Protein–RNA interactions for Protein: Q13107

USP4, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4, humanhuman

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Length 963 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP4Q13107 CIB2-208ENST00000560618 804 ntTSL 2 BASIC19.14■□□□□ 0.65
USP4Q13107 ANKRD29-202ENST00000585908 846 ntTSL 2 BASIC19.14■□□□□ 0.65
USP4Q13107 TEN1-204ENST00000588202 862 ntTSL 3 BASIC19.14■□□□□ 0.65
USP4Q13107 ZNF549-203ENST00000594943 556 ntTSL 4 BASIC19.14■□□□□ 0.65
USP4Q13107 IRF5-214ENST00000613821 595 ntTSL 5 BASIC19.14■□□□□ 0.65
USP4Q13107 TP53I11-223ENST00000627720 195 ntTSL 5 BASIC19.14■□□□□ 0.65
USP4Q13107 PSMD3-201ENST00000264639 2158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
USP4Q13107 TRABD-203ENST00000395827 2172 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC19.14■□□□□ 0.65
USP4Q13107 MTDH-203ENST00000519934 2184 ntTSL 5 BASIC19.14■□□□□ 0.65
USP4Q13107 KRT18P1-202ENST00000452408 1331 ntBASIC19.14■□□□□ 0.65
USP4Q13107 CCDC74A-206ENST00000467992 1347 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
USP4Q13107 CPSF3-201ENST00000238112 2345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
USP4Q13107 PRODH-215ENST00000610940 2405 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
USP4Q13107 CWH43-201ENST00000226432 2472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
USP4Q13107 ST3GAL3-201ENST00000262915 2470 ntTSL 5 BASIC19.14■□□□□ 0.65
USP4Q13107 MTMR9LP-203ENST00000426597 1545 ntBASIC19.14■□□□□ 0.65
USP4Q13107 DIO1-201ENST00000322679 1658 ntTSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
USP4Q13107 GRB7-202ENST00000394204 1667 ntTSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
USP4Q13107 ARFRP1-207ENST00000612157 1698 ntTSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
USP4Q13107 DIO1-217ENST00000617230 1656 ntTSL 5 BASIC19.14■□□□□ 0.65
USP4Q13107 EMX2-203ENST00000553456 2897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
USP4Q13107 STX5-202ENST00000377897 1785 ntTSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
USP4Q13107 PRR23B-201ENST00000329447 1896 ntAPPRIS P1 BASIC19.14■□□□□ 0.65
USP4Q13107 NAPRT-203ENST00000435154 1877 ntTSL 2 BASIC19.14■□□□□ 0.65
USP4Q13107 ZNF420-201ENST00000304239 1945 ntTSL 2 BASIC19.13■□□□□ 0.65
USP4Q13107 RNF135-201ENST00000324689 1905 ntTSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
USP4Q13107 AL161938.1-201ENST00000569833 2180 ntBASIC19.13■□□□□ 0.65
USP4Q13107 SLC22A17-204ENST00000397267 2455 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC19.13■□□□□ 0.65
USP4Q13107 GALNT14-202ENST00000349752 2733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
USP4Q13107 UBE2Q2-208ENST00000569423 2969 ntTSL 2 BASIC19.13■□□□□ 0.65
USP4Q13107 GSTO2-201ENST00000338595 1179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
USP4Q13107 MUC1-204ENST00000343256 648 ntTSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
USP4Q13107 TPM4P1-201ENST00000436100 807 ntBASIC19.13■□□□□ 0.65
USP4Q13107 PTX4-202ENST00000440447 1117 ntTSL 5 BASIC19.13■□□□□ 0.65
USP4Q13107 AP001625.2-201ENST00000442605 575 ntTSL 2 BASIC19.13■□□□□ 0.65
USP4Q13107 PRAP1-202ENST00000463201 587 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
USP4Q13107 MPI-205ENST00000562606 1052 ntTSL 3 BASIC19.13■□□□□ 0.65
USP4Q13107 AC009065.1-201ENST00000564055 1225 ntBASIC19.13■□□□□ 0.65
USP4Q13107 LIMD2-211ENST00000583211 1298 ntTSL 3 BASIC19.13■□□□□ 0.65
USP4Q13107 AC005332.3-201ENST00000589904 676 ntBASIC19.13■□□□□ 0.65
USP4Q13107 TK1-205ENST00000590862 642 ntTSL 3 BASIC19.13■□□□□ 0.65
USP4Q13107 WDR88-203ENST00000592765 651 ntTSL 5 BASIC19.13■□□□□ 0.65
USP4Q13107 GNAS-AS1-203ENST00000598163 548 ntTSL 4 BASIC19.13■□□□□ 0.65
USP4Q13107 AP000547.2-201ENST00000609641 661 ntTSL 5 BASIC19.13■□□□□ 0.65
USP4Q13107 PTENP1-AS-201ENST00000627688 873 ntTSL 5 BASIC19.13■□□□□ 0.65
USP4Q13107 KRT8P50-201ENST00000562022 1438 ntBASIC19.13■□□□□ 0.65
USP4Q13107 DMD-208ENST00000378680 1858 ntTSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
USP4Q13107 TTC3-203ENST00000399010 2115 ntTSL 5 BASIC19.13■□□□□ 0.65
USP4Q13107 AIPL1-209ENST00000575265 2111 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
USP4Q13107 ZNF302-206ENST00000505242 2849 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
USP4Q13107 PGRMC2-208ENST00000613358 3783 ntTSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
USP4Q13107 TDRP-201ENST00000324079 3395 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
USP4Q13107 LONP1-215ENST00000593119 2918 ntTSL 2 BASIC19.12■□□□□ 0.65
USP4Q13107 RAPGEF5-203ENST00000405243 2800 ntTSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
USP4Q13107 FKBP10-201ENST00000321562 2662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
USP4Q13107 C2orf81-201ENST00000290390 2227 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC19.12■□□□□ 0.65
USP4Q13107 ADK-206ENST00000541550 2222 ntTSL 2 BASIC19.12■□□□□ 0.65
USP4Q13107 FAM213A-206ENST00000615554 2213 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.12■□□□□ 0.65
USP4Q13107 HSPB8-201ENST00000281938 2152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
USP4Q13107 MOXD1-203ENST00000392401 2191 ntTSL 4 BASIC19.12■□□□□ 0.65
USP4Q13107 MSLN-202ENST00000545450 2162 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
USP4Q13107 C15orf56-202ENST00000623360 2129 ntTSL 2 BASIC19.12■□□□□ 0.65
USP4Q13107 OCSTAMP-201ENST00000279028 2043 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.12■□□□□ 0.65
USP4Q13107 JAM2-202ENST00000400532 1757 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
USP4Q13107 RNF167-205ENST00000571816 1728 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC19.12■□□□□ 0.65
USP4Q13107 PFN1-201ENST00000225655 1291 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
USP4Q13107 MOS-201ENST00000311923 1041 ntAPPRIS P1 BASIC19.12■□□□□ 0.65
USP4Q13107 VKORC1-205ENST00000394975 1012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
USP4Q13107 RPS14-203ENST00000407193 784 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.12■□□□□ 0.65
USP4Q13107 FAM41C-202ENST00000432963 504 ntTSL 2 BASIC19.12■□□□□ 0.65
USP4Q13107 ENO1-AS1-201ENST00000442636 456 ntTSL 2 BASIC19.12■□□□□ 0.65
USP4Q13107 IL11-204ENST00000590625 1028 ntTSL 2 BASIC19.12■□□□□ 0.65
USP4Q13107 TMIGD2-202ENST00000595645 1212 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
USP4Q13107 AC008567.3-202ENST00000619671 859 ntTSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
USP4Q13107 ASAH1-251ENST00000637561 929 ntTSL 2 BASIC19.12■□□□□ 0.65
USP4Q13107 LTBP4-201ENST00000204005 5032 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
USP4Q13107 AAED1-201ENST00000375234 2863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
USP4Q13107 RBM24-202ENST00000379052 2703 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
USP4Q13107 SAMD3-202ENST00000368134 2377 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.12■□□□□ 0.65
USP4Q13107 ZBTB48-202ENST00000377674 2293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
USP4Q13107 RPS6KA1-204ENST00000374168 3186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
USP4Q13107 AL357033.4-201ENST00000617703 1807 ntBASIC19.11■□□□□ 0.65
USP4Q13107 TAP1-201ENST00000354258 2959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
USP4Q13107 MFSD1-201ENST00000264266 1594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
USP4Q13107 HAPLN4-201ENST00000291481 3449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
USP4Q13107 UPF1-201ENST00000262803 5348 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
USP4Q13107 SCAND1-203ENST00000615116 1371 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.11■□□□□ 0.65
USP4Q13107 GBX2-203ENST00000551105 1307 ntTSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
USP4Q13107 AL691447.2-201ENST00000454869 2162 ntTSL 2 BASIC19.11■□□□□ 0.65
USP4Q13107 DGUOK-201ENST00000264093 1144 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
USP4Q13107 DGUOK-202ENST00000348222 880 ntTSL 2 BASIC19.11■□□□□ 0.65
USP4Q13107 CGB7-201ENST00000377280 918 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.11■□□□□ 0.65
USP4Q13107 PDLIM4-202ENST00000379018 1006 ntTSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
USP4Q13107 KRT18P41-201ENST00000518924 1277 ntBASIC19.11■□□□□ 0.65
USP4Q13107 TRAF7-205ENST00000567653 666 ntTSL 2 BASIC19.11■□□□□ 0.65
USP4Q13107 DGUOK-208ENST00000629438 1029 ntTSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
USP4Q13107 SIGLEC14-201ENST00000360844 2035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
USP4Q13107 SPAST-203ENST00000615843 5212 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
USP4Q13107 NOP14-AS1-202ENST00000505731 1999 ntTSL 2 BASIC19.11■□□□□ 0.65
USP4Q13107 PRRT1-201ENST00000211413 1909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
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