Protein–RNA interactions for Protein: Q7Z494

NPHP3, Nephrocystin-3, humanhuman

Predictions only

Length 1,330 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NPHP3Q7Z494 DISC1-213ENST00000537876 2349 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.84■■□□□ 1.57
NPHP3Q7Z494 MARC2-202ENST00000366913 2134 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
NPHP3Q7Z494 EPN1-201ENST00000085079 2355 ntTSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
NPHP3Q7Z494 PORCN-205ENST00000367574 1368 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
NPHP3Q7Z494 PORCN-214ENST00000537758 1371 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
NPHP3Q7Z494 SUFU-201ENST00000369899 1839 ntTSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
NPHP3Q7Z494 CORO1B-201ENST00000341356 1881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
NPHP3Q7Z494 KCTD1-202ENST00000408011 2103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
NPHP3Q7Z494 CLK2-202ENST00000361168 1934 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
NPHP3Q7Z494 APOA4-201ENST00000357780 1473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
NPHP3Q7Z494 D2HGDH-201ENST00000321264 2617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
NPHP3Q7Z494 UXT-202ENST00000335890 701 ntTSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
NPHP3Q7Z494 COLEC11-207ENST00000404205 1062 ntTSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
NPHP3Q7Z494 JMJD7-203ENST00000408047 1192 ntTSL 5 BASIC24.84■■□□□ 1.57
NPHP3Q7Z494 C6orf226-201ENST00000408925 552 ntAPPRIS P1 BASIC24.84■■□□□ 1.57
NPHP3Q7Z494 METTL21AP1-201ENST00000438852 635 ntBASIC24.84■■□□□ 1.57
NPHP3Q7Z494 KIAA0930-215ENST00000496226 589 ntTSL 5 BASIC24.84■■□□□ 1.57
NPHP3Q7Z494 AP000442.1-201ENST00000533552 769 ntTSL 5 BASIC24.84■■□□□ 1.57
NPHP3Q7Z494 AC018529.2-201ENST00000612024 828 ntTSL 4 BASIC24.84■■□□□ 1.57
NPHP3Q7Z494 TRIB3-201ENST00000217233 2499 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
NPHP3Q7Z494 PRR23B-201ENST00000329447 1896 ntAPPRIS P1 BASIC24.83■■□□□ 1.57
NPHP3Q7Z494 NRL-206ENST00000561028 2103 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.83■■□□□ 1.57
NPHP3Q7Z494 AC243965.2-201ENST00000612576 2671 ntTSL 5 BASIC24.83■■□□□ 1.57
NPHP3Q7Z494 TMEM79-201ENST00000295694 2191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
NPHP3Q7Z494 FAM193B-217ENST00000514747 2913 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.83■■□□□ 1.56
NPHP3Q7Z494 CLN3-206ENST00000360019 1840 ntTSL 2 BASIC24.83■■□□□ 1.56
NPHP3Q7Z494 HOXD8-203ENST00000450510 1268 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.56
NPHP3Q7Z494 CYMP-203ENST00000474680 1263 ntBASIC24.83■■□□□ 1.56
NPHP3Q7Z494 MSRA-206ENST00000521209 814 ntTSL 3 BASIC24.83■■□□□ 1.56
NPHP3Q7Z494 CPSF1-207ENST00000531727 704 ntTSL 3 BASIC24.83■■□□□ 1.56
NPHP3Q7Z494 MTHFSD-203ENST00000543303 1207 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.56
NPHP3Q7Z494 CHMP1A-208ENST00000550102 803 ntTSL 5 BASIC24.83■■□□□ 1.56
NPHP3Q7Z494 MTHFSD-220ENST00000634347 1207 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.56
NPHP3Q7Z494 NR1H2-210ENST00000598168 1915 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.82■■□□□ 1.56
NPHP3Q7Z494 SEMA6C-210ENST00000621728 1918 ntTSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
NPHP3Q7Z494 DPH1-201ENST00000263083 2221 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
NPHP3Q7Z494 ACTR5-201ENST00000243903 2565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
NPHP3Q7Z494 SERPINH1-215ENST00000533603 2299 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.82■■□□□ 1.56
NPHP3Q7Z494 ZNF517-202ENST00000525105 1383 ntTSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
NPHP3Q7Z494 AL024508.2-201ENST00000607749 1894 ntBASIC24.82■■□□□ 1.56
NPHP3Q7Z494 CAMK1D-201ENST00000378845 1578 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
NPHP3Q7Z494 HSPA1A-202ENST00000608703 1909 ntTSL 2 BASIC24.82■■□□□ 1.56
NPHP3Q7Z494 PDE9A-205ENST00000349112 1616 ntTSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
NPHP3Q7Z494 EXOSC5-201ENST00000221233 1118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
NPHP3Q7Z494 ZNF593-201ENST00000270812 698 ntTSL 2 BASIC24.82■■□□□ 1.56
NPHP3Q7Z494 HELT-201ENST00000338875 1008 ntTSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
NPHP3Q7Z494 PDHA1-203ENST00000379805 734 ntTSL 2 BASIC24.82■■□□□ 1.56
NPHP3Q7Z494 SMIM11A-202ENST00000399295 1074 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.82■■□□□ 1.56
NPHP3Q7Z494 MRNIP-205ENST00000518235 1244 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.82■■□□□ 1.56
NPHP3Q7Z494 RFPL4AP1-201ENST00000530883 850 ntBASIC24.82■■□□□ 1.56
NPHP3Q7Z494 COPE-211ENST00000600932 1144 ntTSL 5 BASIC24.82■■□□□ 1.56
NPHP3Q7Z494 SMIM11B-207ENST00000624758 1074 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.82■■□□□ 1.56
NPHP3Q7Z494 HOXC6-201ENST00000243108 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
NPHP3Q7Z494 BMS1P4-202ENST00000584747 1716 ntTSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
NPHP3Q7Z494 FNDC8-201ENST00000158009 1388 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
NPHP3Q7Z494 NR1H2-211ENST00000599105 1830 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.81■■□□□ 1.56
NPHP3Q7Z494 SNAI3-201ENST00000332281 1732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
NPHP3Q7Z494 MCL1-201ENST00000307940 1110 ntTSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
NPHP3Q7Z494 LCE1D-201ENST00000326233 430 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.81■■□□□ 1.56
NPHP3Q7Z494 HIST1H2BL-201ENST00000377401 488 ntAPPRIS P1 BASIC24.81■■□□□ 1.56
NPHP3Q7Z494 SHF-202ENST00000458022 1163 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.81■■□□□ 1.56
NPHP3Q7Z494 CDKN2A-209ENST00000498628 926 ntTSL 2 BASIC24.81■■□□□ 1.56
NPHP3Q7Z494 AC068389.2-201ENST00000529518 430 ntTSL 2 BASIC24.81■■□□□ 1.56
NPHP3Q7Z494 AL390334.1-205ENST00000555797 411 ntTSL 3 BASIC24.81■■□□□ 1.56
NPHP3Q7Z494 TMEM220-AS1-202ENST00000580899 561 ntTSL 4 BASIC24.81■■□□□ 1.56
NPHP3Q7Z494 AC010624.2-201ENST00000600998 575 ntTSL 5 BASIC24.81■■□□□ 1.56
NPHP3Q7Z494 BRSK2-212ENST00000531197 3163 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
NPHP3Q7Z494 WFIKKN1-201ENST00000319070 2028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
NPHP3Q7Z494 MEN1-206ENST00000377321 2614 ntTSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
NPHP3Q7Z494 GPN3-202ENST00000537466 1491 ntTSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
NPHP3Q7Z494 UBE2F-205ENST00000414443 2100 ntTSL 2 BASIC24.8■■□□□ 1.56
NPHP3Q7Z494 NKX6-1-202ENST00000515820 2194 ntTSL 3 BASIC24.8■■□□□ 1.56
NPHP3Q7Z494 ABCB8-211ENST00000477092 1596 ntTSL 5 BASIC24.8■■□□□ 1.56
NPHP3Q7Z494 UNC5CL-202ENST00000373164 1620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
NPHP3Q7Z494 POLR2M-206ENST00000494490 1648 ntTSL 5 BASIC24.8■■□□□ 1.56
NPHP3Q7Z494 AC233280.1-201ENST00000423600 1684 ntTSL 2 BASIC24.8■■□□□ 1.56
NPHP3Q7Z494 FIBCD1-201ENST00000372337 1868 ntTSL 5 BASIC24.8■■□□□ 1.56
NPHP3Q7Z494 CYP2E1-205ENST00000463117 1912 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.8■■□□□ 1.56
NPHP3Q7Z494 PLSCR3-212ENST00000576201 1965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
NPHP3Q7Z494 TRIM36-203ENST00000379618 693 ntTSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
NPHP3Q7Z494 PRORY-201ENST00000382764 878 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.8■■□□□ 1.56
NPHP3Q7Z494 SNHG11-205ENST00000421599 1046 ntTSL 3 BASIC24.8■■□□□ 1.56
NPHP3Q7Z494 MEAF6-205ENST00000448519 666 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
NPHP3Q7Z494 EHMT1-216ENST00000493484 1182 ntTSL 3 BASIC24.8■■□□□ 1.56
NPHP3Q7Z494 AC025183.1-201ENST00000506335 425 ntTSL 4 BASIC24.8■■□□□ 1.56
NPHP3Q7Z494 FAU-209ENST00000531743 697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
NPHP3Q7Z494 LINC01413-201ENST00000564843 772 ntTSL 3 BASIC24.8■■□□□ 1.56
NPHP3Q7Z494 CYGB-205ENST00000590175 830 ntTSL 3 BASIC24.8■■□□□ 1.56
NPHP3Q7Z494 AC064836.3-201ENST00000607928 673 ntBASIC24.8■■□□□ 1.56
NPHP3Q7Z494 DPF1-217ENST00000614244 2356 ntTSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
NPHP3Q7Z494 AL157384.1-201ENST00000445995 2473 ntBASIC24.8■■□□□ 1.56
NPHP3Q7Z494 JKAMP-201ENST00000261247 1726 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
NPHP3Q7Z494 TMPRSS2-206ENST00000458356 1701 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.79■■□□□ 1.56
NPHP3Q7Z494 GLIPR2-203ENST00000396613 1917 ntTSL 4 BASIC24.79■■□□□ 1.56
NPHP3Q7Z494 DIO3OS-212ENST00000557661 1937 ntTSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
NPHP3Q7Z494 REV1-201ENST00000258428 4751 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
NPHP3Q7Z494 IKBKG-214ENST00000618670 2069 ntTSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
NPHP3Q7Z494 FAM129C-205ENST00000595684 2265 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
NPHP3Q7Z494 NFKBIE-204ENST00000619360 2327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
NPHP3Q7Z494 ITPKC-201ENST00000263370 3385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 51.6 ms