 CTBP2-214ENST00000531469 1918 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.72■□□□□ 0.43
CCDC3Q9BQI4 RAB43-201ENST00000315150 4467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
CCDC3Q9BQI4 TNFAIP3-207ENST00000614035 1430 ntTSL 5 BASIC17.72■□□□□ 0.43
CCDC3Q9BQI4 AP000974.1-201ENST00000623909 2387 ntBASIC17.72■□□□□ 0.43
CCDC3Q9BQI4 CBSL-210ENST00000624934 1992 ntTSL 5 BASIC17.71■□□□□ 0.43
CCDC3Q9BQI4 PCCA-201ENST00000376279 2418 ntTSL 2 BASIC17.71■□□□□ 0.43
CCDC3Q9BQI4 ADAM23-201ENST00000264377 6330 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
CCDC3Q9BQI4 TJP1-212ENST00000614355 6977 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.71■□□□□ 0.43
CCDC3Q9BQI4 SLC35F5-201ENST00000245680 4412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
CCDC3Q9BQI4 AC008393.1-201ENST00000499601 1454 ntTSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
CCDC3Q9BQI4 ADGRB2-201ENST00000373655 5400 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
CCDC3Q9BQI4 ID2-202ENST00000331129 623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
CCDC3Q9BQI4 IGF2-202ENST00000381392 1005 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
CCDC3Q9BQI4 PAX3-208ENST00000409828 1254 ntTSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
CCDC3Q9BQI4 MINOS1P3-201ENST00000457048 203 ntBASIC17.71■□□□□ 0.43
CCDC3Q9BQI4 AC091607.1-201ENST00000490318 1060 ntBASIC17.71■□□□□ 0.43
CCDC3Q9BQI4 FOXP3-205ENST00000518685 1213 ntTSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
CCDC3Q9BQI4 AC099805.1-202ENST00000519927 1057 ntTSL 5 BASIC17.71■□□□□ 0.43
CCDC3Q9BQI4 BARHL1-202ENST00000542090 1197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
CCDC3Q9BQI4 AC092118.1-202ENST00000568697 718 ntTSL 3 BASIC17.71■□□□□ 0.43
CCDC3Q9BQI4 TYROBP-205ENST00000585901 620 ntTSL 3 BASIC17.71■□□□□ 0.43
CCDC3Q9BQI4 C6orf48-210ENST00000614363 748 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.71■□□□□ 0.43
CCDC3Q9BQI4 AC004263.2-201ENST00000617183 678 ntBASIC17.71■□□□□ 0.43
CCDC3Q9BQI4 SYT17-207ENST00000568115 1721 ntTSL 5 BASIC17.71■□□□□ 0.43
CCDC3Q9BQI4 PCDHGB3-202ENST00000618934 2445 ntAPPRIS P1 BASIC17.71■□□□□ 0.43
CCDC3Q9BQI4 GLYCTK-202ENST00000436784 1982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
CCDC3Q9BQI4 SAAL1-201ENST00000300013 1518 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC17.71■□□□□ 0.43
CCDC3Q9BQI4 ZNF667-AS1-201ENST00000585445 1521 ntTSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
CCDC3Q9BQI4 CASD1-201ENST00000297273 3942 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
CCDC3Q9BQI4 TWIST2-202ENST00000612363 1404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
CCDC3Q9BQI4 TMPRSS5-201ENST00000299882 2232 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
CCDC3Q9BQI4 NFATC4-220ENST00000555393 2235 ntTSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
CCDC3Q9BQI4 TINAGL1-202ENST00000457433 2140 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.71■□□□□ 0.42
CCDC3Q9BQI4 COL4A2-201ENST00000360467 6281 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.71■□□□□ 0.42
CCDC3Q9BQI4 YY1AP1-213ENST00000405763 2011 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.42
CCDC3Q9BQI4 RGMB-AS1-201ENST00000498871 1903 ntTSL 2 BASIC17.7■□□□□ 0.42
CCDC3Q9BQI4 BRI3BP-201ENST00000341446 6648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
CCDC3Q9BQI4 ARSA-203ENST00000395619 1824 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.7■□□□□ 0.42
CCDC3Q9BQI4 HEXDC-203ENST00000577944 1820 ntTSL 5 BASIC17.7■□□□□ 0.42
CCDC3Q9BQI4 DISP3-202ENST00000304391 1495 ntTSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
CCDC3Q9BQI4 DACT2-204ENST00000610183 2088 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
CCDC3Q9BQI4 RHOV-201ENST00000220507 1705 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
CCDC3Q9BQI4 RALGAPA1-219ENST00000637992 8512 ntTSL 5 BASIC17.7■□□□□ 0.42
CCDC3Q9BQI4 CACNA2D2-201ENST00000266039 5476 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
CCDC3Q9BQI4 NAF1-202ENST00000422287 1604 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
CCDC3Q9BQI4 OSM-201ENST00000215781 1854 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
CCDC3Q9BQI4 GUCA1A-201ENST00000053469 1874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
CCDC3Q9BQI4 STX8-201ENST00000306357 1246 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
CCDC3Q9BQI4 HES2-202ENST00000377836 507 ntTSL 2 BASIC17.7■□□□□ 0.42
CCDC3Q9BQI4 LINC01237-203ENST00000430555 843 ntTSL 4 BASIC17.7■□□□□ 0.42
CCDC3Q9BQI4 RNF144A-AS1-205ENST00000439208 757 ntTSL 3 BASIC17.7■□□□□ 0.42
CCDC3Q9BQI4 PQLC2L-205ENST00000461040 563 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC17.7■□□□□ 0.42
CCDC3Q9BQI4 RCHY1-208ENST00000512706 1011 ntTSL 3 BASIC17.7■□□□□ 0.42
CCDC3Q9BQI4 KRT18P41-201ENST00000518924 1277 ntBASIC17.7■□□□□ 0.42
CCDC3Q9BQI4 CCDC61-201ENST00000536603 1282 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
CCDC3Q9BQI4 SAXO2-206ENST00000566205 340 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.7■□□□□ 0.42
CCDC3Q9BQI4 AC008735.1-201ENST00000592252 802 ntTSL 5 BASIC17.7■□□□□ 0.42
CCDC3Q9BQI4 CALM3-211ENST00000598871 561 ntTSL 4 BASIC17.7■□□□□ 0.42
CCDC3Q9BQI4 CHMP4A-211ENST00000609024 735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
CCDC3Q9BQI4 ISG15-203ENST00000624697 788 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC17.7■□□□□ 0.42
CCDC3Q9BQI4 CCNC-219ENST00000627680 896 ntTSL 5 BASIC17.7■□□□□ 0.42
CCDC3Q9BQI4 ITPKB-202ENST00000366784 3146 ntTSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
CCDC3Q9BQI4 KCNA7-201ENST00000221444 4372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
CCDC3Q9BQI4 LLGL2-203ENST00000392550 3509 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
CCDC3Q9BQI4 PHKA1-201ENST00000339490 6121 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
CCDC3Q9BQI4 CD209-210ENST00000601951 1439 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
CCDC3Q9BQI4 HOXC13-201ENST00000243056 2423 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
CCDC3Q9BQI4 RNF212-202ENST00000382968 2335 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
CCDC3Q9BQI4 FAM208A-209ENST00000493960 5600 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.7■□□□□ 0.42
CCDC3Q9BQI4 SYBU-232ENST00000533171 2498 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.7■□□□□ 0.42
CCDC3Q9BQI4 ANKRD13D-201ENST00000308440 2219 ntTSL 2 BASIC17.7■□□□□ 0.42
CCDC3Q9BQI4 TPST2-201ENST00000338754 5697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
CCDC3Q9BQI4 ADGRB2-202ENST00000373658 5414 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.69■□□□□ 0.42
CCDC3Q9BQI4 TMEM128-201ENST00000254742 1737 ntTSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
CCDC3Q9BQI4 TCTN1-223ENST00000550703 2149 ntTSL 2 BASIC17.69■□□□□ 0.42
CCDC3Q9BQI4 SREBF2-201ENST00000361204 5240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
CCDC3Q9BQI4 TBC1D20-201ENST00000354200 4466 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
CCDC3Q9BQI4 SERPINH1-215ENST00000533603 2299 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.69■□□□□ 0.42
CCDC3Q9BQI4 ZNF286A-204ENST00000464847 5616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
CCDC3Q9BQI4 EDN3-203ENST00000371025 1153 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
CCDC3Q9BQI4 BEX4-201ENST00000372691 1066 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.69■□□□□ 0.42
CCDC3Q9BQI4 TCEAL2-202ENST00000372780 1100 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
CCDC3Q9BQI4 NTMT1-205ENST00000459968 1123 ntTSL 2 BASIC17.69■□□□□ 0.42
CCDC3Q9BQI4 NTMT1-207ENST00000482347 1072 ntTSL 2 BASIC17.69■□□□□ 0.42
CCDC3Q9BQI4 CDV3-207ENST00000508481 661 ntTSL 3 BASIC17.69■□□□□ 0.42
CCDC3Q9BQI4 AC079776.4-201ENST00000511039 504 ntBASIC17.69■□□□□ 0.42
CCDC3Q9BQI4 ZBED5-AS1-202ENST00000529014 771 ntTSL 5 BASIC17.69■□□□□ 0.42
CCDC3Q9BQI4 AL662844.1-201ENST00000546340 181 ntBASIC17.69■□□□□ 0.42
CCDC3Q9BQI4 SLC25A6P4-201ENST00000586535 553 ntBASIC17.69■□□□□ 0.42
CCDC3Q9BQI4 FCGRT-210ENST00000596975 1054 ntTSL 5 BASIC17.69■□□□□ 0.42
CCDC3Q9BQI4 P2RY6-207ENST00000538328 1425 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.69■□□□□ 0.42
CCDC3Q9BQI4 AC112777.1-201ENST00000540175 1423 ntBASIC17.69■□□□□ 0.42
CCDC3Q9BQI4 CORO6-212ENST00000584969 1416 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.69■□□□□ 0.42
CCDC3Q9BQI4 CAPN1-226ENST00000533820 3083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
CCDC3Q9BQI4 RNF217-211ENST00000560949 5145 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.69■□□□□ 0.42
CCDC3Q9BQI4 FARSA-202ENST00000423140 1720 ntTSL 2 BASIC17.69■□□□□ 0.42
CCDC3Q9BQI4 TAL1-202ENST00000371884 4642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
CCDC3Q9BQI4 SORBS3-221ENST00000523965 2028 ntTSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
CCDC3Q9BQI4 INPP5J-203ENST00000401755 1751 ntTSL 2 BASIC17.68■□□□□ 0.42
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 56.9 ms