Protein–RNA interactions for Protein: P02462

COL4A1, Collagen alpha-1(IV) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,669 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL4A1P02462 LINC01956-202ENST00000584273 612 ntTSL 3 BASIC22.37■■□□□ 1.17
COL4A1P02462 RLN3-202ENST00000585987 541 ntTSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
COL4A1P02462 HCK-202ENST00000375852 2082 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
COL4A1P02462 FAM237A-203ENST00000543490 1376 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.37■■□□□ 1.17
COL4A1P02462 CASC2-205ENST00000454781 2216 ntTSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
COL4A1P02462 CBLN2-201ENST00000269503 2945 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
COL4A1P02462 BRSK2-208ENST00000528841 3586 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
COL4A1P02462 KCNMA1-252ENST00000639120 2308 ntTSL 5 BASIC22.37■■□□□ 1.17
COL4A1P02462 DHRS7B-206ENST00000579303 1479 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.36■■□□□ 1.17
COL4A1P02462 FIP1L1-202ENST00000337488 2198 ntTSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
COL4A1P02462 LGI3-202ENST00000424267 3114 ntTSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
COL4A1P02462 C18orf32-201ENST00000318240 1128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
COL4A1P02462 METTL21A-205ENST00000426075 1051 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.36■■□□□ 1.17
COL4A1P02462 CAMTA1-IT1-201ENST00000427317 365 ntTSL 3 BASIC22.36■■□□□ 1.17
COL4A1P02462 MTCL1P1-201ENST00000446207 792 ntBASIC22.36■■□□□ 1.17
COL4A1P02462 AC008610.1-201ENST00000504573 393 ntTSL 2 BASIC22.36■■□□□ 1.17
COL4A1P02462 HEXA-210ENST00000567213 1000 ntTSL 3 BASIC22.36■■□□□ 1.17
COL4A1P02462 C19orf25-210ENST00000591027 574 ntTSL 4 BASIC22.36■■□□□ 1.17
COL4A1P02462 TSPAN32-201ENST00000182290 1318 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
COL4A1P02462 TSPAN32-217ENST00000612299 1301 ntTSL 5 BASIC22.36■■□□□ 1.17
COL4A1P02462 C5orf30-203ENST00000515669 1573 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.36■■□□□ 1.17
COL4A1P02462 CLINT1-207ENST00000523908 2346 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
COL4A1P02462 NKX6-1-201ENST00000295886 2628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
COL4A1P02462 SMARCD3-202ENST00000356800 1669 ntTSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
COL4A1P02462 TNFSF14-202ENST00000599359 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
COL4A1P02462 CHEK2-202ENST00000348295 1771 ntTSL 5 BASIC22.36■■□□□ 1.17
COL4A1P02462 CTNNBL1-204ENST00000405275 2076 ntTSL 5 BASIC22.36■■□□□ 1.17
COL4A1P02462 RPS19BP1-201ENST00000334678 927 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
COL4A1P02462 BOLA1-202ENST00000369152 859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
COL4A1P02462 TLE1-202ENST00000376484 666 ntTSL 3 BASIC22.36■■□□□ 1.17
COL4A1P02462 SATB1-AS1-201ENST00000414198 737 ntTSL 2 BASIC22.36■■□□□ 1.17
COL4A1P02462 PITPNA-AS1-201ENST00000425081 542 ntTSL 2 BASIC22.36■■□□□ 1.17
COL4A1P02462 AC104532.1-201ENST00000588891 580 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC22.36■■□□□ 1.17
COL4A1P02462 SLC27A3-214ENST00000624995 2413 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
COL4A1P02462 LPCAT3-201ENST00000261407 2268 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
COL4A1P02462 ACD-202ENST00000393919 1974 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
COL4A1P02462 ESYT3-201ENST00000289135 1356 ntTSL 5 BASIC22.35■■□□□ 1.17
COL4A1P02462 AC011840.1-202ENST00000436477 1351 ntTSL 2 BASIC22.35■■□□□ 1.17
COL4A1P02462 FAM157B-201ENST00000446912 1795 ntTSL 2 BASIC22.35■■□□□ 1.17
COL4A1P02462 WDR18-204ENST00000587001 1465 ntTSL 5 BASIC22.35■■□□□ 1.17
COL4A1P02462 PTOV1-AS1-201ENST00000596521 2155 ntTSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
COL4A1P02462 CRYL1-202ENST00000382812 1581 ntTSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
COL4A1P02462 TRABD2A-202ENST00000409133 1554 ntTSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
COL4A1P02462 ZAR1L-202ENST00000533490 1564 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.35■■□□□ 1.17
COL4A1P02462 SLC9A3R1-202ENST00000413388 1285 ntTSL 2 BASIC22.35■■□□□ 1.17
COL4A1P02462 RNPS1-222ENST00000567147 830 ntTSL 3 BASIC22.35■■□□□ 1.17
COL4A1P02462 MIMT1-202ENST00000599641 1290 ntTSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
COL4A1P02462 AC009154.2-201ENST00000621177 724 ntBASIC22.35■■□□□ 1.17
COL4A1P02462 TMTC1-203ENST00000539277 2758 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
COL4A1P02462 VBP1-201ENST00000286428 1686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
COL4A1P02462 ACBD6-201ENST00000367595 1670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
COL4A1P02462 FLT3LG-204ENST00000595510 1301 ntTSL 5 BASIC22.35■■□□□ 1.17
COL4A1P02462 AP3S1-201ENST00000316788 1730 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
COL4A1P02462 FBXL20-205ENST00000583610 1739 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.35■■□□□ 1.17
COL4A1P02462 SEPT2-208ENST00000407971 3267 ntTSL 5 BASIC22.35■■□□□ 1.17
COL4A1P02462 STARD3-201ENST00000336308 2132 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
COL4A1P02462 FBXL19-207ENST00000565690 2570 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.35■■□□□ 1.17
COL4A1P02462 MSL1-206ENST00000579565 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
COL4A1P02462 METRNL-203ENST00000571814 1900 ntTSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
COL4A1P02462 DPM3-201ENST00000341298 486 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
COL4A1P02462 DRAP1-202ENST00000376991 819 ntTSL 5 BASIC22.34■■□□□ 1.17
COL4A1P02462 IGHV3-15-201ENST00000390603 437 ntAPPRIS P1 BASIC22.34■■□□□ 1.17
COL4A1P02462 SMIM4-202ENST00000476842 522 ntTSL 4 BASIC22.34■■□□□ 1.17
COL4A1P02462 AC104758.1-202ENST00000568184 602 ntTSL 3 BASIC22.34■■□□□ 1.17
COL4A1P02462 LITAF-211ENST00000572255 516 ntTSL 4 BASIC22.34■■□□□ 1.17
COL4A1P02462 LITAF-215ENST00000574763 717 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.34■■□□□ 1.17
COL4A1P02462 AC011467.2-201ENST00000598425 242 ntBASIC22.34■■□□□ 1.17
COL4A1P02462 MBD1-208ENST00000398493 1845 ntTSL 5 BASIC22.34■■□□□ 1.17
COL4A1P02462 ARRB1-201ENST00000360025 1895 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
COL4A1P02462 IDS-202ENST00000370441 1399 ntTSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
COL4A1P02462 ABHD11-205ENST00000437775 1447 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
COL4A1P02462 GABRG3-206ENST00000555083 1405 ntTSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
COL4A1P02462 HS3ST4-201ENST00000331351 3203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
COL4A1P02462 SIKE1-201ENST00000060969 2190 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
COL4A1P02462 HPDL-201ENST00000334815 1629 ntAPPRIS P1 BASIC22.34■■□□□ 1.17
COL4A1P02462 MXD3-202ENST00000427908 2269 ntTSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
COL4A1P02462 OGFOD2-211ENST00000538628 1696 ntTSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
COL4A1P02462 ZNF787-202ENST00000587279 1657 ntTSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
COL4A1P02462 GAS7-205ENST00000542249 1799 ntTSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
COL4A1P02462 PAFAH1B2-202ENST00000419197 2517 ntTSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
COL4A1P02462 AC027097.1-202ENST00000592201 1954 ntTSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
COL4A1P02462 PMS2P1-201ENST00000431037 1228 ntBASIC22.33■■□□□ 1.17
COL4A1P02462 SMIM29-206ENST00000476320 1297 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.17
COL4A1P02462 BLOC1S1-204ENST00000549147 1229 ntTSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
COL4A1P02462 AC021739.5-201ENST00000558637 494 ntTSL 3 BASIC22.33■■□□□ 1.17
COL4A1P02462 SMAD3-210ENST00000559092 584 ntTSL 4 BASIC22.33■■□□□ 1.17
COL4A1P02462 COL13A1-201ENST00000354547 3027 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.17
COL4A1P02462 OARD1-202ENST00000424266 1337 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.17
COL4A1P02462 NYX-202ENST00000378220 2297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
COL4A1P02462 AC062028.1-203ENST00000447433 1472 ntTSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
COL4A1P02462 VSTM2A-203ENST00000404951 2521 ntTSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.17
COL4A1P02462 CXorf58-201ENST00000379211 1752 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
COL4A1P02462 HTRA4-201ENST00000302495 2095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
COL4A1P02462 ARHGAP22-203ENST00000374172 2380 ntTSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.16
COL4A1P02462 CACNG7-201ENST00000222212 1016 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
COL4A1P02462 CSF3-203ENST00000394148 622 ntTSL 3 BASIC22.33■■□□□ 1.16
COL4A1P02462 AL022314.1-201ENST00000414203 464 ntTSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.16
COL4A1P02462 RBSN-204ENST00000449050 903 ntTSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.16
COL4A1P02462 TTLL12-204ENST00000494035 888 ntTSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.16
COL4A1P02462 PACRGL-218ENST00000507634 1142 ntTSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.16
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 32.8 ms