Protein–RNA interactions for Protein: Q96MW1

CCDC43, Coiled-coil domain-containing protein 43, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 224 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC43Q96MW1 ZNF668-202ENST00000394983 2717 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.58■□□□□ 0.89
CCDC43Q96MW1 ASB6-202ENST00000277459 2180 ntTSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.89
CCDC43Q96MW1 ENDOV-225ENST00000522751 1475 ntTSL 5 BASIC20.58■□□□□ 0.89
CCDC43Q96MW1 DENND2A-201ENST00000275884 3735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.89
CCDC43Q96MW1 TP53I3-202ENST00000335934 1635 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.89
CCDC43Q96MW1 GUK1-204ENST00000366721 689 ntTSL 3 BASIC20.58■□□□□ 0.89
CCDC43Q96MW1 SYNGR4-204ENST00000601610 859 ntTSL 3 BASIC20.58■□□□□ 0.89
CCDC43Q96MW1 SLF2-205ENST00000609386 891 ntAPPRIS ALT2 BASIC20.58■□□□□ 0.89
CCDC43Q96MW1 IFNL4-202ENST00000616270 1132 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.89
CCDC43Q96MW1 AC064853.5-201ENST00000641976 258 ntAPPRIS P1 BASIC20.58■□□□□ 0.89
CCDC43Q96MW1 FAM135A-209ENST00000505769 4806 ntTSL 5 BASIC20.58■□□□□ 0.89
CCDC43Q96MW1 AL031598.1-201ENST00000561511 1773 ntBASIC20.58■□□□□ 0.89
CCDC43Q96MW1 DEF8-211ENST00000563795 1767 ntTSL 5 BASIC20.58■□□□□ 0.89
CCDC43Q96MW1 CBX2-202ENST00000310942 4644 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.88
CCDC43Q96MW1 PSPC1-201ENST00000338910 2407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.88
CCDC43Q96MW1 RGS9BP-201ENST00000334176 2894 ntAPPRIS P1 BASIC20.58■□□□□ 0.88
CCDC43Q96MW1 PLEKHM2-201ENST00000375793 4004 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.58■□□□□ 0.88
CCDC43Q96MW1 LURAP1-201ENST00000371980 1854 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.88
CCDC43Q96MW1 STXBP2-202ENST00000414284 1859 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.88
CCDC43Q96MW1 ENOPH1-201ENST00000273920 2025 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.88
CCDC43Q96MW1 ZFYVE21-202ENST00000311141 1383 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.88
CCDC43Q96MW1 LINC01819-201ENST00000422351 2156 ntTSL 5 BASIC20.58■□□□□ 0.88
CCDC43Q96MW1 LDLRAD4-211ENST00000587757 2171 ntTSL 2 BASIC20.58■□□□□ 0.88
CCDC43Q96MW1 UBE2Q2-208ENST00000569423 2969 ntTSL 2 BASIC20.58■□□□□ 0.88
CCDC43Q96MW1 LGI3-201ENST00000306317 3272 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.88
CCDC43Q96MW1 ELMOD1-202ENST00000443271 1990 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.57■□□□□ 0.88
CCDC43Q96MW1 MARCH1-203ENST00000503008 5877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
CCDC43Q96MW1 CYB561-205ENST00000542042 1302 ntTSL 2 BASIC20.57■□□□□ 0.88
CCDC43Q96MW1 AC008393.1-201ENST00000499601 1454 ntTSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
CCDC43Q96MW1 CAPN15-201ENST00000219611 4744 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
CCDC43Q96MW1 ASCC2-202ENST00000397771 2823 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.57■□□□□ 0.88
CCDC43Q96MW1 TSPYL5-201ENST00000322128 4491 ntAPPRIS P1 BASIC20.57■□□□□ 0.88
CCDC43Q96MW1 COPE-201ENST00000262812 1141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
CCDC43Q96MW1 TSPY8-203ENST00000383005 435 ntTSL 5 BASIC20.57■□□□□ 0.88
CCDC43Q96MW1 TUBA3C-201ENST00000400113 1551 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.57■□□□□ 0.88
CCDC43Q96MW1 RNF146-204ENST00000476956 884 ntTSL 2 BASIC20.57■□□□□ 0.88
CCDC43Q96MW1 MAFF-206ENST00000538320 2458 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC20.57■□□□□ 0.88
CCDC43Q96MW1 IFI27L1-206ENST00000554562 571 ntTSL 3 BASIC20.57■□□□□ 0.88
CCDC43Q96MW1 LINC01311-201ENST00000565162 1445 ntBASIC20.57■□□□□ 0.88
CCDC43Q96MW1 NT5C-211ENST00000582170 653 ntTSL 3 BASIC20.57■□□□□ 0.88
CCDC43Q96MW1 AC015961.2-201ENST00000589281 701 ntTSL 3 BASIC20.57■□□□□ 0.88
CCDC43Q96MW1 USP13-201ENST00000263966 8323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
CCDC43Q96MW1 PPP1R3F-202ENST00000376188 2443 ntTSL 2 BASIC20.57■□□□□ 0.88
CCDC43Q96MW1 TMPRSS5-205ENST00000538955 1956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
CCDC43Q96MW1 AGER-205ENST00000375069 1538 ntTSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
CCDC43Q96MW1 MB21D2-201ENST00000392452 3368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
CCDC43Q96MW1 HOXC10-201ENST00000303460 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
CCDC43Q96MW1 CROCCP3-202ENST00000420820 1947 ntBASIC20.57■□□□□ 0.88
CCDC43Q96MW1 WNK1-203ENST00000447667 1902 ntTSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
CCDC43Q96MW1 CAB39-202ENST00000409788 1626 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.56■□□□□ 0.88
CCDC43Q96MW1 SLC35E4-201ENST00000343605 2714 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
CCDC43Q96MW1 IQSEC2-202ENST00000396435 6015 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
CCDC43Q96MW1 RASSF1-210ENST00000616212 1842 ntTSL 2 BASIC20.56■□□□□ 0.88
CCDC43Q96MW1 ARID1A-205ENST00000457599 6268 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.56■□□□□ 0.88
CCDC43Q96MW1 TFAP4-201ENST00000204517 2215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
CCDC43Q96MW1 HAPLN4-201ENST00000291481 3449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
CCDC43Q96MW1 PBXIP1-201ENST00000368460 1175 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC20.56■□□□□ 0.88
CCDC43Q96MW1 SNCB-202ENST00000393693 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
CCDC43Q96MW1 AL109797.1-201ENST00000452501 835 ntTSL 2 BASIC20.56■□□□□ 0.88
CCDC43Q96MW1 HELT-202ENST00000505610 846 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
CCDC43Q96MW1 STK25-201ENST00000316586 4619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
CCDC43Q96MW1 SLC35G2-202ENST00000446465 2060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
CCDC43Q96MW1 PLIN5-201ENST00000381848 2470 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
CCDC43Q96MW1 PPP2R5A-201ENST00000261461 3128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
CCDC43Q96MW1 AL163051.1-201ENST00000569214 1512 ntBASIC20.56■□□□□ 0.88
CCDC43Q96MW1 CCDC27-201ENST00000294600 2176 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
CCDC43Q96MW1 KCNIP4-205ENST00000382152 1767 ntTSL 5 BASIC20.56■□□□□ 0.88
CCDC43Q96MW1 NOL3-211ENST00000568146 1351 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
CCDC43Q96MW1 ASB1-201ENST00000264607 6994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
CCDC43Q96MW1 SEC61A2-201ENST00000298428 1893 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
CCDC43Q96MW1 GUCA1A-201ENST00000053469 1874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
CCDC43Q96MW1 STARD4-203ENST00000502322 1467 ntTSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
CCDC43Q96MW1 MROH1-202ENST00000423230 1712 ntTSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
CCDC43Q96MW1 EVX2-201ENST00000308618 4203 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.55■□□□□ 0.88
CCDC43Q96MW1 ZNF84-201ENST00000327668 7162 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.55■□□□□ 0.88
CCDC43Q96MW1 PPP1R9B-202ENST00000612501 4167 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.55■□□□□ 0.88
CCDC43Q96MW1 OGFOD3-202ENST00000329197 1652 ntTSL 1 (best) BASIC20.55■□□□□ 0.88
CCDC43Q96MW1 MEN1-205ENST00000377316 2868 ntTSL 5 BASIC20.55■□□□□ 0.88
CCDC43Q96MW1 STEAP1B-201ENST00000404369 1515 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.55■□□□□ 0.88
CCDC43Q96MW1 CYB561D2-201ENST00000232508 1225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.55■□□□□ 0.88
CCDC43Q96MW1 MRPL24-202ENST00000368211 883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.55■□□□□ 0.88
CCDC43Q96MW1 SYCE1L-201ENST00000378644 858 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.55■□□□□ 0.88
CCDC43Q96MW1 SMYD3-204ENST00000403792 1209 ntTSL 1 (best) BASIC20.55■□□□□ 0.88
CCDC43Q96MW1 AP000777.3-201ENST00000538705 491 ntTSL 3 BASIC20.55■□□□□ 0.88
CCDC43Q96MW1 C12orf76-204ENST00000547573 607 ntTSL 3 BASIC20.55■□□□□ 0.88
CCDC43Q96MW1 DUX4-205ENST00000570263 768 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.55■□□□□ 0.88
CCDC43Q96MW1 AL136038.4-201ENST00000603606 1261 ntBASIC20.55■□□□□ 0.88
CCDC43Q96MW1 DHRS2-210ENST00000611765 1287 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.55■□□□□ 0.88
CCDC43Q96MW1 mascRNA-menRNA.2-201ENST00000616984 58 ntBASIC20.55■□□□□ 0.88
CCDC43Q96MW1 AGAP4-201ENST00000311652 2715 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.55■□□□□ 0.88
CCDC43Q96MW1 AL360181.3-201ENST00000468317 1605 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.55■□□□□ 0.88
CCDC43Q96MW1 ADK-206ENST00000541550 2222 ntTSL 2 BASIC20.55■□□□□ 0.88
CCDC43Q96MW1 KLHL23-201ENST00000272797 2087 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.55■□□□□ 0.88
CCDC43Q96MW1 ZFC3H1-211ENST00000552037 1484 ntTSL 1 (best) BASIC20.55■□□□□ 0.88
CCDC43Q96MW1 APCDD1-201ENST00000355285 3809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.55■□□□□ 0.88
CCDC43Q96MW1 LZTS2-202ENST00000370223 2883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.55■□□□□ 0.88
CCDC43Q96MW1 NADK-201ENST00000341426 3235 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.55■□□□□ 0.88
CCDC43Q96MW1 SRP9-203ENST00000366839 1596 ntTSL 1 (best) BASIC20.55■□□□□ 0.88
CCDC43Q96MW1 AC020661.1-201ENST00000503052 1584 ntTSL 1 (best) BASIC20.55■□□□□ 0.88
CCDC43Q96MW1 KRT15-203ENST00000393976 2394 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.54■□□□□ 0.88
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 27.7 ms