Protein–RNA interactions for Protein: Q5VIR6

VPS53, Vacuolar protein sorting-associated protein 53 homolog, humanhuman

Predictions only

Length 699 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS53Q5VIR6 KCTD20-210ENST00000536244 5345 ntTSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
VPS53Q5VIR6 KIF1BP-204ENST00000626493 2337 ntTSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
VPS53Q5VIR6 MYOZ3-203ENST00000517768 1451 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
VPS53Q5VIR6 MUTYH-202ENST00000355498 1776 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
VPS53Q5VIR6 TLNRD1-201ENST00000267984 4845 ntAPPRIS P1 BASIC22.15■■□□□ 1.14
VPS53Q5VIR6 ZNF668-208ENST00000538906 2865 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
VPS53Q5VIR6 CAB39-203ENST00000410084 1324 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
VPS53Q5VIR6 ALDH3B1-206ENST00000615463 1300 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
VPS53Q5VIR6 PTTG1IP-203ENST00000397887 2413 ntTSL 4 BASIC22.15■■□□□ 1.14
VPS53Q5VIR6 ANXA3-201ENST00000264908 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
VPS53Q5VIR6 PTCRA-201ENST00000304672 1080 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
VPS53Q5VIR6 ZNF32-201ENST00000374433 1137 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
VPS53Q5VIR6 RNF152P1-201ENST00000397754 604 ntBASIC22.15■■□□□ 1.14
VPS53Q5VIR6 AP000523.1-201ENST00000398242 1049 ntBASIC22.15■■□□□ 1.14
VPS53Q5VIR6 DMKN-208ENST00000424570 1293 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
VPS53Q5VIR6 TSPY5P-201ENST00000426936 936 ntBASIC22.15■■□□□ 1.14
VPS53Q5VIR6 PTCRA-202ENST00000441198 1005 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
VPS53Q5VIR6 PTCRA-203ENST00000446507 759 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
VPS53Q5VIR6 AC009185.1-201ENST00000517634 911 ntTSL 3 BASIC22.15■■□□□ 1.14
VPS53Q5VIR6 ZNF706-206ENST00000519744 785 ntTSL 3 BASIC22.15■■□□□ 1.14
VPS53Q5VIR6 LINC00599-204ENST00000521242 716 ntTSL 3 BASIC22.15■■□□□ 1.14
VPS53Q5VIR6 ELAC2-212ENST00000578071 579 ntTSL 4 BASIC22.15■■□□□ 1.14
VPS53Q5VIR6 C10orf142-201ENST00000619243 1110 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
VPS53Q5VIR6 TRIM41-202ENST00000351937 2696 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
VPS53Q5VIR6 RAB4A-201ENST00000366690 2966 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
VPS53Q5VIR6 UBE2Q2-208ENST00000569423 2969 ntTSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
VPS53Q5VIR6 L3HYPDH-201ENST00000247194 1527 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
VPS53Q5VIR6 RPS6KA3-201ENST00000379565 7918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
VPS53Q5VIR6 SLC39A7-201ENST00000374675 2153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
VPS53Q5VIR6 C6orf118-201ENST00000230301 1812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
VPS53Q5VIR6 MRGPRF-AS1-201ENST00000538407 1490 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
VPS53Q5VIR6 CHPF-201ENST00000243776 3013 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
VPS53Q5VIR6 MCRS1-202ENST00000357123 1428 ntTSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
VPS53Q5VIR6 CNNM3-202ENST00000377060 3308 ntTSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.14
VPS53Q5VIR6 FOXI3-201ENST00000428390 2804 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.14■■□□□ 1.14
VPS53Q5VIR6 ZNF274-212ENST00000617501 2538 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
VPS53Q5VIR6 CAB39-202ENST00000409788 1626 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.14
VPS53Q5VIR6 COL16A1-203ENST00000373672 5736 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.14
VPS53Q5VIR6 CACTIN-201ENST00000221899 2797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
VPS53Q5VIR6 SERPINE2-201ENST00000258405 2195 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
VPS53Q5VIR6 FAM19A3-201ENST00000361886 1056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
VPS53Q5VIR6 GRAMD4P1-201ENST00000435181 1110 ntBASIC22.14■■□□□ 1.13
VPS53Q5VIR6 AC008825.1-201ENST00000504398 452 ntTSL 3 BASIC22.14■■□□□ 1.13
VPS53Q5VIR6 ZNF706-204ENST00000518336 501 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC22.14■■□□□ 1.13
VPS53Q5VIR6 AC012213.1-202ENST00000523422 449 ntTSL 3 BASIC22.14■■□□□ 1.13
VPS53Q5VIR6 RRN3-205ENST00000563559 2128 ntTSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.13
VPS53Q5VIR6 CYB561D2-210ENST00000607121 1004 ntTSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.13
VPS53Q5VIR6 AC010240.3-201ENST00000607688 395 ntBASIC22.14■■□□□ 1.13
VPS53Q5VIR6 AL157888.1-201ENST00000631930 593 ntBASIC22.14■■□□□ 1.13
VPS53Q5VIR6 SMARCD1-201ENST00000381513 3237 ntTSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
VPS53Q5VIR6 POLR2C-201ENST00000219252 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
VPS53Q5VIR6 FAM49B-214ENST00000519540 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
VPS53Q5VIR6 PRELID3A-209ENST00000592149 2001 ntTSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.13
VPS53Q5VIR6 KRT8P7-201ENST00000533003 1432 ntBASIC22.14■■□□□ 1.13
VPS53Q5VIR6 AC112777.1-201ENST00000540175 1423 ntBASIC22.14■■□□□ 1.13
VPS53Q5VIR6 CORO6-212ENST00000584969 1416 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.13
VPS53Q5VIR6 DMRT3-201ENST00000190165 2183 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
VPS53Q5VIR6 MMD2-202ENST00000404774 2415 ntTSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
VPS53Q5VIR6 PDE9A-209ENST00000398227 1606 ntTSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
VPS53Q5VIR6 ASB7-203ENST00000558747 2133 ntTSL 5 BASIC22.13■■□□□ 1.13
VPS53Q5VIR6 ZNF302-206ENST00000505242 2849 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
VPS53Q5VIR6 AC008764.1-201ENST00000409035 2567 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
VPS53Q5VIR6 MFSD10-205ENST00000507555 1573 ntTSL 5 BASIC22.13■■□□□ 1.13
VPS53Q5VIR6 ELOC-209ENST00000602840 2780 ntTSL 5 BASIC22.13■■□□□ 1.13
VPS53Q5VIR6 EDARADD-201ENST00000334232 858 ntTSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
VPS53Q5VIR6 GYG2P1-201ENST00000357871 623 ntTSL 3 BASIC22.13■■□□□ 1.13
VPS53Q5VIR6 GUK1-204ENST00000366721 689 ntTSL 3 BASIC22.13■■□□□ 1.13
VPS53Q5VIR6 SYCE1L-201ENST00000378644 858 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.13■■□□□ 1.13
VPS53Q5VIR6 CT47A4-201ENST00000415858 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
VPS53Q5VIR6 CT47A9-201ENST00000417256 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
VPS53Q5VIR6 CT47A6-201ENST00000419194 1298 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.13■■□□□ 1.13
VPS53Q5VIR6 CT47A10-201ENST00000430448 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
VPS53Q5VIR6 AC003075.1-204ENST00000433005 540 ntTSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
VPS53Q5VIR6 CT47A5-201ENST00000439466 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
VPS53Q5VIR6 CT47A3-201ENST00000441330 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
VPS53Q5VIR6 CT47A8-201ENST00000457977 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
VPS53Q5VIR6 CT47A2-201ENST00000458218 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
VPS53Q5VIR6 FIS1-207ENST00000474120 915 ntTSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
VPS53Q5VIR6 AC063952.2-201ENST00000498792 1227 ntBASIC22.13■■□□□ 1.13
VPS53Q5VIR6 MYC-208ENST00000641036 567 ntBASIC22.13■■□□□ 1.13
VPS53Q5VIR6 SYT17-207ENST00000568115 1721 ntTSL 5 BASIC22.13■■□□□ 1.13
VPS53Q5VIR6 ENDOV-225ENST00000522751 1475 ntTSL 5 BASIC22.13■■□□□ 1.13
VPS53Q5VIR6 FAM46A-203ENST00000369756 5537 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
VPS53Q5VIR6 TTC3-203ENST00000399010 2115 ntTSL 5 BASIC22.13■■□□□ 1.13
VPS53Q5VIR6 STRN3-202ENST00000357479 2799 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.13■■□□□ 1.13
VPS53Q5VIR6 C4orf32-201ENST00000309733 8901 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
VPS53Q5VIR6 EDEM1-201ENST00000256497 6146 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
VPS53Q5VIR6 BIRC8-201ENST00000426466 2026 ntAPPRIS P1 BASIC22.13■■□□□ 1.13
VPS53Q5VIR6 TCF25-225ENST00000614813 2047 ntTSL 5 BASIC22.13■■□□□ 1.13
VPS53Q5VIR6 PCDHB2-202ENST00000622947 2231 ntTSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
VPS53Q5VIR6 UROS-202ENST00000368778 1556 ntTSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
VPS53Q5VIR6 PCSK5-202ENST00000376767 2845 ntTSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
VPS53Q5VIR6 KCNQ2-218ENST00000629676 2399 ntTSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
VPS53Q5VIR6 GSTM4-201ENST00000326729 1321 ntTSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
VPS53Q5VIR6 STEAP1B-201ENST00000404369 1515 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
VPS53Q5VIR6 ZNF419-205ENST00000424930 2323 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
VPS53Q5VIR6 FAM219B-204ENST00000563119 2721 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
VPS53Q5VIR6 RBM7-201ENST00000375490 2064 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
VPS53Q5VIR6 UXT-201ENST00000333119 574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
VPS53Q5VIR6 TSPAN14-202ENST00000341863 1037 ntTSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 30.5 ms