Protein–RNA interactions for Protein: Q13099

IFT88, Intraflagellar transport protein 88 homolog, humanhuman

Predictions only

Length 833 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
IFT88Q13099 LINC00921-202ENST00000573951 2468 ntTSL 2 BASIC18.59■□□□□ 0.57
IFT88Q13099 ADCY9-201ENST00000294016 7725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
IFT88Q13099 KIAA1147-202ENST00000536163 7296 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
IFT88Q13099 B4GALT1-202ENST00000535206 1535 ntTSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
IFT88Q13099 A4GALT-202ENST00000381278 1935 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.59■□□□□ 0.57
IFT88Q13099 FAM109A-204ENST00000548163 2317 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18.58■□□□□ 0.57
IFT88Q13099 NBPF21P-201ENST00000425093 1451 ntBASIC18.58■□□□□ 0.57
IFT88Q13099 AC093677.2-201ENST00000600169 1863 ntBASIC18.58■□□□□ 0.57
IFT88Q13099 VAV2-203ENST00000406606 4691 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.57
IFT88Q13099 C1orf159-205ENST00000421241 1841 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18.58■□□□□ 0.57
IFT88Q13099 COL27A1-201ENST00000356083 7790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.57
IFT88Q13099 PABPC1L-204ENST00000255136 2129 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.58■□□□□ 0.57
IFT88Q13099 WWTR1-201ENST00000360632 2103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.57
IFT88Q13099 PLD3-207ENST00000409735 2140 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.57
IFT88Q13099 RRS1-201ENST00000320270 1706 ntAPPRIS P1 BASIC18.58■□□□□ 0.57
IFT88Q13099 PDE1C-201ENST00000321453 2898 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC18.58■□□□□ 0.57
IFT88Q13099 FARSA-202ENST00000423140 1720 ntTSL 2 BASIC18.58■□□□□ 0.57
IFT88Q13099 ANKRD24-202ENST00000318934 3906 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.58■□□□□ 0.57
IFT88Q13099 WWOX-205ENST00000539474 1670 ntTSL 5 BASIC18.58■□□□□ 0.57
IFT88Q13099 PARL-201ENST00000311101 1240 ntTSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.56
IFT88Q13099 IPO13-201ENST00000372339 1201 ntTSL 2 BASIC18.58■□□□□ 0.56
IFT88Q13099 C1orf50-201ENST00000372525 996 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.56
IFT88Q13099 RGCC-201ENST00000379359 960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.56
IFT88Q13099 YBEY-205ENST00000397694 534 ntTSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.56
IFT88Q13099 LINC01786-202ENST00000453732 389 ntTSL 2 BASIC18.58■□□□□ 0.56
IFT88Q13099 ZNF529-AS1-202ENST00000475219 1033 ntTSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.56
IFT88Q13099 AC026366.1-201ENST00000488803 879 ntBASIC18.58■□□□□ 0.56
IFT88Q13099 FAM163B-202ENST00000496132 811 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.58■□□□□ 0.56
IFT88Q13099 FADS3-204ENST00000525588 1254 ntTSL 5 BASIC18.58■□□□□ 0.56
IFT88Q13099 AC073912.1-201ENST00000546264 587 ntTSL 3 BASIC18.58■□□□□ 0.56
IFT88Q13099 AC004264.1-201ENST00000608354 794 ntBASIC18.58■□□□□ 0.56
IFT88Q13099 SLC35A3-218ENST00000639994 1114 ntTSL 5 BASIC18.58■□□□□ 0.56
IFT88Q13099 TMEM130-202ENST00000345589 2261 ntTSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.56
IFT88Q13099 SLC35B2-205ENST00000538577 1909 ntTSL 2 BASIC18.58■□□□□ 0.56
IFT88Q13099 NTMT1-209ENST00000611055 1562 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.58■□□□□ 0.56
IFT88Q13099 ZSWIM8-223ENST00000605216 6004 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.56
IFT88Q13099 ASCC2-223ENST00000542393 2594 ntTSL 2 BASIC18.58■□□□□ 0.56
IFT88Q13099 EPN2-203ENST00000395618 2216 ntTSL 2 BASIC18.58■□□□□ 0.56
IFT88Q13099 AL138828.1-202ENST00000576956 1881 ntTSL 5 BASIC18.58■□□□□ 0.56
IFT88Q13099 HOXD11-201ENST00000249504 1533 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.58■□□□□ 0.56
IFT88Q13099 PPIF-201ENST00000225174 2190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.56
IFT88Q13099 IFRD1-201ENST00000005558 1834 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.56
IFT88Q13099 C6orf106-202ENST00000374023 4418 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.56
IFT88Q13099 KRT79-201ENST00000330553 2068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.56
IFT88Q13099 REL-202ENST00000394479 2398 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
IFT88Q13099 YTHDF3-212ENST00000621413 2370 ntTSL 5 BASIC18.57■□□□□ 0.56
IFT88Q13099 RASGRP2-206ENST00000377494 2983 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC18.57■□□□□ 0.56
IFT88Q13099 ZFYVE28-208ENST00000511071 3273 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.57■□□□□ 0.56
IFT88Q13099 RNF2-201ENST00000367509 1677 ntTSL 2 BASIC18.57■□□□□ 0.56
IFT88Q13099 ATP6V0B-213ENST00000532642 1685 ntTSL 2 BASIC18.57■□□□□ 0.56
IFT88Q13099 PIGP-207ENST00000464265 3437 ntTSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
IFT88Q13099 ADCK5-201ENST00000308860 1949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
IFT88Q13099 COMMD7-202ENST00000446419 1343 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC18.57■□□□□ 0.56
IFT88Q13099 BCAT2-208ENST00000598162 1329 ntTSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
IFT88Q13099 AATK-AS1-203ENST00000637878 1306 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.57■□□□□ 0.56
IFT88Q13099 SPRYD7-202ENST00000378195 3086 ntTSL 2 BASIC18.57■□□□□ 0.56
IFT88Q13099 AL499627.1-201ENST00000569373 2188 ntBASIC18.57■□□□□ 0.56
IFT88Q13099 ARHGAP4-204ENST00000393721 2721 ntTSL 5 BASIC18.57■□□□□ 0.56
IFT88Q13099 C16orf45-201ENST00000300006 2404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
IFT88Q13099 WDR74-202ENST00000311713 1153 ntTSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
IFT88Q13099 RNF135-204ENST00000443677 1261 ntTSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
IFT88Q13099 AC068831.2-201ENST00000448987 367 ntTSL 2 BASIC18.57■□□□□ 0.56
IFT88Q13099 EXOSC4-202ENST00000525936 606 ntTSL 3 BASIC18.57■□□□□ 0.56
IFT88Q13099 KANSL1-AS1-203ENST00000572973 424 ntTSL 3 BASIC18.57■□□□□ 0.56
IFT88Q13099 REXO1L9P-201ENST00000604264 2108 ntBASIC18.57■□□□□ 0.56
IFT88Q13099 Six3os1_6.1-201ENST00000620790 196 ntBASIC18.57■□□□□ 0.56
IFT88Q13099 IL15RA-221ENST00000620865 1037 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
IFT88Q13099 AC132872.2-201ENST00000581303 2368 ntTSL 5 BASIC18.57■□□□□ 0.56
IFT88Q13099 GPR20-201ENST00000377741 1515 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.57■□□□□ 0.56
IFT88Q13099 SAE1-201ENST00000270225 2049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
IFT88Q13099 PAX7-201ENST00000375375 2260 ntTSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
IFT88Q13099 EIF3L-202ENST00000406934 2282 ntTSL 2 BASIC18.57■□□□□ 0.56
IFT88Q13099 MARVELD3-202ENST00000299952 2214 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.57■□□□□ 0.56
IFT88Q13099 LINC01502-201ENST00000445997 2471 ntTSL 2 BASIC18.57■□□□□ 0.56
IFT88Q13099 C6orf89-203ENST00000373685 1400 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.57■□□□□ 0.56
IFT88Q13099 DIO1-201ENST00000322679 1658 ntTSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
IFT88Q13099 DIO1-217ENST00000617230 1656 ntTSL 5 BASIC18.57■□□□□ 0.56
IFT88Q13099 EPOR-201ENST00000222139 2411 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
IFT88Q13099 LBX1-201ENST00000370193 2900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
IFT88Q13099 PEX16-210ENST00000532681 1639 ntTSL 3 BASIC18.56■□□□□ 0.56
IFT88Q13099 CYP4F8-210ENST00000612078 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
IFT88Q13099 NRXN1-209ENST00000405581 5078 ntTSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
IFT88Q13099 DENR-201ENST00000280557 2769 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
IFT88Q13099 CDKN2B-AS1-217ENST00000585267 1337 ntTSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
IFT88Q13099 MOAP1-202ENST00000556883 2529 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.56■□□□□ 0.56
IFT88Q13099 NARF-204ENST00000390006 1766 ntTSL 2 BASIC18.56■□□□□ 0.56
IFT88Q13099 KIAA1586-201ENST00000370733 2933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
IFT88Q13099 USP2-202ENST00000455332 2903 ntTSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
IFT88Q13099 SIPA1-201ENST00000394224 3628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
IFT88Q13099 IZUMO2-201ENST00000293405 728 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
IFT88Q13099 ZDHHC12-202ENST00000372667 1187 ntTSL 5 BASIC18.56■□□□□ 0.56
IFT88Q13099 LINC00708-201ENST00000428165 916 ntTSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
IFT88Q13099 AP000282.1-201ENST00000454622 682 ntTSL 2 BASIC18.56■□□□□ 0.56
IFT88Q13099 ZNF580-203ENST00000545125 1025 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.56■□□□□ 0.56
IFT88Q13099 ELAC1-203ENST00000588577 694 ntTSL 2 BASIC18.56■□□□□ 0.56
IFT88Q13099 C17orf50-201ENST00000603305 569 ntTSL 3 BASIC18.56■□□□□ 0.56
IFT88Q13099 C17orf50-203ENST00000605587 1018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
IFT88Q13099 PSTK-201ENST00000368887 1705 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
IFT88Q13099 ASXL1-212ENST00000620121 5374 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.56■□□□□ 0.56
IFT88Q13099 PCDH8P1-201ENST00000428983 2773 ntBASIC18.56■□□□□ 0.56
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22.9 ms