Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3X0

CCDC9, Coiled-coil domain-containing protein 9, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 531 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC9Q9Y3X0 DOCK9-206ENST00000427887 4176 ntTSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
CCDC9Q9Y3X0 FEM1AP3-201ENST00000403722 1741 ntBASIC24.21■■□□□ 1.47
CCDC9Q9Y3X0 ARHGEF2-204ENST00000368315 1645 ntTSL 5 BASIC24.21■■□□□ 1.47
CCDC9Q9Y3X0 CFAP77-203ENST00000393216 1638 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
CCDC9Q9Y3X0 ODC1-201ENST00000234111 2653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
CCDC9Q9Y3X0 PRKG2-207ENST00000628926 2623 ntTSL 2 BASIC24.21■■□□□ 1.47
CCDC9Q9Y3X0 MAP3K14-AS1-203ENST00000585780 2475 ntTSL 2 BASIC24.21■■□□□ 1.47
CCDC9Q9Y3X0 MRGPRF-AS1-201ENST00000538407 1490 ntTSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
CCDC9Q9Y3X0 IFNL4-204ENST00000634967 1493 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
CCDC9Q9Y3X0 RPS6KL1-216ENST00000557413 2425 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.21■■□□□ 1.47
CCDC9Q9Y3X0 LINC02028-204ENST00000449350 1419 ntTSL 3 BASIC24.21■■□□□ 1.47
CCDC9Q9Y3X0 SMIM3-201ENST00000526627 2332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
CCDC9Q9Y3X0 KCNK7-204ENST00000394217 1372 ntTSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
CCDC9Q9Y3X0 SPHK1-203ENST00000545180 2238 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.21■■□□□ 1.47
CCDC9Q9Y3X0 AC097374.2-201ENST00000618617 1306 ntBASIC24.21■■□□□ 1.47
CCDC9Q9Y3X0 PDCD2L-201ENST00000246535 1171 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
CCDC9Q9Y3X0 PDHA1-203ENST00000379805 734 ntTSL 2 BASIC24.21■■□□□ 1.47
CCDC9Q9Y3X0 HCCS-202ENST00000380762 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
CCDC9Q9Y3X0 CD99-204ENST00000381187 892 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.21■■□□□ 1.47
CCDC9Q9Y3X0 TNNT3-203ENST00000381557 1019 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.21■■□□□ 1.47
CCDC9Q9Y3X0 AL390729.1-201ENST00000456651 587 ntTSL 2 BASIC24.21■■□□□ 1.47
CCDC9Q9Y3X0 EFCAB1-209ENST00000523092 648 ntTSL 2 BASIC24.21■■□□□ 1.47
CCDC9Q9Y3X0 SIDT2-217ENST00000532062 2143 ntTSL 2 BASIC24.21■■□□□ 1.47
CCDC9Q9Y3X0 PPP5C-202ENST00000391919 1929 ntTSL 5 BASIC24.21■■□□□ 1.47
CCDC9Q9Y3X0 RAB34-204ENST00000395245 1766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
CCDC9Q9Y3X0 LGI3-202ENST00000424267 3114 ntTSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
CCDC9Q9Y3X0 BTD-202ENST00000383778 2261 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.21■■□□□ 1.47
CCDC9Q9Y3X0 FAM9A-202ENST00000543214 1544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.47
CCDC9Q9Y3X0 LBX2-AS1-202ENST00000603175 2083 ntBASIC24.2■■□□□ 1.47
CCDC9Q9Y3X0 PHYKPL-201ENST00000308158 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.47
CCDC9Q9Y3X0 AL158151.1-201ENST00000372490 2047 ntTSL 2 BASIC24.2■■□□□ 1.47
CCDC9Q9Y3X0 DALRD3-205ENST00000440857 2014 ntTSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.47
CCDC9Q9Y3X0 HCG18-235ENST00000426882 4862 ntTSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.47
CCDC9Q9Y3X0 IRF9-203ENST00000557894 1391 ntTSL 5 BASIC24.2■■□□□ 1.46
CCDC9Q9Y3X0 DHRS7-212ENST00000611054 1321 ntTSL 5 BASIC24.2■■□□□ 1.46
CCDC9Q9Y3X0 CHRNB2-205ENST00000637900 2390 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.2■■□□□ 1.46
CCDC9Q9Y3X0 FAM19A5-204ENST00000406880 833 ntTSL 3 BASIC24.2■■□□□ 1.46
CCDC9Q9Y3X0 AC254562.1-201ENST00000417586 456 ntBASIC24.2■■□□□ 1.46
CCDC9Q9Y3X0 ALG1L5P-201ENST00000482043 771 ntBASIC24.2■■□□□ 1.46
CCDC9Q9Y3X0 AC136604.3-201ENST00000508188 429 ntTSL 3 BASIC24.2■■□□□ 1.46
CCDC9Q9Y3X0 LINC02123-201ENST00000514869 885 ntTSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
CCDC9Q9Y3X0 AL109827.1-203ENST00000541176 872 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC24.2■■□□□ 1.46
CCDC9Q9Y3X0 AC009061.1-201ENST00000567261 475 ntTSL 3 BASIC24.2■■□□□ 1.46
CCDC9Q9Y3X0 AP002472.1-201ENST00000577490 586 ntBASIC24.2■■□□□ 1.46
CCDC9Q9Y3X0 H3F3B-206ENST00000587560 551 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.2■■□□□ 1.46
CCDC9Q9Y3X0 T-202ENST00000366871 2250 ntTSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
CCDC9Q9Y3X0 HDHD5-201ENST00000155674 1735 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
CCDC9Q9Y3X0 KRT13-201ENST00000246635 1699 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
CCDC9Q9Y3X0 KRT18-207ENST00000550600 1696 ntTSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
CCDC9Q9Y3X0 SPNS2-201ENST00000329078 3447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
CCDC9Q9Y3X0 UBE2F-201ENST00000272930 2009 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
CCDC9Q9Y3X0 B4GALT2-201ENST00000309519 2004 ntTSL 2 BASIC24.2■■□□□ 1.46
CCDC9Q9Y3X0 LINC01123-202ENST00000419296 2436 ntTSL 2 BASIC24.2■■□□□ 1.46
CCDC9Q9Y3X0 ELMOD1-202ENST00000443271 1990 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.2■■□□□ 1.46
CCDC9Q9Y3X0 EFEMP2-210ENST00000528176 1504 ntTSL 5 BASIC24.2■■□□□ 1.46
CCDC9Q9Y3X0 AL163051.1-201ENST00000569214 1512 ntBASIC24.2■■□□□ 1.46
CCDC9Q9Y3X0 PAQR4-203ENST00000572687 2251 ntTSL 2 BASIC24.19■■□□□ 1.46
CCDC9Q9Y3X0 FLT1-204ENST00000541932 2969 ntTSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
CCDC9Q9Y3X0 ZNF561-AS1-204ENST00000587536 1799 ntTSL 2 BASIC24.19■■□□□ 1.46
CCDC9Q9Y3X0 TAF5L-201ENST00000258281 3112 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.19■■□□□ 1.46
CCDC9Q9Y3X0 ARMC12-201ENST00000288065 1169 ntTSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
CCDC9Q9Y3X0 MFSD13A-202ENST00000369931 823 ntTSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
CCDC9Q9Y3X0 SMIM11A-202ENST00000399295 1074 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.19■■□□□ 1.46
CCDC9Q9Y3X0 COLEC11-207ENST00000404205 1062 ntTSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
CCDC9Q9Y3X0 CNN2P11-201ENST00000429351 262 ntBASIC24.19■■□□□ 1.46
CCDC9Q9Y3X0 MTCL1P1-201ENST00000446207 792 ntBASIC24.19■■□□□ 1.46
CCDC9Q9Y3X0 AL669831.5-202ENST00000457084 566 ntTSL 4 BASIC24.19■■□□□ 1.46
CCDC9Q9Y3X0 ZIC4-214ENST00000491672 925 ntTSL 4 BASIC24.19■■□□□ 1.46
CCDC9Q9Y3X0 AC113404.2-201ENST00000507884 177 ntBASIC24.19■■□□□ 1.46
CCDC9Q9Y3X0 KLK12-203ENST00000525263 1077 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
CCDC9Q9Y3X0 CHMP1A-208ENST00000550102 803 ntTSL 5 BASIC24.19■■□□□ 1.46
CCDC9Q9Y3X0 SMIM11B-207ENST00000624758 1074 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.19■■□□□ 1.46
CCDC9Q9Y3X0 RNF38-202ENST00000350199 5104 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.19■■□□□ 1.46
CCDC9Q9Y3X0 TH-206ENST00000381178 1910 ntTSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
CCDC9Q9Y3X0 LACTB-202ENST00000413507 2978 ntTSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
CCDC9Q9Y3X0 CPEB1-214ENST00000617522 2220 ntTSL 5 BASIC24.19■■□□□ 1.46
CCDC9Q9Y3X0 AC099343.3-201ENST00000605834 2503 ntBASIC24.19■■□□□ 1.46
CCDC9Q9Y3X0 OGG1-202ENST00000302008 2191 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.19■■□□□ 1.46
CCDC9Q9Y3X0 RMND5A-201ENST00000283632 6301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
CCDC9Q9Y3X0 AC125634.1-201ENST00000438758 1403 ntBASIC24.18■■□□□ 1.46
CCDC9Q9Y3X0 HEXDC-201ENST00000327949 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
CCDC9Q9Y3X0 TMPRSS6-207ENST00000442782 1695 ntTSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
CCDC9Q9Y3X0 MSANTD1-203ENST00000507492 2289 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
CCDC9Q9Y3X0 TCF3P1-201ENST00000423021 1937 ntBASIC24.18■■□□□ 1.46
CCDC9Q9Y3X0 GUCA1A-201ENST00000053469 1874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
CCDC9Q9Y3X0 CRYL1-202ENST00000382812 1581 ntTSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
CCDC9Q9Y3X0 ISOC2-203ENST00000438389 1566 ntTSL 2 BASIC24.18■■□□□ 1.46
CCDC9Q9Y3X0 NXPH2-201ENST00000272641 1052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
CCDC9Q9Y3X0 TMEM205-201ENST00000354882 1034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
CCDC9Q9Y3X0 PAXIP1-202ENST00000404141 3827 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.18■■□□□ 1.46
CCDC9Q9Y3X0 KIRREL3-AS3-201ENST00000404882 831 ntBASIC24.18■■□□□ 1.46
CCDC9Q9Y3X0 MCCD1P2-201ENST00000423228 335 ntBASIC24.18■■□□□ 1.46
CCDC9Q9Y3X0 LAGE3P1-201ENST00000425356 484 ntBASIC24.18■■□□□ 1.46
CCDC9Q9Y3X0 MEAF6-205ENST00000448519 666 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
CCDC9Q9Y3X0 TMEM205-205ENST00000586590 677 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.18■■□□□ 1.46
CCDC9Q9Y3X0 TMEM205-207ENST00000586956 1003 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.18■■□□□ 1.46
CCDC9Q9Y3X0 AC005306.1-201ENST00000587498 661 ntTSL 3 BASIC24.18■■□□□ 1.46
CCDC9Q9Y3X0 AXIN2-208ENST00000611991 1019 ntTSL 5 BASIC24.18■■□□□ 1.46
CCDC9Q9Y3X0 RAB34-226ENST00000636772 1180 ntTSL 5 BASIC24.18■■□□□ 1.46
CCDC9Q9Y3X0 MYBPH-201ENST00000255416 1805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 108.1 ms