Protein–RNA interactions for Protein: Q13263

TRIM28, Transcription intermediary factor 1-beta, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 835 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM28Q13263 DNAAF4-202ENST00000348518 1897 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.47■■□□□ 1.19
TRIM28Q13263 GAS2L1P2-202ENST00000442849 2262 ntTSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
TRIM28Q13263 TMUB2-213ENST00000589856 1505 ntTSL 2 BASIC22.47■■□□□ 1.19
TRIM28Q13263 ACHE-205ENST00000419336 1906 ntTSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
TRIM28Q13263 SP100-208ENST00000427101 1922 ntTSL 2 BASIC22.47■■□□□ 1.19
TRIM28Q13263 HES1-201ENST00000232424 1578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
TRIM28Q13263 PARP16-202ENST00000444347 2352 ntTSL 2 BASIC22.47■■□□□ 1.19
TRIM28Q13263 AP000974.1-201ENST00000623909 2387 ntBASIC22.47■■□□□ 1.19
TRIM28Q13263 TEAD4-201ENST00000358409 1637 ntTSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
TRIM28Q13263 RGMB-207ENST00000513185 2052 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.47■■□□□ 1.19
TRIM28Q13263 QRFP-201ENST00000343079 411 ntAPPRIS P1 BASIC22.47■■□□□ 1.19
TRIM28Q13263 DRAP1-202ENST00000376991 819 ntTSL 5 BASIC22.47■■□□□ 1.19
TRIM28Q13263 POM121L12-201ENST00000408890 1283 ntAPPRIS P1 BASIC22.47■■□□□ 1.19
TRIM28Q13263 SATB1-AS1-201ENST00000414198 737 ntTSL 2 BASIC22.47■■□□□ 1.19
TRIM28Q13263 CMPK1-205ENST00000471289 816 ntTSL 2 BASIC22.47■■□□□ 1.19
TRIM28Q13263 NDUFB2-209ENST00000472695 503 ntTSL 5 BASIC22.47■■□□□ 1.19
TRIM28Q13263 AC091133.2-201ENST00000505903 428 ntTSL 3 BASIC22.47■■□□□ 1.19
TRIM28Q13263 SART3-203ENST00000546611 1184 ntBASIC22.47■■□□□ 1.19
TRIM28Q13263 AC021087.4-201ENST00000563761 564 ntBASIC22.47■■□□□ 1.19
TRIM28Q13263 TMEM220-AS1-202ENST00000580899 561 ntTSL 4 BASIC22.47■■□□□ 1.19
TRIM28Q13263 AC243547.2-201ENST00000616257 234 ntTSL 3 BASIC22.47■■□□□ 1.19
TRIM28Q13263 MED16-213ENST00000616387 1078 ntTSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
TRIM28Q13263 SLC12A2-201ENST00000262461 6885 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
TRIM28Q13263 DHRS2-201ENST00000250383 1705 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
TRIM28Q13263 P2RY2-201ENST00000311131 2660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
TRIM28Q13263 SEH1L-202ENST00000399892 1846 ntTSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
TRIM28Q13263 DPH6-AS1-201ENST00000501169 1477 ntTSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
TRIM28Q13263 ANXA8-202ENST00000583448 1971 ntTSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
TRIM28Q13263 CYP2D7-208ENST00000614967 1504 ntTSL 5 BASIC22.47■■□□□ 1.19
TRIM28Q13263 NUP50-AS1-201ENST00000426282 2076 ntTSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
TRIM28Q13263 OTOP2-202ENST00000580223 2086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
TRIM28Q13263 PTBP1-220ENST00000627714 2201 ntTSL 5 BASIC22.46■■□□□ 1.19
TRIM28Q13263 RNF167-205ENST00000571816 1728 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.46■■□□□ 1.19
TRIM28Q13263 PRDM14-201ENST00000276594 2344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
TRIM28Q13263 CDK17-203ENST00000543119 2442 ntTSL 2 BASIC22.46■■□□□ 1.19
TRIM28Q13263 C11orf80-203ENST00000525449 1821 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
TRIM28Q13263 KRT24-201ENST00000264651 1881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
TRIM28Q13263 CABLES1-201ENST00000256925 5002 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
TRIM28Q13263 PCOLCE-AS1-201ENST00000442166 2537 ntTSL 2 BASIC22.46■■□□□ 1.19
TRIM28Q13263 POMC-203ENST00000395826 959 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.46■■□□□ 1.19
TRIM28Q13263 AP000688.4-201ENST00000436303 446 ntTSL 3 BASIC22.46■■□□□ 1.19
TRIM28Q13263 MPIG6B-210ENST00000480039 790 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
TRIM28Q13263 AC034213.1-201ENST00000507681 806 ntTSL 3 BASIC22.46■■□□□ 1.19
TRIM28Q13263 AC073648.2-201ENST00000510116 352 ntBASIC22.46■■□□□ 1.19
TRIM28Q13263 AC021739.2-201ENST00000558375 964 ntTSL 5 BASIC22.46■■□□□ 1.19
TRIM28Q13263 PAM16-208ENST00000573553 722 ntTSL 2 BASIC22.46■■□□□ 1.19
TRIM28Q13263 TMEM216-201ENST00000334888 1306 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.46■■□□□ 1.19
TRIM28Q13263 PVR-204ENST00000406449 1344 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
TRIM28Q13263 HOXC11-201ENST00000243082 2039 ntTSL 3 BASIC22.46■■□□□ 1.19
TRIM28Q13263 C16orf89-202ENST00000472572 1444 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
TRIM28Q13263 NADK2-206ENST00000506945 1437 ntTSL 2 BASIC22.46■■□□□ 1.19
TRIM28Q13263 GGN-201ENST00000334928 2239 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
TRIM28Q13263 BAZ1A-202ENST00000360310 6010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
TRIM28Q13263 AC242426.3-201ENST00000440377 1571 ntTSL 2 BASIC22.46■■□□□ 1.19
TRIM28Q13263 LGALS12-201ENST00000255684 1667 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
TRIM28Q13263 KIF1BP-201ENST00000361983 2544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
TRIM28Q13263 TPGS2-219ENST00000593035 1727 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.45■■□□□ 1.19
TRIM28Q13263 CHEK2-202ENST00000348295 1771 ntTSL 5 BASIC22.45■■□□□ 1.19
TRIM28Q13263 NF2-203ENST00000353887 1845 ntTSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.19
TRIM28Q13263 TBC1D3I-202ENST00000618620 1900 ntTSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
TRIM28Q13263 MAPK8IP1-201ENST00000241014 3050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
TRIM28Q13263 SMIM29-201ENST00000335352 1160 ntTSL 2 BASIC22.45■■□□□ 1.18
TRIM28Q13263 MRPS18A-201ENST00000372116 785 ntTSL 2 BASIC22.45■■□□□ 1.18
TRIM28Q13263 SRP19-202ENST00000445150 833 ntTSL 2 BASIC22.45■■□□□ 1.18
TRIM28Q13263 MIEN1-205ENST00000577810 806 ntTSL 3 BASIC22.45■■□□□ 1.18
TRIM28Q13263 LINC01197-204ENST00000611265 956 ntTSL 5 BASIC22.45■■□□□ 1.18
TRIM28Q13263 AC120114.3-201ENST00000611923 658 ntBASIC22.45■■□□□ 1.18
TRIM28Q13263 MIR7706-201ENST00000613747 67 ntBASIC22.45■■□□□ 1.18
TRIM28Q13263 AC243591.1-201ENST00000452967 1364 ntBASIC22.45■■□□□ 1.18
TRIM28Q13263 ACP6-201ENST00000392988 1555 ntTSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
TRIM28Q13263 AC010460.3-201ENST00000511359 1579 ntBASIC22.45■■□□□ 1.18
TRIM28Q13263 PSMD8-207ENST00000592035 1581 ntTSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
TRIM28Q13263 HPDL-201ENST00000334815 1629 ntAPPRIS P1 BASIC22.45■■□□□ 1.18
TRIM28Q13263 PPP2R2C-206ENST00000507294 1667 ntTSL 2 BASIC22.45■■□□□ 1.18
TRIM28Q13263 SPNS1-204ENST00000352260 1948 ntTSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
TRIM28Q13263 AL356309.3-201ENST00000624132 1934 ntBASIC22.45■■□□□ 1.18
TRIM28Q13263 FGF2-202ENST00000608478 3880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
TRIM28Q13263 ALKBH4-201ENST00000292566 2105 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
TRIM28Q13263 JAKMIP1-201ENST00000282924 2585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
TRIM28Q13263 SERPINA4-201ENST00000298841 1784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
TRIM28Q13263 MCU-202ENST00000373053 2949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
TRIM28Q13263 SYT15-201ENST00000374321 1369 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC22.44■■□□□ 1.18
TRIM28Q13263 ODF3B-202ENST00000401779 869 ntTSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
TRIM28Q13263 ODF3B-203ENST00000403326 643 ntTSL 3 BASIC22.44■■□□□ 1.18
TRIM28Q13263 ODF3B-205ENST00000428989 762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
TRIM28Q13263 AP006621.3-203ENST00000525941 610 ntTSL 2 BASIC22.44■■□□□ 1.18
TRIM28Q13263 C11orf68-203ENST00000530188 1528 ntAPPRIS ALT2 BASIC22.44■■□□□ 1.18
TRIM28Q13263 AC093677.2-201ENST00000600169 1863 ntBASIC22.44■■□□□ 1.18
TRIM28Q13263 AL049840.3-201ENST00000602669 611 ntBASIC22.44■■□□□ 1.18
TRIM28Q13263 METTL23-215ENST00000615984 1171 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.44■■□□□ 1.18
TRIM28Q13263 AC022898.2-201ENST00000616822 1312 ntBASIC22.44■■□□□ 1.18
TRIM28Q13263 TSPY4-205ENST00000640033 663 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.44■■□□□ 1.18
TRIM28Q13263 CPNE7-201ENST00000268720 2657 ntTSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
TRIM28Q13263 STMN3-202ENST00000540534 2351 ntTSL 2 BASIC22.43■■□□□ 1.18
TRIM28Q13263 CDHR5-201ENST00000349570 2318 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
TRIM28Q13263 PEX14-201ENST00000356607 1985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
TRIM28Q13263 UQCC3-201ENST00000377953 1947 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
TRIM28Q13263 GIPR-201ENST00000263281 1791 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
TRIM28Q13263 SEPT2-208ENST00000407971 3267 ntTSL 5 BASIC22.43■■□□□ 1.18
TRIM28Q13263 NRN1-201ENST00000244766 1624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 25.1 ms