Protein–RNA interactions for Protein: P31274

HOXC9, Homeobox protein Hox-C9, humanhuman

Predictions only

Length 260 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXC9P31274 ODF3B-205ENST00000428989 762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
HOXC9P31274 LINC00595-207ENST00000476909 792 ntTSL 2 BASIC24.26■■□□□ 1.47
HOXC9P31274 TTLL12-204ENST00000494035 888 ntTSL 2 BASIC24.26■■□□□ 1.47
HOXC9P31274 C1QB-203ENST00000509305 1254 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
HOXC9P31274 MIEN1-205ENST00000577810 806 ntTSL 3 BASIC24.26■■□□□ 1.47
HOXC9P31274 C19orf25-210ENST00000591027 574 ntTSL 4 BASIC24.26■■□□□ 1.47
HOXC9P31274 AC011467.2-201ENST00000598425 242 ntBASIC24.26■■□□□ 1.47
HOXC9P31274 GPALPP1-207ENST00000611650 899 ntBASIC24.26■■□□□ 1.47
HOXC9P31274 HOXA11-AS1_5.1-201ENST00000620211 203 ntBASIC24.26■■□□□ 1.47
HOXC9P31274 RGS11-204ENST00000397770 2390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
HOXC9P31274 ZNF787-202ENST00000587279 1657 ntTSL 2 BASIC24.26■■□□□ 1.47
HOXC9P31274 NEIL3-201ENST00000264596 2408 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
HOXC9P31274 IDH3G-202ENST00000370092 1712 ntTSL 5 BASIC24.26■■□□□ 1.47
HOXC9P31274 CDCA4-201ENST00000336219 2513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
HOXC9P31274 KLF6-204ENST00000469435 2169 ntTSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
HOXC9P31274 TBXA2R-201ENST00000375190 2608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
HOXC9P31274 PLA2G7-201ENST00000274793 1882 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
HOXC9P31274 ATPIF1-202ENST00000465645 1855 ntTSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
HOXC9P31274 TRABD2A-202ENST00000409133 1554 ntTSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
HOXC9P31274 REEP2-201ENST00000254901 2099 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
HOXC9P31274 NMRK1-203ENST00000376811 2050 ntTSL 2 BASIC24.25■■□□□ 1.47
HOXC9P31274 GPATCH3-201ENST00000361720 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
HOXC9P31274 FAM72C-201ENST00000369175 1658 ntTSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
HOXC9P31274 ENOPH1-202ENST00000505846 1689 ntTSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
HOXC9P31274 ZDHHC3-205ENST00000424952 2687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
HOXC9P31274 MROH1-202ENST00000423230 1712 ntTSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
HOXC9P31274 AC005082.1-201ENST00000413042 2259 ntBASIC24.25■■□□□ 1.47
HOXC9P31274 GSDMD-201ENST00000262580 1762 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
HOXC9P31274 SEPT9-246ENST00000592951 1793 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.25■■□□□ 1.47
HOXC9P31274 RBM17P3-201ENST00000417687 1192 ntBASIC24.25■■□□□ 1.47
HOXC9P31274 CAMTA1-IT1-201ENST00000427317 365 ntTSL 3 BASIC24.25■■□□□ 1.47
HOXC9P31274 NICN1-204ENST00000436744 1271 ntTSL 2 BASIC24.25■■□□□ 1.47
HOXC9P31274 AC243547.2-201ENST00000616257 234 ntTSL 3 BASIC24.25■■□□□ 1.47
HOXC9P31274 GDPD1-201ENST00000284116 1821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
HOXC9P31274 MSL1-206ENST00000579565 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
HOXC9P31274 NSUN2-206ENST00000506139 2619 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.25■■□□□ 1.47
HOXC9P31274 TPCN2-208ENST00000637342 2856 ntTSL 5 BASIC24.25■■□□□ 1.47
HOXC9P31274 LGR4-201ENST00000379214 5206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
HOXC9P31274 DHRS12-201ENST00000218981 1970 ntTSL 2 BASIC24.24■■□□□ 1.47
HOXC9P31274 SSSCA1-201ENST00000309328 698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
HOXC9P31274 NSMF-206ENST00000371475 2987 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
HOXC9P31274 HNRNPDP1-201ENST00000439535 754 ntBASIC24.24■■□□□ 1.47
HOXC9P31274 ZNF436-AS1-203ENST00000454117 997 ntTSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
HOXC9P31274 RNPS1P1-201ENST00000507437 918 ntBASIC24.24■■□□□ 1.47
HOXC9P31274 TCTN1-223ENST00000550703 2149 ntTSL 2 BASIC24.24■■□□□ 1.47
HOXC9P31274 RNPS1-222ENST00000567147 830 ntTSL 3 BASIC24.24■■□□□ 1.47
HOXC9P31274 EPN3-216ENST00000537145 2223 ntTSL 5 BASIC24.24■■□□□ 1.47
HOXC9P31274 NISCH-201ENST00000345716 5238 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
HOXC9P31274 ZRSR2-201ENST00000307771 1491 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
HOXC9P31274 SLC22A1-201ENST00000324965 1521 ntTSL 5 BASIC24.24■■□□□ 1.47
HOXC9P31274 KLK5-201ENST00000336334 1563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
HOXC9P31274 SEMA3D-202ENST00000444867 1605 ntTSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
HOXC9P31274 GAS2L1-208ENST00000616432 2925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
HOXC9P31274 KLHL7-201ENST00000322275 969 ntTSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
HOXC9P31274 OTOS-202ENST00000391989 645 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.23■■□□□ 1.47
HOXC9P31274 FAM3A-205ENST00000393572 1041 ntTSL 2 BASIC24.23■■□□□ 1.47
HOXC9P31274 PMS2P1-201ENST00000431037 1228 ntBASIC24.23■■□□□ 1.47
HOXC9P31274 AC139887.2-202ENST00000507446 534 ntTSL 4 BASIC24.23■■□□□ 1.47
HOXC9P31274 MCCC2-205ENST00000509358 1214 ntTSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
HOXC9P31274 ANKRD34C-AS1-205ENST00000560452 576 ntTSL 4 BASIC24.23■■□□□ 1.47
HOXC9P31274 HEXA-210ENST00000567213 1000 ntTSL 3 BASIC24.23■■□□□ 1.47
HOXC9P31274 MTDHP3-201ENST00000594186 672 ntBASIC24.23■■□□□ 1.47
HOXC9P31274 AC005632.4-201ENST00000613759 431 ntTSL 3 BASIC24.23■■□□□ 1.47
HOXC9P31274 FAM237A-203ENST00000543490 1376 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.23■■□□□ 1.47
HOXC9P31274 BST1-201ENST00000265016 1480 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
HOXC9P31274 HSD11B1L-223ENST00000616276 1580 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.23■■□□□ 1.47
HOXC9P31274 SAMD11-216ENST00000620200 1874 ntTSL 5 BASIC24.23■■□□□ 1.47
HOXC9P31274 FXYD6-211ENST00000539526 2132 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
HOXC9P31274 WNT7B-202ENST00000409496 2285 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC24.23■■□□□ 1.47
HOXC9P31274 COL9A3-201ENST00000343916 2485 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
HOXC9P31274 PTPRJ-208ENST00000615445 4773 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.22■■□□□ 1.47
HOXC9P31274 FNDC11-204ENST00000615526 2954 ntAPPRIS P1 BASIC24.22■■□□□ 1.47
HOXC9P31274 VAV1-210ENST00000602142 2620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
HOXC9P31274 ZNF324B-202ENST00000545523 2368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
HOXC9P31274 ANXA8-202ENST00000583448 1971 ntTSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
HOXC9P31274 MRM2-203ENST00000440306 1570 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.22■■□□□ 1.47
HOXC9P31274 CCDC188-201ENST00000439765 1475 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.22■■□□□ 1.47
HOXC9P31274 PAN3-AS1-201ENST00000563843 1351 ntBASIC24.22■■□□□ 1.47
HOXC9P31274 RBPMS-203ENST00000339877 1341 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
HOXC9P31274 NUDT6-201ENST00000304430 1169 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
HOXC9P31274 SMIM29-201ENST00000335352 1160 ntTSL 2 BASIC24.22■■□□□ 1.47
HOXC9P31274 AC131097.3-201ENST00000413820 1228 ntTSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
HOXC9P31274 DANCR-204ENST00000444958 709 ntTSL 3 BASIC24.22■■□□□ 1.47
HOXC9P31274 CNOT8-225ENST00000524105 904 ntTSL 2 BASIC24.22■■□□□ 1.47
HOXC9P31274 AP000688.1-201ENST00000535199 1221 ntTSL 2 BASIC24.22■■□□□ 1.47
HOXC9P31274 MTUS2-205ENST00000542829 1165 ntTSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
HOXC9P31274 TSPY4-205ENST00000640033 663 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.22■■□□□ 1.47
HOXC9P31274 DMWD-202ENST00000377735 3292 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.22■■□□□ 1.47
HOXC9P31274 TTC7A-201ENST00000319190 5157 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.22■■□□□ 1.47
HOXC9P31274 ADAP1-216ENST00000539900 2178 ntTSL 2 BASIC24.22■■□□□ 1.47
HOXC9P31274 ASZ1-201ENST00000284629 1865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
HOXC9P31274 SEPT11-209ENST00000510515 1886 ntTSL 2 BASIC24.21■■□□□ 1.47
HOXC9P31274 HEXDC-203ENST00000577944 1820 ntTSL 5 BASIC24.21■■□□□ 1.47
HOXC9P31274 LEXM-201ENST00000358193 1777 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
HOXC9P31274 AC063977.6-201ENST00000600074 1763 ntTSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
HOXC9P31274 FOXN3-214ENST00000557258 2692 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
HOXC9P31274 MUS81-201ENST00000308110 2392 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
HOXC9P31274 WHAMM-201ENST00000286760 5101 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
HOXC9P31274 FBXO24-201ENST00000241071 2276 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
HOXC9P31274 PTH2-201ENST00000270631 459 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 48.4 ms