Protein–RNA interactions for Protein: P49639

HOXA1, Homeobox protein Hox-A1, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 335 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXA1P49639 SDHC-201ENST00000342751 1127 ntTSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
HOXA1P49639 SBK2-201ENST00000344158 1056 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.1■□□□□ 0.01
HOXA1P49639 EGFL7-202ENST00000371698 1282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
HOXA1P49639 HAGH-201ENST00000397353 1257 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.1■□□□□ 0.01
HOXA1P49639 SBK2-202ENST00000413299 1085 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.1■□□□□ 0.01
HOXA1P49639 POM121L13P-201ENST00000422362 380 ntBASIC15.1■□□□□ 0.01
HOXA1P49639 LINC00894-209ENST00000458274 547 ntTSL 2 BASIC15.1■□□□□ 0.01
HOXA1P49639 UNC93B4-201ENST00000505679 747 ntBASIC15.1■□□□□ 0.01
HOXA1P49639 CFL1-211ENST00000531407 1062 ntTSL 2 BASIC15.1■□□□□ 0.01
HOXA1P49639 PAQR4-205ENST00000576565 842 ntTSL 2 BASIC15.1■□□□□ 0.01
HOXA1P49639 LRRN4-201ENST00000378858 2692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
HOXA1P49639 SERPINA4-201ENST00000298841 1784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
HOXA1P49639 PIGZ-202ENST00000412723 2701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
HOXA1P49639 WAPL-202ENST00000298767 6333 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
HOXA1P49639 AK1-203ENST00000373176 2266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
HOXA1P49639 TNIP1-211ENST00000521591 2274 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
HOXA1P49639 GPC1-201ENST00000264039 3713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
HOXA1P49639 PRAF2-202ENST00000553851 1334 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
HOXA1P49639 HNRNPLL-212ENST00000608859 3035 ntTSL 5 BASIC15.1■□□□□ 0.01
HOXA1P49639 CHAC1-202ENST00000446533 1849 ntTSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
HOXA1P49639 ARAP1-AS2-201ENST00000500163 1824 ntTSL 2 BASIC15.1■□□□□ 0.01
HOXA1P49639 CDK4-201ENST00000257904 2076 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
HOXA1P49639 EPB41L3-202ENST00000342933 4270 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.1■□□□□ 0.01
HOXA1P49639 TCTN1-225ENST00000551590 2309 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
HOXA1P49639 NFS1-202ENST00000374085 2645 ntTSL 2 BASIC15.1■□□□□ 0.01
HOXA1P49639 NFATC1-208ENST00000586434 2103 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
HOXA1P49639 ZNF274-202ENST00000345813 2678 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
HOXA1P49639 SLC12A5-201ENST00000243964 6061 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
HOXA1P49639 TWF2-203ENST00000499914 1440 ntTSL 5 BASIC15.09■□□□□ 0.01
HOXA1P49639 NPHP3-201ENST00000337331 4362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
HOXA1P49639 MGEA5-202ENST00000361464 5155 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
HOXA1P49639 WBP2-213ENST00000590221 1745 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC15.09■□□□□ 0.01
HOXA1P49639 WDR81-204ENST00000419248 3315 ntTSL 2 BASIC15.09■□□□□ 0.01
HOXA1P49639 CEBPG-201ENST00000284000 4109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
HOXA1P49639 TMEM53-205ENST00000372244 1472 ntTSL 2 BASIC15.09■□□□□ 0.01
HOXA1P49639 LETM2-208ENST00000524874 1459 ntTSL 5 BASIC15.09■□□□□ 0.01
HOXA1P49639 ABLIM2-201ENST00000341937 2589 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
HOXA1P49639 PHF1-202ENST00000374516 2330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
HOXA1P49639 ZHX3-212ENST00000558993 1528 ntTSL 5 BASIC15.09■□□□□ 0.01
HOXA1P49639 CCDC8-201ENST00000307522 3213 ntAPPRIS P1 BASIC15.09■□□□□ 0.01
HOXA1P49639 FDXR-214ENST00000581530 1827 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
HOXA1P49639 CELF2-217ENST00000638035 1849 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.09■□□□□ 0.01
HOXA1P49639 GGTLC1-203ENST00000335694 1046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
HOXA1P49639 RTL8A-201ENST00000370775 1244 ntAPPRIS P1 BASIC15.09■□□□□ 0.01
HOXA1P49639 C2orf82-203ENST00000409533 561 ntAPPRIS P2 TSL 4 BASIC15.09■□□□□ 0.01
HOXA1P49639 MAGI2-AS3-202ENST00000422093 762 ntTSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
HOXA1P49639 AL359747.1-201ENST00000442370 536 ntTSL 2 BASIC15.09■□□□□ 0.01
HOXA1P49639 LINC01881-205ENST00000456398 1235 ntTSL 5 BASIC15.09■□□□□ 0.01
HOXA1P49639 AC099522.1-201ENST00000505955 881 ntTSL 3 BASIC15.09■□□□□ 0.01
HOXA1P49639 RNASEK-202ENST00000548577 810 ntTSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
HOXA1P49639 AC003102.1-201ENST00000588279 569 ntTSL 4 BASIC15.09■□□□□ 0.01
HOXA1P49639 GXYLT1P5-201ENST00000614548 1189 ntBASIC15.09■□□□□ 0.01
HOXA1P49639 Six3os1_6.1-201ENST00000620790 196 ntBASIC15.09■□□□□ 0.01
HOXA1P49639 STK35-201ENST00000381482 6685 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.09■□□□□ 0.01
HOXA1P49639 SPG7-201ENST00000268704 3076 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
HOXA1P49639 ARRB2-216ENST00000574954 1348 ntTSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
HOXA1P49639 NOP9-202ENST00000396802 1942 ntTSL 5 BASIC15.09■□□□□ 0.01
HOXA1P49639 GPC2-201ENST00000292377 2532 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
HOXA1P49639 DIO1-201ENST00000322679 1658 ntTSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
HOXA1P49639 TYMS-203ENST00000323274 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
HOXA1P49639 DIO1-217ENST00000617230 1656 ntTSL 5 BASIC15.09■□□□□ 0.01
HOXA1P49639 CXXC1-201ENST00000285106 2936 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
HOXA1P49639 AC112229.1-202ENST00000490013 2918 ntTSL 2 BASIC15.09■□□□□ 0.01
HOXA1P49639 FUCA1-201ENST00000374479 2047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
HOXA1P49639 MEX3C-204ENST00000616921 3269 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
HOXA1P49639 NFATC2-205ENST00000609507 2662 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
HOXA1P49639 ANXA2-201ENST00000332680 1444 ntTSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
HOXA1P49639 CTNNBL1-204ENST00000405275 2076 ntTSL 5 BASIC15.08■□□□□ 0.01
HOXA1P49639 SLC35B2-207ENST00000619636 2063 ntTSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0.01
HOXA1P49639 IL4I1-204ENST00000595948 2407 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0.01
HOXA1P49639 SPNS1-202ENST00000323081 2102 ntTSL 2 BASIC15.08■□□□□ 0.01
HOXA1P49639 CAMKK2-207ENST00000404169 2116 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0.01
HOXA1P49639 MEST-201ENST00000223215 2465 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0.01
HOXA1P49639 APP-203ENST00000354192 3167 ntTSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0.01
HOXA1P49639 PLEKHN1-201ENST00000379407 2194 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0.01
HOXA1P49639 ANXA8L1-203ENST00000613703 1874 ntTSL 2 BASIC15.08■□□□□ 0.01
HOXA1P49639 RNF19A-201ENST00000341084 4285 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.08■□□□□ 0
HOXA1P49639 NUDT16P1-202ENST00000499077 2208 ntTSL 2 BASIC15.08■□□□□ 0
HOXA1P49639 CBS-201ENST00000352178 2583 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
HOXA1P49639 RASGRP2-206ENST00000377494 2983 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.08■□□□□ 0
HOXA1P49639 BCAM-206ENST00000589651 2686 ntTSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
HOXA1P49639 COQ10B-203ENST00000409398 879 ntTSL 3 BASIC15.08■□□□□ 0
HOXA1P49639 ZDHHC20-204ENST00000415724 1296 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.08■□□□□ 0
HOXA1P49639 AC079145.1-201ENST00000416575 541 ntTSL 2 BASIC15.08■□□□□ 0
HOXA1P49639 AC069152.1-201ENST00000438030 544 ntBASIC15.08■□□□□ 0
HOXA1P49639 MAP2K4P1-201ENST00000438453 1195 ntBASIC15.08■□□□□ 0
HOXA1P49639 RNF135-204ENST00000443677 1261 ntTSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
HOXA1P49639 LINC00969-218ENST00000452844 583 ntTSL 3 BASIC15.08■□□□□ 0
HOXA1P49639 LINC00969-221ENST00000457233 1279 ntTSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
HOXA1P49639 AC226101.2-201ENST00000458252 747 ntTSL 2 BASIC15.08■□□□□ 0
HOXA1P49639 CA3-AS1-201ENST00000517697 559 ntTSL 4 BASIC15.08■□□□□ 0
HOXA1P49639 TP53I11-215ENST00000531928 1078 ntTSL 3 BASIC15.08■□□□□ 0
HOXA1P49639 AL359399.1-201ENST00000557610 462 ntTSL 3 BASIC15.08■□□□□ 0
HOXA1P49639 TXNL4A-203ENST00000585474 1185 ntTSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
HOXA1P49639 AL109923.1-201ENST00000618799 583 ntBASIC15.08■□□□□ 0
HOXA1P49639 KCNQ2-218ENST00000629676 2399 ntTSL 5 BASIC15.08■□□□□ 0
HOXA1P49639 XKR4-203ENST00000622811 3907 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.08■□□□□ 0
HOXA1P49639 NPTN-202ENST00000351217 2817 ntTSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
HOXA1P49639 ANTXR1-201ENST00000303714 5859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
HOXA1P49639 CFLAR-208ENST00000423241 2128 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 70.8 ms