Protein–RNA interactions for Protein: Q12873

CHD3, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 2,000 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD3Q12873 NETO1-201ENST00000327305 3058 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
CHD3Q12873 GSDMD-201ENST00000262580 1762 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
CHD3Q12873 DOK7-201ENST00000340083 2562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.09
CHD3Q12873 DOK7-203ENST00000507039 2551 ntTSL 2 BASIC15.58■□□□□ 0.09
CHD3Q12873 ZBTB8A-201ENST00000316459 1943 ntTSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.09
CHD3Q12873 ARNT-212ENST00000515192 2892 ntTSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.09
CHD3Q12873 SLC5A10-203ENST00000395645 2069 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.09
CHD3Q12873 TNNC1-201ENST00000232975 714 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.09
CHD3Q12873 TRAPPC3-202ENST00000373162 1056 ntTSL 2 BASIC15.58■□□□□ 0.09
CHD3Q12873 CYCS-202ENST00000409409 974 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.58■□□□□ 0.09
CHD3Q12873 AC074051.2-201ENST00000565115 352 ntBASIC15.58■□□□□ 0.09
CHD3Q12873 TK1-205ENST00000590862 642 ntTSL 3 BASIC15.58■□□□□ 0.09
CHD3Q12873 RABAC1-208ENST00000601078 728 ntTSL 3 BASIC15.58■□□□□ 0.09
CHD3Q12873 CD177-202ENST00000607855 536 ntTSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.09
CHD3Q12873 MAP2K3-215ENST00000627447 351 ntTSL 5 BASIC15.58■□□□□ 0.09
CHD3Q12873 ABHD14B-204ENST00000461108 1397 ntTSL 2 BASIC15.58■□□□□ 0.09
CHD3Q12873 UBE2H-201ENST00000355621 5151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.09
CHD3Q12873 SMIM10L2A-201ENST00000417443 5230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.09
CHD3Q12873 KLHL40-201ENST00000287777 2517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
CHD3Q12873 EFEMP2-210ENST00000528176 1504 ntTSL 5 BASIC15.58■□□□□ 0.08
CHD3Q12873 LRP1-204ENST00000553277 1693 ntTSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
CHD3Q12873 ADAMTS9-202ENST00000459780 2871 ntTSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
CHD3Q12873 DGKI-202ENST00000424189 4163 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.58■□□□□ 0.08
CHD3Q12873 NR1H2-210ENST00000598168 1915 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.58■□□□□ 0.08
CHD3Q12873 STX3-201ENST00000337979 3299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
CHD3Q12873 ZNRF1-202ENST00000335325 4620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
CHD3Q12873 KCNN4-209ENST00000615047 2029 ntTSL 5 BASIC15.58■□□□□ 0.08
CHD3Q12873 DTX4-201ENST00000227451 5642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
CHD3Q12873 ZNF575-201ENST00000314228 1298 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.58■□□□□ 0.08
CHD3Q12873 DRAXINP1-201ENST00000437611 948 ntBASIC15.58■□□□□ 0.08
CHD3Q12873 NECTIN3-AS1-204ENST00000476301 568 ntTSL 4 BASIC15.58■□□□□ 0.08
CHD3Q12873 GXYLT1P4-201ENST00000613576 1192 ntBASIC15.58■□□□□ 0.08
CHD3Q12873 LAT-204ENST00000395461 1448 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
CHD3Q12873 LRRC61-201ENST00000323078 1684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
CHD3Q12873 JAM2-202ENST00000400532 1757 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
CHD3Q12873 SEMA3B-202ENST00000418576 1765 ntTSL 2 BASIC15.58■□□□□ 0.08
CHD3Q12873 AC060780.1-201ENST00000635600 1782 ntTSL 5 BASIC15.58■□□□□ 0.08
CHD3Q12873 AL138781.2-201ENST00000617896 1843 ntBASIC15.58■□□□□ 0.08
CHD3Q12873 AL024508.2-201ENST00000607749 1894 ntBASIC15.58■□□□□ 0.08
CHD3Q12873 PSAP-205ENST00000610929 1969 ntTSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
CHD3Q12873 PARD3-207ENST00000374788 5996 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
CHD3Q12873 TCAP-201ENST00000309889 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
CHD3Q12873 PIF1-205ENST00000559239 2677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
CHD3Q12873 KCNK12-201ENST00000327876 6227 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
CHD3Q12873 ITPK1-202ENST00000354313 2803 ntTSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
CHD3Q12873 CCT4-204ENST00000544079 2261 ntTSL 2 BASIC15.57■□□□□ 0.08
CHD3Q12873 EWSR1-207ENST00000406548 2207 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
CHD3Q12873 ISL2-201ENST00000290759 1881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
CHD3Q12873 CLEC10A-201ENST00000254868 1797 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
CHD3Q12873 FAM110A-203ENST00000381939 1737 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.57■□□□□ 0.08
CHD3Q12873 ANXA3-201ENST00000264908 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
CHD3Q12873 MYLKP1-201ENST00000509077 1580 ntBASIC15.57■□□□□ 0.08
CHD3Q12873 PLCB2-204ENST00000557821 4517 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
CHD3Q12873 ZNF655-203ENST00000357864 1370 ntTSL 2 BASIC15.57■□□□□ 0.08
CHD3Q12873 MRPL24-202ENST00000368211 883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
CHD3Q12873 TSPY22P-201ENST00000427496 604 ntBASIC15.57■□□□□ 0.08
CHD3Q12873 NDUFB9-202ENST00000517367 636 ntTSL 3 BASIC15.57■□□□□ 0.08
CHD3Q12873 PENK-208ENST00000523051 772 ntTSL 5 BASIC15.57■□□□□ 0.08
CHD3Q12873 NAPSB-203ENST00000531692 561 ntTSL 2 BASIC15.57■□□□□ 0.08
CHD3Q12873 AP002469.2-201ENST00000531724 424 ntBASIC15.57■□□□□ 0.08
CHD3Q12873 ANAPC11-217ENST00000579978 575 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.57■□□□□ 0.08
CHD3Q12873 H3F3B-206ENST00000587560 551 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.57■□□□□ 0.08
CHD3Q12873 GNAS-AS1-203ENST00000598163 548 ntTSL 4 BASIC15.57■□□□□ 0.08
CHD3Q12873 LITAF-220ENST00000620789 692 ntTSL 5 BASIC15.57■□□□□ 0.08
CHD3Q12873 PNPLA2-201ENST00000336615 2428 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
CHD3Q12873 CASD1-201ENST00000297273 3942 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
CHD3Q12873 PRDM14-201ENST00000276594 2344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
CHD3Q12873 DOK4-218ENST00000569548 1848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
CHD3Q12873 AC073592.3-201ENST00000625118 1834 ntBASIC15.57■□□□□ 0.08
CHD3Q12873 AC022916.1-201ENST00000590478 2658 ntTSL 2 BASIC15.57■□□□□ 0.08
CHD3Q12873 SEMA6D-205ENST00000389425 2318 ntTSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
CHD3Q12873 RELL2-202ENST00000444782 2154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
CHD3Q12873 HINT1-201ENST00000304043 1081 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
CHD3Q12873 INSL3-201ENST00000317306 755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
CHD3Q12873 MPIG6B-202ENST00000375805 668 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
CHD3Q12873 HES2-202ENST00000377836 507 ntTSL 2 BASIC15.56■□□□□ 0.08
CHD3Q12873 UFSP1-201ENST00000388761 996 ntAPPRIS P1 BASIC15.56■□□□□ 0.08
CHD3Q12873 RAB24-204ENST00000393611 1236 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
CHD3Q12873 CXorf40A-202ENST00000393985 1148 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
CHD3Q12873 ATP5J-203ENST00000400090 647 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.56■□□□□ 0.08
CHD3Q12873 MOBP-204ENST00000420739 940 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC15.56■□□□□ 0.08
CHD3Q12873 BET1L-206ENST00000486280 665 ntTSL 3 BASIC15.56■□□□□ 0.08
CHD3Q12873 MYD88-211ENST00000495303 976 ntTSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
CHD3Q12873 AL662844.1-201ENST00000546340 181 ntBASIC15.56■□□□□ 0.08
CHD3Q12873 NAA38-203ENST00000575071 553 ntTSL 2 BASIC15.56■□□□□ 0.08
CHD3Q12873 RPL19-204ENST00000579260 1051 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.56■□□□□ 0.08
CHD3Q12873 AC008481.3-201ENST00000585656 727 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.56■□□□□ 0.08
CHD3Q12873 TDRD6-203ENST00000544460 8887 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.56■□□□□ 0.08
CHD3Q12873 ZGPAT-202ENST00000355969 1871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
CHD3Q12873 CCDC63-202ENST00000545036 1887 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.56■□□□□ 0.08
CHD3Q12873 TBXAS1-204ENST00000416849 2505 ntTSL 5 BASIC15.56■□□□□ 0.08
CHD3Q12873 GAS7-205ENST00000542249 1799 ntTSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
CHD3Q12873 AC009113.1-201ENST00000570267 2443 ntBASIC15.56■□□□□ 0.08
CHD3Q12873 KDM1A-202ENST00000400181 3059 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
CHD3Q12873 OGFOD3-202ENST00000329197 1652 ntTSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
CHD3Q12873 WRB-201ENST00000333781 1616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
CHD3Q12873 AK1-203ENST00000373176 2266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
CHD3Q12873 ANKRD18DP-201ENST00000335478 2171 ntTSL 2 BASIC15.56■□□□□ 0.08
CHD3Q12873 USF2-202ENST00000343550 1523 ntTSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
CHD3Q12873 AC002310.5-201ENST00000569360 1515 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.56■□□□□ 0.08
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 23.7 ms