Protein–RNA interactions for Protein: Q8IX90

SKA3, Spindle and kinetochore-associated protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 412 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SKA3Q8IX90 PCDH1-201ENST00000287008 4793 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.26■□□□□ 0.19
SKA3Q8IX90 MAEA-201ENST00000264750 2058 ntTSL 2 BASIC16.26■□□□□ 0.19
SKA3Q8IX90 HOXA9-201ENST00000343483 2060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
SKA3Q8IX90 PLEKHG5-201ENST00000340850 4715 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.26■□□□□ 0.19
SKA3Q8IX90 PLEKHG5-211ENST00000535355 4725 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.26■□□□□ 0.19
SKA3Q8IX90 TMEM109-201ENST00000227525 2413 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
SKA3Q8IX90 RNF139-201ENST00000303545 2637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
SKA3Q8IX90 ZSWIM8-223ENST00000605216 6004 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
SKA3Q8IX90 TIMM13-201ENST00000215570 1973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
SKA3Q8IX90 MYLKP1-201ENST00000509077 1580 ntBASIC16.26■□□□□ 0.19
SKA3Q8IX90 WIPI1-202ENST00000546360 1575 ntTSL 2 BASIC16.26■□□□□ 0.19
SKA3Q8IX90 B3GNT9-201ENST00000449549 2917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
SKA3Q8IX90 PCOLCE-AS1-201ENST00000442166 2537 ntTSL 2 BASIC16.25■□□□□ 0.19
SKA3Q8IX90 SPATS2L-218ENST00000451764 2250 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.25■□□□□ 0.19
SKA3Q8IX90 RTBDN-201ENST00000322912 1328 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
SKA3Q8IX90 H1FNT-201ENST00000335017 1300 ntAPPRIS P1 BASIC16.25■□□□□ 0.19
SKA3Q8IX90 ST3GAL3-205ENST00000347631 1324 ntTSL 5 BASIC16.25■□□□□ 0.19
SKA3Q8IX90 ARFIP2-204ENST00000445086 1300 ntTSL 2 BASIC16.25■□□□□ 0.19
SKA3Q8IX90 ISL2-201ENST00000290759 1881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
SKA3Q8IX90 BCR-201ENST00000305877 7082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
SKA3Q8IX90 ASXL1-202ENST00000375687 7031 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.25■□□□□ 0.19
SKA3Q8IX90 GTPBP2-202ENST00000307126 2933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
SKA3Q8IX90 SLC25A46-201ENST00000355943 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
SKA3Q8IX90 TMEM160-201ENST00000253047 663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
SKA3Q8IX90 PRDX5-201ENST00000265462 893 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
SKA3Q8IX90 UXT-201ENST00000333119 574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
SKA3Q8IX90 H2AFB2-201ENST00000354514 348 ntAPPRIS P1 BASIC16.25■□□□□ 0.19
SKA3Q8IX90 MED4-202ENST00000378586 931 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.25■□□□□ 0.19
SKA3Q8IX90 DLEU2-203ENST00000425586 1267 ntTSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
SKA3Q8IX90 AC011773.3-202ENST00000549291 790 ntTSL 3 BASIC16.25■□□□□ 0.19
SKA3Q8IX90 FAM181A-203ENST00000556222 1162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
SKA3Q8IX90 TXNL4A-211ENST00000592837 611 ntTSL 2 BASIC16.25■□□□□ 0.19
SKA3Q8IX90 CALM3-208ENST00000596362 1203 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.25■□□□□ 0.19
SKA3Q8IX90 KLK7-206ENST00000597707 1054 ntTSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
SKA3Q8IX90 OBP2B-205ENST00000618116 961 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
SKA3Q8IX90 GOLGA2P10-205ENST00000618267 983 ntTSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
SKA3Q8IX90 SIGIRR-220ENST00000531205 1649 ntTSL 2 BASIC16.25■□□□□ 0.19
SKA3Q8IX90 KRT8P7-201ENST00000533003 1432 ntBASIC16.25■□□□□ 0.19
SKA3Q8IX90 KRT8P50-201ENST00000562022 1438 ntBASIC16.25■□□□□ 0.19
SKA3Q8IX90 TNPO2-203ENST00000450764 4993 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
SKA3Q8IX90 AC107464.1-203ENST00000468356 2120 ntTSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
SKA3Q8IX90 CYR61-201ENST00000451137 2290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
SKA3Q8IX90 MFSD10-205ENST00000507555 1573 ntTSL 5 BASIC16.25■□□□□ 0.19
SKA3Q8IX90 TXNRD3-203ENST00000524230 2950 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
SKA3Q8IX90 CARNS1-205ENST00000531040 2968 ntTSL 5 BASIC16.25■□□□□ 0.19
SKA3Q8IX90 TP53BP2-201ENST00000343537 4651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
SKA3Q8IX90 OSMR-202ENST00000502536 1740 ntTSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
SKA3Q8IX90 CRMP1-202ENST00000397890 2911 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
SKA3Q8IX90 ATRIP-201ENST00000320211 2590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
SKA3Q8IX90 CALHM2-201ENST00000260743 1859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
SKA3Q8IX90 ASZ1-201ENST00000284629 1865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
SKA3Q8IX90 SLC26A11-212ENST00000572725 1862 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
SKA3Q8IX90 AGFG1-201ENST00000310078 8668 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
SKA3Q8IX90 SLC2A11-204ENST00000398356 2388 ntTSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
SKA3Q8IX90 CYP51A1P1-201ENST00000492267 1507 ntBASIC16.24■□□□□ 0.19
SKA3Q8IX90 KLHL31-201ENST00000370905 5743 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
SKA3Q8IX90 CLDN5-202ENST00000406028 2548 ntTSL 2 BASIC16.24■□□□□ 0.19
SKA3Q8IX90 PMEPA1-202ENST00000341744 4845 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
SKA3Q8IX90 CPSF3-201ENST00000238112 2345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
SKA3Q8IX90 ATP6V1D-201ENST00000216442 1845 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
SKA3Q8IX90 NUDT16L1-201ENST00000304301 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
SKA3Q8IX90 CDX1-202ENST00000616154 1343 ntTSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
SKA3Q8IX90 UNKL-204ENST00000389221 5116 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.24■□□□□ 0.19
SKA3Q8IX90 CARHSP1-219ENST00000618335 2972 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC16.24■□□□□ 0.19
SKA3Q8IX90 SLC22A17-204ENST00000397267 2455 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC16.24■□□□□ 0.19
SKA3Q8IX90 TBC1D10C-201ENST00000312390 1497 ntTSL 5 BASIC16.24■□□□□ 0.19
SKA3Q8IX90 MAP4K4-202ENST00000324219 7526 ntTSL 5 BASIC16.24■□□□□ 0.19
SKA3Q8IX90 ADORA1-202ENST00000337894 2919 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.24■□□□□ 0.19
SKA3Q8IX90 KIAA1549-201ENST00000422774 6283 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
SKA3Q8IX90 GAD2-202ENST00000376248 680 ntTSL 5 BASIC16.24■□□□□ 0.19
SKA3Q8IX90 AP000593.1-201ENST00000393668 712 ntBASIC16.24■□□□□ 0.19
SKA3Q8IX90 CD70-202ENST00000423145 881 ntTSL 2 BASIC16.24■□□□□ 0.19
SKA3Q8IX90 GRAMD4P1-201ENST00000435181 1110 ntBASIC16.24■□□□□ 0.19
SKA3Q8IX90 SNCB-205ENST00000510387 730 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.24■□□□□ 0.19
SKA3Q8IX90 CFL2-205ENST00000555765 632 ntTSL 2 BASIC16.24■□□□□ 0.19
SKA3Q8IX90 TMEM220-AS1-201ENST00000579114 575 ntTSL 4 BASIC16.24■□□□□ 0.19
SKA3Q8IX90 NEK4P2-201ENST00000580004 1012 ntBASIC16.24■□□□□ 0.19
SKA3Q8IX90 NUDT16L1-203ENST00000586252 922 ntTSL 3 BASIC16.24■□□□□ 0.19
SKA3Q8IX90 GABBR1-204ENST00000377016 4299 ntTSL 5 BASIC16.24■□□□□ 0.19
SKA3Q8IX90 KRT15-203ENST00000393976 2394 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.24■□□□□ 0.19
SKA3Q8IX90 P2RY6-208ENST00000540124 2351 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
SKA3Q8IX90 AC073508.3-201ENST00000619697 1419 ntBASIC16.24■□□□□ 0.19
SKA3Q8IX90 ABO-203ENST00000611156 1577 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.24■□□□□ 0.19
SKA3Q8IX90 ADAMTS7-201ENST00000388820 5490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
SKA3Q8IX90 SEC61A2-201ENST00000298428 1893 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
SKA3Q8IX90 CCDC17-209ENST00000528266 2181 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.24■□□□□ 0.19
SKA3Q8IX90 LDLRAD4-211ENST00000587757 2171 ntTSL 2 BASIC16.24■□□□□ 0.19
SKA3Q8IX90 NUAK1-201ENST00000261402 6828 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
SKA3Q8IX90 WWOX-214ENST00000566780 2482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
SKA3Q8IX90 VAV1-204ENST00000596764 2775 ntTSL 2 BASIC16.24■□□□□ 0.19
SKA3Q8IX90 EDEM1-204ENST00000445686 1363 ntTSL 2 BASIC16.24■□□□□ 0.19
SKA3Q8IX90 BDKRB1-202ENST00000553356 1526 ntTSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
SKA3Q8IX90 EXTL3-201ENST00000220562 6483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
SKA3Q8IX90 ADAMTS8-201ENST00000257359 4010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
SKA3Q8IX90 ATRIP-202ENST00000346691 2509 ntTSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
SKA3Q8IX90 PGLYRP2-202ENST00000340880 2230 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
SKA3Q8IX90 PPP2R2B-203ENST00000394411 2071 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.23■□□□□ 0.19
SKA3Q8IX90 CLEC10A-201ENST00000254868 1797 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
SKA3Q8IX90 ICA1-208ENST00000407906 1615 ntTSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
SKA3Q8IX90 CASKIN2-205ENST00000581870 1612 ntTSL 2 BASIC16.23■□□□□ 0.19
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 52.7 ms