Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y6R9

CCDC61, Coiled-coil domain-containing protein 61, humanhuman

Predictions only

Length 512 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC61Q9Y6R9 LAT-205ENST00000454369 1262 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.09■■□□□ 1.61
CCDC61Q9Y6R9 TRAF3IP2-AS1-208ENST00000525151 609 ntTSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
CCDC61Q9Y6R9 SDR39U1-202ENST00000538105 1041 ntTSL 2 BASIC25.09■■□□□ 1.61
CCDC61Q9Y6R9 AC099811.2-203ENST00000592574 958 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.09■■□□□ 1.61
CCDC61Q9Y6R9 HOXC10-201ENST00000303460 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
CCDC61Q9Y6R9 HTR1E-201ENST00000305344 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
CCDC61Q9Y6R9 SMPD3-203ENST00000563226 2093 ntTSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
CCDC61Q9Y6R9 IRF7-207ENST00000525445 1588 ntTSL 5 BASIC25.09■■□□□ 1.61
CCDC61Q9Y6R9 SPAG1-206ENST00000520643 1723 ntTSL 2 BASIC25.09■■□□□ 1.61
CCDC61Q9Y6R9 STIM2-211ENST00000639195 2265 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
CCDC61Q9Y6R9 NFATC4-223ENST00000555802 1476 ntTSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
CCDC61Q9Y6R9 AC023830.1-201ENST00000569678 1543 ntTSL 2 BASIC25.08■■□□□ 1.61
CCDC61Q9Y6R9 ACOT7-202ENST00000377842 1813 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
CCDC61Q9Y6R9 SULT2B1-201ENST00000201586 1295 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
CCDC61Q9Y6R9 GHSR-201ENST00000241256 1172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
CCDC61Q9Y6R9 MRPL52-202ENST00000355151 1118 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
CCDC61Q9Y6R9 C1QC-201ENST00000374637 1089 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.08■■□□□ 1.61
CCDC61Q9Y6R9 DRAP1-202ENST00000376991 819 ntTSL 5 BASIC25.08■■□□□ 1.61
CCDC61Q9Y6R9 MRPL52-203ENST00000397496 1111 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25.08■■□□□ 1.61
CCDC61Q9Y6R9 MTCL1P1-201ENST00000446207 792 ntBASIC25.08■■□□□ 1.61
CCDC61Q9Y6R9 NDUFB2-209ENST00000472695 503 ntTSL 5 BASIC25.08■■□□□ 1.61
CCDC61Q9Y6R9 TXNRD2-212ENST00000485358 850 ntTSL 2 BASIC25.08■■□□□ 1.61
CCDC61Q9Y6R9 CNOT8-225ENST00000524105 904 ntTSL 2 BASIC25.08■■□□□ 1.61
CCDC61Q9Y6R9 SLC25A1P1-201ENST00000528351 927 ntBASIC25.08■■□□□ 1.61
CCDC61Q9Y6R9 AC092725.1-201ENST00000565783 499 ntTSL 4 BASIC25.08■■□□□ 1.61
CCDC61Q9Y6R9 RLN3-202ENST00000585987 541 ntTSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
CCDC61Q9Y6R9 AL138831.2-201ENST00000606564 490 ntBASIC25.08■■□□□ 1.61
CCDC61Q9Y6R9 LINC01197-204ENST00000611265 956 ntTSL 5 BASIC25.08■■□□□ 1.61
CCDC61Q9Y6R9 YIF1B-204ENST00000392124 1404 ntTSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
CCDC61Q9Y6R9 PPP4R2-201ENST00000356692 4984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.6
CCDC61Q9Y6R9 C16orf59-210ENST00000569496 1911 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.08■■□□□ 1.6
CCDC61Q9Y6R9 NR1H2-210ENST00000598168 1915 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.08■■□□□ 1.6
CCDC61Q9Y6R9 ZNF579-201ENST00000325421 2899 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.07■■□□□ 1.6
CCDC61Q9Y6R9 IMPDH1-214ENST00000496200 2283 ntTSL 2 BASIC25.07■■□□□ 1.6
CCDC61Q9Y6R9 FAM9A-202ENST00000543214 1544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
CCDC61Q9Y6R9 WNT10A-201ENST00000258411 2547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
CCDC61Q9Y6R9 EXOSC5-201ENST00000221233 1118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
CCDC61Q9Y6R9 FAM3A-205ENST00000393572 1041 ntTSL 2 BASIC25.07■■□□□ 1.6
CCDC61Q9Y6R9 PMS2P1-201ENST00000431037 1228 ntBASIC25.07■■□□□ 1.6
CCDC61Q9Y6R9 MEG3-211ENST00000452514 461 ntTSL 3 BASIC25.07■■□□□ 1.6
CCDC61Q9Y6R9 ZNF655-218ENST00000454654 571 ntTSL 4 BASIC25.07■■□□□ 1.6
CCDC61Q9Y6R9 FGFR3P6-201ENST00000457012 610 ntBASIC25.07■■□□□ 1.6
CCDC61Q9Y6R9 AC010226.1-202ENST00000508517 539 ntTSL 2 BASIC25.07■■□□□ 1.6
CCDC61Q9Y6R9 AC009533.2-201ENST00000543664 586 ntBASIC25.07■■□□□ 1.6
CCDC61Q9Y6R9 GZMM-202ENST00000592501 941 ntTSL 3 BASIC25.07■■□□□ 1.6
CCDC61Q9Y6R9 TMED3-201ENST00000299705 1475 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
CCDC61Q9Y6R9 RBPMS-203ENST00000339877 1341 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
CCDC61Q9Y6R9 EEF1D-246ENST00000532741 2387 ntTSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
CCDC61Q9Y6R9 IDS-202ENST00000370441 1399 ntTSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
CCDC61Q9Y6R9 GULP1-206ENST00000409830 1376 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
CCDC61Q9Y6R9 JKAMP-201ENST00000261247 1726 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
CCDC61Q9Y6R9 LAPTM4B-204ENST00000619747 2758 ntTSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
CCDC61Q9Y6R9 INTS4P1-201ENST00000438455 1935 ntBASIC25.06■■□□□ 1.6
CCDC61Q9Y6R9 MBD1-216ENST00000587605 1945 ntTSL 2 BASIC25.06■■□□□ 1.6
CCDC61Q9Y6R9 PAN3-201ENST00000380958 2833 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC25.06■■□□□ 1.6
CCDC61Q9Y6R9 CXorf58-201ENST00000379211 1752 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
CCDC61Q9Y6R9 MED16-201ENST00000269814 1199 ntTSL 5 BASIC25.06■■□□□ 1.6
CCDC61Q9Y6R9 RPS19BP1-201ENST00000334678 927 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
CCDC61Q9Y6R9 RBM17P3-201ENST00000417687 1192 ntBASIC25.06■■□□□ 1.6
CCDC61Q9Y6R9 MMP24-AS1-201ENST00000424358 867 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.06■■□□□ 1.6
CCDC61Q9Y6R9 DANCR-204ENST00000444958 709 ntTSL 3 BASIC25.06■■□□□ 1.6
CCDC61Q9Y6R9 NCBP2-AS1-201ENST00000447775 562 ntTSL 5 BASIC25.06■■□□□ 1.6
CCDC61Q9Y6R9 MMP24-AS1-209ENST00000456790 712 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.06■■□□□ 1.6
CCDC61Q9Y6R9 MCCC2-205ENST00000509358 1214 ntTSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
CCDC61Q9Y6R9 COX5A-204ENST00000567270 579 ntTSL 3 BASIC25.06■■□□□ 1.6
CCDC61Q9Y6R9 AC012615.3-201ENST00000592884 500 ntTSL 3 BASIC25.06■■□□□ 1.6
CCDC61Q9Y6R9 BABAM1-206ENST00000595632 966 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.06■■□□□ 1.6
CCDC61Q9Y6R9 ARSA-203ENST00000395619 1824 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.06■■□□□ 1.6
CCDC61Q9Y6R9 SHB-201ENST00000377707 2783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
CCDC61Q9Y6R9 ST3GAL4-205ENST00000449406 1669 ntTSL 5 BASIC25.06■■□□□ 1.6
CCDC61Q9Y6R9 TSPAN32-201ENST00000182290 1318 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
CCDC61Q9Y6R9 TSPAN32-217ENST00000612299 1301 ntTSL 5 BASIC25.06■■□□□ 1.6
CCDC61Q9Y6R9 OGFOD2-207ENST00000536150 1956 ntTSL 2 BASIC25.05■■□□□ 1.6
CCDC61Q9Y6R9 LDLRAD4-211ENST00000587757 2171 ntTSL 2 BASIC25.05■■□□□ 1.6
CCDC61Q9Y6R9 ADK-206ENST00000541550 2222 ntTSL 2 BASIC25.05■■□□□ 1.6
CCDC61Q9Y6R9 ANKMY1-209ENST00000405523 1827 ntTSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
CCDC61Q9Y6R9 C16orf89-202ENST00000472572 1444 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
CCDC61Q9Y6R9 STAP2-201ENST00000594605 1426 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
CCDC61Q9Y6R9 FAM72C-201ENST00000369175 1658 ntTSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
CCDC61Q9Y6R9 LTBP3-201ENST00000301873 4443 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.05■■□□□ 1.6
CCDC61Q9Y6R9 DNAJC28-203ENST00000402202 1480 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.05■■□□□ 1.6
CCDC61Q9Y6R9 MEN1-208ENST00000394374 3155 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC25.05■■□□□ 1.6
CCDC61Q9Y6R9 SSSCA1-201ENST00000309328 698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
CCDC61Q9Y6R9 C1orf109-203ENST00000464085 919 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.05■■□□□ 1.6
CCDC61Q9Y6R9 RNPS1P1-201ENST00000507437 918 ntBASIC25.05■■□□□ 1.6
CCDC61Q9Y6R9 AP006621.3-203ENST00000525941 610 ntTSL 2 BASIC25.05■■□□□ 1.6
CCDC61Q9Y6R9 SPINT1-AS1-203ENST00000565315 629 ntTSL 2 BASIC25.05■■□□□ 1.6
CCDC61Q9Y6R9 RNPS1-222ENST00000567147 830 ntTSL 3 BASIC25.05■■□□□ 1.6
CCDC61Q9Y6R9 AIPL1-209ENST00000575265 2111 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
CCDC61Q9Y6R9 TCAIM-203ENST00000396078 2178 ntTSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
CCDC61Q9Y6R9 OARD1-202ENST00000424266 1337 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.05■■□□□ 1.6
CCDC61Q9Y6R9 ACBD4-207ENST00000586346 1579 ntTSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
CCDC61Q9Y6R9 AC243591.1-201ENST00000452967 1364 ntBASIC25.05■■□□□ 1.6
CCDC61Q9Y6R9 KCNMA1-252ENST00000639120 2308 ntTSL 5 BASIC25.04■■□□□ 1.6
CCDC61Q9Y6R9 INSM1-201ENST00000310227 2829 ntAPPRIS P1 BASIC25.04■■□□□ 1.6
CCDC61Q9Y6R9 ARFIP2-203ENST00000423813 1430 ntTSL 2 BASIC25.04■■□□□ 1.6
CCDC61Q9Y6R9 AC125634.1-201ENST00000438758 1403 ntBASIC25.04■■□□□ 1.6
CCDC61Q9Y6R9 AL499627.1-201ENST00000569373 2188 ntBASIC25.04■■□□□ 1.6
CCDC61Q9Y6R9 LACTB-202ENST00000413507 2978 ntTSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
CCDC61Q9Y6R9 CPEB2-202ENST00000345451 2013 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 32 ms