Protein–RNA interactions for Protein: Q9UBR4

LHX3, LIM/homeobox protein Lhx3, humanhuman

Predictions only

Length 397 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LHX3Q9UBR4 AC063977.6-201ENST00000600074 1763 ntTSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
LHX3Q9UBR4 MTMR12-201ENST00000264934 2215 ntTSL 2 BASIC18.39■□□□□ 0.53
LHX3Q9UBR4 DYNC1LI2-201ENST00000258198 4515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
LHX3Q9UBR4 ENTPD6-201ENST00000354989 2708 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
LHX3Q9UBR4 CDH24-205ENST00000554034 2759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
LHX3Q9UBR4 SEMA7A-203ENST00000543145 2304 ntTSL 2 BASIC18.39■□□□□ 0.53
LHX3Q9UBR4 PTX4-201ENST00000293922 1422 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
LHX3Q9UBR4 PCDHB14-202ENST00000624896 2367 ntTSL 2 BASIC18.39■□□□□ 0.53
LHX3Q9UBR4 FGF2-201ENST00000264498 6775 ntTSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
LHX3Q9UBR4 PSPC1-201ENST00000338910 2407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
LHX3Q9UBR4 LONP1-215ENST00000593119 2918 ntTSL 2 BASIC18.39■□□□□ 0.53
LHX3Q9UBR4 FCMR-201ENST00000367091 1950 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
LHX3Q9UBR4 ARPC1B-201ENST00000252725 1551 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
LHX3Q9UBR4 CPEB2-207ENST00000507071 2103 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
LHX3Q9UBR4 EEF1D-205ENST00000442189 2207 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
LHX3Q9UBR4 AC132938.6-201ENST00000623828 1655 ntBASIC18.38■□□□□ 0.53
LHX3Q9UBR4 SEMA3B-210ENST00000611067 2292 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
LHX3Q9UBR4 TPGS2-219ENST00000593035 1727 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.38■□□□□ 0.53
LHX3Q9UBR4 CPSF3-201ENST00000238112 2345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
LHX3Q9UBR4 NOP56-201ENST00000329276 2400 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
LHX3Q9UBR4 POR-209ENST00000439269 1858 ntTSL 2 BASIC18.38■□□□□ 0.53
LHX3Q9UBR4 PGLS-201ENST00000252603 1028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
LHX3Q9UBR4 ELANE-201ENST00000263621 920 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
LHX3Q9UBR4 CHCHD2P8-201ENST00000429873 447 ntBASIC18.38■□□□□ 0.53
LHX3Q9UBR4 RBM14-RBM4-203ENST00000500635 829 ntTSL 2 BASIC18.38■□□□□ 0.53
LHX3Q9UBR4 AC051649.1-201ENST00000509204 330 ntTSL 3 BASIC18.38■□□□□ 0.53
LHX3Q9UBR4 NMU-205ENST00000511469 756 ntTSL 3 BASIC18.38■□□□□ 0.53
LHX3Q9UBR4 GXYLT1P4-201ENST00000613576 1192 ntBASIC18.38■□□□□ 0.53
LHX3Q9UBR4 LINC00535-201ENST00000501400 1914 ntTSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
LHX3Q9UBR4 LRCH4-201ENST00000310300 2552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
LHX3Q9UBR4 KCNS2-201ENST00000287042 5219 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
LHX3Q9UBR4 MVK-201ENST00000228510 1956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
LHX3Q9UBR4 TBC1D9-201ENST00000442267 5306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
LHX3Q9UBR4 A4GALT-201ENST00000249005 2020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
LHX3Q9UBR4 FAM91A1-207ENST00000521166 2706 ntTSL 2 BASIC18.38■□□□□ 0.53
LHX3Q9UBR4 CDK2AP2-201ENST00000301488 1378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
LHX3Q9UBR4 UNKL-202ENST00000301712 1431 ntTSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
LHX3Q9UBR4 MATN4-203ENST00000372754 2200 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.38■□□□□ 0.53
LHX3Q9UBR4 LRRC20-205ENST00000395010 2959 ntTSL 3 BASIC18.38■□□□□ 0.53
LHX3Q9UBR4 PSMD8-207ENST00000592035 1581 ntTSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
LHX3Q9UBR4 JMJD6-202ENST00000397625 1603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
LHX3Q9UBR4 ICA1-206ENST00000402384 2458 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18.38■□□□□ 0.53
LHX3Q9UBR4 ANKRD40-201ENST00000285243 4184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
LHX3Q9UBR4 GATM-201ENST00000396659 2597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
LHX3Q9UBR4 DHRS2-201ENST00000250383 1705 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
LHX3Q9UBR4 RNH1-201ENST00000354420 1894 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.37■□□□□ 0.53
LHX3Q9UBR4 AC105285.1-202ENST00000499322 1866 ntTSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
LHX3Q9UBR4 SAMD14-203ENST00000503131 1938 ntTSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
LHX3Q9UBR4 NFIX-202ENST00000360105 5459 ntTSL 5 BASIC18.37■□□□□ 0.53
LHX3Q9UBR4 OGG1-203ENST00000302036 2220 ntTSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
LHX3Q9UBR4 SLC2A11-204ENST00000398356 2388 ntTSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
LHX3Q9UBR4 GORASP1-206ENST00000422110 2523 ntTSL 2 BASIC18.37■□□□□ 0.53
LHX3Q9UBR4 AP000347.1-209ENST00000437294 557 ntTSL 4 BASIC18.37■□□□□ 0.53
LHX3Q9UBR4 DYDC2-206ENST00000444807 1173 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC18.37■□□□□ 0.53
LHX3Q9UBR4 ANAPC11-217ENST00000579978 575 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.37■□□□□ 0.53
LHX3Q9UBR4 BCL10-202ENST00000620248 774 ntTSL 5 BASIC18.37■□□□□ 0.53
LHX3Q9UBR4 RHOBTB2-201ENST00000251822 5451 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
LHX3Q9UBR4 RBFADN-201ENST00000562391 1350 ntTSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
LHX3Q9UBR4 TM2D2-201ENST00000397070 1631 ntTSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
LHX3Q9UBR4 TSR1-201ENST00000301364 5188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
LHX3Q9UBR4 TOP1MT-218ENST00000523676 1982 ntTSL 5 BASIC18.37■□□□□ 0.53
LHX3Q9UBR4 LAMC3-202ENST00000361069 6133 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.37■□□□□ 0.53
LHX3Q9UBR4 UBE2I-203ENST00000397514 2976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.36■□□□□ 0.53
LHX3Q9UBR4 PPP1R7-201ENST00000234038 2386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.36■□□□□ 0.53
LHX3Q9UBR4 ST3GAL3-206ENST00000351035 2377 ntTSL 5 BASIC18.36■□□□□ 0.53
LHX3Q9UBR4 GNG5-202ENST00000370645 790 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.36■□□□□ 0.53
LHX3Q9UBR4 TMEM198-202ENST00000373883 2218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.36■□□□□ 0.53
LHX3Q9UBR4 IRF3-203ENST00000377139 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.36■□□□□ 0.53
LHX3Q9UBR4 ACOT7-202ENST00000377842 1813 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.36■□□□□ 0.53
LHX3Q9UBR4 BIRC7-203ENST00000395306 593 ntTSL 2 BASIC18.36■□□□□ 0.53
LHX3Q9UBR4 ATP5G2P1-201ENST00000433580 426 ntBASIC18.36■□□□□ 0.53
LHX3Q9UBR4 AC010655.4-201ENST00000462662 707 ntTSL 4 BASIC18.36■□□□□ 0.53
LHX3Q9UBR4 ZIC4-212ENST00000484399 1774 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.36■□□□□ 0.53
LHX3Q9UBR4 AC073111.4-202ENST00000486297 585 ntTSL 4 BASIC18.36■□□□□ 0.53
LHX3Q9UBR4 FOXP3-205ENST00000518685 1213 ntTSL 1 (best) BASIC18.36■□□□□ 0.53
LHX3Q9UBR4 FDXR-205ENST00000544854 1827 ntTSL 2 BASIC18.36■□□□□ 0.53
LHX3Q9UBR4 PRKAR1B-212ENST00000544935 2494 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.36■□□□□ 0.53
LHX3Q9UBR4 AL161669.1-201ENST00000559843 386 ntTSL 3 BASIC18.36■□□□□ 0.53
LHX3Q9UBR4 AL096828.2-201ENST00000567259 1965 ntBASIC18.36■□□□□ 0.53
LHX3Q9UBR4 PRELID3A-203ENST00000587735 1694 ntTSL 1 (best) BASIC18.36■□□□□ 0.53
LHX3Q9UBR4 KCNMA1-293ENST00000640969 5789 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.36■□□□□ 0.53
LHX3Q9UBR4 CITED2-201ENST00000367651 2354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
LHX3Q9UBR4 TXNRD3-202ENST00000523403 2351 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.35■□□□□ 0.53
LHX3Q9UBR4 CCDC17-209ENST00000528266 2181 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18.35■□□□□ 0.53
LHX3Q9UBR4 ERI1-203ENST00000519292 2107 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.35■□□□□ 0.53
LHX3Q9UBR4 ATP1B1-201ENST00000367815 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
LHX3Q9UBR4 RAD51-203ENST00000423169 1611 ntTSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
LHX3Q9UBR4 STARD7-AS1-202ENST00000446816 1527 ntTSL 2 BASIC18.35■□□□□ 0.53
LHX3Q9UBR4 JMJD7-201ENST00000397299 1416 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
LHX3Q9UBR4 GOLPH3-201ENST00000265070 2721 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
LHX3Q9UBR4 SHBG-201ENST00000340624 1311 ntTSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
LHX3Q9UBR4 DDT-202ENST00000398344 713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
LHX3Q9UBR4 ATP5J-203ENST00000400090 647 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.35■□□□□ 0.53
LHX3Q9UBR4 DDT-203ENST00000403754 569 ntTSL 3 BASIC18.35■□□□□ 0.53
LHX3Q9UBR4 DDT-206ENST00000430101 573 ntTSL 2 BASIC18.35■□□□□ 0.53
LHX3Q9UBR4 RN7SL606P-201ENST00000472779 293 ntBASIC18.35■□□□□ 0.53
LHX3Q9UBR4 RAP1B-229ENST00000543393 874 ntTSL 3 BASIC18.35■□□□□ 0.53
LHX3Q9UBR4 MIR3180-1-201ENST00000580374 94 ntBASIC18.35■□□□□ 0.53
LHX3Q9UBR4 MIR3180-3-201ENST00000584616 94 ntBASIC18.35■□□□□ 0.53
LHX3Q9UBR4 AL592071.1-201ENST00000611956 408 ntBASIC18.35■□□□□ 0.53
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29.2 ms