Protein–RNA interactions for Protein: Q13286

CLN3, Battenin, humanhuman

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Length 438 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLN3Q13286 DKK1-201ENST00000373970 1790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
CLN3Q13286 CSF3-203ENST00000394148 622 ntTSL 3 BASIC17.11■□□□□ 0.33
CLN3Q13286 POMC-203ENST00000395826 959 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.11■□□□□ 0.33
CLN3Q13286 CLDN7-202ENST00000397317 1228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
CLN3Q13286 SMIM4-202ENST00000476842 522 ntTSL 4 BASIC17.11■□□□□ 0.33
CLN3Q13286 IGHV3-22-201ENST00000520721 359 ntBASIC17.11■□□□□ 0.33
CLN3Q13286 NT5C3B-215ENST00000521789 993 ntTSL 3 BASIC17.11■□□□□ 0.33
CLN3Q13286 TSPAN4-214ENST00000525201 834 ntTSL 5 BASIC17.11■□□□□ 0.33
CLN3Q13286 SPCS2-202ENST00000526361 772 ntTSL 2 BASIC17.11■□□□□ 0.33
CLN3Q13286 MED16-213ENST00000616387 1078 ntTSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
CLN3Q13286 PSMA6-216ENST00000627895 484 ntTSL 5 BASIC17.11■□□□□ 0.33
CLN3Q13286 AC064853.6-201ENST00000642029 303 ntAPPRIS P1 BASIC17.11■□□□□ 0.33
CLN3Q13286 SHCBP1L-201ENST00000367547 2317 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
CLN3Q13286 EBF1-202ENST00000380654 2345 ntTSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
CLN3Q13286 P2RX2-206ENST00000389110 1867 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
CLN3Q13286 RDH13-203ENST00000415061 1871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
CLN3Q13286 LYSMD4-210ENST00000545021 2431 ntTSL 4 BASIC17.11■□□□□ 0.33
CLN3Q13286 KANSL1-202ENST00000432791 5343 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
CLN3Q13286 CFAP100-203ENST00000505024 1994 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
CLN3Q13286 AC112777.1-201ENST00000540175 1423 ntBASIC17.11■□□□□ 0.33
CLN3Q13286 MBD3-201ENST00000156825 5518 ntTSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
CLN3Q13286 KCTD1-202ENST00000408011 2103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
CLN3Q13286 AL163051.1-201ENST00000569214 1512 ntBASIC17.11■□□□□ 0.33
CLN3Q13286 FMN2-201ENST00000319653 6434 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.11■□□□□ 0.33
CLN3Q13286 PAQR4-203ENST00000572687 2251 ntTSL 2 BASIC17.1■□□□□ 0.33
CLN3Q13286 MUTYH-203ENST00000372098 1839 ntTSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
CLN3Q13286 MUTYH-204ENST00000372104 1823 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
CLN3Q13286 MUTYH-205ENST00000372110 1809 ntTSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
CLN3Q13286 AC007952.6-201ENST00000573168 2673 ntBASIC17.1■□□□□ 0.33
CLN3Q13286 AC003957.1-201ENST00000625108 2673 ntBASIC17.1■□□□□ 0.33
CLN3Q13286 TMEM8A-204ENST00000431232 3691 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
CLN3Q13286 PNOC-201ENST00000301908 1200 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
CLN3Q13286 TSTD1-203ENST00000368024 457 ntTSL 2 BASIC17.1■□□□□ 0.33
CLN3Q13286 BOLA1-202ENST00000369152 859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
CLN3Q13286 AP000355.1-201ENST00000432032 480 ntTSL 5 BASIC17.1■□□□□ 0.33
CLN3Q13286 TSPY3-202ENST00000440483 414 ntTSL 5 BASIC17.1■□□□□ 0.33
CLN3Q13286 MTUS2-205ENST00000542829 1165 ntTSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
CLN3Q13286 C19orf25-210ENST00000591027 574 ntTSL 4 BASIC17.1■□□□□ 0.33
CLN3Q13286 FAM71E1-202ENST00000595790 1225 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
CLN3Q13286 AC027601.4-201ENST00000611259 610 ntBASIC17.1■□□□□ 0.33
CLN3Q13286 CHST13-202ENST00000615522 1146 ntTSL 5 BASIC17.1■□□□□ 0.33
CLN3Q13286 TMEM44-203ENST00000381975 2197 ntTSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
CLN3Q13286 PVR-204ENST00000406449 1344 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
CLN3Q13286 TMEM189-201ENST00000371650 2222 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
CLN3Q13286 WDR45-206ENST00000376368 1381 ntTSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
CLN3Q13286 UPP1-203ENST00000395564 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
CLN3Q13286 AL158211.5-201ENST00000623583 2518 ntBASIC17.1■□□□□ 0.33
CLN3Q13286 ARPC1B-201ENST00000252725 1551 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
CLN3Q13286 ATP6V1G2-205ENST00000303892 1588 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
CLN3Q13286 RAD51-203ENST00000423169 1611 ntTSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
CLN3Q13286 FAM72C-201ENST00000369175 1658 ntTSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
CLN3Q13286 TMPRSS6-207ENST00000442782 1695 ntTSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
CLN3Q13286 PGAM5-203ENST00000498926 2834 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.1■□□□□ 0.33
CLN3Q13286 SYT17-207ENST00000568115 1721 ntTSL 5 BASIC17.1■□□□□ 0.33
CLN3Q13286 GXYLT1-202ENST00000398675 7497 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
CLN3Q13286 ACD-214ENST00000620338 2065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
CLN3Q13286 ITGB7-209ENST00000550743 2138 ntTSL 5 BASIC17.09■□□□□ 0.33
CLN3Q13286 ALDOA-221ENST00000566897 2448 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC17.09■□□□□ 0.33
CLN3Q13286 ADAMTS10-205ENST00000595838 2458 ntTSL 2 BASIC17.09■□□□□ 0.33
CLN3Q13286 AC113404.2-201ENST00000507884 177 ntBASIC17.09■□□□□ 0.33
CLN3Q13286 CD63-204ENST00000546939 779 ntTSL 3 BASIC17.09■□□□□ 0.33
CLN3Q13286 LINC01956-202ENST00000584273 612 ntTSL 3 BASIC17.09■□□□□ 0.33
CLN3Q13286 AL356488.2-201ENST00000602755 427 ntBASIC17.09■□□□□ 0.33
CLN3Q13286 AC140113.2-201ENST00000604370 208 ntBASIC17.09■□□□□ 0.33
CLN3Q13286 HOTTIP_1.1-201ENST00000620415 57 ntBASIC17.09■□□□□ 0.33
CLN3Q13286 FOXP3-201ENST00000376197 1326 ntTSL 2 BASIC17.09■□□□□ 0.33
CLN3Q13286 FAM237A-203ENST00000543490 1376 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.09■□□□□ 0.33
CLN3Q13286 SEPT4-201ENST00000317256 1530 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
CLN3Q13286 SEC22C-202ENST00000273156 1608 ntTSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
CLN3Q13286 THOC3-208ENST00000513482 1796 ntTSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
CLN3Q13286 EEF1A2-201ENST00000217182 2006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
CLN3Q13286 KRTAP5-AS1-201ENST00000424148 2265 ntTSL 2 BASIC17.09■□□□□ 0.33
CLN3Q13286 E4F1-201ENST00000301727 2573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
CLN3Q13286 LHX6-201ENST00000340587 3457 ntTSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
CLN3Q13286 MAFG-201ENST00000357736 5040 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
CLN3Q13286 TOM1L1-202ENST00000445275 2228 ntTSL 2 BASIC17.08■□□□□ 0.33
CLN3Q13286 HOXD10-201ENST00000249501 1989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.33
CLN3Q13286 ELMOD1-202ENST00000443271 1990 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.08■□□□□ 0.33
CLN3Q13286 SIX5-203ENST00000560168 1975 ntTSL 4 BASIC17.08■□□□□ 0.33
CLN3Q13286 ADM-207ENST00000530439 1839 ntTSL 2 BASIC17.08■□□□□ 0.33
CLN3Q13286 CXorf58-201ENST00000379211 1752 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.33
CLN3Q13286 RGS3-202ENST00000342620 1714 ntTSL 5 BASIC17.08■□□□□ 0.32
CLN3Q13286 ETV7-204ENST00000373738 1570 ntTSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
CLN3Q13286 TRABD2A-202ENST00000409133 1554 ntTSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
CLN3Q13286 HPCA-201ENST00000373467 1468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
CLN3Q13286 AC008393.1-201ENST00000499601 1454 ntTSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
CLN3Q13286 TEX264-215ENST00000611400 1488 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.08■□□□□ 0.32
CLN3Q13286 TMEM25-225ENST00000533102 1410 ntTSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
CLN3Q13286 NANS-201ENST00000210444 1170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
CLN3Q13286 FAM99B-201ENST00000382166 1067 ntTSL 5 BASIC17.08■□□□□ 0.32
CLN3Q13286 PTTG1-202ENST00000393964 1070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
CLN3Q13286 MIEF2-202ENST00000395703 718 ntTSL 3 BASIC17.08■□□□□ 0.32
CLN3Q13286 CLDN14-205ENST00000399139 1231 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
CLN3Q13286 ANKRD54-202ENST00000406423 954 ntTSL 3 BASIC17.08■□□□□ 0.32
CLN3Q13286 GGCT-205ENST00000409436 954 ntTSL 3 BASIC17.08■□□□□ 0.32
CLN3Q13286 MED15P5-201ENST00000423150 992 ntBASIC17.08■□□□□ 0.32
CLN3Q13286 MPIG6B-210ENST00000480039 790 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
CLN3Q13286 AC021087.4-201ENST00000563761 564 ntBASIC17.08■□□□□ 0.32
CLN3Q13286 PAM16-208ENST00000573553 722 ntTSL 2 BASIC17.08■□□□□ 0.32
CLN3Q13286 NUTM2B-AS1-211ENST00000601369 1233 ntTSL 2 BASIC17.08■□□□□ 0.32
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 30.2 ms