Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEF3

CCDC112, Coiled-coil domain-containing protein 112, humanhuman

Predictions only

Length 446 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC112Q8NEF3 FMR1-205ENST00000370475 4308 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
CCDC112Q8NEF3 NOL4L-211ENST00000621426 6577 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.04■□□□□ 0.8
CCDC112Q8NEF3 TSSK2-201ENST00000399635 1816 ntAPPRIS P1 BASIC20.04■□□□□ 0.8
CCDC112Q8NEF3 RPN2-201ENST00000237530 2515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
CCDC112Q8NEF3 NID1-202ENST00000366595 5412 ntTSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
CCDC112Q8NEF3 NFATC4-215ENST00000554661 2631 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
CCDC112Q8NEF3 ALOX12-201ENST00000251535 2358 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
CCDC112Q8NEF3 GRAP2-202ENST00000407075 1304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
CCDC112Q8NEF3 AP000347.2-202ENST00000421064 3041 ntTSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
CCDC112Q8NEF3 SUMF2-202ENST00000342190 1876 ntTSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
CCDC112Q8NEF3 BPGM-203ENST00000418040 1870 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.03■□□□□ 0.8
CCDC112Q8NEF3 ZNF423-206ENST00000563137 4911 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.03■□□□□ 0.8
CCDC112Q8NEF3 PEPD-203ENST00000436370 1638 ntTSL 2 BASIC20.03■□□□□ 0.8
CCDC112Q8NEF3 ZNF133-205ENST00000401790 2642 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.03■□□□□ 0.8
CCDC112Q8NEF3 SH3BP5-206ENST00000426925 2190 ntTSL 2 BASIC20.03■□□□□ 0.8
CCDC112Q8NEF3 ISM2-207ENST00000493585 1739 ntTSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
CCDC112Q8NEF3 COBL-201ENST00000265136 5291 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
CCDC112Q8NEF3 IL17C-201ENST00000244241 1044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
CCDC112Q8NEF3 MAL-201ENST00000309988 1112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
CCDC112Q8NEF3 PMF1-BGLAP-202ENST00000368276 852 ntTSL 3 BASIC20.03■□□□□ 0.8
CCDC112Q8NEF3 AP000593.1-201ENST00000393668 712 ntBASIC20.03■□□□□ 0.8
CCDC112Q8NEF3 AKAIN1-201ENST00000434239 575 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.03■□□□□ 0.8
CCDC112Q8NEF3 F2R-202ENST00000505600 442 ntTSL 2 BASIC20.03■□□□□ 0.8
CCDC112Q8NEF3 FBXO17-202ENST00000595329 1299 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.03■□□□□ 0.8
CCDC112Q8NEF3 AC066615.1-201ENST00000640911 628 ntBASIC20.03■□□□□ 0.8
CCDC112Q8NEF3 NFATC4-222ENST00000555590 2830 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
CCDC112Q8NEF3 GRAMD1A-211ENST00000599564 2825 ntTSL 5 BASIC20.03■□□□□ 0.8
CCDC112Q8NEF3 CHTOP-207ENST00000614256 1840 ntTSL 3 BASIC20.03■□□□□ 0.8
CCDC112Q8NEF3 CEMP1-202ENST00000567119 1374 ntAPPRIS P2 BASIC20.03■□□□□ 0.8
CCDC112Q8NEF3 CFLAR-208ENST00000423241 2128 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
CCDC112Q8NEF3 DCST1-202ENST00000368419 2207 ntTSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
CCDC112Q8NEF3 APEH-202ENST00000438011 2249 ntTSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
CCDC112Q8NEF3 SLC35F3-202ENST00000366618 2891 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.03■□□□□ 0.8
CCDC112Q8NEF3 GDE1-201ENST00000353258 2958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
CCDC112Q8NEF3 ZAP70-201ENST00000264972 2437 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
CCDC112Q8NEF3 NEIL1-221ENST00000569035 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
CCDC112Q8NEF3 RCAN3-209ENST00000616511 2527 ntTSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
CCDC112Q8NEF3 PPP1R7-202ENST00000272983 1954 ntTSL 2 BASIC20.03■□□□□ 0.8
CCDC112Q8NEF3 QTRT1-201ENST00000250237 1317 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.8
CCDC112Q8NEF3 OARD1-202ENST00000424266 1337 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.02■□□□□ 0.8
CCDC112Q8NEF3 AC083805.3-201ENST00000619560 1315 ntTSL 3 BASIC20.02■□□□□ 0.8
CCDC112Q8NEF3 AC104809.2-201ENST00000418218 2274 ntTSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.8
CCDC112Q8NEF3 RGS11-202ENST00000316163 2376 ntTSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.8
CCDC112Q8NEF3 NFS1-214ENST00000541387 1436 ntTSL 2 BASIC20.02■□□□□ 0.8
CCDC112Q8NEF3 AEBP1-206ENST00000450684 2571 ntTSL 2 BASIC20.02■□□□□ 0.8
CCDC112Q8NEF3 AC011270.2-201ENST00000624293 2550 ntBASIC20.02■□□□□ 0.8
CCDC112Q8NEF3 PTGER3-208ENST00000370932 1841 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.02■□□□□ 0.8
CCDC112Q8NEF3 PSTPIP1-201ENST00000379595 1840 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.02■□□□□ 0.8
CCDC112Q8NEF3 PAQR6-201ENST00000292291 1908 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.8
CCDC112Q8NEF3 ADCK5-201ENST00000308860 1949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.8
CCDC112Q8NEF3 TRAM1-205ENST00000521425 3394 ntTSL 2 BASIC20.02■□□□□ 0.8
CCDC112Q8NEF3 ZBTB7C-221ENST00000590800 4947 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.8
CCDC112Q8NEF3 MARVELD3-202ENST00000299952 2214 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.02■□□□□ 0.8
CCDC112Q8NEF3 GATA6-201ENST00000269216 3770 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.8
CCDC112Q8NEF3 ISLR2-203ENST00000435464 4259 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.02■□□□□ 0.8
CCDC112Q8NEF3 ILF3-203ENST00000449870 6119 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.8
CCDC112Q8NEF3 ITSN2-201ENST00000355123 6300 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.8
CCDC112Q8NEF3 FAM111A-204ENST00000528737 6189 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.02■□□□□ 0.8
CCDC112Q8NEF3 ACOT8-201ENST00000217455 1168 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.8
CCDC112Q8NEF3 TNNC1-201ENST00000232975 714 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.8
CCDC112Q8NEF3 MEA1-201ENST00000244711 1089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.8
CCDC112Q8NEF3 SERTAD4-AS1-201ENST00000437764 726 ntTSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.8
CCDC112Q8NEF3 Z98884.1-201ENST00000451646 830 ntTSL 3 BASIC20.02■□□□□ 0.8
CCDC112Q8NEF3 ZNF346-203ENST00000503425 1191 ntTSL 2 BASIC20.02■□□□□ 0.8
CCDC112Q8NEF3 ITM2C-210ENST00000620962 501 ntBASIC20.02■□□□□ 0.8
CCDC112Q8NEF3 POLR3H-202ENST00000355209 4416 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.8
CCDC112Q8NEF3 TMEM53-205ENST00000372244 1472 ntTSL 2 BASIC20.02■□□□□ 0.8
CCDC112Q8NEF3 LINC02361-201ENST00000538731 1484 ntTSL 2 BASIC20.02■□□□□ 0.8
CCDC112Q8NEF3 RNF217-211ENST00000560949 5145 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.02■□□□□ 0.8
CCDC112Q8NEF3 PTGES-201ENST00000340607 1774 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.8
CCDC112Q8NEF3 LPAR2-201ENST00000407877 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.8
CCDC112Q8NEF3 PHGDH-209ENST00000641074 1780 ntBASIC20.02■□□□□ 0.8
CCDC112Q8NEF3 VIM-201ENST00000224237 1868 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.8
CCDC112Q8NEF3 AC096719.1-201ENST00000510705 1874 ntTSL 5 BASIC20.02■□□□□ 0.8
CCDC112Q8NEF3 DLGAP1-222ENST00000639615 1898 ntTSL 5 BASIC20.02■□□□□ 0.8
CCDC112Q8NEF3 RAB17-201ENST00000264601 1966 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.8
CCDC112Q8NEF3 SPG7-201ENST00000268704 3076 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.8
CCDC112Q8NEF3 SEPT9-202ENST00000423034 3984 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.8
CCDC112Q8NEF3 MXD4-201ENST00000337190 4056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.8
CCDC112Q8NEF3 ZNF302-215ENST00000627982 1723 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.02■□□□□ 0.79
CCDC112Q8NEF3 RNF19A-201ENST00000341084 4285 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.02■□□□□ 0.79
CCDC112Q8NEF3 KCNQ2-201ENST00000344425 1426 ntTSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.79
CCDC112Q8NEF3 PARP6-220ENST00000569795 2855 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.01■□□□□ 0.79
CCDC112Q8NEF3 TRIM27-201ENST00000377194 2686 ntTSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
CCDC112Q8NEF3 CROCCP1-201ENST00000426910 5675 ntBASIC20.01■□□□□ 0.79
CCDC112Q8NEF3 USP27X-AS1-201ENST00000437322 2175 ntTSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
CCDC112Q8NEF3 REPS2-201ENST00000303843 7771 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
CCDC112Q8NEF3 EPHA10-201ENST00000319637 2050 ntTSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
CCDC112Q8NEF3 ABCC3-202ENST00000427699 1881 ntTSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
CCDC112Q8NEF3 PARP9-204ENST00000471785 3040 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.01■□□□□ 0.79
CCDC112Q8NEF3 JRK-211ENST00000615982 2823 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
CCDC112Q8NEF3 NSUN5-201ENST00000252594 1672 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
CCDC112Q8NEF3 SLC29A2-206ENST00000546034 2509 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.01■□□□□ 0.79
CCDC112Q8NEF3 IGSF8-201ENST00000314485 2343 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
CCDC112Q8NEF3 SERF1A-201ENST00000317633 963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
CCDC112Q8NEF3 UXT-201ENST00000333119 574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
CCDC112Q8NEF3 SPATA2L-202ENST00000335360 1001 ntTSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
CCDC112Q8NEF3 H3F3A-204ENST00000366816 799 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.01■□□□□ 0.79
CCDC112Q8NEF3 RTL8A-201ENST00000370775 1244 ntAPPRIS P1 BASIC20.01■□□□□ 0.79
CCDC112Q8NEF3 CCDC74B-203ENST00000409128 789 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.01■□□□□ 0.79
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 40.7 ms