Protein–RNA interactions for Protein: Q9UPQ0

LIMCH1, LIM and calponin homology domains-containing protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,083 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMCH1Q9UPQ0 AC120049.1-201ENST00000592638 2065 ntTSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
LIMCH1Q9UPQ0 HS3ST2-201ENST00000261374 2314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
LIMCH1Q9UPQ0 PPT2-247ENST00000375143 1754 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.63■■□□□ 1.05
LIMCH1Q9UPQ0 AL512380.2-201ENST00000637901 1780 ntTSL 5 BASIC21.63■■□□□ 1.05
LIMCH1Q9UPQ0 NETO1-201ENST00000327305 3058 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
LIMCH1Q9UPQ0 TMEM128-201ENST00000254742 1737 ntTSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
LIMCH1Q9UPQ0 PDE9A-206ENST00000380328 1875 ntTSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
LIMCH1Q9UPQ0 ZNF454-202ENST00000519564 2142 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.62■■□□□ 1.05
LIMCH1Q9UPQ0 ADK-202ENST00000372734 2083 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
LIMCH1Q9UPQ0 ACSM2B-208ENST00000565322 1834 ntTSL 2 BASIC21.62■■□□□ 1.05
LIMCH1Q9UPQ0 RPN2-201ENST00000237530 2515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
LIMCH1Q9UPQ0 TTLL8-201ENST00000266182 2505 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.62■■□□□ 1.05
LIMCH1Q9UPQ0 TRIM50-201ENST00000333149 2047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
LIMCH1Q9UPQ0 STK4-201ENST00000372801 2038 ntTSL 2 BASIC21.62■■□□□ 1.05
LIMCH1Q9UPQ0 KCNC2-203ENST00000393288 2485 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
LIMCH1Q9UPQ0 NARFL-218ENST00000568545 2486 ntTSL 2 BASIC21.62■■□□□ 1.05
LIMCH1Q9UPQ0 METTL27-201ENST00000297873 941 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
LIMCH1Q9UPQ0 COX5A-201ENST00000322347 1268 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
LIMCH1Q9UPQ0 ILF2-202ENST00000368681 726 ntTSL 2 BASIC21.62■■□□□ 1.05
LIMCH1Q9UPQ0 CCDC107-202ENST00000378406 1016 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.62■■□□□ 1.05
LIMCH1Q9UPQ0 CCR12P-201ENST00000446203 998 ntBASIC21.62■■□□□ 1.05
LIMCH1Q9UPQ0 PHF11-218ENST00000496623 1173 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.62■■□□□ 1.05
LIMCH1Q9UPQ0 TMEM9B-203ENST00000528117 949 ntTSL 2 BASIC21.62■■□□□ 1.05
LIMCH1Q9UPQ0 BX088651.1-201ENST00000540551 451 ntBASIC21.62■■□□□ 1.05
LIMCH1Q9UPQ0 UBL5-202ENST00000586895 432 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
LIMCH1Q9UPQ0 PDCD5-207ENST00000590247 699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
LIMCH1Q9UPQ0 CD177-202ENST00000607855 536 ntTSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
LIMCH1Q9UPQ0 AL513523.10-201ENST00000623024 1186 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.62■■□□□ 1.05
LIMCH1Q9UPQ0 HSDL1-202ENST00000434463 1493 ntTSL 2 BASIC21.62■■□□□ 1.05
LIMCH1Q9UPQ0 ACOXL-205ENST00000439055 2373 ntTSL 2 BASIC21.62■■□□□ 1.05
LIMCH1Q9UPQ0 GPSM2-201ENST00000264126 3032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
LIMCH1Q9UPQ0 AC008878.3-201ENST00000617428 4964 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
LIMCH1Q9UPQ0 HIC1-202ENST00000399849 3156 ntTSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
LIMCH1Q9UPQ0 LGI2-201ENST00000382114 6428 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
LIMCH1Q9UPQ0 POMT2-201ENST00000261534 4876 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
LIMCH1Q9UPQ0 TMEM59L-201ENST00000262817 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
LIMCH1Q9UPQ0 NR2C2-206ENST00000425241 2494 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.62■■□□□ 1.05
LIMCH1Q9UPQ0 C1orf159-205ENST00000421241 1841 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.62■■□□□ 1.05
LIMCH1Q9UPQ0 ASB13-201ENST00000357700 2699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
LIMCH1Q9UPQ0 PHF1-201ENST00000374512 2224 ntTSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
LIMCH1Q9UPQ0 MOCS2-202ENST00000396954 1785 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
LIMCH1Q9UPQ0 SAMD3-202ENST00000368134 2377 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.61■■□□□ 1.05
LIMCH1Q9UPQ0 GAS7-210ENST00000579158 1528 ntTSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
LIMCH1Q9UPQ0 TRIM33-202ENST00000369543 3457 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
LIMCH1Q9UPQ0 VIM-201ENST00000224237 1868 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
LIMCH1Q9UPQ0 FUOM-201ENST00000278025 709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
LIMCH1Q9UPQ0 LINC00620-201ENST00000419618 996 ntTSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
LIMCH1Q9UPQ0 AL390955.1-201ENST00000428694 934 ntBASIC21.61■■□□□ 1.05
LIMCH1Q9UPQ0 METTL21A-206ENST00000432416 869 ntTSL 3 BASIC21.61■■□□□ 1.05
LIMCH1Q9UPQ0 AL451069.1-201ENST00000455414 634 ntTSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
LIMCH1Q9UPQ0 DHDH-203ENST00000522614 776 ntTSL 5 BASIC21.61■■□□□ 1.05
LIMCH1Q9UPQ0 CDC42EP2-202ENST00000533419 1279 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.61■■□□□ 1.05
LIMCH1Q9UPQ0 EIF3J-AS1-205ENST00000560750 1093 ntTSL 3 BASIC21.61■■□□□ 1.05
LIMCH1Q9UPQ0 AC005943.1-201ENST00000585937 1002 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.61■■□□□ 1.05
LIMCH1Q9UPQ0 TNNT1-208ENST00000587465 1065 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.61■■□□□ 1.05
LIMCH1Q9UPQ0 FFAR4-203ENST00000604414 1142 ntTSL 3 BASIC21.61■■□□□ 1.05
LIMCH1Q9UPQ0 PCDH1-201ENST00000287008 4793 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.61■■□□□ 1.05
LIMCH1Q9UPQ0 FDXR-202ENST00000413947 1809 ntTSL 2 BASIC21.61■■□□□ 1.05
LIMCH1Q9UPQ0 PCDHA2-203ENST00000526136 5254 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
LIMCH1Q9UPQ0 ZNF416-201ENST00000196489 2561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
LIMCH1Q9UPQ0 GNAZ-203ENST00000615612 3333 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
LIMCH1Q9UPQ0 PIGZ-202ENST00000412723 2701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
LIMCH1Q9UPQ0 TBXAS1-204ENST00000416849 2505 ntTSL 5 BASIC21.61■■□□□ 1.05
LIMCH1Q9UPQ0 PITPNM2-209ENST00000546049 1793 ntTSL 5 BASIC21.61■■□□□ 1.05
LIMCH1Q9UPQ0 C3orf18-201ENST00000357203 2655 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
LIMCH1Q9UPQ0 PTPA-206ENST00000358994 2664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
LIMCH1Q9UPQ0 REEP4-201ENST00000306306 1710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
LIMCH1Q9UPQ0 HOXA11-AS-205ENST00000522863 1723 ntTSL 5 BASIC21.6■■□□□ 1.05
LIMCH1Q9UPQ0 DUS1L-201ENST00000306796 2068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
LIMCH1Q9UPQ0 SDHA-204ENST00000504309 2067 ntTSL 5 BASIC21.6■■□□□ 1.05
LIMCH1Q9UPQ0 GATA2-203ENST00000487848 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
LIMCH1Q9UPQ0 CYSTM1-201ENST00000261811 1336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
LIMCH1Q9UPQ0 EIF3B-201ENST00000360876 3055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
LIMCH1Q9UPQ0 RASSF7-205ENST00000454668 1450 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
LIMCH1Q9UPQ0 GNG5-202ENST00000370645 790 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.6■■□□□ 1.05
LIMCH1Q9UPQ0 USF2-203ENST00000379134 648 ntTSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
LIMCH1Q9UPQ0 AC007663.1-201ENST00000438948 1240 ntBASIC21.6■■□□□ 1.05
LIMCH1Q9UPQ0 NDUFB2-203ENST00000461457 559 ntTSL 3 BASIC21.6■■□□□ 1.05
LIMCH1Q9UPQ0 SLC39A13-212ENST00000531974 856 ntTSL 2 BASIC21.6■■□□□ 1.05
LIMCH1Q9UPQ0 AC004448.5-201ENST00000579897 567 ntTSL 5 BASIC21.6■■□□□ 1.05
LIMCH1Q9UPQ0 AC116562.4-202ENST00000641738 218 ntBASIC21.6■■□□□ 1.05
LIMCH1Q9UPQ0 TSLP-203ENST00000420978 2621 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
LIMCH1Q9UPQ0 FCER2-201ENST00000346664 1596 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
LIMCH1Q9UPQ0 FCER2-205ENST00000597921 1560 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
LIMCH1Q9UPQ0 MYZAP-201ENST00000267853 2361 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
LIMCH1Q9UPQ0 ASPRV1-201ENST00000320256 2177 ntAPPRIS P1 BASIC21.6■■□□□ 1.05
LIMCH1Q9UPQ0 ANKRD6-204ENST00000447838 2968 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
LIMCH1Q9UPQ0 ARMC10-209ENST00000454559 2347 ntTSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
LIMCH1Q9UPQ0 SPC24-206ENST00000592540 2315 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
LIMCH1Q9UPQ0 FOXD4L1-201ENST00000306507 2491 ntAPPRIS P1 BASIC21.6■■□□□ 1.05
LIMCH1Q9UPQ0 C21orf58-203ENST00000397680 2624 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.59■■□□□ 1.05
LIMCH1Q9UPQ0 CCDC157-203ENST00000405659 3052 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
LIMCH1Q9UPQ0 PLEKHG5-206ENST00000377748 5221 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.59■■□□□ 1.05
LIMCH1Q9UPQ0 PEX16-202ENST00000378750 1335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
LIMCH1Q9UPQ0 CCDC88C-203ENST00000389856 1641 ntTSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
LIMCH1Q9UPQ0 PABPC1L-217ENST00000537323 1910 ntTSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
LIMCH1Q9UPQ0 PRSS36-201ENST00000268281 2840 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
LIMCH1Q9UPQ0 TRAF4-201ENST00000262395 2923 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
LIMCH1Q9UPQ0 ITGA4-202ENST00000339307 1403 ntTSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
LIMCH1Q9UPQ0 VKORC1-204ENST00000394971 664 ntTSL 5 BASIC21.59■■□□□ 1.05
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 30 ms