Protein–RNA interactions for Protein: Q70EK8

USP53, Inactive ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 53, humanhuman

Predictions only

Length 1,073 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP53Q70EK8 CDK10-208ENST00000505473 1424 ntTSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
USP53Q70EK8 ARSI-203ENST00000515301 1429 ntTSL 4 BASIC17.72■□□□□ 0.43
USP53Q70EK8 AD000671.2-201ENST00000589807 1925 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.72■□□□□ 0.43
USP53Q70EK8 NOM1-201ENST00000275820 6077 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
USP53Q70EK8 UNG-202ENST00000336865 2130 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
USP53Q70EK8 AIPL1-209ENST00000575265 2111 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
USP53Q70EK8 TIGD6-202ENST00000515406 2429 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
USP53Q70EK8 SLC6A7-203ENST00000524041 2431 ntTSL 5 BASIC17.72■□□□□ 0.43
USP53Q70EK8 QSOX2-201ENST00000358701 4530 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.72■□□□□ 0.43
USP53Q70EK8 IQSEC1-201ENST00000273221 5279 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
USP53Q70EK8 TRMT2A-201ENST00000252136 2964 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
USP53Q70EK8 FPGS-203ENST00000373247 2279 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
USP53Q70EK8 TMEM8B-204ENST00000439587 2150 ntTSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
USP53Q70EK8 GCGR-202ENST00000570996 1872 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.72■□□□□ 0.43
USP53Q70EK8 TNFSF9-201ENST00000245817 1665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
USP53Q70EK8 RBFADN-201ENST00000562391 1350 ntTSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
USP53Q70EK8 SFTPD-201ENST00000372292 1281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
USP53Q70EK8 CORT-201ENST00000377049 1130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
USP53Q70EK8 FAM239B-201ENST00000381106 1099 ntTSL 2 BASIC17.72■□□□□ 0.43
USP53Q70EK8 GNB1L-203ENST00000405009 1076 ntTSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
USP53Q70EK8 BOC-211ENST00000484034 1286 ntTSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
USP53Q70EK8 AC079848.1-202ENST00000507924 444 ntTSL 3 BASIC17.72■□□□□ 0.43
USP53Q70EK8 AC091304.2-201ENST00000564639 760 ntBASIC17.72■□□□□ 0.43
USP53Q70EK8 AC012615.1-201ENST00000565797 1299 ntBASIC17.72■□□□□ 0.43
USP53Q70EK8 TYROBP-205ENST00000585901 620 ntTSL 3 BASIC17.72■□□□□ 0.43
USP53Q70EK8 TEN1-204ENST00000588202 862 ntTSL 3 BASIC17.72■□□□□ 0.43
USP53Q70EK8 LINC01711-201ENST00000598340 967 ntBASIC17.72■□□□□ 0.43
USP53Q70EK8 LSM12-201ENST00000293406 2308 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
USP53Q70EK8 SORBS3-221ENST00000523965 2028 ntTSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
USP53Q70EK8 CLN3-204ENST00000357857 1720 ntTSL 2 BASIC17.72■□□□□ 0.43
USP53Q70EK8 ANKDD1B-204ENST00000601380 2569 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.72■□□□□ 0.43
USP53Q70EK8 AL163051.1-201ENST00000569214 1512 ntBASIC17.72■□□□□ 0.43
USP53Q70EK8 LINC00167-201ENST00000530583 1419 ntBASIC17.72■□□□□ 0.43
USP53Q70EK8 FAM160A2-201ENST00000265978 3481 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
USP53Q70EK8 CHST2-201ENST00000309575 4582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
USP53Q70EK8 TRAM1L1-201ENST00000310754 2023 ntAPPRIS P1 BASIC17.71■□□□□ 0.43
USP53Q70EK8 YY1AP1-213ENST00000405763 2011 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
USP53Q70EK8 TMEM235-202ENST00000421688 2490 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.71■□□□□ 0.43
USP53Q70EK8 AC093503.3-201ENST00000624917 2352 ntBASIC17.71■□□□□ 0.43
USP53Q70EK8 NFIB-201ENST00000380921 1274 ntTSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
USP53Q70EK8 EXOSC3-202ENST00000396521 768 ntTSL 2 BASIC17.71■□□□□ 0.43
USP53Q70EK8 SDR39U1-201ENST00000399395 1233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
USP53Q70EK8 TSPY19P-201ENST00000418461 509 ntBASIC17.71■□□□□ 0.43
USP53Q70EK8 AKR7L-201ENST00000420396 1240 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.71■□□□□ 0.43
USP53Q70EK8 TSPY18P-201ENST00000441642 509 ntBASIC17.71■□□□□ 0.43
USP53Q70EK8 AC004975.2-201ENST00000442017 565 ntTSL 5 BASIC17.71■□□□□ 0.43
USP53Q70EK8 AC104819.1-201ENST00000504587 486 ntBASIC17.71■□□□□ 0.43
USP53Q70EK8 GUSBP12-201ENST00000513727 720 ntBASIC17.71■□□□□ 0.43
USP53Q70EK8 PPOX-214ENST00000535223 664 ntTSL 3 BASIC17.71■□□□□ 0.43
USP53Q70EK8 AC074051.2-201ENST00000565115 352 ntBASIC17.71■□□□□ 0.43
USP53Q70EK8 IFNL4P1-201ENST00000607083 540 ntBASIC17.71■□□□□ 0.43
USP53Q70EK8 AC243773.1-201ENST00000614759 544 ntTSL 5 BASIC17.71■□□□□ 0.43
USP53Q70EK8 SPINK2-205ENST00000616980 677 ntTSL 5 BASIC17.71■□□□□ 0.43
USP53Q70EK8 CDH23-212ENST00000616684 4814 ntTSL 5 BASIC17.71■□□□□ 0.43
USP53Q70EK8 AC138696.1-201ENST00000522452 2897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
USP53Q70EK8 AGER-205ENST00000375069 1538 ntTSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
USP53Q70EK8 TLE3-226ENST00000627388 5742 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.71■□□□□ 0.43
USP53Q70EK8 IRF3-202ENST00000377135 1442 ntTSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
USP53Q70EK8 CPZ-201ENST00000315782 2136 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.42
USP53Q70EK8 ORAI2-204ENST00000473939 2493 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.42
USP53Q70EK8 EIF2B4-210ENST00000493344 1949 ntTSL 5 BASIC17.7■□□□□ 0.42
USP53Q70EK8 LINC01819-201ENST00000422351 2156 ntTSL 5 BASIC17.7■□□□□ 0.42
USP53Q70EK8 CARD9-202ENST00000371734 1814 ntTSL 5 BASIC17.7■□□□□ 0.42
USP53Q70EK8 ACD-215ENST00000620761 1483 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
USP53Q70EK8 MAN1A1-201ENST00000368468 5014 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.7■□□□□ 0.42
USP53Q70EK8 MAGEA6-201ENST00000329342 1740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
USP53Q70EK8 MAGEA3-201ENST00000370278 1724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
USP53Q70EK8 AL353692.3-201ENST00000407031 1396 ntBASIC17.7■□□□□ 0.42
USP53Q70EK8 ULK2-201ENST00000361658 3908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
USP53Q70EK8 GUCA1A-201ENST00000053469 1874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
USP53Q70EK8 ANKRD9-201ENST00000286918 6727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
USP53Q70EK8 CST3-202ENST00000398409 832 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.7■□□□□ 0.42
USP53Q70EK8 SLC12A4-202ENST00000422611 4670 ntTSL 2 BASIC17.7■□□□□ 0.42
USP53Q70EK8 ARSK-202ENST00000504763 1088 ntTSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
USP53Q70EK8 AC099805.1-202ENST00000519927 1057 ntTSL 5 BASIC17.7■□□□□ 0.42
USP53Q70EK8 TRPC2-202ENST00000526541 1189 ntTSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
USP53Q70EK8 SIDT2-217ENST00000532062 2143 ntTSL 2 BASIC17.7■□□□□ 0.42
USP53Q70EK8 CALM1-205ENST00000553542 877 ntTSL 5 BASIC17.7■□□□□ 0.42
USP53Q70EK8 SYNGR2-202ENST00000585591 949 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.7■□□□□ 0.42
USP53Q70EK8 TK1-205ENST00000590862 642 ntTSL 3 BASIC17.7■□□□□ 0.42
USP53Q70EK8 AL121772.3-201ENST00000610840 674 ntBASIC17.7■□□□□ 0.42
USP53Q70EK8 SSBP1-215ENST00000612337 884 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.7■□□□□ 0.42
USP53Q70EK8 CDK2AP1-207ENST00000618072 1144 ntTSL 3 BASIC17.7■□□□□ 0.42
USP53Q70EK8 USF2-202ENST00000343550 1523 ntTSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
USP53Q70EK8 WNT8A-204ENST00000506684 1543 ntTSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
USP53Q70EK8 NUDT4-202ENST00000415493 4839 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
USP53Q70EK8 AL031598.1-201ENST00000561511 1773 ntBASIC17.7■□□□□ 0.42
USP53Q70EK8 MYO9A-214ENST00000566885 5111 ntTSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
USP53Q70EK8 TRA2A-201ENST00000297071 1845 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
USP53Q70EK8 CLN3-206ENST00000360019 1840 ntTSL 2 BASIC17.7■□□□□ 0.42
USP53Q70EK8 PPFIA1-202ENST00000389547 4133 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
USP53Q70EK8 PTH2R-204ENST00000617735 2472 ntTSL 2 BASIC17.7■□□□□ 0.42
USP53Q70EK8 IL10RB-201ENST00000290200 1963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
USP53Q70EK8 SLC1A6-210ENST00000600144 1735 ntTSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
USP53Q70EK8 ABCB9-202ENST00000344275 2394 ntTSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
USP53Q70EK8 TCTN1-223ENST00000550703 2149 ntTSL 2 BASIC17.69■□□□□ 0.42
USP53Q70EK8 KIF1BP-201ENST00000361983 2544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
USP53Q70EK8 TEKT5-201ENST00000283025 1612 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
USP53Q70EK8 MRPL4-203ENST00000393733 1620 ntTSL 5 BASIC17.69■□□□□ 0.42
USP53Q70EK8 LIN54-209ENST00000510557 2257 ntTSL 2 BASIC17.69■□□□□ 0.42
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 73.3 ms