Protein–RNA interactions for Protein: Q12873

CHD3, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 2,000 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD3Q12873 IKBKG-214ENST00000618670 2069 ntTSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
CHD3Q12873 P2RX5-203ENST00000547178 1998 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
CHD3Q12873 CD7-206ENST00000583376 1659 ntTSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
CHD3Q12873 BDKRB1-202ENST00000553356 1526 ntTSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
CHD3Q12873 ESPN-205ENST00000461727 1869 ntTSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
CHD3Q12873 DBNDD2-202ENST00000360981 1078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
CHD3Q12873 MRPS15-201ENST00000373116 1006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
CHD3Q12873 AL645929.1-201ENST00000420084 975 ntBASIC15.78■□□□□ 0.12
CHD3Q12873 RPS15A-205ENST00000565420 802 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.78■□□□□ 0.12
CHD3Q12873 AC068587.9-201ENST00000641814 219 ntBASIC15.78■□□□□ 0.12
CHD3Q12873 AL512380.2-201ENST00000637901 1780 ntTSL 5 BASIC15.78■□□□□ 0.12
CHD3Q12873 KCNMA1-261ENST00000639486 8850 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.78■□□□□ 0.12
CHD3Q12873 SCD5-201ENST00000273908 1995 ntTSL 2 BASIC15.78■□□□□ 0.12
CHD3Q12873 UBE2I-203ENST00000397514 2976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
CHD3Q12873 NTMT1-203ENST00000372483 1315 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
CHD3Q12873 IGDCC4-201ENST00000352385 6508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
CHD3Q12873 CALB2-202ENST00000349553 1373 ntTSL 5 BASIC15.78■□□□□ 0.12
CHD3Q12873 SDF4-201ENST00000263741 2079 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
CHD3Q12873 SERPINH1-215ENST00000533603 2299 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.78■□□□□ 0.12
CHD3Q12873 NDUFS7-201ENST00000233627 1039 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
CHD3Q12873 BEX1-201ENST00000372728 864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
CHD3Q12873 IMP3-202ENST00000403490 1237 ntAPPRIS P1 BASIC15.78■□□□□ 0.12
CHD3Q12873 LINC01237-203ENST00000430555 843 ntTSL 4 BASIC15.78■□□□□ 0.12
CHD3Q12873 AC003075.1-204ENST00000433005 540 ntTSL 2 BASIC15.78■□□□□ 0.12
CHD3Q12873 AC092597.1-201ENST00000487352 616 ntBASIC15.78■□□□□ 0.12
CHD3Q12873 ZNF706-206ENST00000519744 785 ntTSL 3 BASIC15.78■□□□□ 0.12
CHD3Q12873 AK2-210ENST00000548033 936 ntTSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
CHD3Q12873 AC243965.1-201ENST00000557595 781 ntTSL 3 BASIC15.78■□□□□ 0.12
CHD3Q12873 NTF4-201ENST00000593537 932 ntAPPRIS P1 BASIC15.78■□□□□ 0.12
CHD3Q12873 KCNE1B-204ENST00000623803 811 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
CHD3Q12873 AL157888.1-201ENST00000631930 593 ntBASIC15.78■□□□□ 0.12
CHD3Q12873 PGAM1-201ENST00000334828 1830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
CHD3Q12873 ARSA-203ENST00000395619 1824 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.78■□□□□ 0.12
CHD3Q12873 KRT15-203ENST00000393976 2394 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.78■□□□□ 0.12
CHD3Q12873 CHID1-203ENST00000436108 1477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
CHD3Q12873 SOX12-201ENST00000342665 4630 ntAPPRIS P1 BASIC15.78■□□□□ 0.12
CHD3Q12873 LYPD3-201ENST00000244333 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
CHD3Q12873 WWOX-214ENST00000566780 2482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
CHD3Q12873 ERCC2-205ENST00000485403 1538 ntTSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
CHD3Q12873 BUB3-201ENST00000368858 1361 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
CHD3Q12873 ZAR1L-202ENST00000533490 1564 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.78■□□□□ 0.12
CHD3Q12873 ABCG4-206ENST00000622721 2553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
CHD3Q12873 CARHSP1-219ENST00000618335 2972 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC15.77■□□□□ 0.12
CHD3Q12873 RNF146-201ENST00000309649 2624 ntAPPRIS P3 TSL 4 BASIC15.77■□□□□ 0.12
CHD3Q12873 SNX17-201ENST00000233575 2044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
CHD3Q12873 AC034236.2-201ENST00000606662 1610 ntBASIC15.77■□□□□ 0.12
CHD3Q12873 AR-207ENST00000612010 3896 ntTSL 5 BASIC15.77■□□□□ 0.12
CHD3Q12873 HCCS-201ENST00000321143 2277 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.77■□□□□ 0.12
CHD3Q12873 OGFOD2-205ENST00000454694 1488 ntTSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
CHD3Q12873 CENPX-201ENST00000306704 751 ntTSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
CHD3Q12873 AL023284.2-201ENST00000405850 579 ntBASIC15.77■□□□□ 0.12
CHD3Q12873 ELP6-205ENST00000439305 880 ntTSL 2 BASIC15.77■□□□□ 0.12
CHD3Q12873 RPL28-210ENST00000560583 1204 ntTSL 2 BASIC15.77■□□□□ 0.12
CHD3Q12873 AC012615.1-201ENST00000565797 1299 ntBASIC15.77■□□□□ 0.12
CHD3Q12873 NOS1AP-206ENST00000530878 2894 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
CHD3Q12873 ZDHHC5-201ENST00000287169 4666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
CHD3Q12873 ADORA1-202ENST00000337894 2919 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.77■□□□□ 0.12
CHD3Q12873 GORASP1-206ENST00000422110 2523 ntTSL 2 BASIC15.77■□□□□ 0.11
CHD3Q12873 MAPKAPK3-208ENST00000621469 2563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.11
CHD3Q12873 WAC-202ENST00000347934 2839 ntTSL 5 BASIC15.77■□□□□ 0.11
CHD3Q12873 DCLK2-207ENST00000635524 2153 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.77■□□□□ 0.11
CHD3Q12873 KRT8P32-201ENST00000512863 1461 ntBASIC15.77■□□□□ 0.11
CHD3Q12873 FARSA-202ENST00000423140 1720 ntTSL 2 BASIC15.77■□□□□ 0.11
CHD3Q12873 FADS2-209ENST00000521849 1703 ntTSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.11
CHD3Q12873 TBC1D19-201ENST00000264866 2263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.11
CHD3Q12873 RNPS1-224ENST00000569598 918 ntTSL 5 BASIC15.77■□□□□ 0.11
CHD3Q12873 RABAC1-210ENST00000601891 628 ntTSL 3 BASIC15.77■□□□□ 0.11
CHD3Q12873 ANKS3-201ENST00000304283 2662 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.76■□□□□ 0.11
CHD3Q12873 GCDH-216ENST00000591470 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
CHD3Q12873 TSSC4-201ENST00000333256 1686 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
CHD3Q12873 CCSAP-203ENST00000366687 5089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
CHD3Q12873 EPB41L3-207ENST00000545076 3190 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.76■□□□□ 0.11
CHD3Q12873 IGFALS-202ENST00000415638 2136 ntTSL 2 BASIC15.76■□□□□ 0.11
CHD3Q12873 POLR3E-209ENST00000564209 2464 ntTSL 2 BASIC15.76■□□□□ 0.11
CHD3Q12873 TMEM79-203ENST00000405535 2201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
CHD3Q12873 TMEM88-201ENST00000301599 875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
CHD3Q12873 CYHR1-203ENST00000424149 1162 ntTSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
CHD3Q12873 AL591212.1-201ENST00000433646 615 ntTSL 5 BASIC15.76■□□□□ 0.11
CHD3Q12873 AC034232.1-201ENST00000506026 1064 ntBASIC15.76■□□□□ 0.11
CHD3Q12873 AC011773.3-202ENST00000549291 790 ntTSL 3 BASIC15.76■□□□□ 0.11
CHD3Q12873 AC020558.2-201ENST00000582325 795 ntTSL 3 BASIC15.76■□□□□ 0.11
CHD3Q12873 LONP1-215ENST00000593119 2918 ntTSL 2 BASIC15.76■□□□□ 0.11
CHD3Q12873 GLYCTK-202ENST00000436784 1982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
CHD3Q12873 CBSL-210ENST00000624934 1992 ntTSL 5 BASIC15.76■□□□□ 0.11
CHD3Q12873 DTNBP1-203ENST00000355917 1359 ntTSL 5 BASIC15.76■□□□□ 0.11
CHD3Q12873 USP49-202ENST00000373010 2446 ntTSL 5 BASIC15.76■□□□□ 0.11
CHD3Q12873 CACTIN-201ENST00000221899 2797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
CHD3Q12873 ACVR1B-203ENST00000426655 1782 ntTSL 2 BASIC15.76■□□□□ 0.11
CHD3Q12873 AL031598.1-201ENST00000561511 1773 ntBASIC15.76■□□□□ 0.11
CHD3Q12873 MSLN-202ENST00000545450 2162 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
CHD3Q12873 AC106820.2-201ENST00000563775 3264 ntBASIC15.76■□□□□ 0.11
CHD3Q12873 LUC7L-201ENST00000293872 1456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
CHD3Q12873 TBC1D12-201ENST00000225235 5272 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
CHD3Q12873 FAM90A1-201ENST00000307435 2342 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.76■□□□□ 0.11
CHD3Q12873 ACADS-201ENST00000242592 1950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
CHD3Q12873 AL391807.1-203ENST00000604392 2365 ntBASIC15.75■□□□□ 0.11
CHD3Q12873 PARD3-210ENST00000374794 5669 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
CHD3Q12873 TMEM91-210ENST00000542945 1610 ntTSL 2 BASIC15.75■□□□□ 0.11
CHD3Q12873 PTTG1IP-204ENST00000445724 2497 ntTSL 2 BASIC15.75■□□□□ 0.11
CHD3Q12873 DACT2-201ENST00000366795 2942 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.75■□□□□ 0.11
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 27.6 ms