Protein–RNA interactions for Protein: Q9NTJ3

SMC4, Structural maintenance of chromosomes protein 4, humanhuman

Predictions only

Length 1,288 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SMC4Q9NTJ3 SH2D2A-201ENST00000368198 1599 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
SMC4Q9NTJ3 NFATC1-201ENST00000253506 4642 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
SMC4Q9NTJ3 CHRNB4-202ENST00000412074 1355 ntTSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
SMC4Q9NTJ3 SCT-201ENST00000176195 366 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
SMC4Q9NTJ3 PTCRA-201ENST00000304672 1080 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
SMC4Q9NTJ3 GNG5-202ENST00000370645 790 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.33■■□□□ 1.33
SMC4Q9NTJ3 KIRREL3-AS3-201ENST00000404882 831 ntBASIC23.33■■□□□ 1.33
SMC4Q9NTJ3 HAGLR-204ENST00000425005 623 ntTSL 3 BASIC23.33■■□□□ 1.33
SMC4Q9NTJ3 AC105935.2-201ENST00000435478 544 ntTSL 4 BASIC23.33■■□□□ 1.33
SMC4Q9NTJ3 PTCRA-202ENST00000441198 1005 ntTSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
SMC4Q9NTJ3 PTCRA-203ENST00000446507 759 ntTSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
SMC4Q9NTJ3 AP003396.3-201ENST00000530918 778 ntTSL 5 BASIC23.33■■□□□ 1.33
SMC4Q9NTJ3 ANKRD34C-AS1-201ENST00000557790 594 ntTSL 3 BASIC23.33■■□□□ 1.33
SMC4Q9NTJ3 AC020911.2-202ENST00000588945 593 ntTSL 3 BASIC23.33■■□□□ 1.33
SMC4Q9NTJ3 NDRG2-208ENST00000397851 2022 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC23.33■■□□□ 1.32
SMC4Q9NTJ3 DCAF4-201ENST00000353777 1940 ntTSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.32
SMC4Q9NTJ3 ISY1-201ENST00000273541 1704 ntTSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.32
SMC4Q9NTJ3 ZNF667-AS1-201ENST00000585445 1521 ntTSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.32
SMC4Q9NTJ3 RHOB-201ENST00000272233 2372 ntAPPRIS P1 BASIC23.33■■□□□ 1.32
SMC4Q9NTJ3 LINC01311-201ENST00000565162 1445 ntBASIC23.33■■□□□ 1.32
SMC4Q9NTJ3 CD209-210ENST00000601951 1439 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.32
SMC4Q9NTJ3 ZNRF2-201ENST00000323037 3460 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
SMC4Q9NTJ3 IL17RC-201ENST00000295981 2621 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC23.32■■□□□ 1.32
SMC4Q9NTJ3 RPN2-201ENST00000237530 2515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
SMC4Q9NTJ3 LINC00574-201ENST00000420557 2318 ntTSL 2 BASIC23.32■■□□□ 1.32
SMC4Q9NTJ3 FAM213B-201ENST00000378424 2765 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.32■■□□□ 1.32
SMC4Q9NTJ3 MARK2-211ENST00000513765 2671 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
SMC4Q9NTJ3 GAB3-203ENST00000424127 2028 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
SMC4Q9NTJ3 HMGA1-201ENST00000311487 1920 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
SMC4Q9NTJ3 NOL3-211ENST00000568146 1351 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
SMC4Q9NTJ3 NUDT8-201ENST00000301490 809 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
SMC4Q9NTJ3 LCE3D-201ENST00000368787 613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
SMC4Q9NTJ3 DUSP15-203ENST00000375966 1077 ntTSL 3 BASIC23.32■■□□□ 1.32
SMC4Q9NTJ3 DUSP15-204ENST00000398083 1212 ntTSL 5 BASIC23.32■■□□□ 1.32
SMC4Q9NTJ3 HDAC11-AS1-201ENST00000424112 515 ntTSL 2 BASIC23.32■■□□□ 1.32
SMC4Q9NTJ3 SGO1-208ENST00000437051 1187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
SMC4Q9NTJ3 PTX4-202ENST00000440447 1117 ntTSL 5 BASIC23.32■■□□□ 1.32
SMC4Q9NTJ3 ENDOV-202ENST00000517295 908 ntTSL 3 BASIC23.32■■□□□ 1.32
SMC4Q9NTJ3 AC099518.3-201ENST00000564808 809 ntAPPRIS P5 TSL 4 BASIC23.32■■□□□ 1.32
SMC4Q9NTJ3 AC002310.4-201ENST00000568114 377 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.32■■□□□ 1.32
SMC4Q9NTJ3 JMJD6-202ENST00000397625 1603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
SMC4Q9NTJ3 MAEA-201ENST00000264750 2058 ntTSL 2 BASIC23.32■■□□□ 1.32
SMC4Q9NTJ3 SMPD3-211ENST00000568373 2073 ntTSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
SMC4Q9NTJ3 KMT2E-207ENST00000476671 2523 ntTSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
SMC4Q9NTJ3 PHF12-201ENST00000268756 2957 ntTSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
SMC4Q9NTJ3 ZNF446-207ENST00000610298 1869 ntTSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
SMC4Q9NTJ3 MON1B-202ENST00000439557 1759 ntTSL 2 BASIC23.32■■□□□ 1.32
SMC4Q9NTJ3 NSUN5-201ENST00000252594 1672 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
SMC4Q9NTJ3 POLR1D-220ENST00000637071 1943 ntTSL 5 BASIC23.31■■□□□ 1.32
SMC4Q9NTJ3 AC138028.4-201ENST00000564984 1845 ntBASIC23.31■■□□□ 1.32
SMC4Q9NTJ3 JKAMP-201ENST00000261247 1726 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
SMC4Q9NTJ3 BMS1P4-202ENST00000584747 1716 ntTSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
SMC4Q9NTJ3 BAG3-201ENST00000369085 2571 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
SMC4Q9NTJ3 MYO19-225ENST00000621344 1640 ntTSL 2 BASIC23.31■■□□□ 1.32
SMC4Q9NTJ3 POU4F3-201ENST00000230732 1182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
SMC4Q9NTJ3 ZNF32-201ENST00000374433 1137 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
SMC4Q9NTJ3 SUV39H2-204ENST00000378325 1292 ntTSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
SMC4Q9NTJ3 MYD88-206ENST00000443433 914 ntTSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
SMC4Q9NTJ3 SPDYE13P-201ENST00000445314 798 ntBASIC23.31■■□□□ 1.32
SMC4Q9NTJ3 AF250324.1-201ENST00000506276 703 ntTSL 3 BASIC23.31■■□□□ 1.32
SMC4Q9NTJ3 AC026471.3-201ENST00000565137 578 ntTSL 2 BASIC23.31■■□□□ 1.32
SMC4Q9NTJ3 AL049597.2-201ENST00000565575 961 ntBASIC23.31■■□□□ 1.32
SMC4Q9NTJ3 LINC01238-205ENST00000567549 1107 ntBASIC23.31■■□□□ 1.32
SMC4Q9NTJ3 TEN1-204ENST00000588202 862 ntTSL 3 BASIC23.31■■□□□ 1.32
SMC4Q9NTJ3 AC243829.1-201ENST00000615128 1059 ntTSL 2 BASIC23.31■■□□□ 1.32
SMC4Q9NTJ3 AC083849.1-201ENST00000615227 514 ntBASIC23.31■■□□□ 1.32
SMC4Q9NTJ3 APBB1IP-201ENST00000356785 1513 ntTSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
SMC4Q9NTJ3 RGN-204ENST00000457380 2041 ntTSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
SMC4Q9NTJ3 GABRB2-206ENST00000520240 2030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
SMC4Q9NTJ3 TMSB4Y-201ENST00000284856 1669 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
SMC4Q9NTJ3 CALHM3-201ENST00000369783 1652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
SMC4Q9NTJ3 AC132938.6-201ENST00000623828 1655 ntBASIC23.31■■□□□ 1.32
SMC4Q9NTJ3 HIC1-202ENST00000399849 3156 ntTSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
SMC4Q9NTJ3 SEPHS1-206ENST00000545675 2988 ntTSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
SMC4Q9NTJ3 LMNA-207ENST00000368301 2461 ntTSL 2 BASIC23.31■■□□□ 1.32
SMC4Q9NTJ3 WSCD1-209ENST00000574232 2129 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.3■■□□□ 1.32
SMC4Q9NTJ3 GATA2-203ENST00000487848 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
SMC4Q9NTJ3 PTPRJ-202ENST00000440289 3158 ntTSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
SMC4Q9NTJ3 APCDD1-201ENST00000355285 3809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
SMC4Q9NTJ3 AC022916.1-201ENST00000590478 2658 ntTSL 2 BASIC23.3■■□□□ 1.32
SMC4Q9NTJ3 NUDT10-202ENST00000376006 2001 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
SMC4Q9NTJ3 PCBP3-205ENST00000400310 2168 ntTSL 2 BASIC23.3■■□□□ 1.32
SMC4Q9NTJ3 SIM2-201ENST00000290399 4442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
SMC4Q9NTJ3 HOXA13-201ENST00000222753 5030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
SMC4Q9NTJ3 MRPL24-202ENST00000368211 883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
SMC4Q9NTJ3 AC004540.1-203ENST00000421862 907 ntTSL 5 BASIC23.3■■□□□ 1.32
SMC4Q9NTJ3 SAPCD2P2-201ENST00000431719 1174 ntBASIC23.3■■□□□ 1.32
SMC4Q9NTJ3 MEAF6-205ENST00000448519 666 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
SMC4Q9NTJ3 ELOVL2-AS1-202ENST00000456616 903 ntTSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
SMC4Q9NTJ3 AL671277.2-201ENST00000458060 996 ntBASIC23.3■■□□□ 1.32
SMC4Q9NTJ3 AC087623.2-201ENST00000528407 534 ntTSL 4 BASIC23.3■■□□□ 1.32
SMC4Q9NTJ3 DUX4-205ENST00000570263 768 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
SMC4Q9NTJ3 SLF2-205ENST00000609386 891 ntAPPRIS ALT2 BASIC23.3■■□□□ 1.32
SMC4Q9NTJ3 LITAF-220ENST00000620789 692 ntTSL 5 BASIC23.3■■□□□ 1.32
SMC4Q9NTJ3 MVK-201ENST00000228510 1956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
SMC4Q9NTJ3 AP000997.3-201ENST00000623333 2250 ntBASIC23.3■■□□□ 1.32
SMC4Q9NTJ3 TAL1-202ENST00000371884 4642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
SMC4Q9NTJ3 NTMT1-211ENST00000617943 1346 ntTSL 3 BASIC23.3■■□□□ 1.32
SMC4Q9NTJ3 AL031658.1-201ENST00000449519 2013 ntTSL 2 BASIC23.3■■□□□ 1.32
SMC4Q9NTJ3 HPS3-202ENST00000460120 2745 ntTSL 2 BASIC23.3■■□□□ 1.32
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29.3 ms