Protein–RNA interactions for Protein: Q07699

SCN1B, Sodium channel subunit beta-1, humanhuman

Predictions only

Length 218 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCN1BQ07699 MAZ-215ENST00000569978 567 ntTSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
SCN1BQ07699 FXYD1-204ENST00000588081 645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
SCN1BQ07699 ELAC1-203ENST00000588577 694 ntTSL 2 BASIC16.21■□□□□ 0.19
SCN1BQ07699 AC008403.3-201ENST00000598924 454 ntBASIC16.21■□□□□ 0.19
SCN1BQ07699 Six3os1_6.1-201ENST00000620790 196 ntBASIC16.21■□□□□ 0.19
SCN1BQ07699 PPP4R3A-208ENST00000555462 3236 ntTSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
SCN1BQ07699 PSTK-201ENST00000368887 1705 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
SCN1BQ07699 FEZF1-202ENST00000427185 1368 ntTSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
SCN1BQ07699 PLD3-206ENST00000409587 2180 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.21■□□□□ 0.19
SCN1BQ07699 DHX30-205ENST00000445061 4065 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
SCN1BQ07699 VASN-201ENST00000304735 2806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
SCN1BQ07699 ACSS2-201ENST00000253382 2925 ntTSL 2 BASIC16.21■□□□□ 0.18
SCN1BQ07699 PDCD1-201ENST00000334409 2114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.18
SCN1BQ07699 DIO1-201ENST00000322679 1658 ntTSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.18
SCN1BQ07699 GNAI2-204ENST00000440628 1663 ntTSL 5 BASIC16.21■□□□□ 0.18
SCN1BQ07699 DIO1-217ENST00000617230 1656 ntTSL 5 BASIC16.21■□□□□ 0.18
SCN1BQ07699 C19orf84-202ENST00000574814 1318 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
SCN1BQ07699 AATK-AS1-203ENST00000637878 1306 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.2■□□□□ 0.18
SCN1BQ07699 AC096719.1-201ENST00000510705 1874 ntTSL 5 BASIC16.2■□□□□ 0.18
SCN1BQ07699 MFSD11-207ENST00000586622 2952 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.2■□□□□ 0.18
SCN1BQ07699 SCNN1D-206ENST00000400928 2731 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.2■□□□□ 0.18
SCN1BQ07699 AP001094.4-201ENST00000579008 2176 ntBASIC16.2■□□□□ 0.18
SCN1BQ07699 BET1L-203ENST00000382762 2819 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
SCN1BQ07699 MYO19-225ENST00000621344 1640 ntTSL 2 BASIC16.2■□□□□ 0.18
SCN1BQ07699 FNIP1-204ENST00000511848 1720 ntTSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
SCN1BQ07699 TCOF1-206ENST00000445265 4825 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.2■□□□□ 0.18
SCN1BQ07699 CXorf67-201ENST00000342995 1929 ntAPPRIS P1 BASIC16.2■□□□□ 0.18
SCN1BQ07699 BCAP29-202ENST00000379117 1946 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.2■□□□□ 0.18
SCN1BQ07699 MAST3-201ENST00000262811 5896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
SCN1BQ07699 IZUMO2-201ENST00000293405 728 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
SCN1BQ07699 CD99-203ENST00000381184 918 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.2■□□□□ 0.18
SCN1BQ07699 MAP1LC3A-203ENST00000397709 698 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.2■□□□□ 0.18
SCN1BQ07699 RNF135-204ENST00000443677 1261 ntTSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
SCN1BQ07699 CA3-AS1-201ENST00000517697 559 ntTSL 4 BASIC16.2■□□□□ 0.18
SCN1BQ07699 FADS3-204ENST00000525588 1254 ntTSL 5 BASIC16.2■□□□□ 0.18
SCN1BQ07699 KANSL1-AS1-203ENST00000572973 424 ntTSL 3 BASIC16.2■□□□□ 0.18
SCN1BQ07699 REXO1L9P-201ENST00000604264 2108 ntBASIC16.2■□□□□ 0.18
SCN1BQ07699 AC004264.1-201ENST00000608354 794 ntBASIC16.2■□□□□ 0.18
SCN1BQ07699 GTF2IRD2B-206ENST00000614064 573 ntTSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
SCN1BQ07699 TTC8-202ENST00000345383 2329 ntTSL 5 BASIC16.2■□□□□ 0.18
SCN1BQ07699 C16orf45-201ENST00000300006 2404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
SCN1BQ07699 AL391005.1-201ENST00000623953 2435 ntBASIC16.2■□□□□ 0.18
SCN1BQ07699 AKT1-211ENST00000554848 1595 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
SCN1BQ07699 MFGE8-202ENST00000268151 1752 ntTSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
SCN1BQ07699 ASZ1-201ENST00000284629 1865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
SCN1BQ07699 SLC25A23-202ENST00000301454 3425 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
SCN1BQ07699 NFATC4-208ENST00000553708 5367 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
SCN1BQ07699 RAN-212ENST00000543796 2661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
SCN1BQ07699 LYNX1-206ENST00000621401 4537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
SCN1BQ07699 ELAVL2-208ENST00000544538 3789 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.2■□□□□ 0.18
SCN1BQ07699 ARRB2-216ENST00000574954 1348 ntTSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
SCN1BQ07699 ASB18-201ENST00000409749 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
SCN1BQ07699 DUSP8-202ENST00000397374 4480 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
SCN1BQ07699 SLC3A2-201ENST00000338663 1904 ntTSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
SCN1BQ07699 NEO1-201ENST00000261908 7088 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
SCN1BQ07699 ERBB2-205ENST00000578199 2526 ntTSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
SCN1BQ07699 RCAN3-209ENST00000616511 2527 ntTSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
SCN1BQ07699 CARNS1-201ENST00000307823 3942 ntTSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
SCN1BQ07699 GXYLT2-201ENST00000389617 3260 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.19■□□□□ 0.18
SCN1BQ07699 SPG7-201ENST00000268704 3076 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
SCN1BQ07699 IGSF8-202ENST00000368086 2366 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
SCN1BQ07699 TMEM130-202ENST00000345589 2261 ntTSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
SCN1BQ07699 MON2-203ENST00000546600 6130 ntTSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
SCN1BQ07699 SPDEF-201ENST00000374037 1895 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
SCN1BQ07699 DIABLO-204ENST00000413918 1859 ntTSL 2 BASIC16.19■□□□□ 0.18
SCN1BQ07699 AC005906.2-207ENST00000639005 1580 ntTSL 5 BASIC16.19■□□□□ 0.18
SCN1BQ07699 ODF3L2-202ENST00000382696 1393 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
SCN1BQ07699 HES2-203ENST00000377837 1222 ntTSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
SCN1BQ07699 DYNLT3-203ENST00000432389 719 ntTSL 5 BASIC16.19■□□□□ 0.18
SCN1BQ07699 MCRIP1-201ENST00000455127 1209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
SCN1BQ07699 HOXB-AS3-204ENST00000466037 522 ntTSL 3 BASIC16.19■□□□□ 0.18
SCN1BQ07699 C1orf52-203ENST00000471115 1219 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
SCN1BQ07699 AC026366.1-201ENST00000488803 879 ntBASIC16.19■□□□□ 0.18
SCN1BQ07699 SCARA5-203ENST00000518030 1074 ntTSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
SCN1BQ07699 MIR381HG-201ENST00000553692 425 ntTSL 3 BASIC16.19■□□□□ 0.18
SCN1BQ07699 EMC9-206ENST00000560403 872 ntTSL 2 BASIC16.19■□□□□ 0.18
SCN1BQ07699 CMTM3-207ENST00000564060 824 ntTSL 2 BASIC16.19■□□□□ 0.18
SCN1BQ07699 CMTM3-211ENST00000565922 615 ntTSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
SCN1BQ07699 TNIP1-220ENST00000610535 2726 ntTSL 5 BASIC16.19■□□□□ 0.18
SCN1BQ07699 U73166.1-201ENST00000439898 2625 ntTSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
SCN1BQ07699 C18orf8-208ENST00000590868 2002 ntTSL 2 BASIC16.19■□□□□ 0.18
SCN1BQ07699 PNLDC1-207ENST00000610273 1940 ntTSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
SCN1BQ07699 ARSI-201ENST00000328668 3161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
SCN1BQ07699 MAP6-202ENST00000434603 4329 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
SCN1BQ07699 PRELID3A-201ENST00000336990 1715 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.19■□□□□ 0.18
SCN1BQ07699 AL162727.3-201ENST00000635661 2787 ntBASIC16.19■□□□□ 0.18
SCN1BQ07699 PTN-201ENST00000348225 1614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
SCN1BQ07699 LGALS9C-212ENST00000583322 1602 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.19■□□□□ 0.18
SCN1BQ07699 LRRC23-201ENST00000007969 1615 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
SCN1BQ07699 ASCC2-223ENST00000542393 2594 ntTSL 2 BASIC16.19■□□□□ 0.18
SCN1BQ07699 ZNF326-202ENST00000361911 1538 ntTSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
SCN1BQ07699 GPR20-201ENST00000377741 1515 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.19■□□□□ 0.18
SCN1BQ07699 TMEM175-220ENST00000515740 1514 ntTSL 3 BASIC16.19■□□□□ 0.18
SCN1BQ07699 CACNA2D1-203ENST00000423588 1429 ntTSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
SCN1BQ07699 USP13-201ENST00000263966 8323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
SCN1BQ07699 C5orf30-201ENST00000319933 3049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
SCN1BQ07699 EIF2AK4-201ENST00000263791 5499 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.18■□□□□ 0.18
SCN1BQ07699 ARNTL2-208ENST00000544915 6785 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.18■□□□□ 0.18
SCN1BQ07699 TMEFF2-201ENST00000272771 2604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
SCN1BQ07699 LURAP1-201ENST00000371980 1854 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 31.7 ms