Protein–RNA interactions for Protein: Q9UPQ0

LIMCH1, LIM and calponin homology domains-containing protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,083 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMCH1Q9UPQ0 HECTD2-203ENST00000371681 2175 ntTSL 2 BASIC21.43■■□□□ 1.02
LIMCH1Q9UPQ0 CXXC1-202ENST00000412036 2280 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
LIMCH1Q9UPQ0 MCM9-201ENST00000316068 2442 ntTSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
LIMCH1Q9UPQ0 CDK11A-203ENST00000357760 2446 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
LIMCH1Q9UPQ0 CDK11A-204ENST00000358779 2419 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
LIMCH1Q9UPQ0 CDK11A-206ENST00000378638 2429 ntTSL 5 BASIC21.43■■□□□ 1.02
LIMCH1Q9UPQ0 C1orf159-204ENST00000379339 2429 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.43■■□□□ 1.02
LIMCH1Q9UPQ0 CDK11A-208ENST00000404249 2449 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
LIMCH1Q9UPQ0 AC026412.1-201ENST00000507290 1033 ntTSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
LIMCH1Q9UPQ0 CCNJL-205ENST00000519673 940 ntTSL 2 BASIC21.43■■□□□ 1.02
LIMCH1Q9UPQ0 NT5C-210ENST00000582160 860 ntTSL 2 BASIC21.43■■□□□ 1.02
LIMCH1Q9UPQ0 AC020913.2-201ENST00000601929 629 ntTSL 5 BASIC21.43■■□□□ 1.02
LIMCH1Q9UPQ0 FP565260.3-205ENST00000620481 816 ntTSL 5 BASIC21.43■■□□□ 1.02
LIMCH1Q9UPQ0 PRKCB-202ENST00000321728 2689 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
LIMCH1Q9UPQ0 STN1-201ENST00000224950 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
LIMCH1Q9UPQ0 BTBD11-201ENST00000280758 5767 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.43■■□□□ 1.02
LIMCH1Q9UPQ0 PML-211ENST00000564428 1985 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
LIMCH1Q9UPQ0 APEH-202ENST00000438011 2249 ntTSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
LIMCH1Q9UPQ0 EEPD1-201ENST00000242108 4765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
LIMCH1Q9UPQ0 CALM3-201ENST00000291295 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
LIMCH1Q9UPQ0 RABL6-201ENST00000311502 3091 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
LIMCH1Q9UPQ0 CIRBP-201ENST00000320936 1328 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
LIMCH1Q9UPQ0 ACTB-201ENST00000331789 1917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
LIMCH1Q9UPQ0 NCCRP1-201ENST00000339852 1978 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
LIMCH1Q9UPQ0 MXRA8-202ENST00000342753 2231 ntTSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
LIMCH1Q9UPQ0 CALML5-201ENST00000380332 859 ntAPPRIS P1 BASIC21.42■■□□□ 1.02
LIMCH1Q9UPQ0 P2RY6-202ENST00000393590 2398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
LIMCH1Q9UPQ0 ZNF589-203ENST00000427617 1677 ntTSL 2 BASIC21.42■■□□□ 1.02
LIMCH1Q9UPQ0 AC009947.2-201ENST00000444014 672 ntBASIC21.42■■□□□ 1.02
LIMCH1Q9UPQ0 PLXND1-205ENST00000504689 546 ntTSL 3 BASIC21.42■■□□□ 1.02
LIMCH1Q9UPQ0 REEP1-207ENST00000535845 1196 ntTSL 2 BASIC21.42■■□□□ 1.02
LIMCH1Q9UPQ0 RAB40C-203ENST00000535977 2717 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.42■■□□□ 1.02
LIMCH1Q9UPQ0 REEP1-209ENST00000541910 969 ntTSL 2 BASIC21.42■■□□□ 1.02
LIMCH1Q9UPQ0 MFGE8-203ENST00000542878 1172 ntTSL 2 BASIC21.42■■□□□ 1.02
LIMCH1Q9UPQ0 CIRBP-207ENST00000586472 1303 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC21.42■■□□□ 1.02
LIMCH1Q9UPQ0 KLK7-206ENST00000597707 1054 ntTSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
LIMCH1Q9UPQ0 AC024243.1-201ENST00000609234 778 ntBASIC21.42■■□□□ 1.02
LIMCH1Q9UPQ0 TRPM2-202ENST00000300482 5989 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
LIMCH1Q9UPQ0 TMEM214-201ENST00000238788 2990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
LIMCH1Q9UPQ0 TFEB-201ENST00000230323 2354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
LIMCH1Q9UPQ0 PHYKPL-201ENST00000308158 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
LIMCH1Q9UPQ0 SMOC1-201ENST00000361956 2040 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
LIMCH1Q9UPQ0 AL034417.2-201ENST00000445300 2044 ntTSL 2 BASIC21.41■■□□□ 1.02
LIMCH1Q9UPQ0 ZNF280B-203ENST00000626650 5721 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.41■■□□□ 1.02
LIMCH1Q9UPQ0 ICA1-208ENST00000407906 1615 ntTSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
LIMCH1Q9UPQ0 ARHGAP8-202ENST00000356099 1584 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
LIMCH1Q9UPQ0 CDX4-201ENST00000373514 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
LIMCH1Q9UPQ0 LINC00634-201ENST00000381348 1510 ntTSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
LIMCH1Q9UPQ0 SH2D3C-203ENST00000373277 2750 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
LIMCH1Q9UPQ0 TAX1BP3-201ENST00000225525 1377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
LIMCH1Q9UPQ0 CARD10-202ENST00000403299 4113 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.41■■□□□ 1.02
LIMCH1Q9UPQ0 IGFBP7-AS1-201ENST00000499667 1389 ntTSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
LIMCH1Q9UPQ0 NUDT16L1-201ENST00000304301 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
LIMCH1Q9UPQ0 ARFGAP2-229ENST00000627920 2613 ntTSL 2 BASIC21.41■■□□□ 1.02
LIMCH1Q9UPQ0 TSHZ3-201ENST00000240587 5176 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
LIMCH1Q9UPQ0 MMP23A-201ENST00000234610 1017 ntBASIC21.41■■□□□ 1.02
LIMCH1Q9UPQ0 TSPY1-201ENST00000423647 1171 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
LIMCH1Q9UPQ0 NAPSB-206ENST00000562112 1266 ntBASIC21.41■■□□□ 1.02
LIMCH1Q9UPQ0 PRR29-205ENST00000579184 1052 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.41■■□□□ 1.02
LIMCH1Q9UPQ0 NUDT16L1-203ENST00000586252 922 ntTSL 3 BASIC21.41■■□□□ 1.02
LIMCH1Q9UPQ0 DNAJB6-218ENST00000634080 1005 ntTSL 2 BASIC21.41■■□□□ 1.02
LIMCH1Q9UPQ0 TLE4-205ENST00000376544 4871 ntTSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
LIMCH1Q9UPQ0 NOMO2-212ENST00000622306 4252 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
LIMCH1Q9UPQ0 MAPK9-207ENST00000452135 4815 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC21.41■■□□□ 1.02
LIMCH1Q9UPQ0 ZNF746-202ENST00000458143 3797 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.41■■□□□ 1.02
LIMCH1Q9UPQ0 THOP1-201ENST00000307741 4804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
LIMCH1Q9UPQ0 CHRNA4-207ENST00000615287 5643 ntTSL 5 BASIC21.4■■□□□ 1.02
LIMCH1Q9UPQ0 WIPI1-202ENST00000546360 1575 ntTSL 2 BASIC21.4■■□□□ 1.02
LIMCH1Q9UPQ0 ZNF346-208ENST00000511834 2306 ntTSL 5 BASIC21.4■■□□□ 1.02
LIMCH1Q9UPQ0 CHRM4-201ENST00000433765 1511 ntAPPRIS P1 BASIC21.4■■□□□ 1.02
LIMCH1Q9UPQ0 NUMBL-207ENST00000598779 2249 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
LIMCH1Q9UPQ0 FBXL5-202ENST00000412094 2837 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
LIMCH1Q9UPQ0 OCIAD1-204ENST00000425583 1915 ntTSL 3 BASIC21.4■■□□□ 1.02
LIMCH1Q9UPQ0 KRAS-201ENST00000256078 1119 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
LIMCH1Q9UPQ0 CHCHD6-201ENST00000290913 1006 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
LIMCH1Q9UPQ0 DNPH1-202ENST00000393987 796 ntTSL 2 BASIC21.4■■□□□ 1.02
LIMCH1Q9UPQ0 CYB561D2-204ENST00000424512 1212 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.4■■□□□ 1.02
LIMCH1Q9UPQ0 AC009487.1-202ENST00000437683 402 ntTSL 2 BASIC21.4■■□□□ 1.02
LIMCH1Q9UPQ0 DUTP2-201ENST00000519164 463 ntBASIC21.4■■□□□ 1.02
LIMCH1Q9UPQ0 TMEM249-203ENST00000565365 975 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC21.4■■□□□ 1.02
LIMCH1Q9UPQ0 FAM87A-204ENST00000613235 858 ntBASIC21.4■■□□□ 1.02
LIMCH1Q9UPQ0 MCCC1-201ENST00000265594 2545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
LIMCH1Q9UPQ0 ARL5A-201ENST00000295087 5326 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
LIMCH1Q9UPQ0 ARNT-212ENST00000515192 2892 ntTSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
LIMCH1Q9UPQ0 CASKIN2-205ENST00000581870 1612 ntTSL 2 BASIC21.4■■□□□ 1.02
LIMCH1Q9UPQ0 ERI1-203ENST00000519292 2107 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.4■■□□□ 1.02
LIMCH1Q9UPQ0 FCGRT-202ENST00000426395 1559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
LIMCH1Q9UPQ0 AL139099.2-201ENST00000555043 2469 ntTSL 2 BASIC21.39■■□□□ 1.02
LIMCH1Q9UPQ0 BPHL-203ENST00000380379 1928 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.02
LIMCH1Q9UPQ0 TACSTD2-201ENST00000371225 2351 ntAPPRIS P1 BASIC21.39■■□□□ 1.02
LIMCH1Q9UPQ0 ATP1B1-201ENST00000367815 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.02
LIMCH1Q9UPQ0 SLCO6A1-202ENST00000389019 2340 ntTSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.02
LIMCH1Q9UPQ0 SAR1B-208ENST00000507419 2287 ntTSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.02
LIMCH1Q9UPQ0 ATP2A2-201ENST00000308664 4453 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
LIMCH1Q9UPQ0 CEP78-204ENST00000415759 2623 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.39■■□□□ 1.01
LIMCH1Q9UPQ0 ESPN-216ENST00000636330 4731 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.39■■□□□ 1.01
LIMCH1Q9UPQ0 CNNM3-201ENST00000305510 3447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
LIMCH1Q9UPQ0 CCK-201ENST00000334681 830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
LIMCH1Q9UPQ0 HIST1H2AM-201ENST00000359611 393 ntAPPRIS P1 BASIC21.39■■□□□ 1.01
LIMCH1Q9UPQ0 GAD2-202ENST00000376248 680 ntTSL 5 BASIC21.39■■□□□ 1.01
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 25.8 ms