Protein–RNA interactions for Protein: Q96JC1

VPS39, Vam6/Vps39-like protein, humanhuman

Predictions only

Length 886 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS39Q96JC1 SKOR1-204ENST00000554240 3597 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.42■□□□□ 0.54
VPS39Q96JC1 TEFM-205ENST00000581216 1891 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
VPS39Q96JC1 TSSC4-201ENST00000333256 1686 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
VPS39Q96JC1 POLI-207ENST00000579434 2705 ntTSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
VPS39Q96JC1 TMPRSS12-201ENST00000398458 1450 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
VPS39Q96JC1 ENDOV-225ENST00000522751 1475 ntTSL 5 BASIC18.42■□□□□ 0.54
VPS39Q96JC1 KDM6A-213ENST00000611820 5924 ntTSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
VPS39Q96JC1 PIK3R2-201ENST00000222254 4033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
VPS39Q96JC1 MTHFD1L-201ENST00000367307 1049 ntTSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
VPS39Q96JC1 GPR35-203ENST00000407714 1258 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
VPS39Q96JC1 AL355355.2-201ENST00000442321 338 ntBASIC18.42■□□□□ 0.54
VPS39Q96JC1 DBNL-214ENST00000456905 1241 ntTSL 2 BASIC18.42■□□□□ 0.54
VPS39Q96JC1 CXCL2-202ENST00000508487 1218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
VPS39Q96JC1 SDR39U1-202ENST00000538105 1041 ntTSL 2 BASIC18.42■□□□□ 0.54
VPS39Q96JC1 CBLN3-202ENST00000555436 718 ntTSL 3 BASIC18.42■□□□□ 0.54
VPS39Q96JC1 AL049780.2-201ENST00000556236 367 ntTSL 3 BASIC18.42■□□□□ 0.54
VPS39Q96JC1 TGIF1-222ENST00000577543 729 ntTSL 3 BASIC18.42■□□□□ 0.54
VPS39Q96JC1 AC233702.5-201ENST00000584107 538 ntBASIC18.42■□□□□ 0.54
VPS39Q96JC1 APBB1-215ENST00000608394 2128 ntTSL 5 BASIC18.42■□□□□ 0.54
VPS39Q96JC1 APBB1-222ENST00000610474 2147 ntTSL 5 BASIC18.42■□□□□ 0.54
VPS39Q96JC1 REXO1L10P-201ENST00000615707 1290 ntBASIC18.42■□□□□ 0.54
VPS39Q96JC1 REXO1L12P-201ENST00000622156 912 ntBASIC18.42■□□□□ 0.54
VPS39Q96JC1 AJUBA-202ENST00000361265 2569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
VPS39Q96JC1 AC068446.2-201ENST00000500487 2165 ntTSL 2 BASIC18.42■□□□□ 0.54
VPS39Q96JC1 DLC1-203ENST00000358919 4392 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
VPS39Q96JC1 NPBWR1-201ENST00000331251 2687 ntAPPRIS P1 BASIC18.42■□□□□ 0.54
VPS39Q96JC1 TJP3-205ENST00000587686 2946 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
VPS39Q96JC1 CMIP-209ENST00000566513 2288 ntTSL 5 BASIC18.42■□□□□ 0.54
VPS39Q96JC1 PEPD-203ENST00000436370 1638 ntTSL 2 BASIC18.41■□□□□ 0.54
VPS39Q96JC1 CAMK4-210ENST00000512453 1640 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
VPS39Q96JC1 SLC26A11-212ENST00000572725 1862 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
VPS39Q96JC1 REXO1L9P-201ENST00000604264 2108 ntBASIC18.41■□□□□ 0.54
VPS39Q96JC1 KRT8P50-201ENST00000562022 1438 ntBASIC18.41■□□□□ 0.54
VPS39Q96JC1 SCYL1-202ENST00000279270 1659 ntTSL 5 BASIC18.41■□□□□ 0.54
VPS39Q96JC1 CYP2D7-201ENST00000358097 1655 ntTSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
VPS39Q96JC1 EIF4ENIF1-202ENST00000344710 3115 ntTSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
VPS39Q96JC1 CD19-202ENST00000538922 1957 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.41■□□□□ 0.54
VPS39Q96JC1 C19orf54-203ENST00000470681 2521 ntTSL 2 BASIC18.41■□□□□ 0.54
VPS39Q96JC1 CAPN10-202ENST00000270364 1267 ntTSL 2 BASIC18.41■□□□□ 0.54
VPS39Q96JC1 LIME1-201ENST00000309546 1178 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
VPS39Q96JC1 AC073343.2-203ENST00000366167 564 ntTSL 4 BASIC18.41■□□□□ 0.54
VPS39Q96JC1 CT47A1-201ENST00000433030 1288 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
VPS39Q96JC1 GLYCTK-205ENST00000473032 935 ntTSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
VPS39Q96JC1 REXO2-216ENST00000544196 452 ntTSL 3 BASIC18.41■□□□□ 0.54
VPS39Q96JC1 LINC02167-201ENST00000562769 594 ntTSL 3 BASIC18.41■□□□□ 0.54
VPS39Q96JC1 AC003005.1-201ENST00000601674 582 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC18.41■□□□□ 0.54
VPS39Q96JC1 AL049637.2-201ENST00000641778 930 ntBASIC18.41■□□□□ 0.54
VPS39Q96JC1 MAP6-201ENST00000304771 3334 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
VPS39Q96JC1 TMEM263-204ENST00000548125 3349 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.41■□□□□ 0.54
VPS39Q96JC1 LRRN4CL-201ENST00000317449 2585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
VPS39Q96JC1 ATP5L-201ENST00000300688 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
VPS39Q96JC1 PIGV-201ENST00000078527 2367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
VPS39Q96JC1 PRSS35-201ENST00000369700 2440 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
VPS39Q96JC1 NKD2-202ENST00000296849 2155 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
VPS39Q96JC1 CTSB-202ENST00000353047 3875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
VPS39Q96JC1 MPV17L-201ENST00000287594 5820 ntTSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
VPS39Q96JC1 CSK-201ENST00000220003 2767 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
VPS39Q96JC1 ASCL5-202ENST00000458416 1420 ntAPPRIS P1 BASIC18.4■□□□□ 0.54
VPS39Q96JC1 TOX2-205ENST00000423191 1709 ntTSL 2 BASIC18.4■□□□□ 0.54
VPS39Q96JC1 AMDHD2-203ENST00000413459 2049 ntTSL 2 BASIC18.4■□□□□ 0.54
VPS39Q96JC1 TMEM132A-201ENST00000005286 3480 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.4■□□□□ 0.54
VPS39Q96JC1 B3GALT5-206ENST00000615480 2617 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.4■□□□□ 0.54
VPS39Q96JC1 ZIC4-209ENST00000473123 1481 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.4■□□□□ 0.54
VPS39Q96JC1 DNAH17-AS1-202ENST00000591373 1453 ntTSL 5 BASIC18.4■□□□□ 0.54
VPS39Q96JC1 SMPD3-211ENST00000568373 2073 ntTSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
VPS39Q96JC1 FBXL17-201ENST00000359660 4510 ntTSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
VPS39Q96JC1 TPD52L1-202ENST00000368388 2147 ntTSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
VPS39Q96JC1 AC138028.4-201ENST00000564984 1845 ntBASIC18.4■□□□□ 0.54
VPS39Q96JC1 TNNC1-201ENST00000232975 714 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
VPS39Q96JC1 SNCG-201ENST00000348795 684 ntTSL 2 BASIC18.4■□□□□ 0.54
VPS39Q96JC1 TIMM17B-201ENST00000376582 950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
VPS39Q96JC1 POMC-202ENST00000380794 1295 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.4■□□□□ 0.54
VPS39Q96JC1 AL445645.1-201ENST00000451318 1019 ntTSL 2 BASIC18.4■□□□□ 0.54
VPS39Q96JC1 MRPL36-202ENST00000505059 610 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
VPS39Q96JC1 PENK-204ENST00000518770 863 ntTSL 2 BASIC18.4■□□□□ 0.54
VPS39Q96JC1 FOXN3-AS1-201ENST00000555562 1077 ntTSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
VPS39Q96JC1 AC008649.1-201ENST00000589557 516 ntTSL 2 BASIC18.4■□□□□ 0.54
VPS39Q96JC1 AL158151.3-201ENST00000599172 696 ntTSL 5 BASIC18.4■□□□□ 0.54
VPS39Q96JC1 ARHGAP6-202ENST00000337414 5117 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
VPS39Q96JC1 IL17RC-206ENST00000416074 2342 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
VPS39Q96JC1 PRMT5-204ENST00000397441 2418 ntTSL 2 BASIC18.4■□□□□ 0.54
VPS39Q96JC1 TRAF3-203ENST00000392745 2459 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
VPS39Q96JC1 RUVBL1-202ENST00000464873 2126 ntTSL 2 BASIC18.4■□□□□ 0.54
VPS39Q96JC1 GPS1-201ENST00000306823 1842 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.54
VPS39Q96JC1 SLC22A4-201ENST00000200652 2201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.54
VPS39Q96JC1 AP005717.1-201ENST00000500705 1899 ntTSL 5 BASIC18.39■□□□□ 0.54
VPS39Q96JC1 C12orf42-205ENST00000548048 1532 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.39■□□□□ 0.54
VPS39Q96JC1 PRRT1-201ENST00000211413 1909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
VPS39Q96JC1 ZNF710-201ENST00000268154 4617 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.39■□□□□ 0.53
VPS39Q96JC1 UBE2D2-202ENST00000398733 2702 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
VPS39Q96JC1 CCDC91-220ENST00000545336 2738 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.39■□□□□ 0.53
VPS39Q96JC1 CAPN15-201ENST00000219611 4744 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
VPS39Q96JC1 KLHL33-202ENST00000636854 2394 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.39■□□□□ 0.53
VPS39Q96JC1 RNFT2-204ENST00000407967 2415 ntTSL 5 BASIC18.39■□□□□ 0.53
VPS39Q96JC1 NMRK1-203ENST00000376811 2050 ntTSL 2 BASIC18.39■□□□□ 0.53
VPS39Q96JC1 IRF5-202ENST00000357234 1680 ntTSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
VPS39Q96JC1 EMC6-201ENST00000248378 653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
VPS39Q96JC1 CRYGFP-201ENST00000418459 633 ntBASIC18.39■□□□□ 0.53
VPS39Q96JC1 ZNF487-202ENST00000437590 2111 ntTSL 2 BASIC18.39■□□□□ 0.53
VPS39Q96JC1 RPL29-202ENST00000466397 742 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.39■□□□□ 0.53
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 26.9 ms