Protein–RNA interactions for Protein: P02461

COL3A1, Collagen alpha-1(III) chain, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 1,466 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL3A1P02461 FDXR-202ENST00000413947 1809 ntTSL 2 BASIC24.03■■□□□ 1.44
COL3A1P02461 GAB3-203ENST00000424127 2028 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
COL3A1P02461 BIRC8-201ENST00000426466 2026 ntAPPRIS P1 BASIC24.03■■□□□ 1.44
COL3A1P02461 GTF3C5-202ENST00000372097 2406 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
COL3A1P02461 SH3BP5-203ENST00000408919 1880 ntTSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
COL3A1P02461 INO80E-201ENST00000304516 1489 ntTSL 2 BASIC24.02■■□□□ 1.44
COL3A1P02461 ARHGAP8-201ENST00000336963 1487 ntTSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
COL3A1P02461 LRRC29-201ENST00000393992 1468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
COL3A1P02461 ATP5J-201ENST00000284971 614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
COL3A1P02461 PRMT2-201ENST00000291705 1011 ntTSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
COL3A1P02461 NAT6-202ENST00000417393 1163 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
COL3A1P02461 MRPL28-203ENST00000429738 310 ntTSL 2 BASIC24.02■■□□□ 1.44
COL3A1P02461 AC011840.4-201ENST00000578471 627 ntBASIC24.02■■□□□ 1.44
COL3A1P02461 SRSF1-209ENST00000585096 568 ntTSL 4 BASIC24.02■■□□□ 1.44
COL3A1P02461 CCDC106-206ENST00000591241 1153 ntTSL 3 BASIC24.02■■□□□ 1.44
COL3A1P02461 EIF3B-202ENST00000397011 2966 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
COL3A1P02461 MAGI2-208ENST00000522391 4878 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.02■■□□□ 1.44
COL3A1P02461 ZFP69-202ENST00000372706 2871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
COL3A1P02461 GFER-201ENST00000248114 2345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
COL3A1P02461 NECTIN3-206ENST00000485303 3664 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
COL3A1P02461 PDE6B-202ENST00000429163 2120 ntTSL 2 BASIC24.02■■□□□ 1.44
COL3A1P02461 FAM50B-202ENST00000380274 1932 ntAPPRIS P1 BASIC24.02■■□□□ 1.44
COL3A1P02461 PNLDC1-207ENST00000610273 1940 ntTSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
COL3A1P02461 PCBP4-210ENST00000471622 1784 ntTSL 5 BASIC24.02■■□□□ 1.44
COL3A1P02461 AC009041.2-206ENST00000563863 1728 ntTSL 2 BASIC24.02■■□□□ 1.44
COL3A1P02461 AC027312.1-201ENST00000523591 1571 ntTSL 5 BASIC24.02■■□□□ 1.44
COL3A1P02461 MAFF-207ENST00000538999 2365 ntTSL 2 BASIC24.01■■□□□ 1.43
COL3A1P02461 BID-205ENST00000399774 2167 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
COL3A1P02461 LCE1D-201ENST00000326233 430 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.01■■□□□ 1.43
COL3A1P02461 DYNLL1-203ENST00000392509 814 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.01■■□□□ 1.43
COL3A1P02461 MCFD2-203ENST00000409147 671 ntTSL 2 BASIC24.01■■□□□ 1.43
COL3A1P02461 CAMTA1-IT1-201ENST00000427317 365 ntTSL 3 BASIC24.01■■□□□ 1.43
COL3A1P02461 DUTP2-201ENST00000519164 463 ntBASIC24.01■■□□□ 1.43
COL3A1P02461 SHBG-211ENST00000574539 938 ntTSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
COL3A1P02461 SSBP1-215ENST00000612337 884 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.01■■□□□ 1.43
COL3A1P02461 SLC23A3-207ENST00000455516 2048 ntTSL 2 BASIC24.01■■□□□ 1.43
COL3A1P02461 TMEM175-222ENST00000622959 1967 ntTSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
COL3A1P02461 SCARF2-202ENST00000622235 3232 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
COL3A1P02461 ICA1-206ENST00000402384 2458 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.01■■□□□ 1.43
COL3A1P02461 CD40-202ENST00000372285 1729 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
COL3A1P02461 RUSC1-214ENST00000490373 1700 ntTSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
COL3A1P02461 AZU1-202ENST00000592205 1713 ntTSL 2 BASIC24.01■■□□□ 1.43
COL3A1P02461 SNAP47-201ENST00000315781 2367 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
COL3A1P02461 RRP7BP-201ENST00000357802 2375 ntTSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
COL3A1P02461 TXNRD3-202ENST00000523403 2351 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.01■■□□□ 1.43
COL3A1P02461 FAM72C-201ENST00000369175 1658 ntTSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
COL3A1P02461 CEACAM16-202ENST00000587331 1692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
COL3A1P02461 FAM72B-207ENST00000619376 1659 ntTSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
COL3A1P02461 ACP5-201ENST00000218758 1630 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
COL3A1P02461 PLAUR-201ENST00000221264 1610 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
COL3A1P02461 ACP6-201ENST00000392988 1555 ntTSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
COL3A1P02461 VIPR2-202ENST00000377633 1491 ntTSL 2 BASIC24.01■■□□□ 1.43
COL3A1P02461 AC113189.4-201ENST00000575331 5553 ntTSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
COL3A1P02461 SQOR-201ENST00000260324 2003 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
COL3A1P02461 MATN4-205ENST00000537548 1991 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.01■■□□□ 1.43
COL3A1P02461 HSPB9-201ENST00000565659 1922 ntAPPRIS P1 BASIC24.01■■□□□ 1.43
COL3A1P02461 RNH1-201ENST00000354420 1894 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.01■■□□□ 1.43
COL3A1P02461 FOXC1-201ENST00000380874 3926 ntAPPRIS P1 BASIC24.01■■□□□ 1.43
COL3A1P02461 MBD1-208ENST00000398493 1845 ntTSL 5 BASIC24.01■■□□□ 1.43
COL3A1P02461 ZFPM1-201ENST00000319555 5380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
COL3A1P02461 HBZ-201ENST00000252951 755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
COL3A1P02461 GJC3-201ENST00000312891 1116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
COL3A1P02461 EMD-201ENST00000369835 966 ntTSL 3 BASIC24■■□□□ 1.43
COL3A1P02461 ASGR1-202ENST00000380920 944 ntTSL 3 BASIC24■■□□□ 1.43
COL3A1P02461 CST3-202ENST00000398409 832 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24■■□□□ 1.43
COL3A1P02461 CRELD2-202ENST00000403427 1242 ntTSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
COL3A1P02461 KRTCAP3-202ENST00000407293 942 ntTSL 2 BASIC24■■□□□ 1.43
COL3A1P02461 HOXD8-203ENST00000450510 1268 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
COL3A1P02461 AC016590.1-204ENST00000586442 813 ntTSL 5 BASIC24■■□□□ 1.43
COL3A1P02461 AC005944.1-201ENST00000592758 564 ntTSL 3 BASIC24■■□□□ 1.43
COL3A1P02461 MYEOV-201ENST00000308946 2287 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
COL3A1P02461 MPZ-206ENST00000533357 1955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
COL3A1P02461 TSR2-201ENST00000375151 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
COL3A1P02461 PPP1R7-201ENST00000234038 2386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
COL3A1P02461 DHRS4L2-203ENST00000534993 1450 ntTSL 3 BASIC24■■□□□ 1.43
COL3A1P02461 RBFA-202ENST00000306735 1407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
COL3A1P02461 MTMR12-201ENST00000264934 2215 ntTSL 2 BASIC24■■□□□ 1.43
COL3A1P02461 SYNE4-201ENST00000324444 1354 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24■■□□□ 1.43
COL3A1P02461 RNF114-201ENST00000244061 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
COL3A1P02461 PTPA-204ENST00000355007 2515 ntTSL 5 BASIC24■■□□□ 1.43
COL3A1P02461 SHISA5-220ENST00000619810 2385 ntTSL 2 BASIC24■■□□□ 1.43
COL3A1P02461 MIR202HG-201ENST00000300167 384 ntTSL 2 BASIC24■■□□□ 1.43
COL3A1P02461 SLX1A-202ENST00000345535 762 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
COL3A1P02461 SLX1B-202ENST00000351581 762 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
COL3A1P02461 CLDN7-202ENST00000397317 1228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
COL3A1P02461 FAM220A-205ENST00000578372 207 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
COL3A1P02461 POLR2M-206ENST00000494490 1648 ntTSL 5 BASIC24■■□□□ 1.43
COL3A1P02461 AC104581.1-202ENST00000635932 2618 ntBASIC23.99■■□□□ 1.43
COL3A1P02461 APOA5-201ENST00000227665 1897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
COL3A1P02461 TSEN34-202ENST00000396383 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
COL3A1P02461 AQP8-201ENST00000219660 1359 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
COL3A1P02461 CELF6-204ENST00000543764 1676 ntTSL 2 BASIC23.99■■□□□ 1.43
COL3A1P02461 DUOXA1-201ENST00000267803 1996 ntTSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
COL3A1P02461 AC100803.2-201ENST00000562459 1963 ntBASIC23.99■■□□□ 1.43
COL3A1P02461 CAPN12-201ENST00000328867 2762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
COL3A1P02461 SLC39A7-201ENST00000374675 2153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
COL3A1P02461 MARK2-202ENST00000361128 3004 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
COL3A1P02461 TBL1Y-203ENST00000383032 2407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
COL3A1P02461 SSSCA1-201ENST00000309328 698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
COL3A1P02461 GGT1-207ENST00000404532 853 ntTSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 27.2 ms