Protein–RNA interactions for Protein: Q00056

HOXA4, Homeobox protein Hox-A4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 320 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXA4Q00056 AC090340.1-201ENST00000620778 4980 ntBASIC15.58■□□□□ 0.09
HOXA4Q00056 HEXIM2-201ENST00000307275 1528 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.58■□□□□ 0.09
HOXA4Q00056 GPR135-201ENST00000395116 4578 ntAPPRIS P1 BASIC15.58■□□□□ 0.09
HOXA4Q00056 NCF1B-201ENST00000423083 1516 ntTSL 2 BASIC15.58■□□□□ 0.09
HOXA4Q00056 GAS7-210ENST00000579158 1528 ntTSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.09
HOXA4Q00056 TIMM13-201ENST00000215570 1973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.09
HOXA4Q00056 ELL2-201ENST00000237853 6046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.09
HOXA4Q00056 FAM49B-214ENST00000519540 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.09
HOXA4Q00056 ZNF692-204ENST00000451251 2065 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.58■□□□□ 0.09
HOXA4Q00056 JPT1-203ENST00000409753 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.09
HOXA4Q00056 TTC3-203ENST00000399010 2115 ntTSL 5 BASIC15.58■□□□□ 0.08
HOXA4Q00056 OGFOD3-202ENST00000329197 1652 ntTSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
HOXA4Q00056 MINPP1-201ENST00000371994 2183 ntTSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
HOXA4Q00056 AGO3-202ENST00000324350 1726 ntTSL 2 BASIC15.58■□□□□ 0.08
HOXA4Q00056 CD276-201ENST00000318424 2738 ntTSL 5 BASIC15.58■□□□□ 0.08
HOXA4Q00056 SORCS3-202ENST00000369701 5757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
HOXA4Q00056 AC093620.1-201ENST00000342963 583 ntTSL 3 BASIC15.58■□□□□ 0.08
HOXA4Q00056 SDCBP2-203ENST00000381808 1261 ntTSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
HOXA4Q00056 AL513320.1-201ENST00000435049 622 ntTSL 3 BASIC15.58■□□□□ 0.08
HOXA4Q00056 AL359075.1-203ENST00000462729 1002 ntBASIC15.58■□□□□ 0.08
HOXA4Q00056 AC079385.1-202ENST00000549203 569 ntTSL 4 BASIC15.58■□□□□ 0.08
HOXA4Q00056 ULK4P3-205ENST00000568486 1158 ntTSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
HOXA4Q00056 C16orf74-203ENST00000602675 744 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
HOXA4Q00056 C16orf74-206ENST00000602766 832 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC15.58■□□□□ 0.08
HOXA4Q00056 GNAS-AS1-202ENST00000443966 2341 ntTSL 5 BASIC15.58■□□□□ 0.08
HOXA4Q00056 URI1-202ENST00000392271 3444 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
HOXA4Q00056 MMD2-202ENST00000404774 2415 ntTSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
HOXA4Q00056 TMEM206-201ENST00000261455 2475 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
HOXA4Q00056 SAMD14-203ENST00000503131 1938 ntTSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
HOXA4Q00056 NR1H2-210ENST00000598168 1915 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.58■□□□□ 0.08
HOXA4Q00056 KLHDC4-227ENST00000622456 1422 ntTSL 5 BASIC15.58■□□□□ 0.08
HOXA4Q00056 HIC1-202ENST00000399849 3156 ntTSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
HOXA4Q00056 CLK1-205ENST00000434813 2026 ntTSL 2 BASIC15.58■□□□□ 0.08
HOXA4Q00056 KCNN4-209ENST00000615047 2029 ntTSL 5 BASIC15.58■□□□□ 0.08
HOXA4Q00056 CTNNBL1-204ENST00000405275 2076 ntTSL 5 BASIC15.58■□□□□ 0.08
HOXA4Q00056 EFEMP2-210ENST00000528176 1504 ntTSL 5 BASIC15.58■□□□□ 0.08
HOXA4Q00056 LGI4-201ENST00000310123 2814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
HOXA4Q00056 PRDX3-201ENST00000298510 1591 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
HOXA4Q00056 AZIN1-201ENST00000337198 4721 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
HOXA4Q00056 MYLKP1-201ENST00000509077 1580 ntBASIC15.58■□□□□ 0.08
HOXA4Q00056 C5orf30-203ENST00000515669 1573 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.58■□□□□ 0.08
HOXA4Q00056 PCBP3-206ENST00000400314 2202 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.58■□□□□ 0.08
HOXA4Q00056 EEF1D-205ENST00000442189 2207 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
HOXA4Q00056 CIRBP-202ENST00000413636 1606 ntTSL 2 BASIC15.57■□□□□ 0.08
HOXA4Q00056 FGFR1-206ENST00000397091 5702 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
HOXA4Q00056 MROH1-202ENST00000423230 1712 ntTSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
HOXA4Q00056 PRDM12-201ENST00000253008 2476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
HOXA4Q00056 JAM2-202ENST00000400532 1757 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
HOXA4Q00056 SCYL1-203ENST00000420247 2583 ntTSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
HOXA4Q00056 PANX1-202ENST00000436171 2750 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
HOXA4Q00056 TRPM2-202ENST00000300482 5989 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
HOXA4Q00056 ESPNP-201ENST00000270691 2015 ntBASIC15.57■□□□□ 0.08
HOXA4Q00056 PHYKPL-201ENST00000308158 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
HOXA4Q00056 FBXO24-202ENST00000427939 2087 ntTSL 2 BASIC15.57■□□□□ 0.08
HOXA4Q00056 PTCRA-201ENST00000304672 1080 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
HOXA4Q00056 NDUFA12-201ENST00000327772 635 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
HOXA4Q00056 APCDD1-201ENST00000355285 3809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
HOXA4Q00056 ANKRD20A18P-201ENST00000359341 492 ntBASIC15.57■□□□□ 0.08
HOXA4Q00056 TSPY8-202ENST00000383000 1125 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
HOXA4Q00056 TSPY2-202ENST00000383042 1125 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
HOXA4Q00056 AK4P3-201ENST00000418260 669 ntBASIC15.57■□□□□ 0.08
HOXA4Q00056 TSPY3-201ENST00000424594 1125 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
HOXA4Q00056 AC074183.1-201ENST00000439105 782 ntTSL 5 BASIC15.57■□□□□ 0.08
HOXA4Q00056 PTCRA-202ENST00000441198 1005 ntTSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
HOXA4Q00056 BX664615.1-201ENST00000443558 458 ntBASIC15.57■□□□□ 0.08
HOXA4Q00056 TSPY10-202ENST00000444056 1125 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
HOXA4Q00056 PTCRA-203ENST00000446507 759 ntTSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
HOXA4Q00056 DUX4L26-201ENST00000489078 1255 ntBASIC15.57■□□□□ 0.08
HOXA4Q00056 DEUP1-206ENST00000530273 410 ntTSL 3 BASIC15.57■□□□□ 0.08
HOXA4Q00056 REEP1-207ENST00000535845 1196 ntTSL 2 BASIC15.57■□□□□ 0.08
HOXA4Q00056 USF2-205ENST00000594064 1179 ntTSL 2 BASIC15.57■□□□□ 0.08
HOXA4Q00056 AL157888.1-201ENST00000631930 593 ntBASIC15.57■□□□□ 0.08
HOXA4Q00056 TUBA4A-201ENST00000248437 2162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
HOXA4Q00056 L3HYPDH-201ENST00000247194 1527 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
HOXA4Q00056 PLPP4-202ENST00000398250 1521 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
HOXA4Q00056 CYP51A1P1-201ENST00000492267 1507 ntBASIC15.57■□□□□ 0.08
HOXA4Q00056 ARID1B-202ENST00000346085 10194 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
HOXA4Q00056 ANXA3-201ENST00000264908 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
HOXA4Q00056 KANK1-204ENST00000382293 5249 ntTSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
HOXA4Q00056 NRN1-204ENST00000622188 1795 ntTSL 2 BASIC15.57■□□□□ 0.08
HOXA4Q00056 DHRS12-201ENST00000218981 1970 ntTSL 2 BASIC15.56■□□□□ 0.08
HOXA4Q00056 PLEKHG5-212ENST00000537245 4794 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.56■□□□□ 0.08
HOXA4Q00056 CCDC34-201ENST00000317945 2109 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
HOXA4Q00056 SLC6A17-201ENST00000331565 6427 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.56■□□□□ 0.08
HOXA4Q00056 CCDC17-209ENST00000528266 2181 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.56■□□□□ 0.08
HOXA4Q00056 GSEC-201ENST00000626810 2289 ntTSL 2 BASIC15.56■□□□□ 0.08
HOXA4Q00056 CHRNB1-201ENST00000306071 2557 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
HOXA4Q00056 KIAA1522-202ENST00000373480 5294 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
HOXA4Q00056 KIAA1522-203ENST00000373481 5293 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.56■□□□□ 0.08
HOXA4Q00056 CYB561D2-201ENST00000232508 1225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
HOXA4Q00056 MRPL52-201ENST00000311892 1042 ntTSL 3 BASIC15.56■□□□□ 0.08
HOXA4Q00056 NME1-202ENST00000336097 986 ntTSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
HOXA4Q00056 GUCA2B-201ENST00000372581 597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
HOXA4Q00056 MED4-202ENST00000378586 931 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.56■□□□□ 0.08
HOXA4Q00056 NME1-203ENST00000393196 940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
HOXA4Q00056 CDKN2AIPNL-202ENST00000458198 1223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
HOXA4Q00056 LINC00599-204ENST00000521242 716 ntTSL 3 BASIC15.56■□□□□ 0.08
HOXA4Q00056 NDUFB10-202ENST00000543683 830 ntTSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
HOXA4Q00056 MTHFS-202ENST00000559722 948 ntTSL 2 BASIC15.56■□□□□ 0.08
HOXA4Q00056 AC015961.2-201ENST00000589281 701 ntTSL 3 BASIC15.56■□□□□ 0.08
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 25.5 ms