Protein–RNA interactions for Protein: Q9NVE4

CCDC87, Coiled-coil domain-containing protein 87, humanhuman

Predictions only

Length 849 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC87Q9NVE4 BLOC1S1-204ENST00000549147 1229 ntTSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
CCDC87Q9NVE4 AC145285.3-201ENST00000564603 959 ntBASIC23.12■■□□□ 1.29
CCDC87Q9NVE4 AL355385.1-201ENST00000606123 409 ntBASIC23.12■■□□□ 1.29
CCDC87Q9NVE4 ASAH1-255ENST00000637638 699 ntTSL 2 BASIC23.12■■□□□ 1.29
CCDC87Q9NVE4 IMPDH1-214ENST00000496200 2283 ntTSL 2 BASIC23.12■■□□□ 1.29
CCDC87Q9NVE4 PCCB-207ENST00000466072 1844 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC23.12■■□□□ 1.29
CCDC87Q9NVE4 VBP1-201ENST00000286428 1686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
CCDC87Q9NVE4 PITPNB-205ENST00000455418 2963 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.12■■□□□ 1.29
CCDC87Q9NVE4 FAM120A-201ENST00000277165 5118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
CCDC87Q9NVE4 AC062028.1-203ENST00000447433 1472 ntTSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
CCDC87Q9NVE4 DHRS7B-206ENST00000579303 1479 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.11■■□□□ 1.29
CCDC87Q9NVE4 CACNA1H-210ENST00000638323 8048 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.11■■□□□ 1.29
CCDC87Q9NVE4 CLDN14-203ENST00000399136 1330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
CCDC87Q9NVE4 HNRNPDL-210ENST00000630827 1318 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.11■■□□□ 1.29
CCDC87Q9NVE4 SEPT11-209ENST00000510515 1886 ntTSL 2 BASIC23.11■■□□□ 1.29
CCDC87Q9NVE4 AFG3L1P-217ENST00000557444 2447 ntBASIC23.11■■□□□ 1.29
CCDC87Q9NVE4 HSD11B1L-223ENST00000616276 1580 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.11■■□□□ 1.29
CCDC87Q9NVE4 NANS-201ENST00000210444 1170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
CCDC87Q9NVE4 ALKBH6-201ENST00000252984 955 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
CCDC87Q9NVE4 ZNF436-AS1-203ENST00000454117 997 ntTSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
CCDC87Q9NVE4 AC002116.1-201ENST00000473572 1130 ntTSL 2 BASIC23.11■■□□□ 1.29
CCDC87Q9NVE4 AC008429.1-203ENST00000518894 548 ntTSL 4 BASIC23.11■■□□□ 1.29
CCDC87Q9NVE4 MCRIP1-211ENST00000576679 751 ntTSL 2 BASIC23.11■■□□□ 1.29
CCDC87Q9NVE4 TCAIM-203ENST00000396078 2178 ntTSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
CCDC87Q9NVE4 SYT15-201ENST00000374321 1369 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC23.11■■□□□ 1.29
CCDC87Q9NVE4 AMZ2-203ENST00000392720 1378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
CCDC87Q9NVE4 RUVBL2-206ENST00000595090 2009 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
CCDC87Q9NVE4 REPS2-202ENST00000357277 7953 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
CCDC87Q9NVE4 TUBA3FP-202ENST00000422086 1974 ntTSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
CCDC87Q9NVE4 TOP1MT-218ENST00000523676 1982 ntTSL 5 BASIC23.1■■□□□ 1.29
CCDC87Q9NVE4 C8orf46-215ENST00000522977 1347 ntTSL 2 BASIC23.1■■□□□ 1.29
CCDC87Q9NVE4 HOXC10-201ENST00000303460 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
CCDC87Q9NVE4 AC126755.2-202ENST00000427999 1547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
CCDC87Q9NVE4 FMR1-201ENST00000218200 4333 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
CCDC87Q9NVE4 RPS2P1-201ENST00000434010 821 ntBASIC23.1■■□□□ 1.29
CCDC87Q9NVE4 CD63-204ENST00000546939 779 ntTSL 3 BASIC23.1■■□□□ 1.29
CCDC87Q9NVE4 PSMA6-216ENST00000627895 484 ntTSL 5 BASIC23.1■■□□□ 1.29
CCDC87Q9NVE4 RAB34-226ENST00000636772 1180 ntTSL 5 BASIC23.1■■□□□ 1.29
CCDC87Q9NVE4 IQSEC2-210ENST00000639161 936 ntTSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
CCDC87Q9NVE4 LINC01126-201ENST00000623515 1646 ntBASIC23.1■■□□□ 1.29
CCDC87Q9NVE4 MEGF6-202ENST00000356575 5455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
CCDC87Q9NVE4 EPS8L1-201ENST00000201647 2536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
CCDC87Q9NVE4 ACBD6-201ENST00000367595 1670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
CCDC87Q9NVE4 RBFOX1-204ENST00000422070 1684 ntTSL 2 BASIC23.09■■□□□ 1.29
CCDC87Q9NVE4 PGAM5-203ENST00000498926 2834 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.09■■□□□ 1.29
CCDC87Q9NVE4 TMEM216-201ENST00000334888 1306 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.09■■□□□ 1.29
CCDC87Q9NVE4 AC060780.1-201ENST00000635600 1782 ntTSL 5 BASIC23.09■■□□□ 1.29
CCDC87Q9NVE4 KXD1-201ENST00000222307 1426 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
CCDC87Q9NVE4 PDZD3-203ENST00000525131 1882 ntTSL 2 BASIC23.09■■□□□ 1.29
CCDC87Q9NVE4 SEC22C-202ENST00000273156 1608 ntTSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
CCDC87Q9NVE4 ZAR1L-201ENST00000345108 1103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
CCDC87Q9NVE4 PMS2P2-201ENST00000425039 1128 ntBASIC23.09■■□□□ 1.29
CCDC87Q9NVE4 TSPY3-202ENST00000440483 414 ntTSL 5 BASIC23.09■■□□□ 1.29
CCDC87Q9NVE4 SPCS2-202ENST00000526361 772 ntTSL 2 BASIC23.09■■□□□ 1.29
CCDC87Q9NVE4 VASH1-204ENST00000554743 1096 ntTSL 3 BASIC23.09■■□□□ 1.29
CCDC87Q9NVE4 SHBG-211ENST00000574539 938 ntTSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
CCDC87Q9NVE4 LINC02084-201ENST00000606069 1096 ntBASIC23.09■■□□□ 1.29
CCDC87Q9NVE4 GHDC-212ENST00000593209 1827 ntTSL 5 BASIC23.09■■□□□ 1.29
CCDC87Q9NVE4 HRK-201ENST00000257572 5789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
CCDC87Q9NVE4 MMP28-204ENST00000615136 2033 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
CCDC87Q9NVE4 PSPC1-206ENST00000619300 2013 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.09■■□□□ 1.29
CCDC87Q9NVE4 TNFSF14-202ENST00000599359 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
CCDC87Q9NVE4 RAC1-201ENST00000348035 2323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
CCDC87Q9NVE4 KCNMA1-252ENST00000639120 2308 ntTSL 5 BASIC23.09■■□□□ 1.29
CCDC87Q9NVE4 OGFOD2-211ENST00000538628 1696 ntTSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
CCDC87Q9NVE4 ZNF316-201ENST00000382252 5392 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.09■■□□□ 1.29
CCDC87Q9NVE4 FBLN1-201ENST00000262722 2251 ntTSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
CCDC87Q9NVE4 USP25-202ENST00000285681 5216 ntTSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
CCDC87Q9NVE4 AC104109.2-201ENST00000602919 1418 ntBASIC23.08■■□□□ 1.29
CCDC87Q9NVE4 PYCR2-208ENST00000612039 1549 ntTSL 3 BASIC23.08■■□□□ 1.29
CCDC87Q9NVE4 PYCR2-209ENST00000612651 1538 ntTSL 5 BASIC23.08■■□□□ 1.29
CCDC87Q9NVE4 USP39-202ENST00000409025 1946 ntTSL 5 BASIC23.08■■□□□ 1.29
CCDC87Q9NVE4 DHDH-201ENST00000221403 1081 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
CCDC87Q9NVE4 LCE1D-201ENST00000326233 430 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.08■■□□□ 1.29
CCDC87Q9NVE4 DPM3-201ENST00000341298 486 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.08■■□□□ 1.29
CCDC87Q9NVE4 RPL36-201ENST00000347512 707 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
CCDC87Q9NVE4 FAM99B-201ENST00000382166 1067 ntTSL 5 BASIC23.08■■□□□ 1.29
CCDC87Q9NVE4 UPF3AP3-201ENST00000420996 769 ntBASIC23.08■■□□□ 1.29
CCDC87Q9NVE4 AP000355.1-201ENST00000432032 480 ntTSL 5 BASIC23.08■■□□□ 1.29
CCDC87Q9NVE4 AC098831.1-202ENST00000438821 336 ntBASIC23.08■■□□□ 1.29
CCDC87Q9NVE4 MYL6-203ENST00000536128 1221 ntTSL 2 BASIC23.08■■□□□ 1.29
CCDC87Q9NVE4 FAM71E1-202ENST00000595790 1225 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
CCDC87Q9NVE4 AC140113.2-201ENST00000604370 208 ntBASIC23.08■■□□□ 1.29
CCDC87Q9NVE4 AC027601.4-201ENST00000611259 610 ntBASIC23.08■■□□□ 1.29
CCDC87Q9NVE4 WDR45-206ENST00000376368 1381 ntTSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
CCDC87Q9NVE4 PSMC3IP-204ENST00000587209 1381 ntTSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
CCDC87Q9NVE4 ZNF768-202ENST00000562803 1999 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC23.08■■□□□ 1.29
CCDC87Q9NVE4 AL691447.2-201ENST00000454869 2162 ntTSL 2 BASIC23.08■■□□□ 1.29
CCDC87Q9NVE4 GOSR2-226ENST00000639287 2367 ntTSL 5 BASIC23.08■■□□□ 1.29
CCDC87Q9NVE4 FOXC2-201ENST00000320354 2478 ntAPPRIS P1 BASIC23.08■■□□□ 1.29
CCDC87Q9NVE4 HSPD1-202ENST00000388968 2455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
CCDC87Q9NVE4 STIM2-204ENST00000467087 5154 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.28
CCDC87Q9NVE4 FAM3A-201ENST00000322269 1815 ntTSL 5 BASIC23.08■■□□□ 1.28
CCDC87Q9NVE4 SEPT4-201ENST00000317256 1530 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.28
CCDC87Q9NVE4 CWH43-201ENST00000226432 2472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
CCDC87Q9NVE4 ANXA8-208ENST00000611843 2174 ntTSL 2 BASIC23.07■■□□□ 1.28
CCDC87Q9NVE4 FHL1-219ENST00000618438 2178 ntTSL 3 BASIC23.07■■□□□ 1.28
CCDC87Q9NVE4 LDHD-201ENST00000300051 2067 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
CCDC87Q9NVE4 SDK1-201ENST00000389531 7606 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.07■■□□□ 1.28
CCDC87Q9NVE4 PIK3R1-201ENST00000320694 2625 ntTSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 40.1 ms