Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y2N7

HIF3A, Hypoxia-inducible factor 3-alpha, humanhuman

Predictions only

Length 669 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HIF3AQ9Y2N7 LHFPL6-201ENST00000379589 2110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
HIF3AQ9Y2N7 TSPY15P-201ENST00000457163 923 ntBASIC16.44■□□□□ 0.22
HIF3AQ9Y2N7 SIDT2-217ENST00000532062 2143 ntTSL 2 BASIC16.44■□□□□ 0.22
HIF3AQ9Y2N7 AC011773.3-202ENST00000549291 790 ntTSL 3 BASIC16.44■□□□□ 0.22
HIF3AQ9Y2N7 AL929554.1-201ENST00000568665 460 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.44■□□□□ 0.22
HIF3AQ9Y2N7 PRR29-205ENST00000579184 1052 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.44■□□□□ 0.22
HIF3AQ9Y2N7 NUDT16L1-203ENST00000586252 922 ntTSL 3 BASIC16.44■□□□□ 0.22
HIF3AQ9Y2N7 AC020913.2-201ENST00000601929 629 ntTSL 5 BASIC16.44■□□□□ 0.22
HIF3AQ9Y2N7 AC010240.3-201ENST00000607688 395 ntBASIC16.44■□□□□ 0.22
HIF3AQ9Y2N7 FP565260.3-205ENST00000620481 816 ntTSL 5 BASIC16.44■□□□□ 0.22
HIF3AQ9Y2N7 ANKRD36-207ENST00000639293 1168 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.44■□□□□ 0.22
HIF3AQ9Y2N7 STK4-201ENST00000372801 2038 ntTSL 2 BASIC16.44■□□□□ 0.22
HIF3AQ9Y2N7 EFCAB14-201ENST00000371933 5767 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
HIF3AQ9Y2N7 ANKRD13B-209ENST00000614878 2670 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.44■□□□□ 0.22
HIF3AQ9Y2N7 C1orf159-205ENST00000421241 1841 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.44■□□□□ 0.22
HIF3AQ9Y2N7 TRPM4-213ENST00000599628 1829 ntTSL 2 BASIC16.44■□□□□ 0.22
HIF3AQ9Y2N7 PHKA1-201ENST00000339490 6121 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
HIF3AQ9Y2N7 PROSER1-201ENST00000352251 5168 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
HIF3AQ9Y2N7 PSRC1-201ENST00000369903 1710 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.44■□□□□ 0.22
HIF3AQ9Y2N7 PSRC1-206ENST00000409267 1730 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.44■□□□□ 0.22
HIF3AQ9Y2N7 LINC01126-201ENST00000623515 1646 ntBASIC16.44■□□□□ 0.22
HIF3AQ9Y2N7 DDX17-211ENST00000640332 2190 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
HIF3AQ9Y2N7 DDX17-212ENST00000640668 2196 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
HIF3AQ9Y2N7 LENG8-202ENST00000376514 5146 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.44■□□□□ 0.22
HIF3AQ9Y2N7 KRT8P9-201ENST00000558927 1449 ntBASIC16.44■□□□□ 0.22
HIF3AQ9Y2N7 THUMPD2-204ENST00000505747 1970 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
HIF3AQ9Y2N7 MATN4-205ENST00000537548 1991 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.44■□□□□ 0.22
HIF3AQ9Y2N7 GNAS-203ENST00000306120 1878 ntBASIC16.44■□□□□ 0.22
HIF3AQ9Y2N7 GATA2-203ENST00000487848 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
HIF3AQ9Y2N7 PPP4C-202ENST00000561610 1333 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
HIF3AQ9Y2N7 FARP2-202ENST00000373287 2580 ntTSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
HIF3AQ9Y2N7 ABO-203ENST00000611156 1577 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.43■□□□□ 0.22
HIF3AQ9Y2N7 MYOZ3-203ENST00000517768 1451 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
HIF3AQ9Y2N7 FAM222A-201ENST00000358906 2731 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.43■□□□□ 0.22
HIF3AQ9Y2N7 UBFD1-201ENST00000395878 5110 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC16.43■□□□□ 0.22
HIF3AQ9Y2N7 EVI5L-201ENST00000270530 3855 ntTSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
HIF3AQ9Y2N7 ACSM2B-208ENST00000565322 1834 ntTSL 2 BASIC16.43■□□□□ 0.22
HIF3AQ9Y2N7 ACBD5-201ENST00000375888 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.43■□□□□ 0.22
HIF3AQ9Y2N7 RNFT2-204ENST00000407967 2415 ntTSL 5 BASIC16.43■□□□□ 0.22
HIF3AQ9Y2N7 RAB4A-205ENST00000618010 2799 ntTSL 3 BASIC16.43■□□□□ 0.22
HIF3AQ9Y2N7 MMP23A-201ENST00000234610 1017 ntBASIC16.43■□□□□ 0.22
HIF3AQ9Y2N7 UQCRQ-201ENST00000378665 586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
HIF3AQ9Y2N7 KRTAP5-3-201ENST00000399685 899 ntAPPRIS P1 BASIC16.43■□□□□ 0.22
HIF3AQ9Y2N7 KIRREL3-AS3-201ENST00000404882 831 ntBASIC16.43■□□□□ 0.22
HIF3AQ9Y2N7 AL161452.1-201ENST00000415062 1117 ntTSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
HIF3AQ9Y2N7 CYB561D2-204ENST00000424512 1212 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.43■□□□□ 0.22
HIF3AQ9Y2N7 RNF144A-AS1-205ENST00000439208 757 ntTSL 3 BASIC16.43■□□□□ 0.22
HIF3AQ9Y2N7 LY6E-211ENST00000521699 1256 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.43■□□□□ 0.22
HIF3AQ9Y2N7 DIO1-206ENST00000525202 558 ntTSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
HIF3AQ9Y2N7 SLC9A3R2-208ENST00000566198 1199 ntTSL 2 BASIC16.43■□□□□ 0.22
HIF3AQ9Y2N7 AL512604.3-201ENST00000569583 964 ntBASIC16.43■□□□□ 0.22
HIF3AQ9Y2N7 MNT-208ENST00000575394 606 ntTSL 4 BASIC16.43■□□□□ 0.22
HIF3AQ9Y2N7 ZNF134-203ENST00000600344 483 ntTSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
HIF3AQ9Y2N7 TRAPPC6A-201ENST00000006275 805 ntTSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
HIF3AQ9Y2N7 PLD3-205ENST00000409419 1966 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.43■□□□□ 0.22
HIF3AQ9Y2N7 SEPT2-208ENST00000407971 3267 ntTSL 5 BASIC16.43■□□□□ 0.22
HIF3AQ9Y2N7 APP-203ENST00000354192 3167 ntTSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
HIF3AQ9Y2N7 F11R-202ENST00000368026 4835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
HIF3AQ9Y2N7 MAFF-201ENST00000338483 2490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
HIF3AQ9Y2N7 KDM6A-202ENST00000382899 5789 ntTSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
HIF3AQ9Y2N7 FCGRT-201ENST00000221466 1798 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
HIF3AQ9Y2N7 HNRNPK-202ENST00000360384 2038 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
HIF3AQ9Y2N7 TBKBP1-204ENST00000622396 2010 ntTSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
HIF3AQ9Y2N7 C21orf59-201ENST00000290155 1692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
HIF3AQ9Y2N7 DHX33-201ENST00000225296 5618 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
HIF3AQ9Y2N7 NEK2-205ENST00000540251 1318 ntTSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
HIF3AQ9Y2N7 ZNF394-201ENST00000337673 2179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
HIF3AQ9Y2N7 ZDHHC4-205ENST00000396713 1552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
HIF3AQ9Y2N7 RNPS1-205ENST00000561718 1806 ntTSL 3 BASIC16.42■□□□□ 0.22
HIF3AQ9Y2N7 WNK1-206ENST00000535572 9886 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
HIF3AQ9Y2N7 DUS1L-201ENST00000306796 2068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
HIF3AQ9Y2N7 ASXL1-212ENST00000620121 5374 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.42■□□□□ 0.22
HIF3AQ9Y2N7 LGI4-201ENST00000310123 2814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
HIF3AQ9Y2N7 ACD-215ENST00000620761 1483 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
HIF3AQ9Y2N7 PAK4-209ENST00000599470 1715 ntTSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
HIF3AQ9Y2N7 WDR25-202ENST00000402312 1969 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.42■□□□□ 0.22
HIF3AQ9Y2N7 TRIM15-207ENST00000376694 2214 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
HIF3AQ9Y2N7 PTP4A3-202ENST00000349124 2710 ntTSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
HIF3AQ9Y2N7 BECN1-201ENST00000361523 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
HIF3AQ9Y2N7 MRPL10-203ENST00000414011 1622 ntTSL 3 BASIC16.42■□□□□ 0.22
HIF3AQ9Y2N7 ZNF487-202ENST00000437590 2111 ntTSL 2 BASIC16.42■□□□□ 0.22
HIF3AQ9Y2N7 AL024508.2-201ENST00000607749 1894 ntBASIC16.42■□□□□ 0.22
HIF3AQ9Y2N7 EIF4G3-205ENST00000400422 5762 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
HIF3AQ9Y2N7 ATPAF1-214ENST00000576409 4158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
HIF3AQ9Y2N7 PPHLN1-213ENST00000549190 1777 ntTSL 5 BASIC16.42■□□□□ 0.22
HIF3AQ9Y2N7 NCF1B-201ENST00000423083 1516 ntTSL 2 BASIC16.42■□□□□ 0.22
HIF3AQ9Y2N7 CHCHD6-201ENST00000290913 1006 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
HIF3AQ9Y2N7 CFL1-201ENST00000308162 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
HIF3AQ9Y2N7 TSPY1-201ENST00000423647 1171 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
HIF3AQ9Y2N7 LINC01184-202ENST00000501173 949 ntTSL 5 BASIC16.42■□□□□ 0.22
HIF3AQ9Y2N7 MFGE8-203ENST00000542878 1172 ntTSL 2 BASIC16.42■□□□□ 0.22
HIF3AQ9Y2N7 PCBP3-205ENST00000400310 2168 ntTSL 2 BASIC16.42■□□□□ 0.22
HIF3AQ9Y2N7 SGSM2-201ENST00000268989 4863 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
HIF3AQ9Y2N7 HLA-DQB1-201ENST00000374943 1656 ntBASIC16.42■□□□□ 0.22
HIF3AQ9Y2N7 UNC13A-206ENST00000552293 5314 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.42■□□□□ 0.22
HIF3AQ9Y2N7 IGSF9B-206ENST00000533871 5050 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.42■□□□□ 0.22
HIF3AQ9Y2N7 SNAPC3-207ENST00000610884 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
HIF3AQ9Y2N7 BIN1-208ENST00000376113 1832 ntTSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
HIF3AQ9Y2N7 ART1-201ENST00000250693 1312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
HIF3AQ9Y2N7 VLDLR-AS1-205ENST00000599229 1346 ntTSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 43.9 ms