Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3X0

CCDC9, Coiled-coil domain-containing protein 9, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 531 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC9Q9Y3X0 PDCD2-204ENST00000453163 2657 ntTSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
CCDC9Q9Y3X0 AL606970.3-201ENST00000446811 2246 ntTSL 2 BASIC24.31■■□□□ 1.48
CCDC9Q9Y3X0 AP005233.1-201ENST00000562341 2424 ntTSL 2 BASIC24.31■■□□□ 1.48
CCDC9Q9Y3X0 EGFL7-204ENST00000406555 1529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
CCDC9Q9Y3X0 THOC3-208ENST00000513482 1796 ntTSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
CCDC9Q9Y3X0 TOR3A-201ENST00000352445 1182 ntTSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
CCDC9Q9Y3X0 GYG2P1-201ENST00000357871 623 ntTSL 3 BASIC24.3■■□□□ 1.48
CCDC9Q9Y3X0 POM121L12-201ENST00000408890 1283 ntAPPRIS P1 BASIC24.3■■□□□ 1.48
CCDC9Q9Y3X0 UBE2F-202ENST00000409332 1138 ntTSL 5 BASIC24.3■■□□□ 1.48
CCDC9Q9Y3X0 MIPEPP3-202ENST00000424756 347 ntTSL 3 BASIC24.3■■□□□ 1.48
CCDC9Q9Y3X0 AC068472.1-201ENST00000474589 881 ntBASIC24.3■■□□□ 1.48
CCDC9Q9Y3X0 MRNIP-205ENST00000518235 1244 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.3■■□□□ 1.48
CCDC9Q9Y3X0 METTL23-202ENST00000586200 465 ntTSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
CCDC9Q9Y3X0 METTL23-212ENST00000590964 1006 ntTSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
CCDC9Q9Y3X0 MTDHP4-201ENST00000600287 670 ntBASIC24.3■■□□□ 1.48
CCDC9Q9Y3X0 HNF4A-208ENST00000609795 1192 ntTSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
CCDC9Q9Y3X0 DISP3-202ENST00000304391 1495 ntTSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
CCDC9Q9Y3X0 ULK3-217ENST00000568667 1470 ntTSL 5 BASIC24.3■■□□□ 1.48
CCDC9Q9Y3X0 RBM26-202ENST00000438724 5152 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
CCDC9Q9Y3X0 HMGCLL1-202ENST00000308161 1314 ntTSL 2 BASIC24.3■■□□□ 1.48
CCDC9Q9Y3X0 FIP1L1-207ENST00000507922 1335 ntTSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
CCDC9Q9Y3X0 RDX-202ENST00000405097 2761 ntTSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
CCDC9Q9Y3X0 CD244-202ENST00000368033 1360 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
CCDC9Q9Y3X0 TP73-202ENST00000354437 2140 ntTSL 5 BASIC24.29■■□□□ 1.48
CCDC9Q9Y3X0 MBIP-203ENST00000416007 1648 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
CCDC9Q9Y3X0 AP004609.1-201ENST00000498872 1646 ntTSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
CCDC9Q9Y3X0 AL357033.4-201ENST00000617703 1807 ntBASIC24.29■■□□□ 1.48
CCDC9Q9Y3X0 TRIP4-201ENST00000261884 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
CCDC9Q9Y3X0 CIB3-201ENST00000269878 711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
CCDC9Q9Y3X0 AL035633.1-201ENST00000406139 838 ntBASIC24.29■■□□□ 1.48
CCDC9Q9Y3X0 DANCR-204ENST00000444958 709 ntTSL 3 BASIC24.29■■□□□ 1.48
CCDC9Q9Y3X0 LINC00237-202ENST00000455890 1220 ntTSL 2 BASIC24.29■■□□□ 1.48
CCDC9Q9Y3X0 AC005829.1-201ENST00000570002 483 ntBASIC24.29■■□□□ 1.48
CCDC9Q9Y3X0 ICAM2-205ENST00000578379 1064 ntTSL 5 BASIC24.29■■□□□ 1.48
CCDC9Q9Y3X0 ICAM2-206ENST00000578892 1056 ntTSL 3 BASIC24.29■■□□□ 1.48
CCDC9Q9Y3X0 AC008403.2-204ENST00000600650 1006 ntTSL 3 BASIC24.29■■□□□ 1.48
CCDC9Q9Y3X0 AC106028.4-201ENST00000614509 607 ntBASIC24.29■■□□□ 1.48
CCDC9Q9Y3X0 ACBD6-201ENST00000367595 1670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
CCDC9Q9Y3X0 RHNO1-204ENST00000489288 1870 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
CCDC9Q9Y3X0 ZDHHC17-201ENST00000426126 5259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
CCDC9Q9Y3X0 AP2M1-201ENST00000292807 1931 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC24.29■■□□□ 1.48
CCDC9Q9Y3X0 SNUPN-205ENST00000564644 1931 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.29■■□□□ 1.48
CCDC9Q9Y3X0 LINC00466-207ENST00000634725 1736 ntTSL 5 BASIC24.29■■□□□ 1.48
CCDC9Q9Y3X0 AL390879.2-201ENST00000424306 2222 ntTSL 2 BASIC24.29■■□□□ 1.48
CCDC9Q9Y3X0 KCNK6-201ENST00000263372 5722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
CCDC9Q9Y3X0 PILRB-207ENST00000448382 2314 ntTSL 2 BASIC24.28■■□□□ 1.48
CCDC9Q9Y3X0 PDLIM7-202ENST00000355841 1689 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
CCDC9Q9Y3X0 AC099778.1-201ENST00000568593 1911 ntBASIC24.28■■□□□ 1.48
CCDC9Q9Y3X0 MCIDAS-201ENST00000513312 1736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
CCDC9Q9Y3X0 SULT2B1-201ENST00000201586 1295 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
CCDC9Q9Y3X0 CLEC1B-201ENST00000298527 952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
CCDC9Q9Y3X0 AQP12A-201ENST00000337801 1084 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
CCDC9Q9Y3X0 HELT-201ENST00000338875 1008 ntTSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
CCDC9Q9Y3X0 BLOC1S2-202ENST00000370372 1249 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
CCDC9Q9Y3X0 SYS1-203ENST00000414310 795 ntTSL 3 BASIC24.28■■□□□ 1.48
CCDC9Q9Y3X0 XXYLT1-204ENST00000429994 865 ntTSL 3 BASIC24.28■■□□□ 1.48
CCDC9Q9Y3X0 AC009947.1-201ENST00000444350 727 ntBASIC24.28■■□□□ 1.48
CCDC9Q9Y3X0 AC012363.1-201ENST00000455707 575 ntTSL 4 BASIC24.28■■□□□ 1.48
CCDC9Q9Y3X0 GMDS-AS1-205ENST00000529893 900 ntTSL 5 BASIC24.28■■□□□ 1.48
CCDC9Q9Y3X0 AC069503.2-201ENST00000546333 576 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.28■■□□□ 1.48
CCDC9Q9Y3X0 C17orf49-203ENST00000546760 764 ntTSL 5 BASIC24.28■■□□□ 1.48
CCDC9Q9Y3X0 AL390334.1-205ENST00000555797 411 ntTSL 3 BASIC24.28■■□□□ 1.48
CCDC9Q9Y3X0 PCDHGC4-204ENST00000618371 812 ntTSL 3 BASIC24.28■■□□□ 1.48
CCDC9Q9Y3X0 STARD7-AS1-202ENST00000446816 1527 ntTSL 2 BASIC24.28■■□□□ 1.48
CCDC9Q9Y3X0 MAZ-212ENST00000568282 1593 ntTSL 5 BASIC24.28■■□□□ 1.48
CCDC9Q9Y3X0 OLIG2-202ENST00000382357 2578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
CCDC9Q9Y3X0 SRSF4-201ENST00000373795 2387 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
CCDC9Q9Y3X0 HFE2-204ENST00000475797 1381 ntTSL 2 BASIC24.28■■□□□ 1.48
CCDC9Q9Y3X0 ZNF517-202ENST00000525105 1383 ntTSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
CCDC9Q9Y3X0 TRIP13-201ENST00000166345 2672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
CCDC9Q9Y3X0 SORCS3-201ENST00000369699 5530 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.27■■□□□ 1.48
CCDC9Q9Y3X0 FUT5-202ENST00000588525 1988 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
CCDC9Q9Y3X0 TMEM74-201ENST00000297459 1741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
CCDC9Q9Y3X0 KLF2-201ENST00000248071 2018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
CCDC9Q9Y3X0 FYTTD1-205ENST00000424384 1758 ntTSL 2 BASIC24.27■■□□□ 1.48
CCDC9Q9Y3X0 LIMS2-207ENST00000409808 2315 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.27■■□□□ 1.48
CCDC9Q9Y3X0 AC126755.2-202ENST00000427999 1547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
CCDC9Q9Y3X0 AL645939.2-201ENST00000427340 991 ntBASIC24.27■■□□□ 1.48
CCDC9Q9Y3X0 RNF144A-AS1-205ENST00000439208 757 ntTSL 3 BASIC24.27■■□□□ 1.48
CCDC9Q9Y3X0 MLF1-210ENST00000484955 1247 ntTSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
CCDC9Q9Y3X0 SWI5-205ENST00000495313 466 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC24.27■■□□□ 1.48
CCDC9Q9Y3X0 AP005717.1-202ENST00000523563 419 ntTSL 3 BASIC24.27■■□□□ 1.48
CCDC9Q9Y3X0 PXN-AS1-201ENST00000535200 1170 ntTSL 2 BASIC24.27■■□□□ 1.48
CCDC9Q9Y3X0 AC011467.2-201ENST00000598425 242 ntBASIC24.27■■□□□ 1.48
CCDC9Q9Y3X0 ASAH1-255ENST00000637638 699 ntTSL 2 BASIC24.27■■□□□ 1.48
CCDC9Q9Y3X0 AC107918.4-202ENST00000641623 219 ntBASIC24.27■■□□□ 1.48
CCDC9Q9Y3X0 TMEM44-204ENST00000392432 2490 ntTSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
CCDC9Q9Y3X0 CLDN14-203ENST00000399136 1330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
CCDC9Q9Y3X0 ZNF688-201ENST00000223459 2506 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
CCDC9Q9Y3X0 AC233280.1-201ENST00000423600 1684 ntTSL 2 BASIC24.27■■□□□ 1.48
CCDC9Q9Y3X0 BRD4-202ENST00000360016 3240 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
CCDC9Q9Y3X0 EBF4-202ENST00000380648 2910 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.27■■□□□ 1.48
CCDC9Q9Y3X0 KRT8P50-201ENST00000562022 1438 ntBASIC24.27■■□□□ 1.48
CCDC9Q9Y3X0 SDHAF3-202ENST00000432641 2060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
CCDC9Q9Y3X0 EGLN2-201ENST00000303961 2102 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
CCDC9Q9Y3X0 VSX1-202ENST00000376709 2192 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
CCDC9Q9Y3X0 GABARAPL3-202ENST00000624044 1851 ntBASIC24.26■■□□□ 1.47
CCDC9Q9Y3X0 RIMBP3B-201ENST00000620804 6105 ntAPPRIS P1 BASIC24.26■■□□□ 1.47
CCDC9Q9Y3X0 LSR-214ENST00000621372 2274 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
CCDC9Q9Y3X0 GSN-204ENST00000373818 2657 ntTSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 91.4 ms