Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y2N7

HIF3A, Hypoxia-inducible factor 3-alpha, humanhuman

Predictions only

Length 669 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HIF3AQ9Y2N7 PLEKHB1-203ENST00000398492 2275 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
HIF3AQ9Y2N7 OGFOD2-212ENST00000538755 1949 ntTSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
HIF3AQ9Y2N7 ZNF512B-201ENST00000369888 5919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
HIF3AQ9Y2N7 FZR1-203ENST00000441788 5212 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
HIF3AQ9Y2N7 IGSF9-206ENST00000611023 2663 ntTSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
HIF3AQ9Y2N7 SLC23A3-207ENST00000455516 2048 ntTSL 2 BASIC16.5■□□□□ 0.23
HIF3AQ9Y2N7 RGN-204ENST00000457380 2041 ntTSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
HIF3AQ9Y2N7 MDFIC-201ENST00000257724 4598 ntTSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
HIF3AQ9Y2N7 ENC1-201ENST00000302351 5520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
HIF3AQ9Y2N7 ING5-201ENST00000313552 5196 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
HIF3AQ9Y2N7 KLHL21-202ENST00000377663 6445 ntTSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
HIF3AQ9Y2N7 PCDHA8-202ENST00000531613 5260 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
HIF3AQ9Y2N7 NETO2-202ENST00000562435 7481 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
HIF3AQ9Y2N7 STRA6-209ENST00000563965 2565 ntTSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
HIF3AQ9Y2N7 OR13J1-201ENST00000377981 1339 ntAPPRIS P1 BASIC16.49■□□□□ 0.23
HIF3AQ9Y2N7 AC005332.8-201ENST00000622750 2735 ntBASIC16.49■□□□□ 0.23
HIF3AQ9Y2N7 CCDC88C-203ENST00000389856 1641 ntTSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
HIF3AQ9Y2N7 AC007743.1-203ENST00000447423 1623 ntTSL 2 BASIC16.49■□□□□ 0.23
HIF3AQ9Y2N7 ACADVL-205ENST00000543245 2227 ntTSL 2 BASIC16.49■□□□□ 0.23
HIF3AQ9Y2N7 PCDHA13-201ENST00000289272 5260 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
HIF3AQ9Y2N7 LRRC32-202ENST00000404995 2656 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.49■□□□□ 0.23
HIF3AQ9Y2N7 ADAMTS16-203ENST00000511368 2682 ntTSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
HIF3AQ9Y2N7 ZNF385B-204ENST00000410066 3288 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
HIF3AQ9Y2N7 ZNF419-201ENST00000221735 2309 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
HIF3AQ9Y2N7 GTF2H4-201ENST00000259895 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
HIF3AQ9Y2N7 CSNK2A2-201ENST00000262506 1701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
HIF3AQ9Y2N7 NIPAL2-201ENST00000341166 4581 ntTSL 2 BASIC16.49■□□□□ 0.23
HIF3AQ9Y2N7 SMPD1-201ENST00000342245 2452 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
HIF3AQ9Y2N7 RHOC-203ENST00000369632 1026 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.49■□□□□ 0.23
HIF3AQ9Y2N7 AIF1L-203ENST00000372298 849 ntTSL 3 BASIC16.49■□□□□ 0.23
HIF3AQ9Y2N7 MED4-202ENST00000378586 931 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.49■□□□□ 0.23
HIF3AQ9Y2N7 AC026412.1-201ENST00000507290 1033 ntTSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
HIF3AQ9Y2N7 AC136628.4-201ENST00000520758 535 ntTSL 2 BASIC16.49■□□□□ 0.23
HIF3AQ9Y2N7 RAB2A-211ENST00000531289 1058 ntTSL 2 BASIC16.49■□□□□ 0.23
HIF3AQ9Y2N7 CORO1C-204ENST00000541050 2487 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.49■□□□□ 0.23
HIF3AQ9Y2N7 LINC02256-201ENST00000561999 366 ntTSL 3 BASIC16.49■□□□□ 0.23
HIF3AQ9Y2N7 CD209-209ENST00000601256 994 ntTSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
HIF3AQ9Y2N7 CROCCP2-205ENST00000639481 1296 ntTSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
HIF3AQ9Y2N7 AL355987.4-201ENST00000415992 4244 ntTSL 2 BASIC16.49■□□□□ 0.23
HIF3AQ9Y2N7 ZNRF2-201ENST00000323037 3460 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
HIF3AQ9Y2N7 POLI-207ENST00000579434 2705 ntTSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
HIF3AQ9Y2N7 PDZD3-202ENST00000355547 2252 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
HIF3AQ9Y2N7 AGER-205ENST00000375069 1538 ntTSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
HIF3AQ9Y2N7 SNHG10-201ENST00000500370 1531 ntTSL 2 BASIC16.49■□□□□ 0.23
HIF3AQ9Y2N7 AC140125.2-201ENST00000502515 1517 ntTSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
HIF3AQ9Y2N7 MLF2-202ENST00000435120 1379 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.49■□□□□ 0.23
HIF3AQ9Y2N7 AC099343.3-201ENST00000605834 2503 ntBASIC16.49■□□□□ 0.23
HIF3AQ9Y2N7 HSPA4-205ENST00000617074 2358 ntTSL 5 BASIC16.49■□□□□ 0.23
HIF3AQ9Y2N7 DBN1-201ENST00000292385 3072 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
HIF3AQ9Y2N7 TBC1D3I-202ENST00000618620 1900 ntTSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
HIF3AQ9Y2N7 HHATL-201ENST00000310417 1750 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
HIF3AQ9Y2N7 SHISA6-202ENST00000409168 7262 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
HIF3AQ9Y2N7 RAI2-201ENST00000331511 2317 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.48■□□□□ 0.23
HIF3AQ9Y2N7 SYNPO-201ENST00000307662 5374 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
HIF3AQ9Y2N7 NOX4-201ENST00000263317 2388 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
HIF3AQ9Y2N7 COLCA2-201ENST00000398035 1414 ntTSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
HIF3AQ9Y2N7 NAA35-201ENST00000361671 2649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
HIF3AQ9Y2N7 MPG-201ENST00000219431 1193 ntAPPRIS P4 TSL 3 BASIC16.48■□□□□ 0.23
HIF3AQ9Y2N7 NME1-202ENST00000336097 986 ntTSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
HIF3AQ9Y2N7 HIST1H2AM-201ENST00000359611 393 ntAPPRIS P1 BASIC16.48■□□□□ 0.23
HIF3AQ9Y2N7 FAM182B-202ENST00000376404 456 ntAPPRIS ALT2 BASIC16.48■□□□□ 0.23
HIF3AQ9Y2N7 NME1-203ENST00000393196 940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
HIF3AQ9Y2N7 CACYBP-202ENST00000405362 1059 ntTSL 5 BASIC16.48■□□□□ 0.23
HIF3AQ9Y2N7 AL357874.1-201ENST00000428948 574 ntTSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
HIF3AQ9Y2N7 LINC01063-201ENST00000441644 348 ntTSL 3 BASIC16.48■□□□□ 0.23
HIF3AQ9Y2N7 AL445472.1-201ENST00000452532 1007 ntTSL 2 BASIC16.48■□□□□ 0.23
HIF3AQ9Y2N7 HRASLS5-205ENST00000539221 1167 ntTSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
HIF3AQ9Y2N7 JOSD2-204ENST00000598418 996 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
HIF3AQ9Y2N7 GOLGA2P10-205ENST00000618267 983 ntTSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
HIF3AQ9Y2N7 SPINK2-206ENST00000618802 608 ntTSL 3 BASIC16.48■□□□□ 0.23
HIF3AQ9Y2N7 TMSB4Y-201ENST00000284856 1669 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
HIF3AQ9Y2N7 LGI3-201ENST00000306317 3272 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
HIF3AQ9Y2N7 SSX2IP-210ENST00000605755 1933 ntTSL 2 BASIC16.48■□□□□ 0.23
HIF3AQ9Y2N7 PTGES-201ENST00000340607 1774 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
HIF3AQ9Y2N7 RENBP-202ENST00000393700 1388 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
HIF3AQ9Y2N7 SLC23A3-203ENST00000409878 2010 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.48■□□□□ 0.23
HIF3AQ9Y2N7 VIM-201ENST00000224237 1868 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
HIF3AQ9Y2N7 KRT16P6-201ENST00000417510 1873 ntTSL 5 BASIC16.48■□□□□ 0.23
HIF3AQ9Y2N7 GABRB1-201ENST00000295454 2143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
HIF3AQ9Y2N7 TTC3-203ENST00000399010 2115 ntTSL 5 BASIC16.48■□□□□ 0.23
HIF3AQ9Y2N7 CCDC157-201ENST00000338306 3001 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.48■□□□□ 0.23
HIF3AQ9Y2N7 CDC42EP3-201ENST00000295324 5700 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
HIF3AQ9Y2N7 REEP4-201ENST00000306306 1710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
HIF3AQ9Y2N7 BCL11B-202ENST00000357195 7559 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
HIF3AQ9Y2N7 XKR7-201ENST00000562532 7844 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
HIF3AQ9Y2N7 RAVER2-202ENST00000371072 4362 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
HIF3AQ9Y2N7 HPS3-202ENST00000460120 2745 ntTSL 2 BASIC16.47■□□□□ 0.23
HIF3AQ9Y2N7 SDC2-202ENST00000518385 1583 ntTSL 5 BASIC16.47■□□□□ 0.23
HIF3AQ9Y2N7 AC067852.2-201ENST00000590513 2313 ntBASIC16.47■□□□□ 0.23
HIF3AQ9Y2N7 SLX1B-SULT1A4-201ENST00000344620 2424 ntTSL 2 BASIC16.47■□□□□ 0.23
HIF3AQ9Y2N7 PRSS35-201ENST00000369700 2440 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
HIF3AQ9Y2N7 NPFFR2-201ENST00000308744 1922 ntTSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
HIF3AQ9Y2N7 FBXW9-203ENST00000587955 1437 ntTSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
HIF3AQ9Y2N7 KRT5-201ENST00000252242 2531 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
HIF3AQ9Y2N7 HOTTIP-202ENST00000472494 2285 ntTSL 2 BASIC16.47■□□□□ 0.23
HIF3AQ9Y2N7 WDR90-215ENST00000549091 5589 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.47■□□□□ 0.23
HIF3AQ9Y2N7 HAUS8-202ENST00000448593 1545 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.47■□□□□ 0.23
HIF3AQ9Y2N7 USP18-201ENST00000215794 2129 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
HIF3AQ9Y2N7 DDHD1-201ENST00000323669 5503 ntTSL 2 BASIC16.47■□□□□ 0.23
HIF3AQ9Y2N7 CALML5-201ENST00000380332 859 ntAPPRIS P1 BASIC16.47■□□□□ 0.23
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 48.3 ms