Protein–RNA interactions for Protein: Q99567

NUP88, Nuclear pore complex protein Nup88, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 741 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NUP88Q99567 KRT6C-201ENST00000252250 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
NUP88Q99567 KRT6B-201ENST00000252252 2282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
NUP88Q99567 QSOX2-201ENST00000358701 4530 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.3■■□□□ 1
NUP88Q99567 ZNF667-AS1-201ENST00000585445 1521 ntTSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
NUP88Q99567 MRPL4-203ENST00000393733 1620 ntTSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
NUP88Q99567 SLC27A3-204ENST00000368661 2410 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
NUP88Q99567 FAM72C-202ENST00000584486 2297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
NUP88Q99567 HMGA1-205ENST00000447654 2159 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
NUP88Q99567 ZAR1L-202ENST00000533490 1564 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
NUP88Q99567 AC009102.3-201ENST00000623118 1491 ntBASIC21.29■■□□□ 1
NUP88Q99567 AC233702.3-201ENST00000578656 1387 ntBASIC21.29■■□□□ 1
NUP88Q99567 ULK2-201ENST00000361658 3908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
NUP88Q99567 NDUFAF2-201ENST00000296597 719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
NUP88Q99567 INSL3-201ENST00000317306 755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
NUP88Q99567 GNB1L-203ENST00000405009 1076 ntTSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
NUP88Q99567 NUS1P1-201ENST00000446295 882 ntBASIC21.29■■□□□ 1
NUP88Q99567 RN7SL606P-201ENST00000472779 293 ntBASIC21.29■■□□□ 1
NUP88Q99567 AP000721.2-201ENST00000537170 650 ntTSL 4 BASIC21.29■■□□□ 1
NUP88Q99567 AC074051.2-201ENST00000565115 352 ntBASIC21.29■■□□□ 1
NUP88Q99567 SNHG15-203ENST00000578968 982 ntTSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
NUP88Q99567 SYNGR2-202ENST00000585591 949 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
NUP88Q99567 HACE1-202ENST00000369125 3102 ntTSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
NUP88Q99567 NOMO2-201ENST00000330537 4352 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
NUP88Q99567 TM9SF1-206ENST00000528669 2425 ntTSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
NUP88Q99567 TMEM155-201ENST00000337677 2313 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
NUP88Q99567 NFATC4-220ENST00000555393 2235 ntTSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
NUP88Q99567 MYBPH-201ENST00000255416 1805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
NUP88Q99567 MEN1-201ENST00000312049 2761 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
NUP88Q99567 NAF1-202ENST00000422287 1604 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
NUP88Q99567 CCNJ-203ENST00000465148 2677 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
NUP88Q99567 SMIM24-201ENST00000215531 1329 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
NUP88Q99567 ACD-202ENST00000393919 1974 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
NUP88Q99567 PRSS33-201ENST00000293851 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
NUP88Q99567 FAM46A-203ENST00000369756 5537 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
NUP88Q99567 TTC19-201ENST00000261647 3002 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
NUP88Q99567 CASD1-201ENST00000297273 3942 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
NUP88Q99567 NDUFS7-201ENST00000233627 1039 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
NUP88Q99567 SNRPA1-201ENST00000254193 1055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
NUP88Q99567 GJC3-201ENST00000312891 1116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
NUP88Q99567 SUSD4-203ENST00000344029 1056 ntTSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
NUP88Q99567 RPL8-202ENST00000394920 965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
NUP88Q99567 AC012615.1-201ENST00000565797 1299 ntBASIC21.28■■□□□ 1
NUP88Q99567 AP005901.3-202ENST00000581653 237 ntBASIC21.28■■□□□ 1
NUP88Q99567 AC243773.1-201ENST00000614759 544 ntTSL 5 BASIC21.28■■□□□ 1
NUP88Q99567 IDH3G-202ENST00000370092 1712 ntTSL 5 BASIC21.28■■□□□ 1
NUP88Q99567 BID-205ENST00000399774 2167 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
NUP88Q99567 LDLRAD4-211ENST00000587757 2171 ntTSL 2 BASIC21.28■■□□□ 1
NUP88Q99567 CDK10-208ENST00000505473 1424 ntTSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
NUP88Q99567 ANXA3-201ENST00000264908 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
NUP88Q99567 JAK2-201ENST00000381652 5285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
NUP88Q99567 ZNF623-203ENST00000526926 2612 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.27■■□□□ 1
NUP88Q99567 PCDHAC2-201ENST00000289269 5963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
NUP88Q99567 CCND3-204ENST00000414200 1724 ntTSL 2 BASIC21.27■■□□□ 1
NUP88Q99567 SEMA3D-202ENST00000444867 1605 ntTSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
NUP88Q99567 UMOD-201ENST00000302509 2477 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.27■■□□□ 1
NUP88Q99567 GNGT2-201ENST00000300406 889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
NUP88Q99567 UBE2J2-205ENST00000400930 1021 ntTSL 5 BASIC21.27■■□□□ 1
NUP88Q99567 AC246785.2-201ENST00000432512 513 ntBASIC21.27■■□□□ 1
NUP88Q99567 AC138894.3-201ENST00000603787 634 ntBASIC21.27■■□□□ 1
NUP88Q99567 IFNL4P1-201ENST00000607083 540 ntBASIC21.27■■□□□ 1
NUP88Q99567 ANKRD17-211ENST00000639793 3486 ntTSL 5 BASIC21.27■■□□□ 1
NUP88Q99567 SLC22A18-203ENST00000380574 1755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
NUP88Q99567 GLB1-202ENST00000307377 2018 ntTSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
NUP88Q99567 KRT13-201ENST00000246635 1699 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
NUP88Q99567 ZNF787-202ENST00000587279 1657 ntTSL 2 BASIC21.27■■□□□ 1
NUP88Q99567 TRABD-203ENST00000395827 2172 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.27■■□□□ 1
NUP88Q99567 TSHZ3-201ENST00000240587 5176 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
NUP88Q99567 ITGB5-201ENST00000296181 4372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■□□□□ 0.99
NUP88Q99567 PPP2R5A-201ENST00000261461 3128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■□□□□ 0.99
NUP88Q99567 NEFHP1-201ENST00000412845 2629 ntBASIC21.26■□□□□ 0.99
NUP88Q99567 KRT89P-201ENST00000620027 1478 ntBASIC21.26■□□□□ 0.99
NUP88Q99567 LRRC36-201ENST00000329956 2395 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
NUP88Q99567 SSC5D-201ENST00000389623 4845 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
NUP88Q99567 CCDC34-201ENST00000317945 2109 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
NUP88Q99567 IFRD2-202ENST00000417626 2109 ntTSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
NUP88Q99567 PLCXD1-202ENST00000381663 1863 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.26■□□□□ 0.99
NUP88Q99567 MARK2-211ENST00000513765 2671 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
NUP88Q99567 CBX1-202ENST00000393408 2422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
NUP88Q99567 NARF-204ENST00000390006 1766 ntTSL 2 BASIC21.26■□□□□ 0.99
NUP88Q99567 KLF6-204ENST00000469435 2169 ntTSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
NUP88Q99567 CYTH1-209ENST00000589296 2159 ntTSL 5 BASIC21.26■□□□□ 0.99
NUP88Q99567 TSR2-201ENST00000375151 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
NUP88Q99567 QKI-205ENST00000392127 7911 ntTSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
NUP88Q99567 FAM239B-201ENST00000381106 1099 ntTSL 2 BASIC21.26■□□□□ 0.99
NUP88Q99567 TSPY19P-201ENST00000418461 509 ntBASIC21.26■□□□□ 0.99
NUP88Q99567 AKR7L-201ENST00000420396 1240 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.26■□□□□ 0.99
NUP88Q99567 TSPY18P-201ENST00000441642 509 ntBASIC21.26■□□□□ 0.99
NUP88Q99567 DMKN-215ENST00000451297 1111 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
NUP88Q99567 AC104819.1-201ENST00000504587 486 ntBASIC21.26■□□□□ 0.99
NUP88Q99567 FOXP3-205ENST00000518685 1213 ntTSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
NUP88Q99567 ZNF688-207ENST00000567855 540 ntTSL 2 BASIC21.26■□□□□ 0.99
NUP88Q99567 AC092118.1-202ENST00000568697 718 ntTSL 3 BASIC21.26■□□□□ 0.99
NUP88Q99567 PAQR4-204ENST00000574988 869 ntTSL 2 BASIC21.26■□□□□ 0.99
NUP88Q99567 AC022150.1-201ENST00000599222 640 ntTSL 3 BASIC21.26■□□□□ 0.99
NUP88Q99567 Metazoa_SRP.104-201ENST00000622099 280 ntBASIC21.26■□□□□ 0.99
NUP88Q99567 AL732314.6-201ENST00000627721 484 ntTSL 4 BASIC21.26■□□□□ 0.99
NUP88Q99567 C1orf43-210ENST00000640799 1287 ntTSL 5 BASIC21.26■□□□□ 0.99
NUP88Q99567 PCDH1-201ENST00000287008 4793 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.26■□□□□ 0.99
NUP88Q99567 TMEM128-201ENST00000254742 1737 ntTSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
NUP88Q99567 CNNM3-202ENST00000377060 3308 ntTSL 2 BASIC21.26■□□□□ 0.99
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22.3 ms