Protein–RNA interactions for Protein: Q9BQI4

CCDC3, Coiled-coil domain-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 270 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC3Q9BQI4 CALHM2-201ENST00000260743 1859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
CCDC3Q9BQI4 VPS37D-202ENST00000451519 1303 ntTSL 5 BASIC17.97■□□□□ 0.47
CCDC3Q9BQI4 SLC6A11-202ENST00000454147 2794 ntTSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
CCDC3Q9BQI4 NOMO2-201ENST00000330537 4352 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.96■□□□□ 0.47
CCDC3Q9BQI4 THOP1-201ENST00000307741 4804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
CCDC3Q9BQI4 SLC16A3-221ENST00000617373 2048 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.96■□□□□ 0.47
CCDC3Q9BQI4 SLC16A3-222ENST00000619321 2015 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.96■□□□□ 0.47
CCDC3Q9BQI4 RAI1-201ENST00000353383 7662 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
CCDC3Q9BQI4 SSX2IP-210ENST00000605755 1933 ntTSL 2 BASIC17.96■□□□□ 0.47
CCDC3Q9BQI4 USP48-204ENST00000400301 4309 ntTSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
CCDC3Q9BQI4 CARD10-202ENST00000403299 4113 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.96■□□□□ 0.47
CCDC3Q9BQI4 POU4F3-201ENST00000230732 1182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
CCDC3Q9BQI4 INSL3-201ENST00000317306 755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
CCDC3Q9BQI4 ATP6V0C-201ENST00000330398 1175 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
CCDC3Q9BQI4 TBC1D7-202ENST00000356436 1116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
CCDC3Q9BQI4 TBC1D7-204ENST00000379300 1276 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
CCDC3Q9BQI4 LINC01315-202ENST00000424852 1142 ntTSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
CCDC3Q9BQI4 LINC01770-202ENST00000430109 510 ntTSL 3 BASIC17.96■□□□□ 0.47
CCDC3Q9BQI4 AC246785.2-201ENST00000432512 513 ntBASIC17.96■□□□□ 0.47
CCDC3Q9BQI4 ENO1-AS1-201ENST00000442636 456 ntTSL 2 BASIC17.96■□□□□ 0.47
CCDC3Q9BQI4 AC113382.1-201ENST00000500267 1253 ntTSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
CCDC3Q9BQI4 UNC93B7-201ENST00000509439 705 ntBASIC17.96■□□□□ 0.47
CCDC3Q9BQI4 AC105202.1-201ENST00000517833 995 ntTSL 3 BASIC17.96■□□□□ 0.47
CCDC3Q9BQI4 AP000867.3-201ENST00000524675 377 ntBASIC17.96■□□□□ 0.47
CCDC3Q9BQI4 GSTZ1-218ENST00000557053 580 ntTSL 3 BASIC17.96■□□□□ 0.47
CCDC3Q9BQI4 TPSP2-201ENST00000561760 610 ntBASIC17.96■□□□□ 0.47
CCDC3Q9BQI4 MPI-205ENST00000562606 1052 ntTSL 3 BASIC17.96■□□□□ 0.47
CCDC3Q9BQI4 ANAPC11-217ENST00000579978 575 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.96■□□□□ 0.47
CCDC3Q9BQI4 KLK8-205ENST00000593490 267 ntTSL 3 BASIC17.96■□□□□ 0.47
CCDC3Q9BQI4 TMIGD2-202ENST00000595645 1212 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
CCDC3Q9BQI4 ZSCAN1-203ENST00000601162 813 ntTSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
CCDC3Q9BQI4 C10orf142-202ENST00000623589 1010 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.96■□□□□ 0.47
CCDC3Q9BQI4 AL732314.6-201ENST00000627721 484 ntTSL 4 BASIC17.96■□□□□ 0.47
CCDC3Q9BQI4 Z83836.1-201ENST00000624605 1642 ntBASIC17.96■□□□□ 0.47
CCDC3Q9BQI4 ZNF346-201ENST00000358149 2314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
CCDC3Q9BQI4 PCDHA4-201ENST00000378125 2328 ntTSL 5 BASIC17.96■□□□□ 0.47
CCDC3Q9BQI4 SLC6A17-201ENST00000331565 6427 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.96■□□□□ 0.47
CCDC3Q9BQI4 ABCC6-209ENST00000640696 1893 ntTSL 5 BASIC17.96■□□□□ 0.47
CCDC3Q9BQI4 ERCC2-205ENST00000485403 1538 ntTSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
CCDC3Q9BQI4 ARFRP1-208ENST00000612256 2974 ntTSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
CCDC3Q9BQI4 NKX6-1-201ENST00000295886 2628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
CCDC3Q9BQI4 CEP78-202ENST00000376597 2618 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
CCDC3Q9BQI4 CTNNBL1-201ENST00000361383 1925 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
CCDC3Q9BQI4 TSHZ3-201ENST00000240587 5176 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.46
CCDC3Q9BQI4 TRIM36-202ENST00000379617 1322 ntTSL 2 BASIC17.96■□□□□ 0.46
CCDC3Q9BQI4 UBC-206ENST00000538617 1303 ntTSL 5 BASIC17.96■□□□□ 0.46
CCDC3Q9BQI4 SPTBN4-212ENST00000598249 8070 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.46
CCDC3Q9BQI4 CLDND1-203ENST00000394181 2170 ntTSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.46
CCDC3Q9BQI4 RPP25-201ENST00000322177 3049 ntAPPRIS P1 BASIC17.96■□□□□ 0.46
CCDC3Q9BQI4 MED15P9-202ENST00000427638 1841 ntTSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
CCDC3Q9BQI4 ARMC6-220ENST00000546344 1814 ntTSL 2 BASIC17.95■□□□□ 0.46
CCDC3Q9BQI4 DISC1-202ENST00000317586 2636 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
CCDC3Q9BQI4 SHROOM1-202ENST00000378676 2352 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.95■□□□□ 0.46
CCDC3Q9BQI4 CCDC74B-202ENST00000392984 1353 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.95■□□□□ 0.46
CCDC3Q9BQI4 PPP1R12C-202ENST00000435544 2363 ntTSL 2 BASIC17.95■□□□□ 0.46
CCDC3Q9BQI4 AC034236.2-201ENST00000606662 1610 ntBASIC17.95■□□□□ 0.46
CCDC3Q9BQI4 FGF14-IT1-202ENST00000607251 2123 ntTSL 2 BASIC17.95■□□□□ 0.46
CCDC3Q9BQI4 BHLHE22-201ENST00000321870 3262 ntAPPRIS P1 BASIC17.95■□□□□ 0.46
CCDC3Q9BQI4 TRIM33-201ENST00000358465 8339 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
CCDC3Q9BQI4 CPZ-202ENST00000360986 2267 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
CCDC3Q9BQI4 ALG9-214ENST00000614444 2028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
CCDC3Q9BQI4 POFUT2-201ENST00000331343 4825 ntTSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
CCDC3Q9BQI4 UBC-201ENST00000339647 2688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
CCDC3Q9BQI4 BAALC-202ENST00000306391 243 ntTSL 5 BASIC17.95■□□□□ 0.46
CCDC3Q9BQI4 MOS-201ENST00000311923 1041 ntAPPRIS P1 BASIC17.95■□□□□ 0.46
CCDC3Q9BQI4 BAALC-204ENST00000330955 222 ntTSL 5 BASIC17.95■□□□□ 0.46
CCDC3Q9BQI4 PARK7-201ENST00000338639 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
CCDC3Q9BQI4 TBPL1-203ENST00000367871 808 ntTSL 2 BASIC17.95■□□□□ 0.46
CCDC3Q9BQI4 TRAPPC3-202ENST00000373162 1056 ntTSL 2 BASIC17.95■□□□□ 0.46
CCDC3Q9BQI4 GGT1-204ENST00000401885 968 ntTSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
CCDC3Q9BQI4 RABL2B-209ENST00000435118 1126 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
CCDC3Q9BQI4 DRAXINP1-201ENST00000437611 948 ntBASIC17.95■□□□□ 0.46
CCDC3Q9BQI4 CD24-206ENST00000620405 586 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.95■□□□□ 0.46
CCDC3Q9BQI4 VBP1-201ENST00000286428 1686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
CCDC3Q9BQI4 AC012615.6-201ENST00000593201 1697 ntTSL 2 BASIC17.95■□□□□ 0.46
CCDC3Q9BQI4 IRF7-203ENST00000397566 2051 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
CCDC3Q9BQI4 CELF2-217ENST00000638035 1849 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.95■□□□□ 0.46
CCDC3Q9BQI4 FAM129C-201ENST00000332386 2222 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
CCDC3Q9BQI4 AC020661.1-201ENST00000503052 1584 ntTSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
CCDC3Q9BQI4 EDNRA-206ENST00000511804 1569 ntTSL 2 BASIC17.95■□□□□ 0.46
CCDC3Q9BQI4 SMARCC2-201ENST00000267064 4076 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
CCDC3Q9BQI4 COBLL1-201ENST00000342193 4898 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
CCDC3Q9BQI4 CAMKK1-202ENST00000348335 3563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
CCDC3Q9BQI4 SPAG16-204ENST00000413312 2258 ntTSL 5 BASIC17.95■□□□□ 0.46
CCDC3Q9BQI4 DMD-208ENST00000378680 1858 ntTSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
CCDC3Q9BQI4 CNEP1R1-203ENST00000458059 2965 ntTSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
CCDC3Q9BQI4 SIGIRR-220ENST00000531205 1649 ntTSL 2 BASIC17.94■□□□□ 0.46
CCDC3Q9BQI4 AL691447.2-201ENST00000454869 2162 ntTSL 2 BASIC17.94■□□□□ 0.46
CCDC3Q9BQI4 KMT5C-201ENST00000255613 2308 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
CCDC3Q9BQI4 ESPN-216ENST00000636330 4731 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.94■□□□□ 0.46
CCDC3Q9BQI4 ANKRD53-202ENST00000360589 1666 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.94■□□□□ 0.46
CCDC3Q9BQI4 IP6K1-204ENST00000468463 1815 ntTSL 5 BASIC17.94■□□□□ 0.46
CCDC3Q9BQI4 LGALS7B-201ENST00000314980 483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
CCDC3Q9BQI4 LINC02247-201ENST00000417135 743 ntTSL 3 BASIC17.94■□□□□ 0.46
CCDC3Q9BQI4 PVRIG2P-201ENST00000435460 978 ntBASIC17.94■□□□□ 0.46
CCDC3Q9BQI4 PHGR1-201ENST00000448599 436 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.94■□□□□ 0.46
CCDC3Q9BQI4 AP003733.1-201ENST00000491725 852 ntBASIC17.94■□□□□ 0.46
CCDC3Q9BQI4 AC135586.2-201ENST00000537262 567 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC17.94■□□□□ 0.46
CCDC3Q9BQI4 PNN-202ENST00000553331 656 ntTSL 3 BASIC17.94■□□□□ 0.46
CCDC3Q9BQI4 CIB2-208ENST00000560618 804 ntTSL 2 BASIC17.94■□□□□ 0.46
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 24.2 ms