Protein–RNA interactions for Protein: Q99567

NUP88, Nuclear pore complex protein Nup88, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 741 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NUP88Q99567 GAREM2-201ENST00000401533 4161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
NUP88Q99567 SEPT9-246ENST00000592951 1793 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.25■□□□□ 0.99
NUP88Q99567 CDK2AP2-201ENST00000301488 1378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
NUP88Q99567 ABHD14B-204ENST00000461108 1397 ntTSL 2 BASIC21.25■□□□□ 0.99
NUP88Q99567 HEXDC-203ENST00000577944 1820 ntTSL 5 BASIC21.25■□□□□ 0.99
NUP88Q99567 SUMF2-203ENST00000395435 1287 ntTSL 2 BASIC21.25■□□□□ 0.99
NUP88Q99567 AL645608.6-201ENST00000418300 402 ntTSL 3 BASIC21.25■□□□□ 0.99
NUP88Q99567 MOBP-204ENST00000420739 940 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC21.25■□□□□ 0.99
NUP88Q99567 GUSBP12-201ENST00000513727 720 ntBASIC21.25■□□□□ 0.99
NUP88Q99567 TMTC1-203ENST00000539277 2758 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
NUP88Q99567 HDDC3-205ENST00000559898 1024 ntTSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
NUP88Q99567 AC111152.3-201ENST00000569699 673 ntBASIC21.25■□□□□ 0.99
NUP88Q99567 ANAPC11-204ENST00000571024 668 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
NUP88Q99567 ANAPC11-218ENST00000582222 523 ntTSL 2 BASIC21.25■□□□□ 0.99
NUP88Q99567 C19orf25-204ENST00000586564 1265 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.25■□□□□ 0.99
NUP88Q99567 AL024508.2-201ENST00000607749 1894 ntBASIC21.25■□□□□ 0.99
NUP88Q99567 EVX1-202ENST00000496902 2955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
NUP88Q99567 CLIP2-201ENST00000223398 5563 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.25■□□□□ 0.99
NUP88Q99567 AC060780.1-201ENST00000635600 1782 ntTSL 5 BASIC21.25■□□□□ 0.99
NUP88Q99567 RARRES1-201ENST00000237696 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
NUP88Q99567 MCU-202ENST00000373053 2949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
NUP88Q99567 ATP1B1-202ENST00000367816 2608 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.25■□□□□ 0.99
NUP88Q99567 SMARCC2-201ENST00000267064 4076 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
NUP88Q99567 CTSH-201ENST00000220166 2190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
NUP88Q99567 CITED2-201ENST00000367651 2354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
NUP88Q99567 DENND2A-201ENST00000275884 3735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
NUP88Q99567 AC112777.1-201ENST00000540175 1423 ntBASIC21.24■□□□□ 0.99
NUP88Q99567 TNPO2-203ENST00000450764 4993 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
NUP88Q99567 HCG11-201ENST00000411553 5696 ntBASIC21.24■□□□□ 0.99
NUP88Q99567 SFTPD-201ENST00000372292 1281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
NUP88Q99567 MPG-203ENST00000397817 1039 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.24■□□□□ 0.99
NUP88Q99567 AC068134.1-202ENST00000439072 356 ntTSL 5 BASIC21.24■□□□□ 0.99
NUP88Q99567 VEGFA-222ENST00000520948 1199 ntTSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
NUP88Q99567 AC099336.1-202ENST00000602961 463 ntBASIC21.24■□□□□ 0.99
NUP88Q99567 ZNF211-204ENST00000347302 2472 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
NUP88Q99567 C16orf58-202ENST00000430477 2471 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
NUP88Q99567 LTBP3-217ENST00000530785 2461 ntTSL 2 BASIC21.24■□□□□ 0.99
NUP88Q99567 SPACA1-201ENST00000237201 1499 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
NUP88Q99567 RANBP10-201ENST00000317506 5341 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
NUP88Q99567 RANBP10-209ENST00000630626 5305 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.24■□□□□ 0.99
NUP88Q99567 MSC-201ENST00000325509 2023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
NUP88Q99567 LRP1-204ENST00000553277 1693 ntTSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
NUP88Q99567 MICU3-201ENST00000318063 3992 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
NUP88Q99567 RALY-203ENST00000375114 6430 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
NUP88Q99567 PLIN5-201ENST00000381848 2470 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
NUP88Q99567 SEPT9-211ENST00000585930 1387 ntTSL 2 BASIC21.23■□□□□ 0.99
NUP88Q99567 GTPBP8-208ENST00000619116 1378 ntTSL 5 BASIC21.23■□□□□ 0.99
NUP88Q99567 GALNT2-201ENST00000366672 4454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
NUP88Q99567 C6orf223-202ENST00000439969 2757 ntTSL 2 BASIC21.23■□□□□ 0.99
NUP88Q99567 WDR88-202ENST00000361680 1835 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
NUP88Q99567 CD320-201ENST00000301458 1250 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
NUP88Q99567 NT5E-202ENST00000369646 974 ntTSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
NUP88Q99567 ROMO1-204ENST00000374078 498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
NUP88Q99567 KRTAP5-6-201ENST00000382160 561 ntAPPRIS P1 BASIC21.23■□□□□ 0.99
NUP88Q99567 CXorf40A-202ENST00000393985 1148 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
NUP88Q99567 LEF1-AS1-201ENST00000436413 1045 ntTSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
NUP88Q99567 AC004975.2-201ENST00000442017 565 ntTSL 5 BASIC21.23■□□□□ 0.99
NUP88Q99567 AC093459.1-201ENST00000444567 481 ntTSL 3 BASIC21.23■□□□□ 0.99
NUP88Q99567 KRT17P6-201ENST00000453795 1220 ntBASIC21.23■□□□□ 0.99
NUP88Q99567 EMBP1-201ENST00000458200 901 ntBASIC21.23■□□□□ 0.99
NUP88Q99567 SLC2A1-204ENST00000460369 541 ntTSL 2 BASIC21.23■□□□□ 0.99
NUP88Q99567 STK32A-AS1-201ENST00000504297 863 ntTSL 3 BASIC21.23■□□□□ 0.99
NUP88Q99567 TRAF7-205ENST00000567653 666 ntTSL 2 BASIC21.23■□□□□ 0.99
NUP88Q99567 AC011511.2-201ENST00000592893 918 ntTSL 3 BASIC21.23■□□□□ 0.99
NUP88Q99567 SSBP1-215ENST00000612337 884 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.23■□□□□ 0.99
NUP88Q99567 AL162497.1-201ENST00000615635 518 ntTSL 4 BASIC21.23■□□□□ 0.99
NUP88Q99567 LINC01714-202ENST00000635451 896 ntTSL 5 BASIC21.23■□□□□ 0.99
NUP88Q99567 OGFOD3-202ENST00000329197 1652 ntTSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
NUP88Q99567 RNPS1-219ENST00000566397 1685 ntTSL 2 BASIC21.23■□□□□ 0.99
NUP88Q99567 IRAK3-202ENST00000457197 1853 ntTSL 2 BASIC21.23■□□□□ 0.99
NUP88Q99567 ANO7L1-203ENST00000602586 1720 ntBASIC21.23■□□□□ 0.99
NUP88Q99567 PLEKHG5-212ENST00000537245 4794 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.23■□□□□ 0.99
NUP88Q99567 HAUS8-202ENST00000448593 1545 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.23■□□□□ 0.99
NUP88Q99567 BMP8B-201ENST00000372827 4822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
NUP88Q99567 IL17RC-215ENST00000455057 2244 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
NUP88Q99567 CARD9-202ENST00000371734 1814 ntTSL 5 BASIC21.22■□□□□ 0.99
NUP88Q99567 TBC1D19-201ENST00000264866 2263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
NUP88Q99567 PEPD-203ENST00000436370 1638 ntTSL 2 BASIC21.22■□□□□ 0.99
NUP88Q99567 MAPKAPK2-202ENST00000367103 2961 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
NUP88Q99567 GJB6-204ENST00000400066 1927 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
NUP88Q99567 PDLIM2-206ENST00000409141 1463 ntTSL 2 BASIC21.22■□□□□ 0.99
NUP88Q99567 DAPK2-205ENST00000558069 1473 ntTSL 5 BASIC21.22■□□□□ 0.99
NUP88Q99567 C6orf15-201ENST00000259870 1140 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
NUP88Q99567 SPIN2B-202ENST00000333933 1258 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
NUP88Q99567 PAX3-208ENST00000409828 1254 ntTSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
NUP88Q99567 LINC02247-201ENST00000417135 743 ntTSL 3 BASIC21.22■□□□□ 0.99
NUP88Q99567 IGHV3-47-201ENST00000425060 335 ntBASIC21.22■□□□□ 0.99
NUP88Q99567 BET1L-206ENST00000486280 665 ntTSL 3 BASIC21.22■□□□□ 0.99
NUP88Q99567 ACP6-203ENST00000487562 1258 ntTSL 5 BASIC21.22■□□□□ 0.99
NUP88Q99567 RBM14-RBM4-203ENST00000500635 829 ntTSL 2 BASIC21.22■□□□□ 0.99
NUP88Q99567 KRT18P31-201ENST00000506277 1292 ntBASIC21.22■□□□□ 0.99
NUP88Q99567 ENDOV-202ENST00000517295 908 ntTSL 3 BASIC21.22■□□□□ 0.99
NUP88Q99567 AC135586.2-201ENST00000537262 567 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC21.22■□□□□ 0.99
NUP88Q99567 SDR39U1-202ENST00000538105 1041 ntTSL 2 BASIC21.22■□□□□ 0.99
NUP88Q99567 LAT-211ENST00000566177 786 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
NUP88Q99567 AC007220.1-201ENST00000572466 1055 ntTSL 3 BASIC21.22■□□□□ 0.99
NUP88Q99567 SRSF1-209ENST00000585096 568 ntTSL 4 BASIC21.22■□□□□ 0.99
NUP88Q99567 AC012366.1-201ENST00000615411 473 ntTSL 5 BASIC21.22■□□□□ 0.99
NUP88Q99567 USP48-204ENST00000400301 4309 ntTSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
NUP88Q99567 MAP3K6-207ENST00000493901 4309 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.22■□□□□ 0.99
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 36.5 ms