Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3X0

CCDC9, Coiled-coil domain-containing protein 9, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 531 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC9Q9Y3X0 CELF2-217ENST00000638035 1849 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.18■■□□□ 1.46
CCDC9Q9Y3X0 GNB1-201ENST00000378609 3132 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
CCDC9Q9Y3X0 TBC1D2B-202ENST00000409931 6086 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
CCDC9Q9Y3X0 GPN3-202ENST00000537466 1491 ntTSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
CCDC9Q9Y3X0 CTNND2-201ENST00000304623 5481 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
CCDC9Q9Y3X0 AC007249.2-201ENST00000553181 1737 ntTSL 5 BASIC24.18■■□□□ 1.46
CCDC9Q9Y3X0 KIAA0895L-206ENST00000563902 2233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
CCDC9Q9Y3X0 RASL12-201ENST00000220062 2640 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
CCDC9Q9Y3X0 RGS11-203ENST00000359740 1371 ntTSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
CCDC9Q9Y3X0 TMPO-204ENST00000393053 2374 ntTSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
CCDC9Q9Y3X0 CADPS2-208ENST00000615869 6066 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.17■■□□□ 1.46
CCDC9Q9Y3X0 SUMF2-208ENST00000434526 2052 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
CCDC9Q9Y3X0 SERHL2-203ENST00000340239 1315 ntTSL 5 BASIC24.17■■□□□ 1.46
CCDC9Q9Y3X0 ESR1-204ENST00000406599 1251 ntTSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
CCDC9Q9Y3X0 WBP2-203ENST00000433525 928 ntTSL 2 BASIC24.17■■□□□ 1.46
CCDC9Q9Y3X0 KRT18P2-201ENST00000447938 1258 ntBASIC24.17■■□□□ 1.46
CCDC9Q9Y3X0 COX20P2-201ENST00000452636 358 ntBASIC24.17■■□□□ 1.46
CCDC9Q9Y3X0 MYL6-203ENST00000536128 1221 ntTSL 2 BASIC24.17■■□□□ 1.46
CCDC9Q9Y3X0 PTPRS-208ENST00000590509 893 ntTSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
CCDC9Q9Y3X0 AL022328.2-201ENST00000608016 640 ntTSL 3 BASIC24.17■■□□□ 1.46
CCDC9Q9Y3X0 MIR1199-201ENST00000621445 119 ntBASIC24.17■■□□□ 1.46
CCDC9Q9Y3X0 AC068587.9-201ENST00000641814 219 ntBASIC24.17■■□□□ 1.46
CCDC9Q9Y3X0 PQLC2-201ENST00000375153 2153 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.17■■□□□ 1.46
CCDC9Q9Y3X0 WIPF1-203ENST00000392546 2180 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.17■■□□□ 1.46
CCDC9Q9Y3X0 UNKL-205ENST00000397464 2180 ntTSL 2 BASIC24.17■■□□□ 1.46
CCDC9Q9Y3X0 ENTPD8-201ENST00000344119 2111 ntTSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
CCDC9Q9Y3X0 SEPT11-209ENST00000510515 1886 ntTSL 2 BASIC24.17■■□□□ 1.46
CCDC9Q9Y3X0 HDGFL2-208ENST00000616600 2281 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
CCDC9Q9Y3X0 UBE2Z-201ENST00000360943 3122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
CCDC9Q9Y3X0 SSH3-202ENST00000308298 2046 ntTSL 2 BASIC24.17■■□□□ 1.46
CCDC9Q9Y3X0 IRF7-207ENST00000525445 1588 ntTSL 5 BASIC24.16■■□□□ 1.46
CCDC9Q9Y3X0 TMPRSS2-206ENST00000458356 1701 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.16■■□□□ 1.46
CCDC9Q9Y3X0 SYT17-207ENST00000568115 1721 ntTSL 5 BASIC24.16■■□□□ 1.46
CCDC9Q9Y3X0 SSSCA1-201ENST00000309328 698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
CCDC9Q9Y3X0 HIST1H2BD-202ENST00000377777 496 ntAPPRIS P1 BASIC24.16■■□□□ 1.46
CCDC9Q9Y3X0 DARS-AS1-203ENST00000438432 768 ntTSL 3 BASIC24.16■■□□□ 1.46
CCDC9Q9Y3X0 PAEP-208ENST00000479141 990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
CCDC9Q9Y3X0 AC026191.1-201ENST00000491930 829 ntTSL 3 BASIC24.16■■□□□ 1.46
CCDC9Q9Y3X0 HLA-J-203ENST00000494367 1087 ntBASIC24.16■■□□□ 1.46
CCDC9Q9Y3X0 AC008687.5-201ENST00000593746 558 ntBASIC24.16■■□□□ 1.46
CCDC9Q9Y3X0 RIMBP3C-202ENST00000433039 5784 ntAPPRIS P2 BASIC24.16■■□□□ 1.46
CCDC9Q9Y3X0 HS3ST4-201ENST00000331351 3203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
CCDC9Q9Y3X0 DNAAF3-207ENST00000527223 2228 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.16■■□□□ 1.46
CCDC9Q9Y3X0 SLC9A6-202ENST00000370698 4631 ntTSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
CCDC9Q9Y3X0 ZNF843-203ENST00000618063 1765 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
CCDC9Q9Y3X0 SERPINH1-215ENST00000533603 2299 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.15■■□□□ 1.46
CCDC9Q9Y3X0 DLEU7-201ENST00000400393 2092 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
CCDC9Q9Y3X0 P2RX2-206ENST00000389110 1867 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
CCDC9Q9Y3X0 ABHD5-205ENST00000458276 1690 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
CCDC9Q9Y3X0 USP39-204ENST00000409766 2033 ntTSL 2 BASIC24.15■■□□□ 1.46
CCDC9Q9Y3X0 UBQLN4P1-201ENST00000461599 1801 ntBASIC24.15■■□□□ 1.46
CCDC9Q9Y3X0 AC008393.1-201ENST00000499601 1454 ntTSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
CCDC9Q9Y3X0 GPX3-209ENST00000614343 1478 ntTSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
CCDC9Q9Y3X0 KANK3-203ENST00000593649 2672 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
CCDC9Q9Y3X0 AOC1-202ENST00000416793 2453 ntTSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
CCDC9Q9Y3X0 HOOK1-201ENST00000371208 5857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
CCDC9Q9Y3X0 EXOSC8-202ENST00000389704 1198 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
CCDC9Q9Y3X0 PITPNB-205ENST00000455418 2963 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.15■■□□□ 1.46
CCDC9Q9Y3X0 YBX1P5-201ENST00000509441 847 ntBASIC24.15■■□□□ 1.46
CCDC9Q9Y3X0 LINC02199-203ENST00000510229 496 ntTSL 3 BASIC24.15■■□□□ 1.46
CCDC9Q9Y3X0 MRPL49-203ENST00000526171 501 ntTSL 2 BASIC24.15■■□□□ 1.46
CCDC9Q9Y3X0 AC068389.2-201ENST00000529518 430 ntTSL 2 BASIC24.15■■□□□ 1.46
CCDC9Q9Y3X0 MTHFSD-203ENST00000543303 1207 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
CCDC9Q9Y3X0 COX5A-206ENST00000568783 571 ntTSL 3 BASIC24.15■■□□□ 1.46
CCDC9Q9Y3X0 SHBG-211ENST00000574539 938 ntTSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
CCDC9Q9Y3X0 ERCC1-212ENST00000591636 836 ntTSL 2 BASIC24.15■■□□□ 1.46
CCDC9Q9Y3X0 AC005593.1-201ENST00000624894 515 ntBASIC24.15■■□□□ 1.46
CCDC9Q9Y3X0 TRIM29-221ENST00000627238 510 ntTSL 5 BASIC24.15■■□□□ 1.46
CCDC9Q9Y3X0 MTHFSD-220ENST00000634347 1207 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
CCDC9Q9Y3X0 SHB-201ENST00000377707 2783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
CCDC9Q9Y3X0 LY6E-207ENST00000520466 1419 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.15■■□□□ 1.46
CCDC9Q9Y3X0 ALDH2-202ENST00000416293 1572 ntTSL 2 BASIC24.15■■□□□ 1.46
CCDC9Q9Y3X0 ACOT2-204ENST00000613168 1553 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
CCDC9Q9Y3X0 RAVER2-201ENST00000294428 4398 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.15■■□□□ 1.46
CCDC9Q9Y3X0 COCH-201ENST00000216361 2397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
CCDC9Q9Y3X0 FBXL15-202ENST00000369956 2344 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
CCDC9Q9Y3X0 LINC01547-202ENST00000397841 2303 ntTSL 2 BASIC24.15■■□□□ 1.46
CCDC9Q9Y3X0 CHD1L-201ENST00000361293 2484 ntTSL 2 BASIC24.15■■□□□ 1.46
CCDC9Q9Y3X0 RNPS1-219ENST00000566397 1685 ntTSL 2 BASIC24.15■■□□□ 1.46
CCDC9Q9Y3X0 IRX1P1-201ENST00000438849 1838 ntBASIC24.14■■□□□ 1.46
CCDC9Q9Y3X0 TPCN2-209ENST00000637504 2736 ntTSL 5 BASIC24.14■■□□□ 1.46
CCDC9Q9Y3X0 LONP1-203ENST00000585374 2882 ntTSL 5 BASIC24.14■■□□□ 1.46
CCDC9Q9Y3X0 DPH6-AS1-201ENST00000501169 1477 ntTSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.46
CCDC9Q9Y3X0 CLK2-202ENST00000361168 1934 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.46
CCDC9Q9Y3X0 HSPA1A-202ENST00000608703 1909 ntTSL 2 BASIC24.14■■□□□ 1.46
CCDC9Q9Y3X0 TECR-201ENST00000215567 1171 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
CCDC9Q9Y3X0 FDXR-201ENST00000293195 1875 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
CCDC9Q9Y3X0 AL162231.1-204ENST00000423809 477 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC24.14■■□□□ 1.45
CCDC9Q9Y3X0 CAMTA1-IT1-201ENST00000427317 365 ntTSL 3 BASIC24.14■■□□□ 1.45
CCDC9Q9Y3X0 AFG3L1P-209ENST00000429663 458 ntTSL 3 BASIC24.14■■□□□ 1.45
CCDC9Q9Y3X0 AC005020.2-201ENST00000455905 830 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.14■■□□□ 1.45
CCDC9Q9Y3X0 AC108751.1-201ENST00000490852 363 ntBASIC24.14■■□□□ 1.45
CCDC9Q9Y3X0 FADS2-209ENST00000521849 1703 ntTSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
CCDC9Q9Y3X0 AC020558.1-201ENST00000583662 425 ntTSL 3 BASIC24.14■■□□□ 1.45
CCDC9Q9Y3X0 AC007192.2-201ENST00000600364 463 ntTSL 5 BASIC24.14■■□□□ 1.45
CCDC9Q9Y3X0 SWI5-206ENST00000608796 906 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
CCDC9Q9Y3X0 ACOT7-202ENST00000377842 1813 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
CCDC9Q9Y3X0 INTS11-249ENST00000618806 1523 ntTSL 2 BASIC24.14■■□□□ 1.45
CCDC9Q9Y3X0 KIF22-203ENST00000561482 2505 ntTSL 2 BASIC24.14■■□□□ 1.45
CCDC9Q9Y3X0 BRICD5-201ENST00000328540 1913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 113.1 ms