Protein–RNA interactions for Protein: Q13263

TRIM28, Transcription intermediary factor 1-beta, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 835 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM28Q13263 PKMYT1-203ENST00000431515 2308 ntTSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
TRIM28Q13263 KCNK7-204ENST00000394217 1372 ntTSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
TRIM28Q13263 AC005329.3-201ENST00000626781 1366 ntTSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
TRIM28Q13263 USP39-201ENST00000323701 2177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
TRIM28Q13263 RNASEH2A-201ENST00000221486 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
TRIM28Q13263 AC112698.1-201ENST00000510299 916 ntBASIC22.68■■□□□ 1.22
TRIM28Q13263 ERI1-203ENST00000519292 2107 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
TRIM28Q13263 ATP5G2-204ENST00000549164 745 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.68■■□□□ 1.22
TRIM28Q13263 ANKRD34C-AS1-205ENST00000560452 576 ntTSL 4 BASIC22.68■■□□□ 1.22
TRIM28Q13263 COX5A-204ENST00000567270 579 ntTSL 3 BASIC22.68■■□□□ 1.22
TRIM28Q13263 AC020934.1-201ENST00000588469 739 ntTSL 3 BASIC22.68■■□□□ 1.22
TRIM28Q13263 AC036176.1-201ENST00000589905 785 ntTSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
TRIM28Q13263 GZMM-202ENST00000592501 941 ntTSL 3 BASIC22.68■■□□□ 1.22
TRIM28Q13263 ATP5G2-209ENST00000602871 668 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
TRIM28Q13263 TP73-AS1-207ENST00000624167 988 ntBASIC22.68■■□□□ 1.22
TRIM28Q13263 PRSS23-209ENST00000533902 2043 ntTSL 4 BASIC22.68■■□□□ 1.22
TRIM28Q13263 TMEFF1-201ENST00000374879 2611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
TRIM28Q13263 GATA5-201ENST00000252997 2595 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
TRIM28Q13263 CXorf58-201ENST00000379211 1752 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
TRIM28Q13263 TIGD6-202ENST00000515406 2429 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
TRIM28Q13263 FAM72C-201ENST00000369175 1658 ntTSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
TRIM28Q13263 OGFOD2-211ENST00000538628 1696 ntTSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
TRIM28Q13263 AC132938.6-201ENST00000623828 1655 ntBASIC22.68■■□□□ 1.22
TRIM28Q13263 LPCAT3-201ENST00000261407 2268 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
TRIM28Q13263 AURKA-202ENST00000347343 2248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
TRIM28Q13263 AC027312.1-201ENST00000523591 1571 ntTSL 5 BASIC22.67■■□□□ 1.22
TRIM28Q13263 DPP10-203ENST00000393147 2758 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
TRIM28Q13263 LCAT-201ENST00000264005 1507 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
TRIM28Q13263 CDK18-217ENST00000506784 2143 ntTSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
TRIM28Q13263 INO80E-201ENST00000304516 1489 ntTSL 2 BASIC22.67■■□□□ 1.22
TRIM28Q13263 TMPRSS12-201ENST00000398458 1450 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
TRIM28Q13263 CXorf40B-205ENST00000462691 1440 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC22.67■■□□□ 1.22
TRIM28Q13263 AC027097.1-202ENST00000592201 1954 ntTSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
TRIM28Q13263 AC073592.3-201ENST00000625118 1834 ntBASIC22.67■■□□□ 1.22
TRIM28Q13263 GML-201ENST00000220940 723 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
TRIM28Q13263 EXOSC4-201ENST00000316052 887 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
TRIM28Q13263 PRSS42-201ENST00000429665 882 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
TRIM28Q13263 AP000347.1-202ENST00000435868 847 ntBASIC22.67■■□□□ 1.22
TRIM28Q13263 RPS15A-205ENST00000565420 802 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.67■■□□□ 1.22
TRIM28Q13263 RLN3-202ENST00000585987 541 ntTSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
TRIM28Q13263 AC010632.1-201ENST00000590376 572 ntTSL 4 BASIC22.67■■□□□ 1.22
TRIM28Q13263 TST-204ENST00000622841 1105 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.67■■□□□ 1.22
TRIM28Q13263 PSTK-201ENST00000368887 1705 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
TRIM28Q13263 IAH1-202ENST00000470914 2137 ntTSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
TRIM28Q13263 ETV7-204ENST00000373738 1570 ntTSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
TRIM28Q13263 PCCA-201ENST00000376279 2418 ntTSL 2 BASIC22.67■■□□□ 1.22
TRIM28Q13263 CADPS-219ENST00000612439 5455 ntTSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
TRIM28Q13263 PYCR2-208ENST00000612039 1549 ntTSL 3 BASIC22.67■■□□□ 1.22
TRIM28Q13263 PYCR2-209ENST00000612651 1538 ntTSL 5 BASIC22.67■■□□□ 1.22
TRIM28Q13263 ADCK5-201ENST00000308860 1949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
TRIM28Q13263 CYP21A2-222ENST00000435122 1914 ntTSL 2 BASIC22.67■■□□□ 1.22
TRIM28Q13263 ARSE-201ENST00000381134 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
TRIM28Q13263 SPERT-202ENST00000378966 1842 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
TRIM28Q13263 FDXR-205ENST00000544854 1827 ntTSL 2 BASIC22.66■■□□□ 1.22
TRIM28Q13263 PPP1CC-201ENST00000335007 2559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
TRIM28Q13263 SIGLEC10-204ENST00000436984 1776 ntTSL 2 BASIC22.66■■□□□ 1.22
TRIM28Q13263 ZIC4-212ENST00000484399 1774 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.66■■□□□ 1.22
TRIM28Q13263 INO80E-207ENST00000563197 2103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
TRIM28Q13263 MAGI2-217ENST00000629359 6704 ntTSL 5 BASIC22.66■■□□□ 1.22
TRIM28Q13263 BBC3-201ENST00000300880 1347 ntTSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
TRIM28Q13263 FIGNL1-207ENST00000435566 593 ntTSL 4 BASIC22.66■■□□□ 1.22
TRIM28Q13263 THAP5-204ENST00000438865 868 ntTSL 2 BASIC22.66■■□□□ 1.22
TRIM28Q13263 PQLC2L-205ENST00000461040 563 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC22.66■■□□□ 1.22
TRIM28Q13263 AL356056.2-201ENST00000506914 669 ntTSL 4 BASIC22.66■■□□□ 1.22
TRIM28Q13263 LINGO1-AS2-201ENST00000557799 663 ntTSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
TRIM28Q13263 AC011498.3-201ENST00000590159 569 ntTSL 4 BASIC22.66■■□□□ 1.22
TRIM28Q13263 RAB34-226ENST00000636772 1180 ntTSL 5 BASIC22.66■■□□□ 1.22
TRIM28Q13263 MAFF-202ENST00000407965 2325 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.66■■□□□ 1.22
TRIM28Q13263 PDZRN4-202ENST00000402685 3347 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.66■■□□□ 1.22
TRIM28Q13263 TRABD2A-202ENST00000409133 1554 ntTSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
TRIM28Q13263 ZFP64-206ENST00000371523 2234 ntTSL 2 BASIC22.66■■□□□ 1.22
TRIM28Q13263 SEPT11-209ENST00000510515 1886 ntTSL 2 BASIC22.66■■□□□ 1.22
TRIM28Q13263 TRIM41-202ENST00000351937 2696 ntTSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
TRIM28Q13263 ESPNP-201ENST00000270691 2015 ntBASIC22.65■■□□□ 1.22
TRIM28Q13263 WDR1-205ENST00000502702 1691 ntTSL 5 BASIC22.65■■□□□ 1.22
TRIM28Q13263 POLR2M-206ENST00000494490 1648 ntTSL 5 BASIC22.65■■□□□ 1.22
TRIM28Q13263 AC097374.2-201ENST00000618617 1306 ntBASIC22.65■■□□□ 1.22
TRIM28Q13263 FIP1L1-202ENST00000337488 2198 ntTSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
TRIM28Q13263 SIKE1-201ENST00000060969 2190 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
TRIM28Q13263 ZNHIT1-201ENST00000305105 1225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
TRIM28Q13263 CD1E-209ENST00000368164 869 ntTSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
TRIM28Q13263 GNG5-202ENST00000370645 790 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.65■■□□□ 1.22
TRIM28Q13263 DNASE1L2-202ENST00000382437 1222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
TRIM28Q13263 TRMT112-203ENST00000535750 823 ntTSL 2 BASIC22.65■■□□□ 1.22
TRIM28Q13263 AC126763.1-201ENST00000552015 2118 ntBASIC22.65■■□□□ 1.22
TRIM28Q13263 AC068594.1-202ENST00000581657 749 ntTSL 3 BASIC22.65■■□□□ 1.22
TRIM28Q13263 TYROBP-205ENST00000585901 620 ntTSL 3 BASIC22.65■■□□□ 1.22
TRIM28Q13263 AC005632.4-201ENST00000613759 431 ntTSL 3 BASIC22.65■■□□□ 1.22
TRIM28Q13263 LDHAL6A-203ENST00000615355 1042 ntTSL 5 BASIC22.65■■□□□ 1.22
TRIM28Q13263 CDK2AP1-207ENST00000618072 1144 ntTSL 3 BASIC22.65■■□□□ 1.22
TRIM28Q13263 AL355877.3-201ENST00000622820 899 ntBASIC22.65■■□□□ 1.22
TRIM28Q13263 ISG15-203ENST00000624697 788 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC22.65■■□□□ 1.22
TRIM28Q13263 CEP78-202ENST00000376597 2618 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
TRIM28Q13263 TDRP-203ENST00000523656 2622 ntTSL 5 BASIC22.65■■□□□ 1.22
TRIM28Q13263 AP003717.1-202ENST00000537019 1412 ntTSL 5 BASIC22.65■■□□□ 1.22
TRIM28Q13263 MSL1-206ENST00000579565 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
TRIM28Q13263 CFC1B-203ENST00000620207 1444 ntTSL 5 BASIC22.65■■□□□ 1.22
TRIM28Q13263 INPPL1-201ENST00000298229 4733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
TRIM28Q13263 TMEM109-201ENST00000227525 2413 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
TRIM28Q13263 SRP68-201ENST00000307877 2649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.22
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